직권폐업된 지 모르고 거래한 경우 매입세액 공제 가능 여부

○○세무서장이 2001.11.01. 청구법인에게 결정고지한 1999년 1기분 부가가치세 8,498,370원, 1999년 2기분 부가가치세 13,600,460원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 안료를 제조하는 업체로서 1999.1기~1999.2기에 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○상가 ○○번지에 소재한 청구외 ○○엔지니어링 유○○로부터 공급가액 134,039,500원(1999.1기 49,800,000원, 1999.2기 84,239,500원 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)의 세금계산서를 교부받아 매입세액공제 하였다.

○○국세청은 청구법인에 대한 서면분석결과 쟁점세금계산서는 폐업일(1997.03.21)이후의 거래분이라고 이를 처분청에 과세자료로 통보하였다. 이에 근거하여 처분청은 매입세액 불공제하여 2001.11.01. 청구법인에게 1999년 1기분 부가가치세 8,498,370원, 1999년 2기분 부가가치세 13,600,460원 합계 2건 22,098,830원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.11.30. 심사청구하였다.

청구법인은 청구외 유○○가 직권폐업 된 사실을 알 수 없고, 또한 실지거래하였음에도 이는 거래상대방의 귀책사유를 들어 부담한 매입세액을 공제 받지 아니함은 부당하다.

청구외 유○○는 여러차례 사업장을 이전하였고, 실지 사업장 존재사실이 불투명하므로 사업장관할세무서장으로부터 1997.03.21. 직권폐업처리 된 사람인바, 그러한 자로부터 폐업일 이후에 쟁점세금계산서를 교부받은 것은 사실과 다른세금계산서에 해당하므로 매입세액 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 거래상대방의 직권폐업일(1997.03.21)이후에 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제1항에서 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. (생략)』이라고 규정하고 있고, 같은 법 같은 조 제2항 제1의2에서 『제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다』고 규정하고 있다. 한편, 같은 법시행령 제60조 제2항 제2호에서 『법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서이 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 매입세액을 공제한다』고 규정하고 있다. (2) 부가가치세법 제5조 제5항 에서 『사업자가 폐업하거나 제1항의 단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장 관할세무서장은 지체없이 말소하여야 한다』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제12조 【등록말소】에서 『법 제5조 제5항의 규정에 의하여 등록을 말소하는 때에는 관할세무서장은 지체없이 등록증을 회수하여야 하며, 이를 회수할 수 없는 경우에는 등록말소의 사실을 공시하여야 한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인과 거래한 공급자인 청구외 유○○(○○엔지니어링)는 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에서 영업하던 중 1996.12.07. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○상가 ○호로 전입하여 사업장 관할세무서장으로부터 사업자등록증을 교부받아 영업을 영위하다가 1996.06.30.직권폐업(처리일자:1997.03.21)처리하였음이 폐업자상세조회서에 의하여 확인된다. (2)처분청은 청구법인에 대한 1999.01.01~1999.12.31사업연도 법인세 서면분석결과 직권폐업자인 청구외 유○○로부터 폐업 후 쟁점세금계산서를 교부받은 사실을 확인하여 이건 매입세액 불공제 하여 과세하였음이 부가가치세 결정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다. (3)청구법인은 청구외 유○○가 청구법인의 공장내 활성탄교체공사 등을 실시하고 쟁점공사를 시공하고 공사대금까지 지급하였다고 하면서 그 증빙으로 약속어음, 거래명세표, 입금증을 제시하므로 실지거래여부에 대하여 살펴보면. 첫째, 청구법인이 공사대금을 【표1】과 같이 약속어음으로 지급하였고, 위 약속어음을 청구외 유○○가 수령한 사실이 ○○은행 ○○지점, ○○은행 ○○지점 등에서 확인한 약속어음배서 내용에 의하여 확인된다. 【표1】 공사내역 및 공사대금 지급내역 (단위: 원) 거래내역 대금지급 내역 거래일자 품명 공급가액 지급일자 지급수단 공사대금 1999.04.08 활설탄처리장치보수 7,080,000 1999.04.16 약속어음 7,788,000 1999.05.14 여과사(규사) 3,200,000 1999.05.21 〃 3,520,000 1999.06.02 활성탄 7,000,000 1999.06.03 〃 7,700,000 1999.06.21 활성탄 16,520,000 1999.06.25 〃 18,172,000 1999.06.28 폐활성탄처리 7,500,000 1999.07.12 〃 8,250,000 1999.06.22 1차반응조 8,500,000 1999.07.12 〃 9,350,000 1999.07.23 폐기모래처리비 2,209,500 1999.08.12 〃 2,430,000 1999.07.12 정수용활성탄탑교체 27,000,000 1999.07.20 〃 29,700,000 1999.08.03 CARBON TANK 17,000,000 1999.09.13 〃 18,700,000 1999.09.18 활성탕교체공사 16,800,000 1999.09.20 〃 18,480,000 1999.10.11 〃 9,000,000 1999.10.18 〃 9,900,000 1999.11.20 〃 9,000,000 1999.11.25 〃 9,900,000 1999.11.24 마이크로 필터 750,000 1999.12.16 〃 825,000 1999.11.23 메타공사 2,480,000 1999.12.16 〃 2,728,000 총계 134,039,500 147,443,450 둘째, 청구법인이 청구외 유○○로부터 쟁취한 쟁점세금계산서 상 공급가액(부가가치세 포함)과 청구법인이 청구외 유○○에게 공사대금으로 지급한 어음발행금액이 일치하고, 위 어음을 결제한 ○○은행 ○○지점, ○○은행에서 확인한 어음배서내용과 거래명세표, 청구법인이 제출한 장부 등을 종합하여 볼 때 청구외 유○○가 쟁점공사를 실지 시공한 것으로 판단된다.

(4) 다음으로 ○○세무서장이 청구외 유○○에 대해 직권폐업처리한 것이 정당한지를 살펴본다. 전시한 법령에 의하면, 사업자의 등록을 말소하는 때에는 관할세무서장은 지체없이 등록증을 회수하거나 등록말소사실을 공시하여야 한다고 규정하고 있는 바, 당심에서 청구외 유○○의 사업장 관할세무서인 ○○세무서장에게 직권폐업과 관련된 서류(직권폐업조사서, 사업자등록증 회수여부)를 제출하도록 요구(심일46830-518,2001.12.27)하였으나, ○○세무서장은 보관중인 휴ㆍ폐업처리관계철에 수록되어 있지 않아 관련서류 제출이 불가능하다고 회신(세일46410-10006,2002. 01.03)하고 있고, 청구외 유○○ 사업장의 폐업일을 소급하여 적용하면서 사업자등록증을 회수하거나 등록말소사실을 공시하였는지 여부를 입증하지 모사고 있는 점으로 보아 그 처리의 정당성에 의문이 간다.

(5) 따라서, 청구법인이 청구외 유○○로부터 쟁점공사 공급을 받고 공사대금(공급가액 및 부가가치세)을 지급한 사실이 확인되는 실지거래로 확인되고 ○○세무서장의 청구외 유○○에 대한 직권폐업이 정당한지도 확인되지 아니하므로 청구외 유○○에게 부가가치세 및 소득세를 과세하는 것은 별론으로 하고 이건 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.