사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

[이유]

청구법인은 형광등용 안정기 등을 제조하여 판매하였던 법인으로서, 금형제조업을 영위하였던 청구외 A공업(대표자는 김○○이고, 이하 "A공업" 이라 한다)으로부터 1998년 제1기부터 2000년 제1기까지 공급가액 240,901,000원(1998년 제1기 48,084,000원, 1998년 제2기 68,690,000원, 1999년 제1기 44,692,000원, 1999년 제2기 44,7 95,000원, 2000년 제1기 34,640,000원)의 세금계산서(이하 "쟁점세금계산서" 라고 한다)를 교부받아 이를 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 하여 부가가치세 신고·납부하였다. 처분청은 청구법인에 대한 1999.01.01~12.31사업연도 정기법인세조사를 하여 국세청 전산자료인 매입세액공제 확인자료(A공업과의 거래가 폐업자와 거래로 기재되어 있음) 및 세무조사당시 청구법인의 경리책임자이고 상무였던 청구외 이○○이 A공업과 폐업후 거래를 하였다는 내용의 확인서를 작성하여 주자 이를 근거로 청구법인이 1996.09.30자로 직권폐업된 A공업으로 쟁점세금계산서에 해당하는 금형 등을 매입한 사실은 있으나, 쟁점세금계산서는 직권폐업된 자가 교부한 사실과 다른 세금계산서라고 하여 쟁점세금계산서상의 세액 24,090,100원을 매출세액에서 공제하지 아니하고 기타 적출사항(다툼 없음)을 포함하여 2001.12.01 청구법인에게 부가가치세 53,725,050원(1998년 제1기분 6,250,930원, 1998년 제2기분 8,929,700원, 1999년 제1기분 12,239,050원, 1999년 제2기분 20,946,570원, 2000년 제1기분 5,358,800원)을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.01.14 이의신청을 거쳐 2002.04.22 심사청구 하였다.

청구법인은, A공업이 1996.09.30일자로 직권폐업된 사실을 알지 못한 상태에서 수년간 정상거래하였고, 청구법인의 상무인 청구외 이○○은 세무조사당시 국세청의 전산자료를 보고서 폐업후 거래라고 확인서를 작성하여 주었으며, A공업이 쟁점세금계산서를 매출로 신고하였음에도 이를 직권폐업된 이후에 교부한 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액 불공제하여 과세한 처분은 부당하다.

A공업은 1996.09.30자로 직권폐업된 업체로서, 청구법인과의 거래분만 매출로 하여 1997년 제2기분부터 2000년 제1기분까지 부가가치세 신고는 하였으나 전액 체납되어 결손처분되었는바, A공업을 정상적인 사업자로 보기 어렵고, 세무조사당시 경리책임자인 청구외 이○○이 A공업의 폐업을 수차 확인한 후 폐업후 거래라고 확인서를 작성하여 주었다. 따라서, 청구법인이 A공업의 폐업사실을 알고도 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 보고 매입세액 불공제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 매입세액 불공제 대상인 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제5조 (등록) 제5항에는사업자가 폐업하거나 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장 관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다.라고 규정하고 있다. (2) 부가가치세법 제17조 (납부세액) 제2항에는「다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.」라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사결과, 청구법인이 1996.09.30 일자로 직권폐업된 A공업으로부터 쟁점세금계산서에 상당하는 금형을 매입한 사실은 있으나, 쟁점세금계산서는 직권폐업된 자가 교부한 것으로서 매입세액 불공제 대상인 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 보고 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 이건 부가가치세를 경정·고지하였음이 처분청의 경정결의서 및 세무조사종결보고서 등에 의해 확인된다.

(2) A공업은 직권폐업된 이후에도 아래(표)와 같이 2000년 제1기분까지 부가가치세를 신고·납부하였고, 부가가치세 신고내용을 보면, 매출처는 청구법인 뿐이고, 매입처는 1~3개 업체이나 주요매입처는 청구외 B철강(주)이며, 청구외 B철강(주)는 A공업과 거래분을 매출로 신고납부하였음이 국세청 전산자료에 의해 확인된다. A공업의 부가가치세 신고납부내역 (단위: 천원) ┌────┬────┬────┬────┬───────┬─────────────┐ │과세기간│ 매출 │ 매입 │납부세액│ 수납내역 │ 비 고 │ ├────┼────┼────┼────┼───────┼─────────────┤ │1997.2기│ 56,561│ 18,951│ 3,760 │ 결손 │2000.11.20 과세자료(자료상│ │ │ │ │ │ │거래)에 의거 2,274천원 경 │ │ │ │ │ │ │정고지 외 1건 │ ├────┼────┼────┼────┼───────┼─────────────┤ │1998.1기│ 48,084│ - │ 4,804 │ 결손 │1998.09.16 과세자료(수동자│ │ │ │ │ │ │료)에 의거 1,861천원 경정 │ │ │ │ │ │ │고지 │ ├────┼────┼────┼────┼───────┼─────────────┤ │1998.2기│ 68,690│ 19,849│ 4,884 │ 결손 │ │ ├────┼────┼────┼────┼───────┼─────────────┤ │1999.1기│ 44,692│ 15,720│ 2,897 │ 결손 │1999 귀속 종합소득세를 추 │ ├────┼────┼────┼────┼───────┤계신고 납부함 │ │1999.2기│ 44,795│ 33,349│ 1,144 │2000.01.22자납│ │ ├────┼────┼────┼────┼───────┼─────────────┤ │2000.1기│ 34,640│ 20,424│ 1,421 │2000.07.24자납│ │ ├────┼────┼────┼────┼───────┼─────────────┤ │ 합 계 │ 297,462│ 108,293│ 18,910 │ │ │ └────┴────┴────┴────┴───────┴─────────────┘

(3) 청구법인이 A공업과 실지거래하고 쟁점세금계산서를 교부받았음에는 다툼이 없으나, 쟁점세금계산서가 폐업자가 교부한 것으로서 매입세액 불공제 대상인 사실과 다른 세금계산서인지 여부가 문제이므로 이에 대하여 살펴보면, (가) A공업이 직권폐업된 이후에도 2000년 제1까지 계속 부가가치세를 신고하였고 일부 부가가치세를 자진납부하였으며, 처분청이 무납부고지하고 과세자료처리하여 경정고지하면서 A공업의 부가가치세신고내용을 인정하였는바, A공업을 폐업된 사업자라고 보기 어려운 점, A공업의 매입처인 청구외 B철강(주)과 A공업에게 교부한 세금계산서를 매출로 하여 정상적으로 부가가치세를 신고·납부한 점, 청구법인이 조세를 탈루하기 위하여 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보이지 않는점, 경리책임자인 청구외 이○○이 세무조사당시 국세청의 전산자료(매입세액공제 확인자료)를 보고서 A공업과의 거래를 폐업후 거래라고 확인하였다고 주장하고 있는 점, 등에 비추어 보아 청구법인이 A공업의 직권폐업 사실을 알고도 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 보이지 않고, (나) 사업자등록의 직권말소되었다고 하여 사업자로서의 지위에 변동을 가져오는 것은 아니고(대법 99두6903호, 2000.12.22 선고), 사업자등록이 말소된 경우에는 세금계산서를 교부할 수 없으므로 사실상 폐업자가 교부한 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없으나, 거래상대방이 실제로 폐업되었음을 알지 못한 때에는 알지 못하였음에 과실이 없는 경우에는 매입세액으로 공제할 수 있다 할 것이다(같은뜻: 국세청 심사부가 2002-105호, 2002.07.08 결정). (다) 위 사실관계 등을 종합하여 살펴보면, 청구인이 A공업의 직권폐업 사실을 알고 쟁점세금계산서를 교부받은 것이 아니라는 청구주장은 신빙성이 있어 보이고, 처분청이 쟁점세금계산서를 폐업자가 교부한 것으로서 매입세액 불공제 대상인 사실과 다른 세금계산서로 보고 과세한 처분은 잘못이라고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법 제5조 /