재경정한 것을 증액경정으로 보아 매입세액상당액 미공제분까지 다툴 수 있는지

[주문]

○○세무서장이 2001.07.16 청구법인에게 결정고지한 1998년 제2기분 부가가치세 19,353,650원의 부과처분은 2000년 제1기분 및 제2기분 부가가치세 경정청구에 대하여 부가가치세 699,550,670원의 환급을 거부통지한 처분은, 청구법인이 위 과세기간 중에 거래처의 대손금액을 변제하였다고 주장하는 금액(8,597,861,168원)이 실질적으로 변제되었는지를 구체적으로 재조사하여 그 결과에 따라 관련 부가가치세액 781,627,340원(1998년 제2기 82,076,678원, 2000년 제1기 83,995,739원, 2000년 제2기 615,554,923원)을 경정합니다. [이유]

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지(2001.09.29 같은시 ○○구 ○○동 ○○번지로 사업장이전) 소재에서 시외버스매표대행 및 백화점업을 영위하는 법인으로서, 위 사업장소재지에 백화점을 증축 중에 자금사정이 악화되어 청구법인이 발행하여 물품대금으로 거래처들에게 교부한 약속어음 24,770,679,393원을 결제하지 못하고 1997.12.22 부도처리 되었고, 거래처들은 위 어음채권의 부도확정으로 각각의 과세기간에 대한 부가가치세 확정신고시 2,251,870,865원(1998년 제1기분 426,544,568원, 1998년 제2기분 1,825,326,297원)을 대손세액공제를 받았으나, 청구법인은 이 대손세액상당액을 매입세액에서 차감하여 신고하지 아니하여 처분청이 1998년~1999년 기간동안 세차례에 걸쳐 2,477,057,940원(1998.12.10 469,199,020원, 1999.05.06 1,500,794,480원, 1999.12.08 507,064,440원)을 결정고지하였으며, 청구법인은 이 고지세액을 납부하였다. 청구법인은 부도발생 이후 거래처들에 대한 채무액 중 15,706,535,565원(1998년 1,784,238,980원, 1999년 2,654,353,974원 2000년 11,267,942,611원)을 변제하고 나머지는 탕감받았으나, 위 변제금액 중 위 어음채무와 관련된 금액에 대하여 부가가치세 신고시 매입세액에 가산하여 신고하지 아니하였다. 2001.04.17 청구법인은 경정청구기한이 경과하지 아니한 2000년 제1기 및 제2기 중에 변제한 금액 11,267,942,611원에 대하여 관련 매입세액을 각 과세기간별로 매입세액에 가산하여 1,024,358,370원(2000년 제1기 282,521,070원, 2000년 제2기 741,837,300원)의 환급을 요구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 경정청구에 대하여 직접 조사하지 아니하고 변제사실을 거래상대방에게 조회하여 회신받는 방법 등으로 확인된 금액에 대하여는 관련 매입세액을 공제하여 324,807,700원(2000년 제1기 198,525,330원, 2000년 제2기 126,282,370원)을 환급하였으나, 2001.07.16 환급신청액 중 699,550,670원에 대하여는 변제사실이 확인되지 아니한다는 이유로 환급을 거부통지하였고, 같은날 처분청은 1998년 제2기분 해당되는 거래상대방의 대손세액공제에 따른 과세자료(대손세액공제자료통보서)에 의하여 1998년 제2기분 부가가치세 19,353,650원을 청구법인에게 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.10.12 이의신청을 거쳐 2002.02.07 심사청구하였다.

① 청구법인은 1998년 제1기~1999년 제2기 기간동안에 대손변제한 금액에 대하여 경정청구기한이 경과되어 경정청구를 하지 못하였으나, 그 중에 1998년 제2기분에 대하여는 처분청이 2001.07.16 부가가치세 19,353,650원을 청구법인에게 증액경정처분을 하였는 바, 이 증액부분 뿐만 아니라 당초결정분에 대하여도 처분의 하자를 주장할 수 있어 불복청구의 대상에 해당되므로 1998년 제2기분 변제금액(902,803,466원)의 관련세액 82,076,670원을 본안 심리대상으로 보아 변제금액에 대한 관련 매입세액을 환급하여야 한다.

② 사업자가 재화 또는 용역을 공급받고 그 대금을 어음으로 수차에 걸쳐 지급하고 그 어음중 일부를 변제한 경우 그 변제한 어음이 특정거래에 대한 대가임이 확인되는 때에는 당해 거래대금의 변제로 보는 것이나, 그 변제받은 어음이 특정거래에 대한 대가임이 확인되지 않는 경우에는 매입채무를 발생순서대로 변제한 것으로 보아야 함에도 2000년 제1기와 2000년 제2기 중에 변제한 금액(11,267,942,611원)에 대하여 처분청이 거래상대방에게 부도어음과 기타 매출채권 중 어느 부분이 변제되었는지를 조회한 후 거래상대방이 해당세액의 과세되는 것을 우려하여 기타 매출채권이 회수된 것이라고 회신한 내용만 믿고 이 건 부가가치세의 환급을 거부통지한 처분은 부당하다.

① 처분청이 2001.07.16 1998년 제2기분 부가가치세 19,353,650원을 경정고지한 것은 청구외 (주)A상사 외 3개 거래처의 대손세액상당액을 청구법인이 매입세액에서 차감하고 신고하지 아니하여 경정결정한 것으로 이들 4개 거래처에 한정된 결정이므로 청구법인이 위 처분을 1998년 제2기 중에 대손변제한 금액의 관련세액 82,076,670원을 신고하지 아니한 것의 증액경정처분이라는 주장은 받아들일 수 없고, 부가가치세 신고기한 뿐만 아니라 경정청구기한이 경과되었으므로 1998년 제2기분에 대하여는 불복청구기한이 경과한 부적법한 청구에 해당된다.

② 청구법인이 경정청구시 제출한 증빙서류는 대부분 입금표 외에 구체적인 증빙서류를 제시하지 아니하였고, 관련 거래처가 많을 뿐만 아니라 사업장소재지가 여러군데로 광범위하여 처분청 단독으로는 확인이 불가능하여 거래상대방에게 변제사실을 조회한 후 그 회신내용에 따라 이 사실이 확인된 금액에 대하여만 환급결정한 것으로서, 당초처분은 정당하며, 다만, 청구법인이 거래상대방에게 변제하였다는 변제금액과 거래상대방의 청구법인에 대한 총매출채권 및 채권발생 순서 등에 대한 청구법인의 주장은 거래상대방에 대한 현지확인이 필요하다.

• 가. 쟁점

① 처분청이 2001.07.16 1998년 제2기분 부가가치세 19,353,650원을 경정고지한 것을 증액경정처분으로 보아 당해 과세기간에 대손금액을 변제하고 신고하지 아니하여 관련 매입세액상당액을 공제받지 않은 것까지 다툴 수 있는지 여부와,

② 경정청구에 대하여 거래상대방에게 조회하는 방법으로 간접조사하여 대손금액이 변제되지 아니한 것으로 보아 환급을 거부통지한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조의2 (대손세액공제) 제1항에서사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급을 받는 자의 파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 당해 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금 기타 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액(이하 "대손세액"이라 한다)을 그 대손의 확정이 된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 차감할 수 있다. 다만, 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 가산한다. 대손세액=대손금액의×110분의10이라고 규정하고, 같은조 제3항에는제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 재화 또는 용역의 공급을 받은 사업자가 대손세액의 전부 또는 일부를 제17조의 규정에 의하여 매입세액으로 공제받은 경우로서 공급자의 대손이 당해 공급을 받은 사업자의 폐업전에 확정되는 때에는 관련 대손세액 상당액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매입세액에서 차감한다. 다만, 당해사업자가 이를 차감하지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 공급을 받은 자의 관할 세무서장이 경정하여야 한다고 규정하고 있고, 같은조 제5항에서는제3항의 규정에 의하여 매입세액을 차감(관할세무서장이 경정한 경우를 포함한다)한 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 변제한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 변제한 대손금액에 관련된 대손세액을 변제한 날이 속하는 과세기간의 매입세액에 가산한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제63조의2(대손세액공제의 범위) 제4항에서법 제17조의2 제1항의 규정에 의하여 대손세액공제를 받고자 하거나 법 제17조의2 제5항의 규정에 의하여 대손세액을 매입세액에 가산하고자 하는 사업자는 제65조 제1항 제1호의 규정에 의한 부가가치세확정신고서에 재정경제부령이 정하는 대손세액(변제)신고서와 대손사실 또는 변제사실을 증명하는 서류를 첨부하여 관할세무서장에 제출하여야 한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구법인의 거래처들의 관할세무서로부터 통보받은 대손세액공제 자료통보서에 의하여 1999.05.06(1,500,794,480원) 및 1998.12.08(507,064,440원) 두차례에 걸쳐 1998년 제2기분 부가가치세 2,007,858,920원을 경정고지한 후 2001.07.16 추가로 통보받은 대손세액공제자료통보서에 의하여 1998년 제2기분 부가가치세 19,353,650원을 청구법인에게 재경정고지하였다. 청구법인은 위 재경정고지한 것을 증액경정처분으로 보아 경정청구 기한경과로 경정청구하지 못하였던 1998년 제2기 중에 대손변제한 902,803,466원의 관련 부가가치세 82,076,670원을 환급하여야 한다는 주장으로 이의신청하였으나, 처분청이 이를 증액경정처분으로 보지 아니하고 청구외 (주)A상사 외 3개 거래처의 대손세액상당액을 청구법인이 매입세액에서 차감하고 신고하지 아니하여 경정결정한 것으로 이들 4개 거래처에 한정된 결정으로 보아 이를 부적법한 청구로 각하결정하였으므로 이에 대하여 살펴보면, 과세관청이 과세처분을 한 뒤에 과세표준과 세액에 오류 또는 탈루가 있음을 발견하여 이를 경정하는 처분을 한 경우에 그것이 증액경정인 때에는 처음의 과세처분은 뒤의 경정처분의 일부로 흡수되어 그 독립된 존재가치가 이미 상실·소멸되는 것으로 보아야 하므로 처음의 과세처분이 불복기간의 경과나 전심절차의 종결로 이미 확정된 뒤에 증액경정처분을 한 경우에도 당사자는 결정처분에 대한 소송절차에서 이미 확정된 처음의 과세처분에 의하여 결정(신고확정 부분포함)된 과세표준과 세액에 대하여도 그 위법 여부를 다툴 수 있는 것인 바(대법 97누16329, 1998.05.28 외 다수), 청구법인은 1998년 제2기분 부가가치세를 정상적으로 신고하였고, 처분청이 당초 신고에 의하여 확정되었던 과세표준과 세액을 2차례에 걸쳐 경정고지한 후 2001.07.16 재차 총결정세액을 증액경정하여 추가로 1998년 제2기분 부가가치세 19,353,650원을 경정고지한 이 건의 경우 위 과세기간에 청구법인이 변제금액의 관련세액을 매입세액에 가산하여 신고하지 아니한 부분도 증액된 경정처분에 흡수된 것으로 보아야 할 것이므로 증액경정고지서를 받은 날로부터 90일 이내에 불복청구를 제기하였으므로 적법한 청구로 당초처분을 포함한 총액이 본안 심리대상이라 할 것이다. 그렇지만, 청구법인이 1998년 제2기 중에 거래처의 대손금액(902,803,466원)을 변제하였다는 사실에 대하여 처분청이 본안 심리대상이 아니라고 판단하여 이에 대하여 사실조사를 아니하였고, 이 건 심사청구시 제시한 증빙서류만으로는 변제사실을 인정하기 어려우므로 처분청이 관련 장부 등을 구체적으로 재조사하여 그 결과에 따라 결정하여야 할 것이다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 첫째, 부가가치세 사무처리규정 제87조 제2항에과세표준 및 세액에 관한 경정 등의 청구가 있는 경우 세원관리과장은 청구분에 대한 증빙서류, 거래상대방 신고내용 등을 검토하여 청구내용의 확인을 위해 현지확인이 필요한 경우에는 확인할 내용 등을 명시하여 조사과장에게 현지확인을 의뢰하고 그 결과를 통보받아 처리한다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 2001.04.17 청구법인이 부가가치세 2000년 제1기 및 제2기분 부가가치세 1,024,358,370원의 환급을 요구하는 경정청구서를 제출하였고, 청구법인이 제출한 증빙서류만으로는 11,267,942,611원의 변제금액을 인정하기 어렵고, 인정하는 경우에는 거래처들에게 동일한 세액이 과세되어야 하므로 청구법인의 장부 및 금융자료와 거래상대방의 신고여부 등에 대하여 사실조사가 필요함에도 경정청구서를 접수받은 처분청의 세원관리과장은 조사과에 현지확인을 의뢰하지 아니하고 164개 거래처에 조회하여 회신받는 방법으로 변제사실 여부를 확인하였으며, 거래상대방의 회신금액 1,908,265,557원, 거래처의 관할세무서로부터 통보받은 대손세액변제자료통보서에 의하여 확인된 금액 1,664,619,352원 합계 3,572,884,909원의 관련세액 324,807,700원 만을 환급결정하였음이 조사서 등에 의하여 확인된다. 둘째, 사업자가 재화 또는 용역을 수차에 걸쳐 공급하고 그 대금을 어음으로 수차에 걸쳐 받고 그 어음 중 일부는 변제받은 경우 그 변제받은 어음이 특정거래에 대한 대가임이 확인되는 때에는 당해 거래대금의 회수로 보는 것이나, 그 변제받은 어음이 특정거래에 대한 대가임이 확인되지 않는 경우에는 매출채권을 발생순서대로 회수한 것으로 보는 것인 바(부가 46015-2113, 1998.09.21), 이 건의 경우 청구법인은 대손금액과 관련된 부도어음의 채무를 우선 변제하였다고 주장하는 반면에 대다수의 거래처들은 대손세액으로 공제받은 세액을 납부하여야 하는 것을 우려하여 부도어음 채권을 변제받은 것이 아니라 기타 채권을 우선 변제받은 것이라고 회신하고 있으므로 이에 대한 구체적인 사실조사없이 변제금액이 부도어음과 관련된 것인지 여부를 확정하기는 어렵다 할 것임에도 처분청이 이에 대하여 직접 현지확인 등을 통하여 부도어음 채권과 관련된 채권인지 또는 발생순서대로 회수한 것으로 보는 불분명한 채권에 해당되는지 여부를 구체적으로 조사하지 아니하고 결정한 것은 사실조사를 소홀히 한 것이라 할 것이다. 따라서, 청구법인은 부도처리(1997.12.22) 이후 법원으로부터 재산보전처분(1998.02.03)을 받았고, 화의개시결정(1998.10.19)을 받아 화의 진행 중인 법인으로서 채무의 변제사실을 허위로 신고하였다고는 보기 어렵고, 거래처의 회신내용과 같이 변제금액이 당해 부도어음과 관련된 채무인지가 이 건 심사청구시 제시한 증빙서류만으로는 이를 구분하기 어려우며, 처분청도 청구법인이 거래상대방에게 변제하였다는 변제금액 및 거래상대방의 청구법인에 대한 총매출채권 및 채권발생 순서 등의 확인은 청구법인과 거래상대방에 대한 현지확인의 필요성을 스스로 인정하고 있으므로 처분청이 이를 구체적으로 재조사하여 그 결과에 따라 결정하여야 할 것이다.

(3) 관련법령과 사실관계를 종합하여 판단하면, 처분청이 2001.07.16 청구인에게 결정고지한 1998년 제2기분 19,353,650원은 당초처분(부과처분, 신고확정)의 증액경정처분으로 보는 것이 타당하므로 청구법인이 주장하는 변제금액에 대하여도 본안 심리대상이라 할 것이고, 청구법인의 2000년 제1기분 및 제2기분 부가가치세에 대한 경정청구에 대하여 사실조사를 소홀히 하여 경정결정하였음이 인정되므로, 청구법인이 1998년 제2기, 2000년 제1기 및 제2기 중에 거래처의 대손금액을 변제하였다고 주장하는 금액에 대하여 처분청이 청구법인의 관련장부, 금융자료, 거래처의 관련장부 등을 구체적으로 재조사하여 그 결과에 따라 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조의2 / 부가가치세법시행령 제63조의2 /