부가가치세를 수정신고 후 무납부자에 대한 수정신고 가산세의 경감 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 제사공정에서 사용되는 필터 제조업을 영위하다가 2001.01.26일자로 최종 부도처리된 법인으로서, 2000년도 제2기분 부가가치세 신고기한인 2001.01.26(2001.01.25이 공휴일이므로 그 다음날인 2001.01.26이 신고기한임)에매출ㆍ매입금액을 각각 “0”원으로 하여 신고하고, 2001.03.19.에는 매출금액을 704,551,681원, 매입금액을 534,876,559원, 차가감 납부할 세액을 8,041,215원으로 하여 수정신고하고도 동 부가가치세를 자진납부하지 않았으며, 결손사업연도인 2000.01.01.～2000.12.31. 사업연도(이하 “2000사업연도”라고 한다) ‘소급공제 법인세액 환급신청서’를 법정신고기한(2001.03.31.) 이후인 2001.04.09.에 제출하면서 법인세 25,914,398원을 환급신청하였다. 처분청은, 청구법인이 부가가치세 수정신고서만 제출하고 부가가치세를 납부하지 않았다고 하여 수정신고에 따른 가산세를 경감하지 아니하고 2001.5.16. 청구법인에게 2000년 제2기분 부가가치세 34,080,190원을 결정고지하는 한편, 2000사업연도 ‘소급공제 법인세액 환급신청서’를 법정신고기한 이후에 제출하였다고 하여 법인세를 환급하지 않았다. 청구인은 이에 불복하여 2001.06.27. 이의신청을 거쳐 2001.11.14. 심사청구하였다.

• 가. 청구법인은 부도발생으로 인한 종업원의 동요 등으로 2000년 제2기분 부가가치세를 정상적으로 신고할 수 없어 신고기한인 2001.01.26.에 매입ㆍ매출을 각각 “0”으로 하여 신고한 후 처분청에 수정신고를 약속하고서 2001.03.19. 이 건 수정신고서를 제출하였던 것으로 청구법인은 세무조사가 언제 실시되었는지 알지 못하였고, 수정신고서가 법정신고기한 경과 후 6개월 이내에 제출되었으므로 신고불성실가산세 등 수정신고에 따른 가산세 17,733,496원을 경감하여야 하고,
• 나. 2000사업연도 ‘소급공제 법인세액 환급신청서’가 법정신고기한 이후에 제출되었다는 이유만으로 법인세를 환급하여 주지 않음은 부당하다.

• 가. 청구법인은, 처분청이 세무조사에 착수(2001.3.12)한 것을 알고 2001.3.19에서야 2000년 제2기분 부가가치세수정신고서를 제출하였고, 가산세 경감규정은 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세에 국한되는 것이며, 수정신고에 따른부가가치세를 추가자진납부하지 않았으므로 수정신고로 인한 가산세의 경감혜택을 받을 수없고,
• 나. 소급공제 법인세액 환급신청서를 법정신고기한 이후에 제출한 경우에는 법인세를 환급할 수 없다.

• 가. 쟁점

① 부가치세 수정신고 무납부자에 대해서도 수정신고에 따른 가산세를 경감할 수 있는지 여부 및

② ‘소급공제 법인세액 환급신청서’가 법정신고기한 이후에 제출된 경우에도 법인세를 환급할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 쟁점①에 대하여

(1) 관련법령 (가) 국세기본법 제49조 【수정신고에 의한 감면】에는 『관할세무서장은 제45조의 규정에 의하여 과세표준수정신고서를 법정신고기한 경과후 6월 이내에 제출한 자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우에는 그러하지 아니하다.』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제29조 【수정신고에 의한 가산세의 면제】 제2항에는 『법 제49조 단서에서 “경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우”라 함은 당해 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우를 말한다.』라고 규정하고 있다. (나) 국세기본법 제46조 【추가자진납부】 제1항에는 『세법에 의하여 과세표준신고액에 상당하는 세액을 자진납부하는 국세에 관하여 제45조에 규정하는 과세표준수정신고서를 제출하는 납세자는 이미 납부한 세액이 과세표준수정신고액에 상당하는 세액에 미달한 때에는그 부족액과 세법이 정하는 가산세를 과세표준 수정신고서의 제출과 동시에 추가하여 납부하여야 한다.』라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『제1항의 규정에 의하여 국세를 추가하여 납부하여야 할 자가 이를 납부하지 아니한 때에는 제49조의 규정을 적용하지 아니한다.』라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인은 2000년도 제2기분 부가가치세 수정신고서를 2001.03.19. 제출하고도 부가가치세를 추가자진납부하지 않았고, 처분청은 수정신고 무납부자인 청구법인에게 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감하지 아니하고 이 건 부가가치세를 과세였음이 처분청의 결정결의서 및 조사종결복명서에 의해 확인된다. (나) 2001.01.26일자로 최종 부도처리된 청구법인에 대하여, 처분청은 2001.03.12. 세무조사 착수하여 2001.3.17.까지 6일간 세무조사하였음이 조사계획서 및 부도법인 긴급조사 종결보고서에 의해 확인된다. (다) 청구법인은 법정신고기한 경과후 6개월 이내에 수정신고하였으므로 신고불성실가산세 등을 50% 경감하여야 한다고 주장하나, 전시한 관련법령(국세기본법 제46조 제2항)에서 살펴본 바와 같이 ‘수정신고에 따른 세액을 추가자진납부하지 아니한 때에는 수정신고에 의한 가산세를 경감하지 아니한다’고 규정하고 있는 바, 처분청이 수정신고 무납부자인 청구법인에게 가산세를 경감하지 아니하고 이 건 부가가치세를 과세한데는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 다. 쟁점②에 대하여

(1) 관련법령 (가) 법인세법 제72조 【결손금 소급공제에 의한 환급】 제1항에는 『제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.』라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.』라고 규정하고 있다. (나) 법인세법 시행령 제110조 【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】 제3항에는 『법 제72조 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 개정경제부령이 정하는 소급공제 법인세액 환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.』라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인이 2000사업연도 ‘소급공제 법인세액환급신청서’를 법정신고기한(2001.03.31)이 지난 2001.04.09.에 제출하였음에는 청구법인과 처분청 사이에 다툼은 없다. (나) 청구법인은 ‘소급공제 법인세액환급신청서’가 법정신고기한 이후에 제출되었다 하더라도 법인세를 소급공제 환급하여야 한다고 주장하나, 전시한 관련법령(법인세법 시행령 제110조 제3항)에서 살펴본 바와 같이 ‘결손금 소급공제에 의한 환급을 받고자 하는 법인은 법정신고기한 내에 소급공제 법인세액 환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있고, 법정신고기한 내에 ‘소급공제 법인세액 환급신청서’를 제출하지 아니한 경우의 결손금은 법인세법 시행령 제10조 의 규정에 따라 이월결손금으로 공제하는 것이고 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의한 경정 등의 청구에 의하여 소급공제하지 아니하는 것(법인세법 기본통칙72-110...2, 국세청 법인46012-377호,1999.01.29외 다수 같은 뜻임)이므로 처분청이 법인세 환급을 거부한데는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.