과세유형 전환되었으나 간이과세 포기신고를 하지 않은 경우 재고납부세액계산

○○세무서장이 2000.07.08 청구인에게 경정고지한 1998년 2기분 부가가치세 47,360,510원의 부과처분은

1. 청구인이 1995년 1기 과세기간이 공제받은 매입세액 중 건물 취득과 관련하여 공제받은 매입세액과 볼링장 시설물 취득과 관련하여 공제받은 매입세액을 구분하고 그 중 건물 취득과 관련하여 공제받은 매입세액에 상당하는 취득가액에 대하여만 1998.12.31 대통령령 제15973호로 개정되기 이전 부가가치세법시행령 제74조 의 4 제3항 제2호 가목에 규정한 산식에 따라 재고납부세액을 계산하여 그 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구인(○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○, ○○○)은 ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지 ○○타워 3층 및 4층 건물을 분양 받아 볼링장 영업을 목적으로 1995.02.25을 개업일로 하여 일반사업자로서 사업자등록을 한 후 1995년 1기 과세기간에 당해 취득 부동산의 건물분(볼링장 시설물 포함)에 대한 부가가치세 매입세액 143,516,726원을 공제하여 부가가치세를 환급받았다.

○○지방국세청장은 처분청에 대한 업무감사시 청구인의 1997년의 공급대가가 1억5천만원에 미달하고 청구인이 간이과세 포기 신고서를 제출하지 아니하여 1998년 2기 과세기간부터 간이과세자로 적용되므로 일반과세자가 간이과세자로 전환됨으로 인한 재고납부세액을 결정하지 않았음을 지적하였고, 처분청은 이에 따라 재고납부세액을 계산하여 이에 따른 1998년 2기분 부가가치세 47,360,510원을 청구인에게 2000.07.08 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.10.10 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 1995년 02월부터 볼링장 사업을 영위하던 중 사업부진으로 인하여 1997년 06월경 임대를 하였고 임차인 또한 사업부진으로 인하여 1998년 07월경 폐업하여 현재까지 공실로 비워둔 상황인 바, 청구인은 세법에 대한 무지로 과세유형에 대하여 아는 바 없고 또한 과세유형전환에 대한 사전 통보를 받은 사실도 없으므로 1998년 2기부터 간이과세자로 전환하여 이에 따른 재고납부세액을 계산하여 과세한 처분은 부당하다.

부가가치세법시행령 제74조 의 2 제3항에서 일반과세자에서 간이과세자로 변경될 경우 같은조 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 부가가치세법 제25조 의 규정을 적용하도록 명시하고 있어 그 통지여부가 과세유형전환의 효력에 대한 강행규정이라고 할 수 없다 할 것이고, 청구인은 1998.07.01 간이과세자로 유형전환 후 1999년 2기 및 2000년 1기 부가가치세 신고시 간이과세자로 신고하였음이 국세통합시스템의 신고서 조회에 의하여 확인되므로, 청구인이 간이과세자로 과세유형이 전환된 사항에 대하여 아는 바 없고 과세유형 전환에 따른 사전통보를 받은 사실이 없다고 하는 주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환됨에 따른 재고납부세액을 계산하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1998.12.28 법률 제5585호로 개정되기 이전 부가가치세법 제25조 【간이과세 및 과세특례】 제1항에는 『다음 각호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 사업을 제외한다.

1. 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)가 1억 5천만원에 미달하는 개인사업자로서 제2호의 규정에 해당하지 아니하는 자(이하 “간이과세자”라 한다)

2. 직전 1역년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)』라고 규정하고, 1998.12.31 대통령령 제15973호로 개정되기 이전 부가가치세법시행령 제74조 의 2 【간이과세ㆍ과세특례 및 일반과세의 적용시기】 제1항에는 『법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 법 제25조 제1항 제1호 또는 제74조 제1항 각호에서 규정하는 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다』라고 규정하며, 같은조 제2항에는 『제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일 전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시 전일까지 교부하여야 한다』라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에는 『제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다』라고 규정하고 있다. 같은법 제26조의 2 【재고매입세액가산】에는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다』라고 규정하고, 같은법시행령 제74조의 4 【간이과세 및 과세특례 전환시의 세액계산 특례】 제1항에는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의하여 매입세액을 공제받은 것에 한한다)을 그 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 간이과세 또는 과세특례 전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 1.~3. (생략)

4. 감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득ㆍ건설 또는 신축 후 5년 이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작 후 2년 이내의 것에 한한다)』라고 규정하며, 같은조 제2항에는 『제1항의 규정에 의한 재고품 및 감가상각자산의 금액은 장부 또는 세금계산서에 의하여 확인되는 당해 재고품 및 감가상각자산의 취득가액으로 한다. 다만, 장부 또는 세금계산서가 없거나 기장이 누락된 경우 당해 재고품 및 감가상각자산의 경우의 가액은 시가에 의한다』고 규정하고 있고, 같은조 제3항에는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에 당해 사업자는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “재고납부세액”이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다. 이 경우 제2호 및 제3호의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단 및 동조 제4항의 규정을 준용한다.

1. (생략)

2. 제1항 제4호에 규정된 자산으로서 다른 사람으로부터 매입한 자산 (가) 건물 또는 구축물 재고납부세액 = 취득가액×(1-10/100×경과된 과세기간의 수)×10/100×(1-법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율) (나) 기타의 감가상각자산 재고납부세액 = 취득가액×(1-25/100×경과된 과세기간의 수)×10/100×(1-법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율)

3. (생략)』라고 규정하고 있으며, 같은조 제4항에는 『제3항 각호의 산식중 “법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율”은 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 날이 속하는 과세기간에 법 제26조 제3항 각호의 규정에 의하여 당해 재고품 및 감가상각자산에 대하여 적용되는 공제율로 한다』라고 규정하고 있다. 같은법 제26조 【과세표준과 세액】 제3항에는 『간이과세자 또는 과세특례자가 다른 사업자로부터 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서, 제32조의 2 제3항의 규정에 의한 신용카드매출전표 또는 제32조의 3 제3항 후단의 규정에 의한 계산서(이하 이 조에서 “세금계산서 등”이라 한다)를 교부받아 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 세금계산서 또는 제는 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표, 신용카드매출전표 및 계산서를 사업장 관할세무서장에게 제출하는 때에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산 금액을 각 예정신고기간 또는 과세기간에 대한 납부세액에서 공제한다.

1. (생략)

2. 제2항 제1호의 규정에 의한 당해 업종의 부가가치율이 100분의 20을 초과하는 간이과세자에 대하여는 당해 예정신고기간 또는 과세기간에 교부받은 세금계산서 등에 기재된 매입세액의 100분의 20에 상당하는 금액 3.~4. (생략)』라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제74조의 3 【간이과세자 및 과세특례자의 과세표준 및 세액의 계산】 제4항에는 『법 제26조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 당해 업종의 부가가치율”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다. 1.~8. (생략)

9. 부동산임대업 100분의 43

10. (생략)

11. 기타 서비스업 100분의 40』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지 ○○타워 3층 및 4층 건물을 분양 받아 볼링장 영업을 목적으로 1995.02.25을 개업일로 하여 일반과세자로 사업자등록을 하였고, 1995년 1기 과세기간에 당해 취득 부동산의 건물분(볼링장 시설물 포함)에 대한 부가가치세 매입세액 143,516,726원을 공제하여 부가가치세를 환급받았으며, 1997년의 공급대가는 74,030,770원(1997년1기 48,774,469원, 1997년 2기 25,256,301원)으로서 1억 5천만원에 미달하여 1998년 2기 과세기간부터 간이과세자에 해당하여 1998.07.01자로 간이과세자로 과세유형이 변경되었는데도 청구인은 1998년 2기 부가가치세 신고를 하지 아니하여 일반과세자가 간이과세자로 전환됨에 따른 재고납부세액을 계산하여 납부하지 않았음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 세법에 대한 무지로 과세유형에 대하여 아는 바 없고 또한 과세유형전환에 대한 사전 통지를 받은 사실도 없는데도 처분청이 간이과세자로 전환하여 이에 따른 재고납부세액을 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴보면, (가) 청구인은 1997년의 공급대가가 1억 5천만원에 미달하여 1998.07.01자로 일반과세자에서 간이과세자로 전환되었음이 국세통합시스템의 사업자세적변경이력 조회자료에 의하여 확인되고, 청구인은 1998년 2기분과 1999년 1기분에 부가가치세는 신고를 하지 않았고, 1999년 2기분 및 2000년 1기분에 대하여는 간이과세자로 무실적 신고하였으며, 2000.09.26 폐업하였음이 국세통합시스템의 부가가치세신고서 조회자료에 의하여 확인되는 점으로 볼 때, 청구인이 과세유형전환 통지를 받은 사실이 없다는 주장은 신빙성이 없어 보인다. (나) 설령, 청구인이 과세유형전환에 대한 통지를 받지 못하였다고 하더라도, 전시한 법령과 같이 부가가치세법 시행령 제74조 의 2 제3항에서 일반과세자에서 간이과세자로 변경될 경우, 같은조 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 부가가치세법 제25조 의 규정을 적용하도록 명시하고 있고, 또 부가가치세법상 사업자등록은 사업자의 인적사항, 사업개시일 등 과세자료를 과세관청의 관련대장에 등재하여 납세자를 정확하게 파악하기 위한 것에 불과하고, 일반과세자에서 과세특례자로 유형전환시의 통지 규정과 사업자등록증의 정정 교부 규정은 그 통지여부 및 그 정정교부 여부가 각각 과세유형 전환의 효력에 영향을 미치는 강행규정이라고 해석되지 아니하는 것인 바, 비록 청구인이 간이과세자로 변경된 사실을 알지 못하였다고 하여도 이로 인해 일반과세자로 되는 것은 아니라 할 것(같은 뜻: 대법94누9160 1995.07.14, 국심99경1287 1999.11.22, 부가46015-2241 1999.07.30)이므로, 처분청이 앞에서 살펴본 법령의 규정에 의하여 재고납부세액을 계산하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 한편, 처분청이 재고납부세액을 계산한 내역을 살펴보면, 다음과 같이 되어 있는데, 143,516,726원(공제받은 매입세액) × (1-10/100×7) = 43,055,017원 ※경과된 과세기간의 수: 7(1995년 1기부터 1998년 1기까지) 전시한 구 부가가치세법시행령 제74조 의 4 제3항 제2호 가목에 의하면 건물 또는 구축물의 재고납부세액은 다음과 같이 계산하도록 규정하고 있고, 재고납부세액 = 취득가액×(1-10/100×경과된 과세기간의 수)×10/100×(1-법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율) 같은호 나목에 의하면 기타의 감가상각자산의 재고납부세액은 다음과 같이 계산하도록 규정하고 있는 바, 재고납부세액 = 취득가액×(1-25/100×경과된 과세기간의 수)×10/100×(1-법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율) 당심은 처분청이 “1-법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율”을 적용하지 아니함으로써 재고납부세액을 과다하게 계산하고, 또 청구인이 당초 공제받은 매입세액에 건물분과 볼링장 시설물 취득 대금이 모두 포함되어 있음이 세금계산서에 의하여 확인되는데도 건물 취득분과 볼링장 시설물 취득분을 구분하여 계산하지 아니함으로써 결과적으로 재고납부세액을 과다하게 계산한 잘못을 확인하고 그 사유를 처분청에 전화로 확인한 결과, 처분청은 재고납부세액 계산시 “1-법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율” 적용을 하지 아니한데 대하여 잘못이 있음을 인정하고, 공제받은 매입세액 전부를 건물 취득관련 매입세액으로 본데 대하여는 세금계산서에 건물 취득금액과 볼링장 시설물 취득금액이 구분되어 있지 아니하고 또 그것을 구분하기 어렵다 하여 공제받은 매입세액 전부를 건물 취득관련 매입세액으로 보아 재고납부세액을 계산하였다고 하였다. 살피건대, 전시한 법령에 의하면, 건물 및 구축물의 경우에는 취득 후 5년 이내의 것, 기타의 감가상각의 경우에는 취득 후 2년 이내의 것에 한하여 일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경될 때 재고납부세액을 계산하는 것인 바, 청구인의 경우 경과된 과세기간의 수가 7로서 3년 6월이 경과하였으므로 건물 취득과 관련하여 공제받은 매입세액에 대하여는 재고납부세액을 계산하여야 하나, 볼링장 시설물 취득과 관련하여 공제받은 매입세액에 대하여는 재고납부세액을 계산할 수 없다할 것이므로, 청구인이 1995년 1기 과세기간에 공제받은 매입세액 중 건물 취득과 관련하여 공제받은 매입세액을 확인하고 이에 대한 재고납부세액을 전시한 구 부가가치세법시행령 제74조 의 4 제3항 제2호 가목의 산식에 따라 계산하여야 함이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장은 받아들일 수 없으나 처분청의 경정에 일부 잘못이 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.