공급시기를 수정한 수정세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

[이유]

청구인은 2001.07.24 청구외 (주)○○○○(이하 “청구외 법인” 이라 한다)로부터 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 399-31 번지 소재 ○○○○ 상가건물 212호(대지 47.68㎡, 건물 75.87㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 총분양가액 262,183,800원(분양대금 240,856,000원, 부가가치세 21,327,800원)으로 분양받아 계약을 체결하였고, 2001.08.23 개업연월일을 2001.07.30자로 하여 부동산임대업 사업자등록을 신청하였으며, 그 다음날인 2001.08.24 사업자등록증을 교부받은 사업자로서, 쟁점부동산의 취득에 따른 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서” 라 한다)를 청구외 법인으로부터 발행일자를 2001.07.31자로 교부받아 2001.08.25 매입세액상당액 21,327,800원(이하 “쟁점세액” 이라 한다)을 조기환급 신청하였다. 이에 대하여 처분청은 청구인이 조기환급 신청한 쟁점세액을 사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일 이내가 아닌 등록전매입세액으로 보아 2001.09.04 환급을 거부통지하였고, 청구인은 청구외 법인이 쟁점세금계산서 교부시 거래시기를 잘못기재 하였다 하여 청구외 법인으로부터 거래시기를 2001.08.15로 수정한 수정세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서” 라 한다)를 교부받아 2001.09.25 조기환급신청하였으나 처분청이 당초 등록전매입세액으로 환급거부한 사유를 들어 2001.11.06 다시 환급거부 통지하였다 청구인은 이에 불복하여 2001.12.26 심사청구하였다.

청구인이 당초 교부받은 쟁점세금계산서는 청구외 법인이 거래시기를 잘못 판단하여 발행한 것이므로 청구외 법인이 이를 알고 재화가 이용가능하게 되는 때를 거래시기로 하여 쟁점수정세금계산서를 재발행하여 청구인이 교부받은 것이므로 쟁점 수정세금계산서에 의한 쟁점세액을 환급하여야 한다.

이 건의 쟁점은 거래시기가 언제인가를 다툼에 있다 할 것인데 관련 규정에 의하면, 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때이나, 사업자가 거래시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 재화의 공급시기로 본다라고 규정하고 있으므로 당초 2001.07.31을 거래시기로 하여 발행된 쟁점세금계산서의 쟁점세액은 등록전 매입세액에 해당하므로 이를 환급거부 통지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 처분청의 환급거부통지 후 거래시기를 정정하여 교부받은 쟁점수정세금계산서를 착오에 의한 정당한 매입세금계산서로 보아 그 매입세액상당액을 환급경정할 수 있는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제5조 (등록) 제1항에서신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다고 규정하고 있고, 같은법 제9조(거래시기) 제1항에서「재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때」라고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서는사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제17조(납부세액) 제2항에서다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서, 그 제5호에제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다고 규정하고 있고, 같은법 제16조(세금계산서) 제1항에납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서" 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제59조(수정세금계산서) 에서「법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이에 대하여 사실관계를 살펴본다. 첫째, 청구인은 쟁점부동산을 분양받아 2001.07.24 청구외 법인과 분양계약을 체결하면서 계약금으로 210,496,000원을 지급하고, 잔금 51,687,800원은 입점지정일인 2001.08.20 지급하였음이 청구인과 청구외 법인간에 작성한 분양계약서 및 청구외 법인이 잔금을 지급받고 발행한 입금표 등에 의하여 확인된다. 둘째, 쟁점부동산은 2001.08.08 사용승인서를 득하였으며, 2001.08.09 청구외 법인 명의로 보존등기되었다가 2001.07.31을 매매원인으로 2001.08.20 청구인에게 소유권이전되었음이 쟁점부동산의 사용승인서, 등기부등본 및 소유권이전 등기신청서 등 관련서류에 의하여 알 수 있다. 셋째, 청구인은 쟁점부동산 소재지를 사업장으로, 개업연월일을 2001.07.30로 하여 2001.08.23 부동산임대업 사업자등록을 신청하였고, 그 다음날인 2001.08.24 사업자등록증을 교부받았음이 사업자등록신청서 및 사업자등록증에 의하여 확인된다.

(2) 위 관련법령과 사실관계를 종합하여 살펴본다. 청구인은 청구외 법인과 2001.07.24 분양계약을 체결하였고, 청구외 법인이 2001.08.08 건물준공에 따른 사용승인을 득하였으며, 2001.08.20 잔금청산과 소유권이전한 것이 확인되므로 그 거래시기를 잔금청산일인 2001.08.20로 보는 것이 타당함에도 청구인이 조기에 환급을 받기 위하여 2001.08.23 사업자등록을 신청한 후 그 다음날 발급받아 청구외 법인에게 사업자등록번호를 제시하여 거래시기를 2001.07.31로 하여 쟁점세금계산서를 교부받아 그 다음날인 2001.08.25 조기환급신청한 바, 쟁점세금계산서는 청구인의 사업자등록번호가 기재되어 발행된 점으로 보아 그 거래시기는 2001.07.31이 아닌 것이 명백함에도 단지 조기환급을 받고자 그 거래시기를 2001.07.31로 소급기재한 것은 잘못 발행된 세금계산서라 할 것이므로 이에 따른 조기환급신청을 2001.08.25에 한 것도 잘못 신청한 것이라 할 것이다. 그렇다면, 쟁점수정세금계산서는 공급자가 단순히 거래시기의 착오에 의하여 잘못 발행한 당초의 세금계산서를 같은 과세기간내에 발행한 것이므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없을 뿐만 아니라 처분청에서 쟁점수정세금계산서를 경정할 것을 미리 알고 교부받은 세금계산서와 동일하게 보아 부적합한 세금계산서라 하여 관련 매입세액을 불공제함은 실제 거래사실이 확인되고 사실과 다른 세금계산서가 아닌 경우 부가가치세를 매입세액으로 공제하여 주는 부가가치세 과세제도의 취지에 부합되지 않는다 할 것이므로 처분청이 청구인의 쟁점수정세금계산서에 의한 환급신청을 거부한 처분은 잘못되었다고 판단된다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법 제5조 / 부가가치세법 제9조 / 부가가치세법 제16조 / 부가가치세법시행령 제59조 /