매입과다 및 시설투자로 인한 환급세액의 조사시 확인서를 근거로 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2002.03.18. 청구인에게 결정고지한 2001년 제1기분 부가가치세 13,812,760원 및 2001년 제2기분 부가가치세 5,430,290원은, 2001.03.09.부터 2001.09.30.까지의 현금매출액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정합니다.

청구인은 2001.3.9.부터 "○○약국"이라는 상호로 양약 소매업을 영위하고 있는 사업자로서, 신규개업에 따른 매입과다 및 시설투자를 이유로 2001년도 제1기분 부가가치세 38,096,790원을 환급받았다. 처분청은 부가가치세 환급현지확인 조사당시 청구인이 확인하여 준 확인서를 근거로 청구인이 160,434,000원(부가가치세를 제외한 금액으로 2001.3.9.부터 2001.6.30.까지 111,243,000원, 2001.7.1.부터 2001.9.30.까지 49,191,000원이고, 이하 "쟁점 금액"이라 한다)을 매출누락한 것으로 보고, 2002.3.18. 청구인에게 부가가치세 19,243,050원(2001년 제1기분 13,812,760원, 2001년 제2기분 5,430,290원)을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.4.25. 심사청구하였다.

청구인은 부가가치세 환급조사당시 영업에 지장을 주지 않고 빨리 세무조사를 끝내고 싶어 사실과 다르게 쟁점 금액을 매출누락하였다고 확인서를 작성하여 주었으나, 통장입출금내역과 현금판매내역을 확인하여 본 결과 아래 <표>와 같이 현금매출누락액은 쟁점 금액(160,434,000원)이 아니라 35,961,086원(부가가치세를 제외한 금액으로 2001.3.9.부터 2001.6.30.까지 24,075,722원, 2001.7.1.부터 2001.9.30.까지 11,885,364원임)으로 확인되므로 매출누락액을 35,961,086원으로 하여 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다. (단위:원, 공급대가) 구분 실지 현금매출 신고한 현금매출

④ 매출누락 (④-③) (공급가액) 과세분 1일 매출액 (카드매출 포함) 통장 입금① 현금 지출② 계(③=

① +②) 실지 확인서 2001.03.09 ~06.30 37,320,000 20,000,000 57,320,000 30,836,706 26,483,294 (24,075,722) 887,848 1,876,305 2001.07.01 ~09.30 56,020,000 15,000,000 71,020,000 57,946,099 13,073,901 (11,885,364) 1,159,725 1,679,171 계 93,340,000 35,000,000 128,340,000 88,782,805 39,557,195 (35,961,086)

청구인이 부가가치세환급조사당시 쟁점 금액을 신고누락하였다고 확인서로 확인하여 주어 이를 근거로 과세한 것으로 세무조사당시와 다른 35,961,086원을 매출누락하였다는 청구주장은 신빙성이 없으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점 금액을 매출누락한 것으로 보고 과세한 처분이 맞는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제16조 【근거과세】제1항에는『납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.』라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는『제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.』라고 규정하고 있다. (2) 부가가치세법 제21조 【경정】제1항에는『사업장관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.』라고 규정하면서, 그 제2호에서 『확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는『사업장관할세무서장ㆍ사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다.(이하 생략)』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 부가가치세 환급현지확인 조사결과, 매출액 중에서 의약품 조제판매분(면세)에는 매출누락이 없으나, 부가가치세과세대상인 의약품 일반판매분에는 청구인이 세무조사당시 확인하여 준 확인서내용과 같이 쟁점 금액을 매출누락하였다고 하여 청구인에게 이건 부가가치세를 과세하였음이 처분청의 결정결의서 및 환급현지확인 조사복명서에 의해 확인된다.

(2) 청구인은 환급조사당시 "2001.3.9.부터 2001.6.30.까지 과세분 총매출액은 165,459,456원(공급가액)으로 111,243,000원을 과소신고하였고, 2001.7.1.부터 2001.9.30.까지 과세분 총매출액은 120,595,000원(공급가액)으로 49,191,000원을 과소신고하였다"는 내용의 확인서(작성일자 불명)를 작성하여 주었고, 동 확인서에는 위 확인내용을 뒷받침할 만한 증빙서류나 과세분 총매출액 또는 매출누락액의 명세 등은 첨부되어 있지 않다.

(3) 청구인은 앞에서 본 "2. 청구주장"의 <표> 내용과 같이, 매출누락액은 쟁점 금액(160,434,000원)이 아니라 35,961,086원이라고 주장하면서, <표>의 "통장입금 ①" 93,340,000원 증빙으로 일자별 은행입금명세(○○은행 69,100,000원, ○○은행 24,240,000원)와 동 은행입금명세에 대한 증빙으로 관리약사인 청구외 이○○의 예금거래명세표(계좌번호: ○○은행 000-00-00000)를 제시하고 있으나, ○○은행의 예금거래명세표는 제시하지 않고 있고, ○○은행분 입금액 69,100,000원의 명세와 청구외 이○○의 예금거래명세표를 비교하여 보면 청구인이 매출로 본 금액은 모든 입금일의 입금액이 아니라 특정일만의 입금액임을 알 수 있고, <표>의 "현금지출 ②" 35,000,000원 증빙으로 청구인의 예금거래명세표(계좌번호: ○○은행 000-00-000000)를 제시하고 있으나, 일자별 현금매출 및 현금지출증빙은 제시하지 못하고 있다.

(4) 청구인은 이건 심사청구(2002.4.25.) 이후에 신고기한 도래한 2001년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점 금액을 과세분 매출액에 포함하여 종합소득세신고ㆍ납부하였음이 재무제표 및 총계정원장에 의해 확인된다.

(5) 청구인은 35,961,086원만을 매출누락하였다고 주장하므로, 처분청이 쟁점 금액(160,434,000원)을 매출누락한 것으로 보고 과세한 처분이 맞는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 전시한 "나. 관련법령"에서 살펴본 바와 같이, 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이고, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 것으로서 이를 관련법령에서 정하고 있는 증빙서류에 갈음하는 자료에 해당된다고 할 것이나, 납세의무자가 작성한 확인서에 매출누락의 구체적 내용이 들어 있지 아니하여 그와 같은 정도의 신빙성이 인정되지 아니하다면, 비록 납세의무자의 확인서라고 하더라도, 이는 실지조사의 근거로 될 수 있는 장부 또는 증빙서류에 갈음하는 다른 자료에 해당되지 아니한다고 할 것이다.(같은 뜻: 대법원96누14227호, 1998.7.10. 외 다수) 처분청이 과세근거로 삼은 청구인의 확인서를 보면, 청구인이 쟁점 금액을 매출누락한 것으로 확인한다고 되어 있으나, 동 확인서는 결론적인 내용에 불과하고 확인내용을 구체적으로 뒷받침하는 증빙서류 또는 매출액에 대한 아무런 내용(총매출액이나 매출누락액 명세 등)도 없어 매출누락에 대한 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다 할 것이므로 처분청이 확인서 한 장만으로 과세한 처분은 근거과세원칙을 위반한 잘못이 있다 할 것이다. (나) 한편, 청구인은 매출누락액이 쟁점 금액(160,434,000원)이 아니라 35,961,086원이라고 세무조사당시와 다른 매출누락액을 제시하나, 첫째, "2. 청구주장"의 <표>에서 본 "통장입금 ①"의 93,340,000원 중 관리약사인 청구외 이○○의 ○○은행 예금통장으로 입금된 69,100,000원을 청구인의 현금매출액으로 볼만한 증빙을 제시하지 못하고 있고, 설사 이를 청구인의 현금매출액으로 인정한다 할지라도 모든 입금일이 아닌 특정일의 입금액만 현금매출액으로 본 이유 및 일반적으로 동 입금액에는 조제판매분(면세)도 포함되었을 것임에도 입금액 전액을 부가가치세 과세대상으로 본 이유에 대하여 아무런 해명이 없으며, 청구인은 93,340,000원 중에서 24,340,000원은 ○○은행에 입금하였다고 주장하면서도 입금과 관련된 예금거래명세표를 제시하지 못하고 있고, 둘째, "2. 청구주장"의 <표>에서 본 "현금지출 ②" 35,000,000원에 대해서 청구인의 예금거래명세표만 제시할 뿐, 일자별 현금매출내역이나 현금지출 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 셋째, 청구인 스스로 이건 심사청구 이후에 매출누락액을 쟁점 금액 인정하고 2001년 귀속종합소득세를 신고ㆍ납부하였으며, 만약, 청구주장처럼 매출누락액을 35,961,086원으로 보면 2001년도 매출총이익은 △57,000,747원이 되어 매출원가 이하로 판매한 결과가 되는바, 이는 일반적인 상거래 관행상 납득하기 어렵다 할 것이므로 매출누락액이 35,961,086원이라는 청구주장 또한 신빙성이 없어 보인다. (다) 따라서, 처분청은 이건 심사청구 이후 제출된 종합소득세신고서 및 부속서류와 청구주장 및 관련서류 등으로 개업일(2001.3.9.)부터 2001.9.30.까지 부가가치세과세대상인 의약품 현금매출액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장에 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.