도급계약서상의 도급금액에 쟁점금액이 포함되어 있는지 여부

[주문]

○○○세무서장이 2002. 2. 26 청구인에게 환급결정한 2001년 제2기분 부가가치세 5,422,880원은, 청구인과 시공회사인 ○○건영㈜가 체결한 재건축공사도급계약서상 도급금액 18,884,800,000원이 정당한지 여부를 청구인의 장부 및 자금흐름 등을 구체적으로 재조사하여 그 결과에 따라 이를 경정합니다. [이유]

청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 외 7필지에 소재한 ○○국민주택재건축조합의 조합원들인 ○○○외 54명으로서, 아파트 2개동 189세대(조합원 55세대, 일반분양 134세대)와 상가를 건축하면서 시공회사로 선정된 청구외 ○○○○주식회사(이하 "시공회사"라 한다)와 1999. 4. 1 도급금액 18,884,800천원(부가세 포함)을 하여 재건축 공사도급계약서를 체결하고, 시공회사로부터 공급시기별로 세금계산서 및 계산서를 교부받아 신고하였다. 처분청은 청구인이 2001년 제2기 확정 부가가치세 환급신고(환급신청세액 100,648,330원)에 대한 현지확인 조사결과, 매출은 정상적으로 신고하였으나, 시공회사가 보관하던 매출원가 실행예산품의서, 청구인의 확인서 등에 의하여 위 도급금액에는 공사원가와 관련없고 청구인이 부담할 토지매입비 등 3,507백만원(용지 및 도로매입비 1,422백만원, 시설분담금 150백만원, 이주비이자 1,265백만원, 조합운영비 269백만원, 종토세 15백만원, 등기비 366백만원, 국민채권 20백만원, 이하 "쟁점금액"이라 한다)이 포함되었다고 보고 이를 도급금액에서 차감하여 면적으로 과세ㆍ면세, 조합원ㆍ일반분양분을 순차적으로 안분계산하여 관련 매입세액 86,568,599원을 불공제하고 신고불상실가산세 8,656,859원을 적용하여 2002. 2. 26 청구인의 환급신청세액 100,648,330원 중 5,422,880원을 청구인에게 환급하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002. 4. 17 심사청구하였다.

부가가치세 과세표준인 건설공사비는 양 당사자가 합의하여 체결한 도급계약서상의 도급금액이며, 시공회사는 도급금액을 수입금액으로 산정하고 처분청이 도급금액에서 차감한 항목의 대부분은 장기대여금으로 계상하였음이 시공회사의 결산서 등에 의하여 확인됨에도 처분청이 시공회사가 내부적으로 공사실행예산을 산정하기 위하여 작성한서류만을 근거로 도급금액에 쟁점금액이 포함되어 있다고 추정하여 이 금액만큼 건설공사비가 과다하게 산정되어 지급된 것으로 본 것은 부당하다.

시공회사가 보관하던 매출원가 실행예산품의서, 청구인의 확인서 등에 의하여 위 도급금액에는 공사원가와 관련없고 청구인이 토지매입비 등이 포함된 사실이 확인되므로 청구인이 시공회사로부터 쟁점금액 상당액의 공급가액을 과다하게 계상한 세금계산서 및 계산서를 교부받은 것으로 보아 이에 관련된 매입세액을 안분계산하여 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 시공회사와 체결한 도급계약서상의 도급금액에 쟁점금액이 포함되어 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제13조 (과세표준) 제1항 제1호 및 제3호의 2에서

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가 (2) 부가가치세법 제17조 (납부세액) 제2항 제1호 및 제1호의 2에서

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. (이하 단서 생략) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. (이하 단서 생략)) (3) 부가가치세법 제21조 (경정) 제1항 제2호에서

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이에 대하여 사실관계를 살펴본다. 첫째, 처분청은 청구인이 시공회사에게 도급금액으로 실제 지급한 금액이 얼마인지 장부 및 자금흐름조사 등에 의하여 이를 구체적으로 조사하지 아니하고 시공회사가 작성한 실행예산품의서 등의 자료만을 FAX로 송보받아 이를 근거로 도급금액이 쟁점금액만큼 과다하게 계상되었다고 보아 이 건 처분을 하였음이 조사서 등에 의하여 확인되고, 쟁점금액 상당액의 공급가액 과다계상분에 대하여 시공회사의 관할세무서에 과세자료로 통보하지 아니하였음이 확인된다. 둘째, 청구인 중 이 조합의 대표 ○○○이 작성한 확인서에서 『도급금액에 쟁점금액이 포함되어 있고, 도급금액의 상환은 일반 및 상가분양 금액으로 지급하였다』고 진술한 후 이 건 심사청구시 제출한 확인서에서는 『조사공무원의 요구로 확인서에 날인하면서 세무대리인과 상의한 후 쟁점금액은 1999. 5. 3자 ○○○○㈜가 작성한 실행예산품의서에 근거한 것이라는 문구를 명시하고 확인서에 날인하였다』고 진술하였으며, 세무대리인은 『시공회사가 작성한 실행예산품의서는 단순히 시공회사 내부서류일 뿐 양사가 재건축공사의 용역대가를 결정하는 기준(공사도급계약)이 아니므로 확인서에 날인하여도 과세사유가 될 수 없다고 확신하여 ○○○에게 날인하라고 하였다』고 진술하고 있다. 또한, 실행예산품의서의 작성과 관련하여 시공회사가 제출한 확인서에 의하면, 『1999. 5. 3 작성된 실행에산품의서는 회계를 잘 알지 못하는 현장직원이 단순 현금지출 예상액을 기준으로 작성한 참고서류이고, 이를 수정하지 아니하고 있다가 세무조사시 팩스송보한 것이며, 토지매입대금 등은 장기대여금으로 정상회계처리하였다』고 진술하고 있다. 셋째, 시공회사의 1999. 1. 1∼12. 31 사업연도 및 2000. 1. 1∼12. 31 사업연도 결산서상 이주비, 토지매입대금, 조합운영비 등이 장기대여금(1999년 2,223백만원, 2000년 2,802백만원)으로 계상되어 있고,

2000. 12. 31 현재 토지매입대금 1,316,234,245원, 조합운영비 및 보증금 214,100,000원, 채권매입액 73,705,960원, 신탁등기비 21,000,940원, 종토세 4,4448,900원, 나머지는 이주비 및 설계비 등으로 계상되어 있는 것으로 보아 쟁점금액과는 그 금액이 다르고, 시설분담금은 발생자체도 되지 않았음을 알 수 있다.

(2) 청구인이 시공회사와 체결한 도급계약서상의 도급금액에 쟁점금액이 포함되어 있는지 여부를 살펴본다. 첫째, 아파트재건축의 경우 시공회사가 이주비 및 추가용지매입비, 조합운영비 등 관련경비 일체를 조합측에 대여하고, 일반아파트 및 상가분양 수입금액으로 건설공사비와 대여금을 회수하는 것이 일반적인 바, 이 건의 경우도 도급계약서에 이에 대한 내용이 구체적으로 명시되어 있음을 알 수 있다. 둘째, 처분청은 위 도급금액에 쟁점금액이 포함되었다고 보고 청구인이 시공회사로부터 쟁점금액 상당액의 공급가액을 과다하게 계상한 세금계산서 및 계산서를 교부받은 것으로 보아 관련 매입세액을 안분계산하여 불공제하였으나, 과다계상한 쟁점금액 상당액을 매출처인 시공회사의 관할세무서에 과세자료로 통보하지 아니하여 매출처에 대한 확인조사가 이루어지지 아니하였고, 쟁점금액은 시공회사의 장부상 실제 발생금액과 다를 뿐만 아니라 시설분담금은 발생자체가 되지 않았으며, 쟁점금액의 관련 항목이 대부분 시공회사의 대여금으로 계상되어 있어 처분청이 쟁점금액에 대하여 구체적으로 조사하지 아니하고 시공회사가 작성한 실행예산품의서 등 피상적인 자료만을 근거로 이 건 부가가치세를 경정결정한 것으로 보여진다. 또한, 처분청의 조사근거 서류와 조사서에 나타난 내용만으로는 청구인의 주장대로 쟁점금액을 시공회사가 도급금액 산정시 참고자료로만 활용한 것인지, 처분청의 주장대로 위 도급금액에 쟁점금액이 포함되어 있는지 여부도 불분명하다 할 것이다. 따라서, 청구인이 실제 부담한 도급금액, 즉 실제 공사금액으로 시공회사에게 지급한 금액을 청구인의 장부 및 자금흐름 등을 구체적으로 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 부가가치세를 경정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제13조 / 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법 제21조 /