쟁점토지가액을 항만시설공사 건설용역에 대한 대가로 보아 과세한 처분의 당부

[주문]

○○세무서장이 2000. 10. 16 청구법인에게 경정고지한 1997년 제2기분 부가가치세 459,811,190원은 이를 취소한다. [이유]

청구법인은 1992. 7. 8 ○○청으로부터 비관리청 항만공사 시행허가를 받아 1995. 6. 26부터 1997. 5. 25까지 ○○시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○항내 20,000DWT급 접안시설(안벽 220㎡, 부지조성 91,485㎡, 호안 280㎡, 도로 352.66m, 준설 111.645㎡, 배수공 및 기타1식, 이하 "항만시설"이라 한다)을 공사하여 1997. 5. 29 ○○지방해양수산청장으로부터 준공확인을 받아 국가에 귀속시키고, 항만시설 배후부지에 속하지 아니하는 토지는 청구법인이 취득하였으며 총 사업비 17,287,499,000원 중 ○○지방해양수산청에 귀속되지 아니하고 청구법인에게 귀속된 토지(감정가액 5,108,600,000원, 이하 "쟁점토지가액"이라 한다)를 차감한 12,178,899,000원에 상당하는 무상사용권리를 취득하였다. 청구법인은 위 항만시설공사에 대하여 총 사업비 17,287,499,000원 중 청구법인이 취득한 토지가액 5,108,600,000원을 제외하고 국가에 귀속된 12,178,899,000원만 항만시설 건설용역의 공급으로 보아 세금계산서를 발행(1997. 11. 14)하여 이를 1997년 제2기분 부가가치세 과세표준에 합산하여 신고하였다. 처분청은 청구법인이 취득한 쟁점토지가액과 무상사용권리(12,178,899,000원)는 항만시설공사의 총 사업비(17,287,499,000원)에 상당하는 공사대가라 하여 총 사업비(17,287,499,000원)의 110분의 100을 항만시설공사의 부가가치세 과세표준으로 경정함으로써 결과적으로 쟁점토지가액을 청구인의 부가가치세 과세표준에 가산하고 그에 따른 1997년 제2기분 부가가치세 459,811,190원을 2000. 10. 16 청구법인에게 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001. 1. 15 심사청구하였다.

청구법인에게 귀속된 쟁점토지는 항만법에 의한 항만시설 배후토지의 범위에 해당하지 아니하므로 쟁점토지가액은 항만시설 공사에 대한 대가로 볼 수 없고, 청구법인은 자신이 공사한 항만시설 중 항만시설 배후토지에 속하지 아니하여 청구법인에게 귀속된 토지를 제외한 항만시설을 ○○지방해양수산청에 공급한 것으로서, 항만시설 건설용역에 대한 대가는 ○○지방해양수산청에 공급한 항만시설에 대하여 취득한 무상사용권리에 상당하는 가액이므로, 청구법인에게 귀속된 쟁점토지가액은 항만시설 건설용역 대가에서 제외하여야 한다.

청구법인 시행한 항만시설공사의 감독기관인 ○○지방해양수산청의 비관리청 항만공사 총 사업비 통보(항무 91570-720, 1997. 6. 20)내용에 의하면,

○○지방해양수산청은 건설공사비 및 부대비용 등과 부가가치세를 포함한 총 사업비를 17,287,499,000원으로 확정하였고, 청구법인에게 귀속된 토지가액 5,108,600,000원(감정가액)을 차감한 12,178,899,000원에 대하여 무상사용기간 및 타인사용료 징수 등에 적용되는 사업비로 산정하고 있는 바, 이는 청구법인이 총 사업비(17,287,499,000원)에 상당하는 항만시설공사에 대한 대가로 국가에 귀속된 항만시설에 대한 무상사용권리(12,178,899,000원)와 토지(5,108,600,000원)를 취득한 것이므로 쟁점토지가액을 청구법인의 항만시설공사에 대한 건설용역의 대가로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 처분청이 쟁점토지가액을 청구법인의 항만시설공사 건설용역에 대한 대가로 보아 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】 제1항에는 『용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다』고 규정하고, 같은조 제2항에는 『사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다』고 규정하고 있으며, 같은법 제9조【거래시기】 제2항에는 『용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다』고 규정하고 있고, 같은조 제3항에는 『사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다』고 규정하고 있으며 같은법시행령 제22조【용역의 공급시기】에는 『법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의 2 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일』이라고 규정하고 있다. 같은법 제13조【과세표준】 제1항에는 『재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가』라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제48조【과세표준의 계산】 제1항에는 『법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다』고 규정하고 있다. 항만법 제9조 【항만공사의 시행자 등】 제1항에는 『항만시설의 신설ㆍ개축ㆍ유지ㆍ보수 및 준설 등에 관한 공사(이하 "항만공사"라 한다)는 이 법 또는 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 지정항만은 해양수산부장관이, 지방항만은 시ㆍ도지사가 각각 시행한다』고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『관리청이 아닌 자(이하 "비관리청"이라 한다)가 항만공사를 시행하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 항만공사의 계획을 작성하여 관리청의 허가를 받아야 한다. 다만, 제17조 제1항 단서의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 귀속대상이 되지 아니하는 항만시설의 유지보수공사는 그러하지 아니하다』고 규정하고 있다. 같은법 제17조【항만시설의 귀속 등】 제1항에는 『제9조 제2항의 규정에 의한 비관리청의 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속된다. 다만, 대통령령이 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다』고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『제1항 본문의 규정에 불구하고 한국컨테이너부두공단법에 의하여 설립된 한국컨테이너부두공단은 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 또는 시설 중 항만시설을 제외한 잔여토지에 대하여 소유권을 취득할 수 있다. 이 경우 취득하는 소유권의 범위는 대통령령이 정하는 총 사업비의 범위안으로 한다』고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에는 『비관리청은 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 총 사업비의 범위안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있다』고 규정하고 있고, 같은조 제4항에는 『제3항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 무상으로 사용하는 자는 당해 시설을 타인으로 하여금 사용하게 할 수 있다』고 규정하고 있다. 항만법시행령 제17조 【귀속대상외의 항만시설 등】 제2항에는 『법 제17조 제1항 단서의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속되지 아니하는 토지는 다음 각호의 요건을 충족하는 토지로 한다.

1. 별표 3의 규정에 의한 토지의 범위에 해당하지 아니할 것

2. 토지가액이 제18조의 규정에 의한 총 사업비의 범위 이내일 것』이라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에는 『제2항 제2호의 규정에 의한 토지가액은 비관리청이 시행하는 항만공사의 준공확인당시 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 2 이상의 감정평가업자가 감정한 평가액을 평균하여 결정한다』고 규정하고 있다. 같은법시행령 제18조【총 사업비의 범위】에는 『법 제17조 제2항 및 제3항의 규정에 의한 총 사업비는 당해 항만공사의 준공확인일을 기준으로 하여 당해 항만공사와 관련된 다음 각호의 기준에 따라 산정한 제비용을 합산한 금액으로 한다.

1. 조사비: 항만공사의 시행을 위한 측량비 기타 조사비로서 순공사비에 포함되지 아니한 비용을 말하며, 엔지니어링기술진흥법 제10조의 규정에 의한 엔지니어링사업대가의 기준에 의한다.

2. 설계비: 항만공사의 시행을 위한 설계에 소요되는 비용을 말하며, 엔지니어링기술진흥법 제10조의 규정에 의한 엔지니어링 사업대가의 기준에 의한다.

3. 공사비: 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률시행령 제9조 의 규정에 의한 재료비ㆍ노무비ㆍ경비ㆍ일반관리비 및 이윤의 합계액을 말한다.

4. 보상비: 항만공사의 시행을 위하여 지급된 토지매입비(건물ㆍ입목 등의 매입비를 포함한다)ㆍ이주대책비 및 영업권ㆍ어업권ㆍ광업권 등의 권리에 대한 보상비를 말한다.

5. 부대비: 환경영향평가비, 시공감리비 등 항만공사 시행허가 조건의 이행에 소요되는 제비용을 말한다.

6. 건설이자: 제1호 내지 제5호의 사업비에 대한 건설이자(이자율은 수신고를 기준으로 한 상위 6개 시중은행의 1년 만기 정기예금금리의 평균으로 한다)를 말한다. 다만, 사업시행자가 고의로 공사를 지연시킨 경우 또는 사업시행자의 중대한 과실로 인하여 실시계획에서 정한 시기에 관리청의 준공확인을 받지 못한 경우 등 해양수산부령이 정하는 귀책사유로 인하여 사업기간이 연장된 경우에는 그 연장기간에 한하여 이를 인정하지 아니한다.

7. 부가가치세: 법 제17조 제1항의 규정에 의하여 토지 및 항만시설을 국가 또는 지방자치단체에 귀속시킬 경우 부가가치세법 제17조 의 규정에 의하여 납부하는 세액을 말한다.

8. 이윤: 제1호 내지 제5호의 비용의 10퍼센트에 상당하는 금액을 말한다』고 규정하고 있다. 같은법시행령 제19조【귀속항만시설의 무상사용 등】 제1항에는 『법 제17조 제3항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 무상으로 사용하고자 하는 자는 미리 관리청에 신고하여야 한다』고 규정하고, 같은조 제2항에는 『제1항의 규정에 의하여 무상으로 항만시설을 사용할 수 있는 기간은 다음 각호의 사용료를 합한 금액이 제18조의 규정에 의하여 산출된 총 사업비에 달할 때까지로 한다. 이 경우 무상사용의 기간을 산정함에 있어서 적용할 항만시설의 사용료는 제1호 및 제2호의 경우에는 당해 항만시설준공당시의 항만시설사용료를 기준으로 하고, 제3호의 경우에는 당해 항만시설의 사용당시의 사용료를 기준으로 한다.

1. 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 당해 항만시설을 유상으로 사용할 경우의 사용료

2. 법 제28조의 규정에 의하여 타인으로부터 징수하는 항만시설사용료

3. 제21조 제1항 제8호의 규정에 의하여 사용료가 면제되는 항만시설을 사용할 경우의 사용료』라고 규정하며, 같은조 제3항에는 『제2항의 규정에 의한 무상사용기간의 산정시 제17조 제2항의 규정에 의하여 비관리청이 토지의 소유권을 취득하는 경우에는 당해 토지가액을 제외한 잔액을 총 사업비로 확정하여야 한다』고 규정하고 있고, 같은조 제4항에는 『제3항의 규정에 의한 토지가액의 산정은 제17조 제3항의 규정을 준용한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1992. 7. 8 위 항만시설에 대한 공사시행 허가(항무 33770-642)를 받고, 1995. 6. 26부터 1997. 5. 25까지 ○○시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○항내 20,000DWT급 접안시설공사(안벽 220㎡, 부지조성 91,485㎡, 호안 280㎡, 도로 352.66m, 준설 111.645㎡, 배수공 및 기타1식)를 시행하여 1997. 5. 29 ○○지방해양수산청으로부터 준공확인(제 97-9)을 받아 위 항만시설을 국가에 귀속시키면서 위 항만시설 중 항만 배후부지에 해당하지 아니하는 토지는 청구법인이 취득하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) ○○지방해양수산청은 청구법인이 공사한 항만시설의 총 사업비를 17,287,499,000원으로 결정하고, 동 금액에서 청구법인이 취득한 토지의 감정가액 5,108,600,000원을 차감한 12,178,899,000원을 무상사용기간 및 타인사용료 징수 등에 적용되는 사업비로 확정하여 1997. 6. 20 청구법인에게 통보(항무 91570-720)하였음이 확인되며, 이에 대하여는 처분청과 청구법인간의 다툼은 없다.

(3) 이 건의 다툼은 청구법인이 취득한 쟁점토지가액(5,108,600,000원)이 청구법인의 항만시설 건설용역에 대한 대가로 볼 수 있는지를 가리는 것이므로 이에 대하여 살펴보면, 청구법인은 항만시설 공사의 총 사업비(17,287,499,000원)에 관련된 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하였고, 이와 유사한 공유수면매립공사의 경우 공유수면을 매립ㆍ준공 후 매립지의 일부 소유권을 취득하는 것은 공사시행자가 국가 등에 토지매립공사의 용역을 제공하고 그 대가로 매립지 중 일부 토지의 소유권을 취득한 것으로서 용역제공과 매립토지 일부의 소유권 취득과의 사이에는 경제적ㆍ실질적 대가관계가 있다고 할 수 있으므로 공유수면 매립공사는 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 할 것이며(같은뜻: 대법 93누 4809 1993. 5. 25, 대법 95누 15308, 1996. 3. 12),

○○지방해양수산청은 위 항만공사에 대한 총 사업비를 17,287,499,000원으로 산정하고, 청구법인의 무상사용기간을 산정할 때 적용하는 사업비는 청구법인에게 귀속된 쟁점토지가액을 제외한 것인 바, 청구법인이 취득한 쟁점토지가액은 청구법인의 항만시설 공사와의 사이에 경제적ㆍ실질적 대가관계가 있다고 봄이 타당하므로, 처분청이 쟁점토지가액을 포함한 총 사업비(17,287,499,000원)를 항만시설 건설용역에 대한 공급대가로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

(4) 한편, 처분청은 위 항만시설 건설용역에 대한 부가가치세를 1997년 제2기분으로 하여 과세하였는 바, 이에 대하여 살펴보면, 첫째, 청구법인은 항만시설공사를 1995. 6. 26부터 1997. 5. 25까지 시행하고 1997. 5. 29 ○○지방해양수산청장으로부터 준공확인(제 97-9호)을 받아 국가에 귀속시키고, 그 중 국가에 귀속되지 아니하는 토지를 1997. 6. 2 취득하였음이 준공확인필증 및 토지대장에 의하여 확인되고, 둘째, ○○지방해양수산청장은 국가에 귀속되는 토지 및 항만시설을 1997. 5. 29 및 6. 2 취득하였음이 당심에 회신(항무 91570-312, 2001. 3. 9)한 국유재산대장 및 토지대장에 의하여 확인되며, 셋째, 쟁점접안시설공사에 대한 총 사업비 및 무상사용기간 등에 적용되는 총 사업비는 1997. 6. 20 산정하여 청구법인에게 통보(항무 91570-720)하였음이 총 사업비 산정통보서에 의하여 확인된다. 넷째, 이 건 항만시설 건설용역에 대한 부가가치세를 1997년 제2기분으로 하여 과세한 사유를 조사관서인 ○○지방국세청에 조회한 바, "1997. 11. 14 시설관리운영권 상당액을 국가에 기부채납하면서 발행한 세금계산서 교부일을 공급시기로 하여 결정하였으나, ○○지방해양수산청의 준공확인필증에 의하여 공사 준공일이 1997. 5. 29로 확인되므로 기부채납일을 공급시기로 하여 결정한 당초 결정은 적용착오였다고 보며, 준공일인 1997. 5. 29을 공급시기로 하여 결정함이 타당하다고 판단된다"고 회신하였음이 확인된다. 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 보면, 용역의 공급시기는 "역무의 제공이 완료되는 때"인 바, 이 건 항만시설공사의 경우 "역무의 제공이 완료되는 때"는 준공확인을 받은 날이 된다 할 것이므로 1997. 5. 29을 공급시기로 보는 것(같은 뜻: 대법 91누 9398 1992. 2. 11, 국심 93경 1866 1993. 10. 19)이 타당하다고 판단된다. 한편, 부가가치세는 과세기간별로 산정되는 것으로서, 당해 과세기간의 과세표준을 계산함에 있어서 공급시기가 다른 과세기간에 속하는 공급가액을 합산할 수는 없는 것(같은뜻: 대법 96누 16803, 1998. 2. 24)인 바, 이 건 항만시설공사의 공급시기는 1997년 제1기 과세기간에 속하여 그 공급가액은 1997년 제2기 부가가치세 과세표준에 합산될 수 없다 할 것이므로, 처분청이 이 건 항만시설공사의 공급가액을 1997년 제2기 부가가치세 과세표준에 합산하여 경정한 부가가치세 과세처분은 과세기간을 그르친 위법한 처분이라 할 것이므로 취소되어야 한다고 판단된다. (1997년 제1기 부가가치세 과세표준에 합산하여 경정하는 것은 별론임) 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장은 받아들일 수 없으나, 처분청의 경정에 일부 잘못이 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2항 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제7조 / 부가가치세법 제9조 / 부가가치세법시행령 제22조 / 부가가치세법 제13조 / 부가가치세법시행령 제48조 /