부동산의 경락대금 완납일을 폐업일로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구외 (주)○○문구(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 청구법인의 계열회사로서 1982.10.01 설립하여 노트, 앨범 등을 제조하여 판매하던 법인으로 IMF영향으로 인한 자금부족 등으로 1998.01.07 부도가 발생하여 사업이 중단되자 1999.02.26 처분청은 쟁점법인에 대한 1998년 2기확정 부가가치세 무신고자 조사 후 1998.06.30자로 소급하여 직권폐업 처리 하였으나, 쟁점법인 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 공장용지 및 공장건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)이 경락되자 경락대금완납일인 1998.12.22을 폐업일로 보아 경락대금 1,425,000원 중 안분계산 된 건물분 255,074,038원을 과세표준으로 하여 2001.07.04 쟁점법인에게 1998년2기분 부가가치세 33,159,620원을 고지하였고, 쟁점법인이 무재산으ㅗ 부가가치세를 납부할 수 없게 되자 쟁점법인의 과점주주인 청구법인을 쟁점법인의 제2차납세의무자로 지정하여 2001.08.11. 위 부가가치세 중 주식소유비율 58.3%에 해당하는 20,298,650(본세 19,332,050원, 가산금 966,600원)원을 납부할 것을 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.10.19. 이의신청을 거쳐 2002.03.04. 심사청구하였다.

쟁점법인은 IMF 영향으로 인한 자금부족 등으로 1998.01.07 부도가 발생하여 사실상 영업을 중단하고 폐업한 상태였으며, 처분청은 1999년02월 쟁점법인에 대하여 1998년 2기확정 부가가치세 무신고자 조사를 실시한 후 1998.06.30자로 소급하여 직권폐업 처리하였으므로 쟁점법인의 폐업일은 1998.06.30.이고, 폐업한 경우에 잔조재화에 대한 과세표준을 부가가치세법 제6조 제4항 (사업을 폐지하는 때의 잔존재화 공급) 및 같은 법시행령 제49조 제1항 (자가공급 등에 대한 과세표준의 계산)의 규정에 의하여 계산하면 쟁점부동산의 경우 1987.03.31 취득하여 5년이 경과된 것이므로 그 과세표준이 “0”이 되어야 함에도, 처분청이 쟁점부동산의 경락대금 완납일을 쟁점법인의 폐업일로 하고 쟁점부동산의 경락으로 인한 소유권이전을 재화의 공급으로 보아 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 의 규정에 따라 안분계산된 금액을 과세표준으로 하여 이 사건의 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

처분청의 직권폐업 조치에 의한 사업자등록의 말소는 사업자의 지위에 변동을 가져오는 것은 아니며, 직권말소나 사업자등록증의 회수 등은 불복의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수 없는 행정편의상의 내부처분으로서 실무상 직권폐업 조치는 신고대상자를 효율적으로 관리하여 위한 내부행정 조치에 불과하고, 쟁점법인은 처분청의 직권폐업일(1998.06.30) 이후에도 계속하여 세금 계산서를 정상적으로 수취함은 물론 1998.10.23자로 1998년2기예정 부가가치세 신고서를 제출한 점 등으로 보아 쟁점부동산이 경락 되기까지는 사실상 폐업하였다고 보기 어려우므로 쟁점부동산의 경락대금완납일인 1998.12.22을 폐업일로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 경락대금 완납일을 쟁점법인의 폐업일로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】 제1항에서 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.”라고 규정하고 있고, 제4항에서 “사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 경우에 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.”라고 규정하고 있으며, 부가가치세법시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】 제4항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 ＂건물등＂이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.”라고 규정하고 제1호에서 “토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.”라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 1999.02.26. 처분청은 쟁점법인을 1998.06.30자로 소급하여 직권폐업 처리한 사실이 쟁점법인의 법인사업자기본사항조회 및 사업자 세적변경이력조회에 의하여 알 수 있다. (나) 쟁점법인은 1998.10.23. 1998년 제2기예정 과세기간에 대한 부가가치세신고매출과세표준: “0” 세금계산서에 의한 일반매입: 7,787,022원(공급가액)를 한 사실이 확인된다. 국세청 전산자료의 조회를 통하여 위 매입분(1998년 2기예정신고분)에 대한 거래상대방(○○전력 ○○지점장)을 확인하여 공급받은 내용을 확인한바, 쟁점법인의 직권폐업일인 1998.06.30 이후 03개월간의 쟁점부동산(○○시 ○○구 ○○동 ○○번지)소재 공장에서 사용한 전력사용(1998.07월 30,312k조,)에 대한 요금임을 확ds할 수 있었고, 그 이후인 1998.10월~1998.12월에도 쟁점부동산 소재 공장에서 사용한 전력사용량이 1998.10월 26,064kwh, 1998.11월 31,680kwh, 1998.12월 48,924kwh(붙임 전기사용량 확인 요청에 대한 회신)이었음을 알 수 있다. (다) 경락대금완납증명원에 의하면 쟁점부동산 낙찰자인 이○○는 ○○법원 ○○지원 00○○ 00000호 부동산 임의경매 신청사건에서 낙찰허가를 받아 1998.12.22 경락대금을 완납하였으며, (라) 2001.07.04 처분청은 쟁점법인에게 1998년 2기분 부가가치세 33,159,620원을 고지하였으나, 쟁점법인이 체납하므로 이 건 부가가치세의 납세의무성립일 현재 쟁점법인 발행주식 64,020주 중 37,347주(58.3%)를 보유하여 과점주주에 해당하는 청구법인을 국세기본법 제39조 의 규정에 따라 쟁점법인의 제2차납세의무자로 지정하여 2001.08.11 청구법인에게 이 건 부가가치세를 납부할 것을 통지하였다.

(2) 판단 (가) 처분청은 1999.02.26 쟁점법인을 1998.06.30자로 소급하여 직권폐업 처리하였으나, 직권폐업 조치에 의한 사업자등록의 말소는 사업자의 지위에 변동을 가져오는 것은 아니고 실무상 신고대상자를 효율적으로 관리하기 우한 내부행정조치에 불과할 뿐(같은 뜻 대법87누 156,1988. 03. 08.), 실제폐업일로 하려던 것이 아니며, (나) ○○세무서장은 쟁점법인을 사업부진의 사유로 1999. 02. 18.직권폐업(폐업일 1998.06.30.)처리하였으나 ○○세무서장이 폐업일로 본 1998. 06. 30. 이후에도 쟁점법인은 계속하여 공장을 가동하고 있었음을 알 수 있는 바, ○○전력 ○○지점의 『전기사용량확인요청서에 대한 회신문』에 따르면 그 요금이 1998.07~1998.09까지 7,532천원(부가가치세 별도), 1998.10~1998.12까지 7,800천원(부가가치세별도)으로서 이 요금수준은 상당한 공장가동률에 대한 요금이었으므로 1998.07월~1998.12까지 정상가동수준으로 전력을 사용하고 있었다는 회신내용을 모두어 보면 쟁점법인은 1988.12월말까지는 사업을 영위하고 있었던 것으로 판단된다. (다) 쟁점법인이 해산이나 청산한 사실이 없어 법인실체가 존재하는 상황인 점 등을 종합해보면 처분청의 직권폐업조치와 관계없이 쟁점법인은 쟁점부동산이 경락되기까지는 사실상 폐업하였다고 보기 어려우므로 경락대금완납일인 1998.12.22을 폐업일로 보아 쟁점부동산의 경락으로 인한 소유권이전을 재화의 공급으로 보아 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 의 규정에 따라 안분계산된 금액을 과세표준으로 하여 이 사건 부가가치세를 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다. (라) 따라서 이 사건의 부가가치세 납세의무성립일 현재 쟁점법인 발행주식총수의 58.3%를 소유한 청구법인을 국세기본법 제39조 의 규정에 의한 출자자의 제2차 납세의무자로 지정하여 한 이 사건의 납부통지 또한 적법하며 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.