자료상과의 거래를 통한 매입세액의 공제 여부

○○세무서장이 2001.01.01. 청구법인에게 경정 고지한 1998년 제1기분 부가가치세 1,600,000원, 1998년 제2기분 부가가치세 3,266,250원의 처분에 대한 심사청구는 이를 각하한다.

2. ○○세무서장이 2001.02.01. 청구법인에게 경정 고지한 1999.01.01~1999.12.31.사업연도 법인세 512,600원의 처분에 대한 심사청구는 이를 기각한다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩 ○호에서 방수공사를 주업으로 하는 건설업체로서 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○사우나 설비공사(이하 “쟁점금액” 라 한다)를 하면서 1998.2기에 청구외 (주)○○으로부터 신주파이프를 매입하고 공급가액 25,125,000원, 세액 2,512,500원(이하 “쟁점세금계산서” 라 한다)의 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제 받았고, 1998.1기에 쟁점공사와 관련 (주)○○에 공급가액 80,000,000원, 세액 8,000,000원의 매출세금계산서를 발행ㆍ교부하고 부가가치세 신고하였다. 처분청은 청구법인이 자료상인 청구외 ○○으로부터 가공세금계산서를 교부받아 부당하게 매입세액을 공제 받았고, 청구외 (주)○○에게 공급시기를 달리하여 매출세금계산서를 발행ㆍ교부하였으므로 세금계산서 기재불성실가산세(공급가액의 100분의 2)를 적용하여 2001.01.02. 1998년 제1기분 부가가치세 1,600,000원, 1998년 제2기분 부가가치세 3,266,250원을 결정 고지하였고, 가공원가금액 25,125,000원을 익금산입 대표이사에게 상여처분하고 1999사업연도 이월결손금 과다공제액 2,555,854원에 대하여 2001.02.01. 1999.01.01~1999.12.31. 사업연도 법인세 512,600원을 청구법인에게 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.04.25. 심사청구하였다.

청구법인은 쟁점공사와 관련 청구외 (주)○○로부터 교부받은 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제함은 부당하고 가공매입금액에 대하여 익금산입하고 대표이사에게 상여 처분하고 소득금액변동통지서를 통지함은 부당하다.

청구법인은 쟁점공사와 관련 자료상인 청구외 ○○으로부터 가공세금계산서를 교부 받아 부당하게 매입세액을 공제 받았으며 가공매입금액을 익금산입하고 대표이사에게 상여처분하고 원천징수의무자인 청구법인에게 소득금액변동통지를 한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부와 가공매입금액을 익금산입하고 대표이사에게 상여처분하고 소득금액변동통지를 한 것이 정당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제1항에는 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. (생략)』이라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에는 『다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. (이하 단서 생략). 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. (이하 단서 생략). 2.~5. (생략)』이라고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제22조 제3항 에서 “사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, (이하생략)” 이라고 규정하고 있다.

1. (생략)

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때. 법인세법 제67조 【소득처분】에서 “제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다”고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제106조 제1항 제1호에서 “익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다”고 규정하고 있다. 소득세법시행령 제192조 【소득처분에 의한 배당ㆍ상여 및 기타소득의 지급시기 의제】 제1항에서 “법인세법에 의하여 세무서장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, (이하생략)”이라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 “제1항의 경우에 당해 배당ㆍ상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다”고 규정하고 있으며, 국세기본법 제22조 제2항 제3호 에서 “원천징수하는 소득세 또는 법인세는 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차없이 그 세액이 확정된다”고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 본 안 심리에 앞서 이 건 심사청구가 적법한 청구인지 여부를 보면, 청구법인이 청구법인에게 1998년 제2기분 부가가치세 3,266,250원, 1998년 제1기분 부가가치세 1,600,000원의 고지서(이하 “쟁점고지서” 라 한다)를 2001.01.02. 등기우편으로 발송하였고 쟁점고지서를 청구법인의 직원(○○)이 2001.01.06. 수령하였음이 우편물배달증명서에 의하여 확인되는 바, 이 건의 경우 청구법인은 쟁점고지서를 받은 날(2001.01.06.)로부터 90일 이내인 2001.04.06.까지 불복청구를 하여야 함에도 그 기한을 경과하여 2001.04.25. 심사청구를 하였으므로 이는 심사청구 기간이 경과한 부적합한 청구이므로 각하함이 타당하다고 판단된다.

(2) 청구법인은 처분청이 법인세를 과세함에 있어 가공매입금액을 익금산입하고 대표이사에게 상여처분하고 소득금액변동통지함은 부당하다는 주장에 대하여 이를 살펴보면, 첫째, 청구법인이 쟁점공사를 시공하면서 자료상인 청구외 ○○으로부터 가공세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제 받은 사실에 대하여 이를 매입세액 불공제하여 부가가치세를 과세하였고 가공매입금액 25,125,000원을 익금산입하고 대표이사에게 상여처분하였으며 1999사업연도 이월결손금 과다공제액 2,555,854원에 대하여 법인세를 과세하였음이 법인세과세표준금액 및 세액경정결의서에 의하여 확인된다. 둘째, 청구법인의 대표이사인 이○○는 실권없는 대표이사라고 주장하나, 청구외 이○○는 청구법인의 대표이사로 등재되어 있고 주식 2,000주를 보유한 주주임이 주주명부에 의하여 확인되며 2000.1월~2000.12월 사이에 청구법인으로부터 매달 1,500,000원의 급여를 받은 사실이 소득세 원천징수확인서에 의하여 확인되는 점, 청구법인을 실질 경영하는 자의 인적사항 등을 밝히지 못하는 것으로 보아 청구외 이○○가 청구법인의 실질 대표이사로 보는 것이 타당하다고 하겠다. 셋째, 다음으로 청구법인에게 소득금액변동통지서를 송달한 것은 부당하다고 주장하나, 이건 관련 소득세법 시행령 제192조 제1항 을 종합하여 보면, 소득세법 제132조 제2항 에 규정하는 상여는 법인소득금액을 경정하는 세무서장이 그 결정 또는 경정일로부터 15일내에 소득금액변동통지서를 당해 법인에게 통지해야 하고 당해 법인이 그 통지서를 받은 날에 그 소득금액이 지급되는 것으로 본다는 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 계속사업자인 청구법인에게 소득금액변동통지서를 2001.02.06. 통지함으로써 소득세법시행령 제192조 제1항 에 의해 그 통지를 받은 날에 그 소득금액이 지급된 것으로 간주되어 동 지급간주일에 원천징수할 갑종근로소득세에 대한 납세의무가 성립됨과 동시에 납세의무자의 신고나 정부의 결정 등 특별한 절차 없이 납세의무가 확정되므로 원천징수의무자인 청구법인에 소득금액변동통지서를 통지한 것은 정당하다고 판단된다. 위의 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 에서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 하고 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인은 지출되지 아니한 가공매입금액을 원가로 계상하였으므로 이를 익금산입한 것은 정당하다 할 것이고 익금산입한 가공매입금액은 사내에 유보되었음이 확인되지 아니하여 사외에 유출되었다고 보아야 하고 가공매입금액이 누구에게 귀속되었는지가 불분명하므로 관련 법령에 의하여 청구법인의 대표이사에게 귀속된 것으로 보아 처분청이 가공매입금액을 청구법인의 대표이사에게 상여처분하고 원천징수 의무자인 청구법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 것은 달리 그 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.