주차빌딩은 교직원과 학생, 병원의 직원과 내방객 모두를 주차대상으로 하고 있어 빌딩신축과 관련한 매입세액은 주차장사업과 병원의 의료사업에 모두 기여하는 공통매입세액에 해당하는 바, 안분계산하여 과세함이 타당함
주차빌딩은 교직원과 학생, 병원의 직원과 내방객 모두를 주차대상으로 하고 있어 빌딩신축과 관련한 매입세액은 주차장사업과 병원의 의료사업에 모두 기여하는 공통매입세액에 해당하는 바, 안분계산하여 과세함이 타당함
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.
청구법인은 비영리 학교법인으로 학교구내에 노천주차장을 설치하고 주차장수입에 대하여 부가가치세를 신고하여 오던 중 부족한 주차공간을 확보하기 위하여 옥상층 포함 지상 4층의 주차빌딩(이하 “쟁점주차빌딩”이라 한다)을 신축하고 2001년 제1기 예정분 부가가치세 신고시 쟁점주차빌딩의 신축과 관련한 매입세액 42,245,006원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 전액 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 쟁점매입세액이 과세사업인 청구법인의 주차장수입과 면세사업인 청구법인의 연구용역수입 및 청구법인과 동일한 공간에 위치한 ○○병원의 의료수입에 공통되는 매입세액이라 하여 과세수입과 면세수입의 합계액에서 면세수입이 차지하는 비율에 의해 면세관련 매입세액을 안분계산하여 2001.07.11. 2001년 제1기분 부가가치세 21,274,660원을 청구법인에게 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.08.10. 이의신청을 거쳐 2001.11.26. 심사청구하였다.
비영리 법인인 학교가 고유목적사업을 영위하기 위한 부대시설로써 교부받은 세금계산서상의 매입세액은 자기의 매출세액에서 전액 공제할 수 있는 것인 바, 쟁점주차빌딩의 신축과 관련한 공사비 전액을 청구법인이 부담하여 주차장을 운영하고 있으므로 ○○병원이 인접해 있다는 이유로 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분계산한 처분은 부당하다.
쟁점주차빌딩은 청구법인의 교직원과 학생, ○○병원의 직원과 내방객 모두를 주차대상으로 하고 있어 쟁점매입세액은 청구법인의 학교 및 주차장사업과 ○○병원의 의료사업에 모두 기여하는 공통매입세액에 해당하는 바, 당초 처분은 정당하다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액』이라고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 제1항에서 『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 하다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율레 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액 』이라고 규정하고 있으며 같은 법 시행규칙 제18조 2 【매입세액의 안분계산】 제1항에서 『영 제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며 “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다』고 규정하고 있다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. 첫째, 청구법인인 ○○대학교(000-00-00000)와 ○○병원(000-00-00000)은 (학)○○대학교(000-00-00000)의 지점법인으로 사업자등록이 되어 있다. 둘째, 청구법인은 비영리 학교법인으로 본관과 각 단과대학으로 구성되어 있고, 청구법인과 한 울타리 안에 공간적 구분없이 ○○병원이 위치하고 있으며, 이들은 동일한 출입구를 사용하고 있다. 셋째, 청구법인은 학교구내에 노천주차장을 설치하고 그 주차장수입에 대하여 부가가치세를 신고하여 오던 중 주차공간의 부족에 따라 청구법인의 부담으로 쟁점주차빌딩을 신축하였다. 넷째, 쟁점주차빌딩은 청구법인의 체육대학과 ○○병원의 사이에 위치하고 있고, 쟁점주차빌딩의 옥상층 출입구는 ○○병원으로 통행할 수 있도록 되어 있다. 다섯째, 청구법인은 학교 교직원 및 학생, ○○병원의 내방객 등을 상대로 동일한 출입구(주차요금 정산소)에서 아래 【표1】과 같이 주차요금을 징수하고 있다. 주차요금 징수내역 【표1】 구분 요금 적용 일반차량 14분까지는 무료이고 15분 초과시 매 15분당 300원 징수 교직원, 학생, 병원종사자, 거래업체 등 정기요금(월 5,000원에서 10,000원)을 적용(차량자동인식기 RF-TAG 배부) 병원이용자 및 학교 내방자 ㆍ병원이용자 중 외래환자는 당일 무료이고 입원환자는 보호자 1인에 한하여 퇴원시가지 무료 ㆍ학교내방자 중 관련 부서장의 확인을 받은 자는 무료 여섯째, 청구법인이 쟁점주차빌딩의 신축과 관련한 매입세액을 전액 공제되는 매입세액으로 하여 부가가치세를 신고한데 대하여 처분청은 쟁점매입세액을 과세사업과 면세사업에 공통되는 매입세액으로 보아 아래 【표2】와 같이 매입세액을 안분계산하여 이 건의 부가가치세를 과세하였다. 2001년 제1기 예정분 안분계산 내역 【표2】 (단위: 천원) 매입세액
○○병원 의료수입(면세) 청구법인 연구용역수입(면세) 청구법인 주차장수입(과세) 42,245 16,284,708 974,598 217,573 면세관련 매입세액 = 42,245 × 17,261,306 =41,719 17,478,879
(2) 상기의 사실과 관련법령을 종합하여 심리판단한다. 첫째, 쟁점주차빌딩은 청구법인의 학교 및 주차장사업과 ○○병원의 의료사업 모두에 관련이 있는 시설이고, 청구법인과 ○○병원은 한 울타리안에 있으며, 주차장이용객 중 학교와 병원에 관계된 것으로 확인되는 경우에는 일정한 시간 무료주차를 허용하고 있는 것으로 보아 쟁점주차빌딩의 신축관련 매입세액을 과세사업인 주차장사업에만 관련된 매입세액으로는 볼 수 없다고 판단(대법원 99두11615, 2001.07.13. 같은 뜻임)된다. 둘째, 또한 쟁점매입세액은 과세사업과 면세사업에 공통되는 매입세액에 해당되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하므로, 면세사업에 관련된 매입세액은 청구법인의 과세사업인 주차장수입과 면세사업인 연구용역수입ㆍ고유목적사업수입 및 ○○병원의 의료수입의 합계액을 총공급가액으로 하고, 청구법인의 연구용역수입과 고유목적사업수입 및 ○○병원의 의료수입의 합계액을 면세공급가액으로 하여 안분계산하는 것이 타당하다고 판단(부가46015-4921, 1999.12.14. 같은 뜻임)된다. 다만, 위의 산식에 의하여 안분계산할 경우 처분청의 이 건 안분계산에 의한 면세관련 매입세액보다도 위의 산식에 의한 면세관련 매입세액이 증가하게 되어 청구법인에게는 불이익한 결정이 되므로 이 건 심사청구는 기각하는 것이 타당하다고 판단된다.
- 라. 결론 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.