직원계좌의 입금액을 무자료 매입으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2001. 01. 09 청구인에게 경정고지한 부가가치세 1997년 제2기분 1,404,000원 및 1998년 제1기분 20,061,760원은, 이를 취소합니다.

○○지방국세청장은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에 본점을 둔 청구외 ○○공업(주)(이하“청구외법인”이라한다)에 대한 특별세무조사시 청구인이 1997. 12. 26.~1998. 11. 06.까지 청구외법인의 직원인 손○○의 ○○은행 ○○지점 계좌(000-00-00000)로 입금한 173,566,960원(이하“쟁점금액”이라 한다)을 청구외법인의 무자료 매출누락으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다. 처분청은 청구인이 청구외법인으로부터 세금계산서를 교부받지 않은 쟁점금액에 매출총이익율을 적용하여 환산한 203,073,343원을 매출누락으로 보아 2001. 01. 09. 부가가치세 1997년 제2기분 1,404,000원, 1998년 제1기분 20,061,760원, 1998년 제2기분 2,903,040원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001. 03. 09. 이의신청을 거쳐 2001. 07. 23. 심사청구하였다.

청구인은 1997년 07월부터 1998년 12월까지 484,513,480원(공급대가)의 재화를 청구외법인으로부터 실지매입하고 세금계산서를 교부받았으며, 그 매입대금은 청구외법인 명의 계좌로 314,686,460원 및 청구외법인의 직원 손○○ 계좌로 164,890,000원 등 합계 479,576,460원을 송금하여 매입대금 결제금액이 세금계산서 수취 금액보다 많지 아니함에도, ○○지방국세청장은 청구외법인의 직원 계좌로 입금된 쟁점금액에 대해 청구인에게는 진위여부도 확인하지 않고 청구외법인의 일방적인 진술만으로 외상매입대금의 상환이 아닌 무자료 매입으로 판단한 것은 부당하며, 또한 사업자인 청구인을 미등록사업자로 보아 청구인의 주소지관할 ○○세무서장에게 과세자료를 통보하는 등 쟁점금액에 대한 사실조사를 소홀히 한 것이 분명하므로, 당초처분은 부당하다.

○○지방국세청장이 청구외법인에 대한 특별세무조사시 청구외법인의 경리이사인 청구외 김○○(이하“경리이사”라한다)의 입회하에 청구외법인에서 경리과장으로 근무하였던 청구외 권○○(현재 ○○상사 근무, 이하“경리과장”이라한다)로부터 청구외법인의 직원인 청구외 손○○ 계좌(이하“직원계좌”이라한다)로 입금된 쟁점금액이 매출누락이라는 진술서를 작성 받았음이 확인되고, 청구외법인에서 당초 진술한 내용을 번복한 확인서는 신빙성이 결여되어 있어 객관적인 증빙으로 인정하기는 어렵다할 것인바, 쟁점금액을 무자료 매입으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점금액을 무자료 매입으로 보아 부가가치세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제16조 【세금계산서】 제1항에서 『납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서” 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.』고 규정하고 있다. 같은법 제21조 【경정】 제2항에서 『사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.』고 규정하고 있으며, 제1호에서 『과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때』를 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) ○○지방국세청장은 청구외법인에 대한 특별세무조사시 청구외법인에서 ○○은행 ○○지점에 직원 게좌를 개설하여 청구인으로부터 1997.12.26.자 10,000,000원등 총 11회에 걸쳐 물품대금으로 입금 받았으며, 동 계좌에 입금된 쟁점금액을 매출누락하였다는 진술서를 경리이사의 입회하에 경리과장으로부터 작성받아 청구외법인의 매출누락으로 확정한 후, 청구인을 미등록사업자로 보아 청구인의 주소지관할 ○○세무서장에게 과세자료 통보하였으나, 청구인이 국세통합전산망의 사업자기본사항조회에 의하여 사업자인 것으로 확인되어 처분청에 쟁점금액 과세자료를 이송하였음이 진술서 등 관련서류에 의해 알 수 있다.

(2) 처분청은 청구인이 청구외법인으로부터 무자료 매입한 쟁점금액에 매출총이익율을 적용하여 환산한 203,073,343원을 매출누락으로 보아 1997년 제1기분~1998년 제2기분 부가가치세를 경정고지 하였으며, 청구인이 1998. 11. 06. 청구외법인 통장으로 입금한 20,676,960원을 직원 계좌로 입금된 쟁점금액으로 보아 잘못 과세한 사실이 조사되어 1998년 제2기분 부가가치세를 결정취소하였음 이의신청 결정문에 의해 확인된다.

(3) 처분청은 공급가액인 무자료매입액에 매출총이익율을 적용하여 부가가치세 과세표준을 추계경정함에 있어서도, 공급대가인 쟁점금액을 무자료 매입액으로 하여 부가가치세 과세표준을 과대계산하는 잘못이 있었으며, ○○지방국세청장은 청구인이 1998. 01. 06. 청구외법인 직원통장으로 입금한 12,000,000원을 청구인의 무자료 매입액에서 제외하여 과세자료를 잘못 통보함으로써 처분청에서 부가가치세를 과소징수한 사실이 직원통장사본 및 경정결의서 등에 의해 확인된다.

(4) 청구인은 1997년 제2기~1998년 제2기 과세기간 중 청구외법인으로부터 공급대가 484,513,480원의 세금계산서를 교부받아 청구외법인 계좌로 314,686,460원, 직원 계좌로 164,890,000원 등 총 479,576,460원을 외상매입대금으로 결제하였음이 금융자료에 의해 확인되고, 청구외법인은 세무조사시 『법인 명의 통장이 아닌 직원 계좌에 입금된 부분을 세금계산서 발행이 안된 것으로 인정하였으나, 직원 통장으로 입금받은 것은 저희의 자금관리상 편의 때문이었으며, 청구인에게 세금계산서 발행을 누락한 것은 아니다』라고 당초 진술을 번복하는 확인서를 작성하여 제시하였다.

(5) 그렇다면, ○○지방국세청장은 청구외법인 경리이사의 입회하에 경리과장으로부터 청구인이 청구외법인의 직원 계좌로 입금한 쟁점금액을 매출누락하였다는 진술서를 작성받아 이를 과세근거로 삼은 반면에, 1989년부터 ○○이라는 상호로 사업자등록하여 계속사업을 영위하고 있는 청구인을 미등록사업자로 보아 주소지관할세무서장에게 과세자료를 통보한 점, 청구인이 청구외법인의 직원계좌에 입금한 1998. 01. 06.자 12,000,000원을 청구인의 무자료매입액으로 보지 않고 과세자료 통보금액에서 누락하였을 뿐만 아니라, 직원계좌가 아닌 청구외법인 계좌에 입금된 1998. 11. 06.자 20,676,960원을 무자료매입액으로 보아 과세자료를 잘못 통보한 것으로 확인되어 1998년 제2기분 부가가치세를 결정취소한 사실과, 공급가액이 아닌 부가가치세가 포함된 무자료매입액(공급대가)에 매출총이익율을 적용하여 환산한 부가가치세 추계과세표준이 과다하게 경정된 점등을 볼 때, 처분청과 ○○지방국세청장은 청구외법인의 거래상대방으로서 계속사업자인 청구인에게 쟁점금액의 진위여부에 대하여 사실조사를 소홀히 한 것으로 판단된다.

(6) 또한, 청구인이 청구외법인으로부터 교부받은 세금계산서상 금액과 청구외 법인 명의 및 직원 통장으로 입금한 금액을 통장사본, 국세통합전산망 등을 근거로 대사한 바 세금계산서상 금액과 대금결제금액의 차이가 거의 없는 것으로 확인되어 정상거래로 보임에도, ○○지방국세청장은 사업자인 청구인을 미등록사업자로 보아 이에 대한 사실조사를 하지 않고 단순히 청구외법인 명의가 아닌 직원 통장으로 입금한 사실만을 가지고 쟁점금액을 청구인의 무자료매입액으로 볼 수 있는 반증자료를 전혀 제시하지 못하고 있는 이건 과세처분은 사실조사를 소홀히 한 부당한 과세로 판단되므로 당초 처분을 취소함이 합당하다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.