임차기간 40개월의 임차료를 선지급하고 세금계산서를 교부받은 경우 매입세액공제 여부

○○세무서장이 2001.06.19. 청구법인에게 결정고지한 2000년 제2기분 부가가치세 1,749,940원은, 2000.11.21. 청구외 윤ㅇㅇ로부터 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 54,000,000원을 매출세액에서 공제하여 이를 경정합니다.

청구법인은 청구의 윤○○ 운영하고 있는 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○주유소(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 임차기간 40개월, 임차료 540,000,000원으로 2000.10.27 임대차계약 (이하 “쟁점계약서”라 한다)을 하고 이에 대하여 청구의 윤○○로부터 세금계산서(공급가액:540,000,000원, 세액:54,000,000원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 2000.11.21. 교부받아 2000년 제2기 부가가치세 확정신고시 매입세액을 공제하여 64,940,059원을 환급신고하였으며, 청구외 윤○○는 쟁점세금계산서를 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고납부하였다. 처분청은 쟁점사업장에 환급 현지확인조사를 실시하여 당해 과세기간 해당 2개월분 임차료(공급가액:27,000,000원, 세액:2,700,000원)를 제외한 임차료에 대한 매입세액 51,300,000원을 불공제하여 2000년 제2기분 부가가치세 1,749,940원을 2001.6.19. 청구인에게 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.6.20. 심사청구하였다.

청구법인이 쟁점사업장에 대해 임대인과 적법하게 임차계약을 체결하고 임차기간40개월에 대한 대가를 이시불로 지급하고 교부받은 쟁점세금계산서를 2000년 제2기 부가가치세 확정신고시 이를 매입세액 공제하여 환급신고한 것은 적법한 신고인데도 처분청은 선급임차료를 부당공제로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

부가가치세법 제9조 제2항 및 같은법 시행령 제49조의 2【부동산 임대용역 등에 대한 과세표준 계산의 특례】에서 사업자가 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산 용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다는 규정에 의하여 결정한 당초 처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 임차기간 40개월에 대한 임차료를 선지급하고 쟁점세금계산서를 교부받아 매입세액 공제한 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조【납부세액】제1항에서 『사업자가 납부하여야 할 부가 가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 요역에 대한 세액(이하 “매출세액” 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액』이라고 규정하고, 같은법 제16조【세금계산서】제1항에서 『납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서” 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항』이라고 규정하고 있으며, 같은법 제9조【거래시기】에서 『① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다』라고 규정하고 있다. 같은법 제22조【용역의 공급시기】에서 『법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급 ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의 2 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세시간의 종료일』이라고 규정되어 있고 같은법 시행령 제49조의 2 【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】제3항에서 『사업자가 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 소득세법시행령 제51조 제2항 의 규정을 준용한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 【먼저, 사실관계를 살펴본다】

(1) 청구법인은 1999.09.01 청구외 삼호주유소 대표 윤○○와 석유제품공급 계약을 체결하여 석유류를 공급하여 오다가 외상매출금이 누적되어 2000.10.27. 청구법인이 청구외 윤○○ 소유의 주유소를 일정기간 임대하기로 약정하였는바, 임차기간은 2000.11.17부터 2004.03.16까지 40개월, 임차료는 540,000,000원(부가가치세 별도)으로 하고, 임차료는 2000.10.27 현재의 청구의 윤○○가 지불하여야 할 외상매입금 218,741,502원과 2000.10.31부터 2000.11.14까지의 석유류를 외상으로 공급함에 따라 추가로 발생하는 외상매출금과 상계하기로 약정한 사실이 처분청의 조사서 및 임대차계약서에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인과 청구외 윤○○는 청구법인이 지불하여야 할 주유소 임차료와 청구외 윤○○가 지불하지 못한 외상매입금을 상계하고, 청구외 윤○○는 2000.11.21. 쟁점세금계산서를 청구법인에게 교부하였으며 청구법인은 청구외 윤○○로부터 수취한 쟁점세금계산서를 포함하여 2000년 제2기 확정 부가가치세 64,940,059원을 환급신고할 사실이 부가가치세신고서 및 청구법인의 회계전표에 의하여 확인된다.

(3) 청구외 윤○○는 임대료에 대한 매출세금계산서를 2000년 제2기분 부가가치세 확정신고시 처분청에 제출하여 관련 부가가치세를 신고ㆍ납부한 사실이 국세통합시스템에 의하여 확인된다. 【쟁점에 대하여 살펴본다】 처분청은 부가가치세법 제9조 제2항 및 같은법 시행령 제49조의 2【부동산임대용역 등에 대한 과세표준 계산의 특례】에서 “사업자가 2과세기간에 걸쳐 부동산 용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다”는 규정에 의거 당해 과세기간의 임차료를 제외한 선급임차료에 해당하는 매입세액을 매출세액에서 불공제 하였으나, 첫째, 청구법인과 청구의 ○○가 약정한 임대계약서 제2조에서 본계약은 임차차가 임차료를 전액 지급시점에 발효하며, 임대차 기간은 40개월로 한다, 제3조에서 임대금은 일금 오억사천만원으로 하며, 임대료 지급은 임대인이 임차인에게 지불하여야할 유대를 상계하고 상계 후 차액에 대해서 임차인은 제품을 공급하여 지불하기로 한다, 제5조에서는 인,허가 양도사항을 약정하였으며, 청구법인과 청구외 윤○○의 임차료 상계내용을 살펴보면, 쟁점세금계산서 발행당시 청구외 윤○○가 지불하여야 할 외상매입금은 584,648,880원, 유류재고금액은 85,746,000원으로서 청구법인이 청구외 윤○○에게 지급할 임차료 594,000,000원(부가가치세 포함)과 유류 재고금액 85,746,000원의 합계 679,746,000원에서 외상매출금 584,648,880원을 차감한 잔액 95,097,120원을 청구법인이 청구외 윤○○에게 지급한 사실이 청구법인의 판매일보 및 외환은행 전산자료이 의하여 확인되고, 청구법인은 쟁점사업장을 임차하여 2000.11.16부터 ○○주유소를 직영하여 심리일 현재까지 영업하고 있음이 2000년 제2기 확정 및 2001년 제1기 예정 부가가치세신고서 등에 의하여 확인된다. 둘째, 부가가치세법 제16조 제1항 에서 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 부가가치세법 제9조 에 규정하는 시기에 세금계산서를 교부하여야 하나, 다만 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다고 규정하고 있고, 부가가치세법 제9조 제3항 에서 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제22조 제2호 에서 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 규정하고 있는바, 관련법령을 종합하여 보면 공급시기가 도래하기 전에 그 대가를 받기로 한 때에는 그 때를 공급시기로 하여 세금계산서를 교부할 수 있음을 알 수 있다. 셋째, 부가가치세는 거래세액 성격을 지니고 있으며, 그 거래의 확인을 모두 세금계산서에 의존하도록 하고 있다. 따라서 재화를 실지로 인도하지 아니하였거나 또는 용역의 제공이 완료되지 아니한 때에 세금계산서를 교부한 때에는 일단 당해 과세거래는 적법하게 이루어진 것으로 하여 공급시기가 도래된 것으로 보도록 부가가치세법 제9조 제3항 에서 규정하고 있으며, 부가가치세 예규(부가46015-526, 2000.03.08)에서도 부동산임대업을 영위하는 사업자가 2과세기간 이상에 거쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 댁라를 선불로 받는 경우에 당해 용역의 공급시기는 부가가치세법시행령 제22조 제4호 의 규정에 의하여 예정신고기간 또는 과세시간의 종료일인 것이나, 사업자가 당해 용역의 공급시기가 도래하기 전에 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 용역의 공급시기로 보는 것으로 당해 세금계산서를 교부받은 사업자는 세금계산서를 교부받은 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것 으로 해석하고 있는바, 청구법인과 청구외 윤○○가 상호 약정한 임대차계약에 따라 거래대금을 정산하고 당해 용역의 공급시기가 도래하기 전에 쟁점세금계산서를 교부한 이건의 경우 당해 용역의 공급시기는 쟁점세금계산서를 교부한 때인 2000.11.21.이라고 할 것이다. 상기 사실관계와 조사내용을 종합하여 보면, 처분청이 부가가치세법 시행령 제49조 의 2【부동산임대용역 등에 대한 과세표준계산의 특례규정】에 의거 쟁점세금계산서를 임대기간에 안분계산하여 매입세액을 공제한 처분은 관련법령을 잘못 적용하였다고 할 것이고, 이 건의 경우와 같이 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부한 때에는 부가가치세법 제9조 제3항 의 규정을 적용하는 것이 적법하다고 할 것이므로 청구법인이 청구외 윤○○로부터 교부받은 쟁점세금계산서의 매입세액은 교부받은 과세시간의 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다고 할 것이다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.