자료상으로 확정된 청구외 법인으로부터 세금계산서 수취시 매입세액 공제 여부

○○세무서장이 2001.01.10. 청구인에게 경정고지한 부가가치세 1997년 제2기분 2,464,000원은 (주)○○어패럴로부터 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 2,240,000원(공급가액, 1997.07.28. 7,465,500원, 1997.08.20. 7,467,250원, 1997.09.30. 7,467,250원)을 매출세액에서 공제하여 이를 경정합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○번지에서 『○○전기』라는 상호로 전선케이블을 제조하는 개인사업자로서, 1997년 제2기 예정신고시 청구외 ○○산업(주)(1998.06.29. (주)○○어패럴로 상호정정, 이하 “청구외 법인” 이라 한다)로부터 매입세금계산서 3매 22,400,000원(공급가액, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취하여 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제받는 매입세액으로 신고하였다. 처분청은 청구인이 자료상으로 확정된 청구외 법인으로부터 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2001.01.10. 1997년 제2기분 부가가치세 2,464,000원을 청구인에게 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.01.23. 이의신청을 거쳐 2001.06.30. 심사청구하였다.

청구인은 전선케이블을 제조하는 사업자로서, 쟁점세금계산서는 제품제조에 필요한 원재료를 정상적으로 매입한 것으로 거래당시 사업자등록증을 확인하고 세금계산서를 교부받아 부가가치세 신고를 이행하였는데도, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 이건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

(주)○○어패럴은 1999.06.25. 자료상조사를 받아 고발된 업체이며 1997년 2기분 자료에 대하여도 경정결정한 업체로서 자료상 자료로 파생된 과세자료에 의하여 경정한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제16조 【근거과세】 제1항에서 『 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다』고 규정하고, 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제1항에는 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액” 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액” 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액” 이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액』이라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항” 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 3.~5. (생략)』이라고 규정하고 있으며, 같은법 제21조 【경정】 제1항에서 『사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때 같은조 제2항에는 『사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 경정하여야 한다. (이하 생략)』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점세금계산서를 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제받는 매입세액으로 신고하여 관련 매입세액을 공제하였고 청구외 법인도 이를 매출로 정상적으로 신고하였음이 국세청전산자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구외 법인은 1997.05.31. (주)○○이라는 법인명에서, ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○산업(주) 대표 김○○으로 사업장, 법인명, 대표이사를 변경하였고, 1998.06.29. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 (주)○○어패럴 정○○로 사업장, 법인명, 대표이사를 변경한 사실이 국세청전산자료에 의하여 확인된다.

(3) 처분청이 제출한 심리자료와 청구인의 주장을 살펴보면, 첫째, 처분청은 청구인이 사실과 다른 쟁점세금계산서를 신고함으로써 관련매입세액을 부당하게 공제받은 혐의가 있다 하여 청구인에게 아무런 소명절차도 없이 2001.01.10. 1997년 제2기분 부가가치세 2,464,000원을 경정결정하였으며, 이에 대하여 청구인은 정상적인 거래에 기초하여 쟁점세금계산서를 교부받았다고 하면서 장부 및 거래사실확인서 등을 제출하였다. 둘째, 이건 과세의 근거가 되는 부당공제 혐의 내용이 명확하지 아니하여 당심은 부당공제 혐의를 확인한 근거서류를 제출하도록 처분청에 지시(심삼 46830-10279,2001.07.16)하였는데, 이에 대하여 처분청은 과세근거자료는 청구외 법인의 관할인 ○○세무서로부터 수보한 자료가 아니고 ○○국세청에서 하달된 TIS연계추적에 의한 DB구축자료를 출력한 것이며, 자료상 확정자료는 아니나 매출처인 청구외 법인이 과세처분일 현재 자료상으로 고발된 업체로 확인되어 매입세액 불공제하였음을 회신하였다. 셋째, 국세청의 『TIS를 이용한 자료상 및 부정환급(공제)자 연계추적 조회지침』에 의하면, 이 제도의 목적이 국세통합전산망을 활용한 체계적인 새로운 자료상 등 색출방안을 마련하고 전 관서가 동시 추진하여 전국적으로 자료상 및 부정환급혐의자를 지속적으로 조기에 색출하는데 배경과 목적이 있는것이고, 구체적인 자료의 처리방법으로서 자료상 및 부정환급혐의자 신고상황표를 작성하여 추적조사 및 경정조사에 활용하고, 사실과 다른 세금계산서 수취혐의자 DB자료로 활용하도록 규정되어 있음을 알 수 있다. 넷째, 국세청전산자료에 의하면, 청구외 법인은 청구인과 거래시인 1997년 2기에는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○산업(주)이었으나, 1998.06.29. 사업장을 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지으로 이전하고 법인명을 (주)○○어패럴, 대표자를 정○○로 변경하였고, 변경된 사업장관할세무서인 ○○세무서장은 청구외 법인이 1998년 제2기 과세기간에 매출ㆍ매입세금계산서 1,182건 17,505백만원 상당을 재화나 용역의 공급없이 허위로 발행 및 수취하여 조세범처벌법 제11조의2 의 범칙행위를 하였음을 확인하고 1999.06.25. ○○검찰청 ○○지청에 고발하였음이 조사서 및 고발서에 의하여 확인된다. 다섯째, ○○세무서장은 청구외 법인 대표 정○○가 1998년 제2기분에 대하여는 자료상으로 확인한 바 있으나, 나머지 기간에 대하여는 자료상 혐의를 발견하지 못하였음이 조사복명서에 의하여 확인되므로 청구외 법인은 정상적으로 사업을 영위하다가 1998.06.29. 사업장을 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지으로 이전하고 법인명을 (주)○○어패럴, 대표자를 정상수로 변경하면서 자료상행위를 시작한 것으로 보여진다. 청구인은 쟁점세금계산서가 정당거래임을 주장하면서 매입매출장, 계정별원장, 현금출납장, 청구외 안○○의 진술서, 쟁점세금계산서상의 물품을 운반하였던 청구외 양○○의 확인서를 제출하고 있다. 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 살펴보면, 청구외 법인에 대하여 관할세무서장이 쟁점세금계산서를 청구인에게 허위로 발행한 사실을 확인하거나 조사하여 처분청에 통보한 사실이 없고, 처분청도 이를 확인하거나 조사한 사실도 없이 국세청전산자료상에 청구외 법인을 인수한 대표자 정○○가 1998.10.01.부터 1998.12.31.까지 자료상행위를 하여 고발된 사실이 있다는 사유만으로 청구인에게 정상거래 여부를 소명하도록 기회를 부여하지도 아니하고 이건 부가가치세를 과세하였으므로 이는 처분청이 부가가치세의 과세표준 산정기초가 되는 쟁점세금계산서의 허위거래에 관한 입증을 하지 아니한 채 청구인이 신고한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 것은 국세기본법 제16조 에서 규정하고 있는 근거과세를 위배한 잘못된 처분이라 할 것이다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.