청구외법인은 건물의 신축공사와 관련하여 과세와 면세를 구분하여 세금계산서와 계산서를 교부하고 있고, 교부한 세금계산서는 총 도급금액 중 과세공급가액의 범위내의 금액으로서 적법한 세금계산서라 할 것이므로 전액 공제함이 타당함
청구외법인은 건물의 신축공사와 관련하여 과세와 면세를 구분하여 세금계산서와 계산서를 교부하고 있고, 교부한 세금계산서는 총 도급금액 중 과세공급가액의 범위내의 금액으로서 적법한 세금계산서라 할 것이므로 전액 공제함이 타당함
○○세무서장이 2001.6.1. 청구법인의 2001년 제1기 예정분 부가가치세 환급신청세액 16,500,000원 중 16,094,410원을 공제부인한 처분은, 이를 전액 공제하는 것으로 하여 환급세액을 경정합니다.
청구법인은 주택신축판매업을 영위하는 법인으로 2001.3.17. 청구외 ○○산업개발(주)(이하 "청구외 법인"이라 한다)와 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 7필지상의 대지 815.93㎡에 지하1층, 지상14층의 주상복합건물 6,905.587㎡(국민주택건물 6,123.4876㎡, 상가건물 782.0994㎡이며, 이하 "쟁점건물"이라 한다)를 신축하기로도급계약을 체결하고 2001년 제1기 예정분 부가가치세 신고시 쟁점건물의 신축공사와 관련하여 청구외 법인으로부터 165,000,000원의 매입세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)와 101,750,000원의 계산서를 교부받아 그 중 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 전액 공제하여 부가가치세 16,500,000원을 환급신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 과세사업과 면세사업에 공통되는 매입세액으로 보아 쟁점건물의 국민주택예정면적과 상가예정면적에 의하여 과세분과 면세분의 매입세액을 안분계산하여 2001.6.1. 쟁점세금계산서에 대한 매입세액 중16,094,410원을 공제부인하고 405,590원을 환급하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.8.3. 이의신청을 거쳐 2001.12.11. 심사청구하였다.
청구외 법인은 면세인 국민주택건설용역에 대하여는 계산서를 발행하고 과세인 상가건설용역에 대하여는 세금계산서를 발행하고 있는 바, 쟁점세금계산서에 대한 매입세액은 과세인 상가건설용역에 대한 것이므로 이를 공통매입세액으로 보아 안분계산하는 것은 부당하다.
청구법인이 청구외 법인으로부터 교부받은 세금계산서와 계산서의 공사내역을 살펴보면 지상건물 철거공사, 기초 터파기(정지)공사, 가설공사, 기초 및 지하1층 골조공사 등으로 과세·면세가 혼재되어 있고, 쟁점건물의 용도 또한 지하층은 근린생활시설과 기계실 및 전기실이고, 지상1층은 근린생활시설과 공동주택 및 주차장 등으로 과세·면세의 귀속이 불분명하므로 쟁점건물의 신축관련 매입세액은 공통매입세액에 해당하는 바, 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 과세와 면세예정사용면적에 의해 안분계산한 처분은 정당하다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액』이라고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】제1항 및 제4항에서 『① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다.다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × ────────── 총공급가액
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율』이라고 규정하고 있으며 같은 법 제9조【거래시기】제2항 및 제3항에서 『② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.
③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다』고 규정하고 있다.
(1) 청구법인은 쟁점건물의 신축공사와 관련하여 2001.3.17. 청구외 법인과 5,600,000,000원과[과세공급가액은635,040,000원(11.34%)이고 면세공급가액은 4,964,960,000원(88.66%)임, 당초 부가가치세를 포함하여5,013,580,000원으로 공사도급계약을 체결하였으나 추후 변경되었음]의 공사도급계약을 체결하였음이 청구법인이 제시한 건축공사표준계약서에 의해 확인된다.
(2) 쟁점건물의 건축허가서에 의하면 쟁점건물은 지하1층, 지상14층의 주상복합건물(지하1층부터 지상2층까지는 상가건물이고지상3층부터 지상14층까지는 국민주택규모의 아파트임)로 총예정면적 6,905.587㎡ 중 국민주택예정면적은6,123.4876㎡(약 88.67%)이고 상가예정면적은 782.0994㎡(약 11.33%)임이 확인된다.
(3) 청구법인은 2001년 제1기 예정분 부가가치세 신고시 청구외 법인으로부터 쟁점건물의 신축공사와 관련하여165,000,000원(쟁점세금계산서임)의 매입세금계산서와 101,750,000원의 계산서를 교부받아 그 중 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 전부 과세사업(상가)과 관련된 매입세액으로 보아 전액 공제하여 부가가치세를 환급신고하였음이 청구법인이 제시한 세금계산서와 계산서 및 부가가치세 신고서에 의해 확인된다.
(4) 처분청은 쟁점세금계산서와 계산서가 지상건물 철거공사, 기초 터파기(정지)공사, 가설공사, 기초 및 지하1층 골조공사 등과관련된 것으로 과세와 면세거래가 혼재되어 있고, 쟁점건물 또한 주상복합건물로 과세와 면세의 귀속이 불분명한데도 청구외 법인이 합리적인 기준없이 자의적이고도 임의적으로 과세분과 면세분을 구분하여 세금계산서와 계산서를 교부하였다하여 쟁점세금계산서에 대한매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분계산하여 청구법인의 환급신청을 배제하였음이 조사복명서에 의해 확인된다.
(5) 한편 청구외 법인이 심리일 현재까지 청구법인에게 교부한 세금계산서와 계산서의 내역은 아래【표】와 같음이 청구법인이 제시한 세금계산서와 계산서에 의해 확인된다. 세금계산서와 계산서 교부 내역 【표】 (단위: 원) 세금계산서 교부 내역 계산서 교부 내역 일자 금액 일자 금액 2001.03.30. 165,000,000(61.85%) 2001.03.31. 101,750,000(31.85%) 2001.06.30. 334,321,939 2001.06.30. 201,650,000 2001.09.30. 60,000,000 2001.09.30. 524,000,000
• - 2001.12.31. 1,010,000,000 계 559,321,939(23.33%) 계 1,837,400,000(76.67%)
(6) 살피건대, 건설업을 영위하는 사업자가 상가와 국민주택신축을 일괄도급받아 건설용역을 제공하는 경우 국민주택건설용역에 대하여는 부가가치세가 면제되므로 동 국민주택건설용역에 대하여는 계산서를 발행하여야 하고 상가건설용역에 대하여는 세금계산서를 발행하여야 하며, 상가건설용역에 해당하는 세금계산서를 공급시기 이전에 교부하는 경우 동 세금계산서를 교부한날이 과세분 상가의 건설용역에 대한 공급시기라 할 것인 바, 비록 청구외 법인이 발행한 세금계산서와 계산서의 발행 비율(61.85%: 31.85%)이 쟁점건물의 과세분 면적과 면세분면적의 비율(11.33%: 88.67%)과 일치하지 않고 있다 하더라도 청구외 법인은 쟁점건물의 신축공사와 관련하여 과세와 면세를 구분하여 세금계산서와 계산서를 교부하고 있고, 청구외 법인이 청구법인에게 교부한 쟁점세금계산서는 총도급금액 중 과세공급가액인 635,040,000원의 범위내의 금액인 것으로 쟁점세금계산서는 공급시기 이전에 교부된 적법한 세금계산서라 할 것(국심98중1823, 1999.5.14. 같은 뜻임)이므로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액은 전액 공제하는 것이 타당하다고 판단된다. 또한 처분청의 이 건 과세논리대로 청구법인이 매 과세기간마다 청구외 법인으로부터 교부받은 세금계산서에 대한 매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분계산할 경우 청구외 법인은 총도급금액 중 과세분 면적비율에 해당하는 635,040,000원의 범위 내에서만 세금계산서를 발행할 것이므로 처분청의 안분계산에 의해 공제부인된 금액만큼 청구법인은 환급을 받지 못하는 문제가 발생하게 되고, 위【표】에서와 같이 세금계산서를 발행하지 않고 계산서만 발행한 2001년 제2기 확정분에 대하여는 오히려 과세분 면적비율만큼 세금계산서 발행금액을 다시 계산하여 매입세액을 안분계산해야 하는 문제가 발생하게 되는 바, 청구외 법인이 총도급금액 중 과세분 면적비율에 해당하는 635,040,000원의 범위를 초과하여 세금계산서를 발행하지 않는 한 이에 대한 매입세액은 공통매입세액에 해당하지 아니하여 안분계산 대상이 되지 않는 것으로 보아야 할 것이다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.