직영공사에 대한 세금계산서를 가공거래로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

처분청은 창고업을 영위하는 청구법인이 ‘냉동창고 신축공사’와 관련하여 실제는 청구법인이 위 공사 중 일부의 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 직영공사하였음에도 면허대여업체인 청구외 ○○공영 주식회사(○○건설 주식회사로 상호가 변경되었음, 이하 “청구외법인”이라 한다)에게 쟁점공사를 도급준 것으로 하여 1997년 제2기 및 1998년 제1기 과세기간 중 공급가액 1,000,000,000원 및 1,017,000,000원의 위장세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받았고, 그 중 291,008,150원의 공사비를 과다계상하여 손금처리하였다는 ○○지방국세청장의 과세자료에 따라, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2001. 1. 12 1997년 제2기분 부가가치세 136,919,430원 및 1998년 제1기분 부가가치세 138,985,290원을 경정고지하는 한편, 공사비 과다계상액을 1998사업연도의 익금에 산입하고 대표자에게 상여처분하여 청구법인에게 소득금액 변동통지하였다.(청구법인은 소득금액변동통지에 따라 2001. 2. 10 갑종근로소득세 130,629,840원을 원천징수ㆍ자진납부하였다) 청구법인은 이에 불복하여 2001. 4. 11 심사청구하였다.

청구법인은 1996. 7. 15 위의 ‘냉동창고 신축공사’를 청구외 ○○종합건설주식회사(이하 “○○종합건설(주)”라 한다)에게 도급을 주어 시공하게 하였으나 공사시공 도중 청구외 ○○종합건설(주)의 부도로 1997. 11. 19 청구외 법인에게 위 냉동창고 신축공사 중 잔여공사(쟁점공사임)를 도급주어 시공하게 되었는 바, 청구외 ○○종합건설(주)의 부도로 인하여 많은 손실을 본 하청업체들이 하청공사대금을 청구법인 및 청구외 법인의 입회하에 자신들(하청업체)에게 지급하여 줄 것을 요청하여 청구법인은 위 하청업체들 입회하에 청구외 법인에게 공사대금을 지급하였고, 청구외법인은 다시 하청업체들에게 하청공사대금을 지급하였다. 따라서 청구법인은 쟁점공사를 도급받은 청구외 법인으로부터 정당하게 쟁점세금계산서를 교부받았는 바, 청구법인이 쟁점공사를 직영공사하였다하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다. 아울러, 청구법인은 실제 청구외 법인에게 2,218,700,000원(공급대가임)의 공사비를 지급하였으므로, 청구법인이 291,008,150원의 공사비를 과다계상한 것으로 보아 이를 청구법인의 대표자에게 상여처분하여 소득금액변동통지한 처분 또한 부당하다.

청구법인과 청구외 법인은 형식적으로 쟁점공사에 대한 도급계약을 체결하였을 뿐 실제는 청구법인이 쟁점공사를 직영공사하였음이 1998. 1. 23자 청구법인의 이사회 의사록에 의해 확인되고, 이에 따라 청구법인은 쟁점공사의 실제 시공자들에게 공사대금을 직접 지급하였음이 청구법인의 공사대금 지급에 따른 내부문서 및 전표에 의해 확인되는 바, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다. 한편, 청구법인은 쟁점공사의 총 공사대금이 2,218,700,000원(공급대가임)이라고 주장하나, 쟁점공사대금으로 지급된 1998. 5. 23자 273,000,000원의 어음지급액에 대한 금융조사결과 173,000,000원은 청구법인의 대표이사인 이○○의 예금계좌에 입금되었음이 확인되고, 나머지 100,000,000원은 청구법인의 공동대표이사인 이○○의 운전기사인 청구외 유○○의 예금계좌에 입금되었음이 확인되는 바, 청구법인이 쟁점공사의 시공과 관련하여 작성ㆍ보관중인 내부서류와 같이 쟁점공사의 실제 공사대금은 1,927,691,850원(공급대가임)이므로 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 청구외 법인으로부터 교부받은 세금계산서 수취금액 2,218,700,000원(공급대가임)과 실 공사금액 1,927,691,850원(공급대가임)과의 차액인 291,008,150원을 공사비 과다계상액으로 보아 청구법인의 대표자에게 상여처분하여 소득금액변동통지한 처분 또한 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점공사를 직영공사하였다 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분과 청구법인이 291,008,150원의 공사비를 과다계상한 것으로 보아 청구법인의 대표자에게 상여처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분이 정당한지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액(이하생략)』이라고 규정하고 있고 법인세법 제9조 【각사업연도의 소득】에서 『① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.

③ 제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다』고 규정하고 있으며 같은법 제32조【결정과 경정】제5항에서 『제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다』고 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제94조의 2【소득처분】제1항에서 『법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여ㆍ배당ㆍ기타소득ㆍ기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(출자자인 임원과 그와 제46조의 2 제3항의 특수관계에 있는 주주가 소유하는 주식 또는 출자지분을 합하여 당해 법인의 총 발행주식 또는 총 출자지분의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세감면규제법 제36조 제5항 및 제40조의 5 제6항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 출자자인 이사 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.(이하생략)』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 당초 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지외 3필지상의 ‘냉동창고 신축공사’를 청구외 ○○종합건설(주)에게 도급을 주어 시공하게 하던 중 청구외 ○○종합건설(주)가 부도로 인하여 더이상 공사를 시공할 수 없게 되자 1997. 11. 19 청구외 법인과 위 냉동창고 신축공사 중 잔여공사(쟁점공사임)를 1,959,100,000원(공급대가임)에 도급을 주는 계약을 체결하였다가 1998. 3. 2 259,600,000원(공급대가임)의 공사금액을 추가하는 도급계약을 체결하여 쟁점공사를 완료하였다.

(2) ○○지방국세청장은 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과 실제로는 청구법인이 청구외법인의 면허를 빌려 쟁점공사를 직영공사하고도 청구법인은 청구외 법인에게 쟁점공사를 도급준 것으로 하여 쟁점공사의 도급금액에 해당하는 2,218,700,000원(공급대가임)의 매입세금계산서(쟁점세금계산서임)를 교부받아 그에 대한 매입세액을 공제받았고, 그 중 291,008,150원의 공사비를 과다계상하여 손금처리한 사실이 있음을 확인하여 처분청에 그에 대한 과세자료를 통보하였고, 이를 수보받은 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하는 한편, 공사비 과다계상액을 청구법인의 1990 사업연도의 익금에 산입하고 대표자에게 상여처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지 하였다.

(3) 이에 대하여 청구법인은 실제 청구외 법인에게 쟁점공사를 도급주어 쟁점공사를 완료하였고, 그 공사대금 또한 2,218,700,000원(공급대가임)을 실제 지급하였으므로, 처분청의 이건 과세처분은 부당하다는 주장이므로, 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구법인은 쟁점공사를 실제 청구외 법인에게 도급을 주어 쟁점공사를 완료하였을 뿐 청구법인이 쟁점공사를 직영공사한 것은 아니라고 주장하나, 쟁점공사와 관련하여 체결된 청구법인과 청구외법인의 1997. 11. 19자 공사도급계약서의 특약사항에는 『1. 각 공종에 대한 하도급의 공사량, 공사금액은 갑(청구법인임)에서 정산한다. 2. 현장내에서 발생한 안전사고는 갑(청구법인임)에서 처리한다. 3. 표준계약서 7(하자담보책임기간), 8(하자보수보증금률), 9(지체상금률), 10(계약보증금)번 항은 임의사항임』이라고 약정되어 있는 것으로 보아 청구법인과 청구외 법인은 형식적으로 쟁점공사에 대한 도급계약서를 작성한 것으로 보여지고, 청구법인의 1998. 1. 23자 이사회 의사록에도 『1997. 12. 7 ○○종합건설(주)(청구외 법인임)와 잔여공사 1,959,100,000원으로 계약(형식상) 기 지정 하도급업체 및 미 발주공사에 대하여 당사에서 직영처리하고 있음. 건설업 면허대여료 및 보험료 당사에서 별도 지급』이라고 작성되어 있는 바, 이와 같은 사실 등으로 미루어 볼 때 청구법인은 청구외 법인으로부터 건설업면허만을 대여받아 쟁점공사를 직영공사한 것으로 판단된다. 또한, ○○지방국세청장의 이 건 세무조사시 청구외 법인도 상기의 1997. 11. 19자 공사도급계약서의 특약사항 내용을 인정하면서 청구외 법인이 서류상으로만 청구법인에게 공사기성금을 청구한 사실(1998. 1. 9자 청구액 1,373,900,000원)이 있음과 실제 대금수수는 없었으나 장부상으로만 입금처리하여 공사미수금을 정리한 사실(1998. 3. 31 200,000,000원, 1998. 4. 15 206,000,000원, 1998. 4. 22 26,334,858원, 1998. 4. 30 200,000,000원, 1998. 5. 31 467,665,142원, 1998. 4. 30 859,100,000원, 1998. 5. 31 259,600,000원)이 있음을 인정하는 확인서를 제시하고 있는 점, 쟁점공사와 관련하여 물품을 납품하였던 청구외 ○○철강 주식회사의 직원인 청구외 문○○의 인증서(법무법인 ○○ 등부 2000년 제237호)에도 청구법인과 청구외 법인은 서류상으로만 쟁점공사계약을 체결하였다는 내용이 나타나고 있는 점 및 ○○지방국세청장의 이 건 세무조사시 확보된 청구법인의 내부 기안문서에도 청구법인이 쟁점공사에 대한 각 공종별 하도급 및 공사금액 등의 세부적인 업무를 직접 관리한 사실이 나타나고 있는 점 등을 종합하여 살펴볼 때 청구법인이 쟁점공사를 직영공사한 것으로 인정되는 바, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 둘째, 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 실제 2,218,700,000원(공급대가임)의 공사비를 지급하였다고 주장하나, 청구법인이 쟁점공사의 공사대금으로 지급하였다는 1998. 5. 23자 273,000,000원의 어음지급액은 ○○지방국세청장의 금융조사결과 그 중 173,000,000원은 청구법인의 대표이사인 이○○의 예금계좌에 입금되었음이 확인되고, 나머지 100,000,000원도 쟁점공사의 공사대금과는 전혀 관련이 없는 청구외 유○○의 예금계좌에 입금되었음이 확인되는 바, 쟁점공사와 관련하여 실제 2,218,700,000원(공급대가임)의 공사비를 지급하였다는 청구법인의 주장은 신빙성이 없어 받아들이기 어렵다. 한편, ○○지방국세청장의 이 건 세무조사시 확보된 청구법인의 쟁점공사에 대한 총 공사비 내역서(청구법인이 쟁점공사의 시공과 관련하여 작성ㆍ보관하고 있는 내부서류임)에 의하면 쟁점공사의 시공과 관련한 실제 공사금액은 1,927,691,850원(공급대가임)인 것으로 나타나고 있는 바, 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 청구외 법인으로부터 교부받은 세금계산서 수취금액 2,218,700,000원(공급대가임)과 실 공사금액 1,927,691,850원(공급대가임)과의 차액인 291,008,150원은 청구법인이 공사비를 과다계상하여 손금처리한 것으로 인정되므로, 처분청이 이를 청구법인의 익금에 산입하고 대표자에게 상여처분하여 소득금액 변동통지를 한 처분 또한 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없으므로, 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.