영세율 적용 대상 여부

[주문] 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다. [이유]

청구법인은 제주도 남제주군 ㅇㅇ면 ○○리 **-0번지에서 농산물(토마토)을 일본에 수출하는 사업을 영위하기 위하여 1996. 12. 23을 개업일로 하고 온실 등 재배시설물을 건축하면서 1998. 6. 22 면세포기신고서를 제출하고 1998년 제2기 예정분부터 1999년 제2기 확정분까지 면세예정공급가액의 비율을 5％로 하여 시설물 건축관련 매입세액의 95％에 상당하는 세액을 공제하여 환급받았다. 처분청은 청구법인에 대한 법인세 조사시 1999년 제2기 확정신고서를 확인한 결과 청구법인이 청구외 (주)○○교역에게 공급한 7,650,000원 및 청구외 ☆☆무역 권○○에게 공급한 30,484,800원 합계 38,134,800원(이하 “쟁점거래금액”이라 한다)에 상당하는 토마토는 영세율 적용대상이 아니므로 이를 국내에 공급하는 면세공급가액으로 보아 면세공급가액의 비율을 100％로 하고 면세비율의 증가분(95％)에 상당하는 세액 123,250,640원을 1999년 제2기분 부가가치세 납부세액에 가산하는 것으로 하여 이를 2000. 7. 3 청구법인에게 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불목하여 2000. 7. 5 이의신청을 거쳐 2000. 11. 29 심사청구하였다.

청구법인은 토마토 등의 신선채소류를 일본으로 수출하는 사업을 영위하는 영농조합법인으로 무역업등록이나 수출에 따른 일련의 서류 및 선적절차 등의 업무를 추진할 능력이 없어 청구외 (주)○○교역 및 ☆☆무역 권○○와 수출대행의 방법으로 청구법인의 책임하에 토마토를 수출하였는데도 쟁점거래금액을 영세율 적용대상이 아니라고 보아 과세한 당초 처분은 부당하다.

청구법인은 쟁점거래금액을 면세수입금액으로 신고하였고, 수출업자인 청구외 (주)○○교역 및 ☆☆무역 권○○는 수출대행에 따른 수수료에 대한 세금계산서를 발행하지 않았으며, 청구법인이 쟁점거래금액에 대하여 청구외 (주)○○교역 및 ☆☆무역 권○○에게 계산서를 교부한 사실로 볼 때, 쟁점거래금액은 청구법인이 수출업자인 청구외 (주)○○교역 및 ☆☆무역 권○○에게 토마토를 공급한 것으로 영세율 적용대상이 아니므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 청구외 (주)○○교역 및 ☆☆무역 권○○에게 공급한 토마토가 영세율 적용대상에 해당하는 수출대행으로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 ■ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용·소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다. ■ 부가가치세법시행령 제15조 【자가공급의 범위】

① 법 제6조 제2항의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화

2. (생략) ■ 부가가치세법 제11조 【영세율 적용】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

2.∼4. (생략) ■ 부가가치법시행령 제24조【수출의 범위】

① 법 제11조 제1항 제1호에 규정하는 수출은 내국물품(우리나라 선박에 의하여 채포된 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것으로 한다.

② 법 제11조 제1항 제1호에 규정하는 수출하는 재화에는 사업자가 내국신용장과 대외무역법에서 정하는 구매승인서에 의하여 공급하는 재화를 포함한다. (1999. 12. 31 대통령령 제16661호로 개정되기 이전) ■ 부가가치세법시행규칙 제9조의2 【내국신용장등의 범위】

① 영 제24조 제2항 및 제26조 제1항 제2호에서 규정하는 내국신용장이라 함은 사업자가 국내에서 수출용원자재·수출용완제품 또는 수출재화임가공용역을 공급받고자 하는 경우에 당해 사업자의 신청에 의하여 외국환은행의 장이 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간내에 개설하는 신용장을 말한다.

② 영 제24조 제2항에서 규정하는 구매승인서라 함은 외국환은행의 장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화의 공급시기가 속하는 과세기간내에 발급하는 승인서를 말한다. ■ 부가가치세법 제12조 【면세】

④ 사업자는 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급으로서 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용의 대상이 되는 것과 제1항 제11호·제13호 및 제16호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있다. ■ 부가가치법시행령 제47조【면세포기신고】

① 법 제12조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급이 법 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용의 대상이 되는 경우와 제37조 제1호에 규정하는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 이를 공급하는 경우에 법 제12조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니하고자 하는 사업자는 다음 각호의 사항을 기재한 면세포기신고서에 의하여 관할세무서장에게 신고하고, 법 제5조의 규정에 의하여 지체없이 등록하여야 한다.

2. 면세를 포기하고자 하는 재화 또는 용역

■ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받은 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가 ■ 부가가치법시행령 제49조【자가공급등에 대한 과세표준의 계산】

① 과세사업에 공한 재화가 소득세법시행령 제62조 또는 법인세법시행령 제24조 에 규정된 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)에 해당하는 경우에 당해 재화를 법 제6조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공급으로 보는 때에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산된 금액을 당해 재화의 시가로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제3조의 규정에 의한 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 10을 초과하는 때에는 10으로, 기타의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과하는 때에는 4로 한다.

당해 재화의 취득가액×(1－10/100)×경과된 과세기간의 수)＝시가

당해 재화의 취득가액×(1－25/100)×경과된 과세기간의 수)＝시가

② 과세사업에 공한 감가상각자산을 면세사업에 일부 사용하는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액을 과세표준으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

당해 재화의 취득가액×(1－10/100×경과된 과세기간의 수)×(면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 면세공급가액/면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 총 공급가액)＝과세표준

당해 재화의 취득가액×(1-25/100×경과된 과세기간의 수)×(면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 면세공급가액/면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 총 공급가액)＝과세표준

③ 제1항 및 제2항 각호의 재화의 취득가액은 소득세법시행령 제89조 또는 법인세법시행령 제72조 제1항 에 규정하는 취득가액(동조 제3항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 금액을 포함한다)으로 한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 공급된 것으로 보게 되는 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 공급된 것으로 본다. ■ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. (생략)

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다. ■ 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액＝공통매입세액×──────── 총 공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총 매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총 예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 ■ 부가가치법시행령 제61조의2【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총 사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 ＝ 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 {총 공통매입세액×[1 － ─────────────────]－ 기공제세액} 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총 공급가액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 ＝ 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 {총 공통매입세액×[1 － ──────────────────]－ 기공제세액} 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총 사용면적 ■ 부가가치세법시행령 제63조 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】

① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 법 제17조 제1항, 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 계산한 매입세액이 공제된 후 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총 사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)의 그 비율보다 증가되는 경우의 감가상각자산에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

가산 또는 공제되는 세액＝당해 재화의 매입세액×(1－10/100)×경과된 과세기간의 수)×증가된 면세공급가액의 비율 또는 증가된 면세사용면적의 비율

가산 또는 공제되는 세액＝당해 재화의 매입세액×(1－25/100×경과된 과세기간의 수)×증가된 면세공급가액의 비율 또는 증가된 면세사용면적의 비율

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산한 경우에는 증가된 면세공급가액의 비율에 의하여 재계산하고, 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총 사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분계산한 경우에는 증가된 면세사용면적의 비율에 의하여 재계산한다.

④ 제49조의 규정이 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단 먼저, 사실관계를 살펴본다.

(1) 청구법인은 토마토 등의 신선채소류를 일본으로 수출하는 사업을 영위하기 위하여 1996. 12. 23을 개업일로 하여 면세사업자로 등록하였다가 1998. 6. 22 면세를 포기하고 온실 등의 시설물 공사와 관련한 매입세액을 안분계산(면세예정공급가액의 비율 5％)하여 138,610,029원(1998년 제2기 예정분 38,915,454원, 1998년 제2기 확정분 85,114,602원, 1999년 제1기 예정분 13,653,834원, 1999년 제1기 확정분 132,727원, 1999년 제2기 확정분 793,412원)의 매입세액을 공제받았음이 부가가치세 신고서 등의 심리자료에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간의 다툼은 없다.

(2) 청구법인의 수입금액이 최초로 발생한 1999년 제2기 확정분 부가가치세 신고서를 살펴보면, 과세공급가액은 없고 면세공급가액만 38,134,800원으로 되어있으며, 그 면세공급가액의 내용은 청구법인이 토마토를 청구외 (주)○○교역에게 1999. 11. 7부터 1999. 11. 14까지 공급한 5,150,000원과, 1999. 12. 7 공급한 2,500,000원 및 청구외 ☆☆무역 권○○에게 1999. 10. 28부터 1999. 12. 26까지 공급한 30,484,800원임이 확인된다.

(3) 이 건의 다툼은 청구법인이 토마토를 수출하기 위하여 면세를 포기하고 관련 매입세액을 공제하여 환급받았으므로 청구법인이 청구외 (주)○○교역 및 ☆☆무역 권○○에게 토마토를 공급한 위 거래를 영세율이 적용되는 수출대행으로서 과세공급으로 보느냐 아니면 국내에 판매한 것으로서 면세공급으로 보느냐에 있는 것인 바, 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구법인은 청구외 (주)○○교역과의 거래에 대하여 수출대행사실을 확인할 수 있는 수출대행계약서를 제출하지 못하고 있고, 청구외 ☆☆무역 권○○와의 거래에 대하여는 “완숙 토마토 수출계약서”를 제출하였는데, 그 계약서에는 청구법인이 제품을 선별 포장하고 청구외 ☆☆무역 권○○는 물품대, 박스대, 선별료 및 국내운송비를 포함한 가격으로 인수하고 계약금으로 청구법인에게 일천만원을 예치한다(제6조)고 되어있고, 수매대금은 목요일 작업분(산지작업)부터 수요일 작업분(산지작업)까지의 일주일 선적분을 그 다음주 금요일까지 청구외 ○○단위농협이 지정하는 구좌에 입금한다(제9조)고 되어있으며, 수출대행 사실을 확인할 수 있는 대행수수료에 관한 내용은 없어 이 계약서는 수출대행계약서가 아님이 확인된다. 둘째, 청구법인은 직접 수출신용장을 받거나 또는 내국신용장을 개설받은 사실은 없고, 청구법인이 제출한 수출신고필증에는 수출자와 제조자가 모두 청구외 ☆☆무역 권○○로 되어있으며, 당심이 심리과정에서 외환은행 ○○지점에 확인(전화 064-757-****, 직원 박☆☆, 2001. 1. 11 17:10)한 바에 의하면, 청구법인은 청구외 (주)○○교역에게 2,500,000원에 상당하는 토마토를 공급(선적일 1999. 12. 27)하는 외화획득용 물품 구매승인을 2000. 1. 12 받은 사실이 구매승인서에 의하여 확인된다. 셋째, 청구법인은 쟁점거래금액 전부에 대하여 청구외 (주)○○교역 및 ☆☆무역 권○○를 공급받는 자로 하여 세금계산서가 아닌 계산서를 발행하였음이 청구법인이 제출한 계산서에 의하여 확인된다. 위의 사실관계와 관련 법령을 종합하여 보면, 사업자가 내국신용장과 대외무역법에서 정하는 구매승인서에 의하지 아니하고 수출품 생산업자에게 공급하는 재화는 영세율이 적용되지 아니하는 것(같은뜻: 부가 22601-1374, 1990. 10. 24)이고, 또 재화를 공급한 후 내국신용장 및 구매승인서가 당해 과세기간 경과 후에 개설되는 경우에는 영세율이 적용되지 아니하는 것(같은뜻: 부가 22601-217, 1992. 2. 22)이며, 수출품 생산업자가 직접 수출신용장을 받아 수출업자에게 양도하고 수출대행계약을 체결하거나 수출업자가 수출신용장을 받고 수출품 생산업자와 수출대행계약을 체결하여 수출업자의 명의로 수출하는 경우에 수출품 생산업자가 외국으로 반출하는 재화에 대하여 영의 세율을 적용하는 것(같은뜻: 부가가치세법기본통칙 11-24-2)인 바, 청구법인의 경우 수출대행 사실을 확인할 수 있는 증빙자료가 없고 또 외환은행 ○○지점으로부터 발급받은 구매승인서가 공급시기(선적일 1999. 12. 27) 이후인 2000. 1. 12 발급 받아 쟁점거래금 전부는 영세율 적용대상으로 볼 수 없고 국내에 공급한 것으로서 면세공급가액으로 보아야 함이 타당하다고 판단된다.

(4) 한편, 처분청의 결의서를 살펴보면, 처분청은 전시한 부가가치세법시행령 제63조 의 규정에 의하여 면세공급가액의 비율이 당초 5％에서 100％로 증가한 것으로 보고 매입세액을 재계산하는 방법으로 과세하였는데, 이 건의 경우는 당초 청구법인이 영세율이 적용되는 수출하는 재화를 전제로 면세를 포기한 것이므로 공급가액이 발생한 1999년 제2기분의 쟁점거래금액이 전부 영세율 적용대상이 되지 않는 국내에 공급한 경우에 해당하는 이상 면세포기의 효력은 없는 것(같은뜻: 부가가치세법기본통칙 12-47-2)인 바, 전시한 부가가치세법시행령 제15조 제1항 에 의하여 부가가치세가 면제되는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 경우로서 재화의 공급에 해당하는 자가공급으로 과세하는 것이 타당하다 할 것이나, 자가공급으로 전시한 부가가치세법시행령 제49조 제1항 에 규정한 산식에 의하여 과세표준을 계산하고 그 세액을 경정하면 125,885,454원(건물 및 구축물취득가액 1,398,727,273원, 경과된 과세기간의 수 1)이 되어 처분청이 당초 납부세액 또는 환급세액 재계산으로 전시한 부가가치세법 제63조 제2항 에 규정한 산식에 의하여 경정고지한 세액(123,250,640원)보다 더 많이 부과되어 당초 처분보다 청구법인에게 불이익이 되므로 국세기본법 제79조 제2항 의 불이익변경금지에 따라 처분청의 당초 처분을 그대로 유지하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제6조 / 부가가치세법시행령 제15조 / 부가가치세법 제11조 / 부가가치세법시행령 제24조 / 부가가치세법시행규칙 제9조의2 / 부가가치세법 제12조 / 부가가치세법시행령 제47조 /부가가치세법제13조/ 부가가치세법시행령 제49조 / 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법시행령 제61조 / 부가가치세법시행령 제61조의2 / 부가가치세법시행령 제63조 /