산업폐기물 처리비용을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분의 당부

○○세무서장이 20002.03.05. 청구인에게 환급하지 아니한 2001년 제2기분 부가가치세 6,581,260원은, 공급자인 ○○체육공원으로부터 교부같은 매입세금 계산서의 매입세액 6,353,840원을 매출세액에서 공제하여 이를 경정합니다.

처분청은 청구외 ○○(주)의 석재공장을 경락으로 취득하여 섬유임가공업을 운영하는 청구인에 대한 2001년 제2기분 부가가치세 환급현지 확인조사시, 청구인이 2001.12. 산업폐기물(석분) 처리 사업자인 청구외 ○○체육공원(사업자등록번호 000-00-00000)으로부터 공급가액 63,538,400원(이하“쟁점금액”이라한다)의 세금계산서를 교부받은데 대하여, 청구인이 운영하고 있는 섬유임가공 사업과 직접 관련이 없고 토지 관련 자본적지출에 해당하는 것으로 보아 쟁점금액 관련 매입세액과 종전사업자가 공제받아야 할 전기료 매입세액 106,900원을 매출세액에서 불공제하여, 2002.03.05. 2001년 제2기분 부가가치세 6,5,81,260원을 환급하지 아니하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.05.30. 심사청구하였다.

석재공장을 운영한 종전사업자가 임의로 방치한 산업폐기물(석분)을 폐기물관리법에 의하여 처리하고 섬유임가공업을 운영하였는 바, 쟁점금액은 사업상 필요불가결한 비용일 뿐만 아니라, 토지의 가치를 증가시키는 자본적 지출도 아니므로 당초처분은 부당하다.

청구인이 석재공장을 경락으로 취득하기 이전부터 산업폐기물(석분)이 임의로 방치되어 있었는 바, 청구인이 폐기물 처리비용으로 지출한 쟁점금액은 현사업과 직접 관련이 없고 토지 관련 자본적 지출에 해당하므로, 쟁점금액 관련 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 산업폐기물 처리비용을 사업과 직접 관련이 없고 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하는 매입세액으로 보아 매출세액에서 공지하지 아니한 처분이 정당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제1항에서 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액” 이라 한다)에서 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다』고 규정하고 있으며, 제1호에서 『자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액』을 규정하고 있다. 같은 법 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』고 규정하고 있고, 제2호에서 『사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액』을, 제4호에서 『부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액』을 규정하고 있다. 같은법시행령 제60조 【매입세액의 범위】 제3항에서 『법 제17조 제2항 제2호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법시행령 제78조 또는 법인세법시행령 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 의한다.』고 규정하고 있으며, 제6항에서 『법 제17저 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 (1)처분청은 청구인에 대한 부가가치세 환급현지확인조사시 청구인이 경락으로 취득한 석재공장에 방치되어 있던 산업폐기물(석분)을 처리하고 쟁점금액의 세금계산서를 청구외 ○○체육공원으로부터 교부받아 2001년 제2기분 부가가치세 매입세액으로 공제받은데 대하여, 쟁점금액이 청구인이 운영하고 있는 섬유가공업과 직접 관련이 없고 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하였다.

(2) 청구인은 종전사업자인 청구외 ○○ (주) 석재공장을 운영하면서 발생한 산업폐기물을 처리하지 않고 임의로 방치하여 2001. 12. 20. ○○군 환경보호과에 사업장폐기물배출자신고를 한 후 아래와 같이 신고필증을 교부받아 폐기물을 처리하고, 2001. 12, 폐기물 처리 업체인 청구외 ○○체육공원으로부터 쟁점금액의 세금계산서를 교부받은 사실이 관련서류에 의하여 확인된다. 폐기물배출자 신고자 폐기물 종류 폐기물 발생량(톤) 운반ㆍ처리업체 공사기간

○○섬유

○○○ 석분 25,000

○○체육공원 2001.12.20.~200.,01.30.

(3) 청구인은 종전사업자인 청구외 ○○석재(주)가 운영한 석재공장을 경락으로 취득하여 섬유가공업을 운영하고자 2000. 12. 14. ○○섬유라는 상호로 사업자등록을 한 후, 개업준비를 하는 과정에서 석재폐기물처리 및 공장 시설투자로 인하여 2000년 제2기~2001년 제2기 과세기간에 부가가치세 환급세액이 발생하였고, 2001년 10월부터 공장이 가동되어 매출이 발생하기 시작한 사실이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

(4) 관련법령을 보면 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 공급에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있으나, 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 또는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없고, 토지임대사업자가 사업과 관련하여 토지위의 폐기물(적치물) 등 처리와 관련한 매입세액은 매출세액에서 공제가능한 것(제도 46015-11083, 2001. 05. 14)이라고 해석하고 있다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 판단하여 보건데, 청구인은 석재공장을 경락으로 취득하여 섬유가공업을 운영하고자 하였으나, 종전 사업자가 석재공장을 운영하면서 발생한 산업폐기물을 처리하지 않고 임의로 방치하여 섬유가공업을 개업하는데 지장이 있어 관할관청에 사업장폐기물 배출자 신고를 한 후 폐기물을 위탁처리하였는바, 섬유임가공업을 개업하는 과정에서 필수불가결하게 지출된 쟁점금액을 사업과 직접 관련이 없다거나 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출로 보기는 실질상 어렵다고 판단된다.

(6) 그렇다면, 청구인이 산업폐기물 처리비용으로 쟁점금액을 지출하고 공급자인 청구외 ○○체육공원으로부터 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 6,353,840원을 매출세액에서 공제하여 2001년 제2기분 부가가치세를 경정 결정함이 타당한 것으로 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.