부동산의 일부를 주택으로 보아 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 주택신축판매업자로 1996. 11. 04. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 175.60㎡에 3층 건물(1층 소매점 99.08㎡, 2층 주택 92.18㎡, 3층 주택 82.77㎡, 이하“쟁점부동산”이라한다)을 신축하여 1996. 12. 20. 청구외 박○○에게 매매대금 120,000,000원에 양도하였다. 처분청은 청구인이 쟁점부동산 중 1층 소매점 99.08㎡(이하“쟁점①부동산”이라한다)에 대한 부가가치세 신고를 누락한 것으로 보아, 쟁점부동산 양도가액 120,000,000원을 지방세 시가표준액으로 안분한 26,859,969원을 부가가치세 과세표준으로 하여 2001. 07. 02 1996년 제2기분 부가가치세 3,223,190원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001. 07. 28. 이의신청을 거쳐 2001. 09. 14. 심사청구하였다.

공부상 쟁점①부동산의 용도가 공부상 소매점으로 되어있으나, 쟁점①부동산 중 49.54㎡(1/2)는 실지 주택으로 신축하여 양도하였으므로, 실질과세원칙에 따라 주택으로 보아 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다.

쟁점부동산의 건축허가신청서, 건축물관리대장 및 소유권이전등기신청서 부본상 쟁점①부동산의 용도가 주택이 아닌 소매점으로 등재되어 있을 뿐만 아니라, 쟁점①부동산 중 일부를 주택으로 볼 수 있는 구체적인 증빙서류가 없으므로, 위 부동산 전체를 소매점으로 보아 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점①부동산의 공부상 용도가 소매점이나 그 중 일부를 주택으로 보아 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 있는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제1조 【과세대상】 제1항에서 『부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.』고 규정하면서, 제1호 및 제2호에서 『재화 또는 용역의 공급 및 재화의 수입』을 규정하고 있다. 부가가치세법시행령(1996.04.27. 대통령령14988호로 개정) 제48조의2 【과세표준의 안분계산】 제3항에서 『사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 공부상 쟁점①부동산의 용도가 소매점으로 등재되어 있어 이를 부가가치세 과세대상으로 보아 쟁점부동산 양도가액 120,000,00원을 지방세 시가표준액으로 안분하여 과세하였으나, 청구인은 공부상 용도와는 달리 쟁점①부동산 중 49.54㎡(1/2)는 실지 주택으로 신축하였으므로, 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하면서도 쟁점①부동산 중 일부를 주택으로 볼 수 있는 매수자의 사실확인서 등 구체적인 입증자료는 제시하지 못하고, 다만 쟁점부동산 외부에서 촬영한 사실사본만 제출하였다. 쟁점부동산의 건축물사용승인신청서 및 사용승인서, 등기부등본, 건축물관리대장, 부동산매매계약서상 쟁점①부동산의 주용도가 소매점으로 등재되어 있고, 쟁점부동산을 매수한 청구외 박○○의 처는 1996. 11. 18. 부동산매매계약을 체결할 당시 쟁점①부동산의 경우 점포 2개와 거주할 수 있는 방 2개로 신축되어 임차인 2명에게 임대하였고, 임차인 중 한명은 ○○참기름집을, 나머지 한명은 생선가게를 쟁점①부동산에 거주하면서 운영 하였으나, 임대차계약 만료로 계약서를 보관하고 있지 않아 임차인에 대한 인적사항은 기억이 나지 않는다고 유선으로 확인하고 있는 반면에, 위 임차인들이 쟁점①부동산에 실지 거주하면서 가게를 운영하였는지, 아니면 다른 주택에 거주하면서 쟁점①부동산을 전부 점포로 사용하였는지 여부를 확인할 수 있는 임차인의 사실확인서 및 주민등록등ㆍ초본 등 구체적인 입증서류가 없어 쟁점①부동산 중 49.54㎡를 주택으로 보기는 어렵다고 판단되는 이건의 경우, 공부상 용도를 기준으로 쟁점①부동산을 부가가치세 과세대상으로 보아 부가가치세를 과세한 처분청에 달리 잘못이 없다고 하겠다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.