사업의 포괄양도에 해당하여 부가가치세가 취소되어야 하는지 여부

○○세무서장이 2001. 07. 01. 청구인에게 경정고지한 2000년 제2기분 부가가치세 20,494,620원은 이를 취소합니다.

청구인은 2000. 05. 01. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지(이하“쟁점사업장”이라한다)에 ○○약국이라는 상호로 사업자등록하여 2000. 08. 10. 폐업신고 하고, 2000. 08. 04. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩 ○호에서 조제전문약국인 ○○약국을 개업하여 현재 운영중이며, 쟁점사업장에 대한 2000년 제1기분 부가가치세확정신고시 환급신청하여 부가가치세 13,333,980원을 환급받았다. 처분청은 청구인이 쟁점사업장의 2000년 제1기 부가가치세 13,333,980원을 환급받은 후 폐업시 잔존재화에 대해 부가가치세 신고를 누락한 것으로 보아, 부가가치세 매입액 133,339,850원에 매매총이익률(123.11%)을 적용한 164,154,000원을 부가가치세 경정과세표준으로 하여, 2001. 07. 01. 2000년 제2기분 부가가치세 20,494,620원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001. 09. 25. 심사청구하였다.

쟁점사업장에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 청구외 이○○에게 양도하였음이 사업양도ㆍ양수계약서 및 청구외 이○○의 상품원장 등에 의해 확인되므로, 폐업시 잔존재화로 보아 과세한 당초처분은 부당하다.

청구인이 청구외 이○○에게 쟁점사업장에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계한 것으로 볼 수 있는 객관적인 증빙서류가 없으므로, 부가가치세법 제6조 제4항 에 의한 폐업시 잔존재화로 보아 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 사업의 양도로 보지 않고 폐업시 잔존재화에 대하여 부가가치세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】 제4항에서 『사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 경우에 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.』고 규정되어 있고, 제6항에는 『다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.』고 규정하면서, 제2호에서 『사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.』고 규정되어 있다. 같은법시행령 제17조 【담보제공ㆍ사업양도 및 조세의 물납】 제2항에서 『법 제6조 제6항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장 안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함하되, 일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.』고 규정하고 있으며, 제1호에서 『미수금에 관한 것』, 제2호에서 『미지급금에 관한 것』, 제3호에서 『당해 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것』을 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2001. 07. 17. ○○지방국세청장으로부터 사업자등록 직후 환급신청하고 단기폐업한 청구인 등에 대한 부당환급혐의자 처리 지시공문을 받아 쟁점사업장의 폐업시 재고재화에 대해 부가가치세를 과세하였으나, 청구인은 병원 인근에서 조제전문약국을 운영하고자 ○○시 ○○동에서 ○○약국을 운영하는 청구외 이○○에게 쟁점사업장에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 청구외 이○○에게 양도하였다고 하면서 사업양도ㆍ양수계약서 및 상품원장 등을 거증서류로 제시하고 있다.

(2) 청구인은 2000. 05. 01. 일반과세자인 ○○약국을 개업하여 운영하다가 2000. 08. 10. 폐업신고한 후, 2000. 08. 04. ○○도 ○○시 ○○동에 조제전문약국인 ○○약국을 신규로 개업하여 현재 운영중이며, 청구외 이○○은 1999. 01. 25. ○○시 ○○구 ○○동에서 일반과세자인 ○○약국을 개업하여 운영하다가 2000. 08. 12. 상호를 ○○약국으로 변경하여 쟁점사업장을 사업장을 이전한 사실이 국세통합전산망의 사업자기본사항조회에 의하여 확인된다.

(3) 청구인이 2000년 과세연도 종합소득세 과세표준 및 세액신고시 제출한 쟁점사업장의 대차대조표에 의약품 재고자산이 218,481천원으로 기장되어 있고, 청구외 이○○도 동 금액을 재고상품 매입액으로 기장하였을 뿐만 아니라 쟁점사업장의 사업양도ㆍ양수일(2000. 08. 10.) 속하는 2000. 07. 01~2000. 09. 30. 기간중에 상품(의약품)을 전혀 매입하지 않은 것으로 청구외 이○○의 상품원장 및 국세통합전산망의 세금계산서제출조회에 의해 확인된다.

(4) 청구인은 2000. 08. 10. 쟁점사업장의 의약품 재고(218,481천원) 및 진열장 등 집기ㆍ전화가입권(500천원)과, 제약회사에 대한 미지급금(약 2억원) 등 권리와 의무를 청구외 이○○에게 양도하였다고 하면서 사업양도ㆍ양수계약서를 제시하고 있으며, 청구외 이○○도 쟁점사업장의 재고상품을 그대로 인수하는 대신에 제약회사 등 약품매입처의 미지급금을 변제하는 조건으로 쟁점사업장을 양수하였다고 유선으로 확인하고 있다.

(5) 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도란 사업자가 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우는 제외)을 말하는바, 이건의 경우 사업(약국)의 동일성을 유지하면서 경영주체만이 청구인에서 청구외 이○○으로 교체된 사업의 양도에 해당되는 것으로 인정되므로, 처분청에서 청구인이 쟁점사업장의 폐업시 잔존재화에 대하여 부가가치세를 신고하지 않았다 하여 부가가치세를 과세한 당초처분은 취소함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.