과세전 적부검사결정통지를 받는날로부터 90일 이내에 한 심사청구 제기가 적법한 지 여부

○○세무서장이 2001.01.02 청구법인에게 결정 고지한 1995년도 제2기분 부가가치세 28,190,510원의 부과처분은,

1. 2001.04.10. 과세전적부심사결정에 의한 ‘비교대상토지를 재선정하여 적정임대료를 재조사’하라는 결정을 받아들여 재조사한 결정방법에 따라 과세표준과 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 이를 받아들일 수 없어 기각합니다.

○○국세청장은 청구외 ○○관광(주)(이하 “청구외법인” 이라 한다)의 법인세를 조사하는 과정에서 1995.01.01~1999.12.31. 사업연도에 청구법인이 특수관계있는 청구외법인에게 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 토지 1,520㎡(이하 “쟁점토지”라고 한다)를 저가로 임대한 것은 부당행위부인대상이라 하여 1995년에서 1998년은 인근토지의 유사임대사례를 기준으로 적정임대료를 계산하여 신고임대료와의 차액 1,719,200,400원(각 연도별로 429,800,100원임)을, 1999년도에서 2000년은 법인세법 시행령 제89조 제4항 규정(공시지가×1/2×정기예금이자율×일수/365일)을 적용하여 계산한 적정임대료와 신고임대료와의 차액 605,068,762원을 처분청에 통보하였고, ○○국세청장이 위 조사내용에 대하여 2000.11.30. 청구외법인에게 시무조사결과통지를 함에 따라 청구외법인과 청구법인은 2000.12.20. ○○국세청장에게 과세전적부심사청구하였으나, 처분청은 1995년도 제2기분 부가가치세 부과제척기간이 임박함에 따라 1995년도 제2기분 임대료누락액 216,850,149원(이하 “쟁점금액” 이라 한다)을 매출과세표준 신고 누락으로 이 과세전적부심사결정이 있기 전인 2001.01.02. 청구법인에게 1995년도 제2기분 부가가치세 28,190,510원을 고지 결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.07.11 이 건 심사청구를 하였다.

(1) 국세기본법 시행령 제63조 의 8 제4항에서는 그 단서규정에 해당하지 않는 한 과세전적부심사결정이 있기 전까지는 납세고지를 유보하게 되어 있는바, 이 건 부과처분의 경우는 위 법령의 단서규정에 해당하지 않음에도 처분청이 청구법인에게 과세한 이 건 처분은 절차상 하자가 중대하고도 명백하므로 취소되어야 한다.

(2) 청구법인이 세무조사결과통지에 대한 과세전적부심사청구를 제기하였으나, 그 과세전적부심사청구에는 세무조사결과에 따라 필연적으로 뒤따르게 될 부과처분에 대하여 불복하는 취지가 포함되어 있고, 이 건은 그 과세전적부 심사결정이 있기 전에 부과처분이 있었으므로 과세전적부심사청구의 의미는 상실되는 반면 과세전적부심사의 청구취지 및 불복이유로 보아 이는 그 부과처분의 전심절차를 변경한 적법한 이의신청을 거친 것으로 보아야 하므로 청구법인이 부과처분이 있은 것을 안 날인 2001.01.02.일로부터가 아닌 과세전적부심사결정 통지를 받은 날인 2001.04.13.일로부터 90일 이내에 제기한 이 건 심사청구는 적법한 불복청구이다.

(1) 과세전적부심사제도는 과세처분을 하기 전에 과세요건을 신중이 검토하기 위한 제도로서 부과제척기간이 임박함에 따라 과세전적부심사결정이 있기 전에 부과처분하였다 하더라도 이는 당연 무효일 정도의 하자가 아니며, 이 경우 청구인은 부과처분에 대하여 관련법에서 규정한 권리구제 절차를 거칠 수 있으므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

(2) 이 건은 부과처분이 있은 것을 안 날인 2001.01.02로부터 90일이 되는 2001.04.03 까지 심사청구하여야 함에도 그 기한이 경과한 2001.07.11. 제기한 이 건 심사청구는 불복청구기간이 경과한 부적합한 청구로서 각하결정함이 타당하다.

• 가. 쟁점

(1) 과세전적부심사결정이 있기 전까지는 납세고지를 유보하게 되어 있음에도 그 결정이 있기 전에 부과체척기간이 임박함에 따라 부과한 경우 그 부과처분이 적법한 지

(2) 세무조사결과통지를 받고 과세전적부심사청구를 제기한 후, 과세전적부심사청구에 대한 심리기간 중에 부과처분이 있는 경우 그 과세전적부심사청구를 적법한 전심절차인 이의신청으로 볼 수 있는 지를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 국세기본법 제26조 의 2 【국세부과의 제척기간】 제1항에 『국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세 방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약” 이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간』이라고 규정하고 있으며 같은 법 제81조의 10 【과세전적부심사】제1항에 『다음 각호의 1에 해당하는 통지를 받은 자는 그 통지를 받은 날부터 20일 이내에 당해 세무서장 또는 지방국세청장에게 통지내용에 대한 적법성 여부에 관하여 심사(이하 이 조에서 “과세전적부심사”라 한다)를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령이 정하는 사항에 대하여는 국세청장에게 이를 청구할 수 있다(이하 생략)』라고 규정하고 있고 제2항에는 『다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다』라고 규정하면서, 각 호에 『1. 국세징수법 제14조 에 규정하는 납기전 징수의 사유가 있거나 세법에 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

3. 세무조사통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3월 이하인 경우

4. 기타 대통령령이 정하는 경우』라고 규정하고 있으며 제3항에 『과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 청구를 받은 날부터 30일 이내에 대통령령이 정하는 위원회의 과세전적부심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구인에게 통지하여야 한다』라고 규정하고 있고 같은 법 제63조의 8 【과세전적부심사의 범위 등】 제4항에 『법 제81조의 10 제1항의 규정에 의하여 과세전적부 심사청구서를 제출받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 동조 제3항의 규정에 의한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다. 다만, 동조 제2항 각호의 1에 해당하는 경우네는 그러하지 아니하다』라고 규정하고 있으며 같은 법 제55조 【불복】 제1항에 『이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 병경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다』라고 규정하고 있고, 같은 법 제61조 【청구기간】 제1항에 『심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다』라고 규정하고 있으며 제2항에 『이의신청을 거친 후 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 제66조 제6항 단서의 규정에 의한 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 경과한 날부터 심사청구를 할 수 있다』라고 규정하고 있으며 같은 법 제66조 【이의신청】 제1항에 『이의신청은 대통령령이 정하는 바에 의하여 불복의 사유를 갖추어 당해 처분을 하거나 하였어야 할 세무서장에게 하거나 당해 세무서장을 거쳐 소관 지방국세청장에게 하여야 한다』라고 규정하고 있고 제4항에는 『제1항 및 제2항의 규정에 의하여 이의신청을 받은 세무서장과 지방국세청장은 이의신청심의위원회의 심의를 거쳐 이를 결정하여야 한다』라고 규정하고 있으며 또한, 국세기본법 기본통칙 7-2-5...63 【청구서의 보정사항】에 『이의신청서 또는 심사청구서의 형식을 취하지 아니하고 처분의 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 요구하는 서면이 제출되었을 경우에는 보정을 요구하여 심리할 수 있다』라고 규정하고 있으며 같은 법 기본통칙 7-2-7...63 【경미한 사항의 직권보정】에 『불복청구서가 법정양식과 상위(구양식, 지방세법의 양식사용 등)하거나 경미한 사항에 착오 또는 누락 등이 있는 경우에는 직권으로 보정할 수 있다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

○○국세청장은 청구외법인에 대한 조사결과 청구법인이 쟁점토지를 청구외법인에게 저가임대한 것에 대하여 부당행위부인대상이라 하여 적정임대료와 신고임대료와의 차액을 계산한 조사내용을 2000.11.30. 세무조사결과통지함에 따라 청구법인과 청구외법인은 2000.12.20. 과세전적부심사청구를 제기하였다. 이에 대하여 당초 쟁점토지의 비교대상자로 선정한 토지가 적정하지 않으므로 비교대상지를 재선정하여 적정임대료를 계산하여야 한다는 과세전적부심사결정에 따라 감정평가법인이 계산한 적정임대료에 의하여 부과제척기간이 임박하여 2001.01.02 부과처분한 1995년도 제2기분 부가가치세를을 제외하고 다른 과세기간 (1996~1999년도)의 부가가치세를 결정고지하였음이 ○○국세청장의 과세전적부심사결정문 및 처분청의 결정결의서 등 관련서류에 의하여 알 수 있다. (가) 청구주장 (1)에 대하여 과세전적부심사청구제도는 납세고지 전에 납세자의 권리를 보호ㆍ구제하기 위한 것이나 일단 부과처분되면 그 효력이 상실되는 것은 당연하며, 관련규정에서도 세무조사통지일로부터 국세부과제척기간이의 만료일까지의 기간이 3월이하인 경우에는 과세전적부심사청구 대상에서 제외하고 있으며, 또한 과세전적부심사처리지침에도 세무조사결과 통지내용이 수개 연도의 과세연도의 걸쳐 있어 과세전적부심사결정이 있기 전에 부과제척기간이 임박하게 되는 경우 당해 과세기간은 별도로 과세처분한다라는 취지에 비추어 보아 이 건 부과제척기간이 임박하여 과세한 처분이 절차상 하자가 중대하고 명백하므로 취소되어야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 청구주장 (2)에 대하여 청구법인은 세무조사결과통지를 받고 과세전적부심사청구를 제기한 후 그 심리기간 중에 부과처분이 있는 경우 그 과세전적부심사청구를 적법한 전심절차인 이의신청을 거친 것으로 보아야 한다는 청구주장에 대하여 살펴본다.

(1) 관련 규정에 의하면 과세전적부심사청구는 30일이내에 결정하여 그 결과를 청구인에게 통지하여야 함에도 이 건의 경우 111일 후에 결정함으로써 부과제척기간이 경과하게 되었으며, 과세전적부심사 결정에 따라 다른 사업연도의 법인세 등은 재조사하여 경감되었음에도 이 건은 부과제척기간의 경과로 경정할 수 없음은 납세자에게 불이익한 측면이 있다 하겠다.

(2) 청구법인은 위 사실관계와 같이 ○○국세청장의 세무조사결과통지에 대한 과세전적부심사청구를 제기한바, 그 과세전적부심사청구에는 세무조사 결과에 따라 필연적으로 뒤따르게 될 부과처분에 대하여 불복하는 취지가 포함되어 있고, 이는 실질적으로 행정기간의 처분에 대하여 시정을 구하는 취지임이 분명하여, 그후 과세전적부심사결정이 있기 전에 부과처분이 있었으므로 과세전적부심사청구의 의미는 상실되는 반면 과세전적부심사청구의 청구취지 및 불복이유로 보아 그 부과처분에 대하여 전심절차를 변경한 적법한 이의신청으로 보아야 할 것이다.

(3) 또한, 행정심판전치주의는 행정행위의 특수성, 전문성 등에 비추어 행정청으로 하여금 그 스스로 재고, 시정의 기회를 부여함에 그 뜻이 있는 만큼 볍률에 특별한 규정이 없는 이상 그 필요를 넘어서 지나치게 엄격한 절차를 요구하지 않는다 (대법88누11292,1989.10.10. 심사기타 2000-79, 2001.04.13 외 다수: 같은 뜻)할 것이므로 이 건 청구법인이 부과처분이 있은 것을 안 날인 2001.01.02부터가 아닌 과세전적부심사결정 통지를 받은 날인 2001.04.13.일로부터 90일이내에 제기한 이 건 청구는 전심절차인 이의신청을 거친 적법한 불복청구로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호 규정에 의하여 주문과 결정한다.