경영사업자의 면세관련 매입세액을 공제하지 아니하고 경정한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지에서 버섯 재배사 건설을 목적으로 1996.03.01 사업을 개시하여 1999년 제2기 과세기간 중 (주)○○(이하“청구외 법인”이라함)로부터 팽이병(팽이버섯재배용) 260,000개를 매입하고 교부받은 세금계산서 1매, 공급가액 34,450,000원, 세액 3,445,000원(이하“쟁점세금계산서”라함)을 1999년 제2기 부가가치세 확정신고시 제출하여 매입세액으로 3,445,000원을 공제하여 환급신고하였다. 처분청은 청구인에 대한 부가가치세 환급조사시 청구인이 매입한 팽이버섯 재배용 팽이병은 부가가치세 면세사업인 버섯을 재배하기 위한 것이므로 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다고 보아 환급을 거부하고 신고불성실가산세를 적용하여 1999년 제2기분 부가가치세 344,500원을 2000.04.15 청구인에게 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.06.28 이의신청을 거쳐 2000.10.19 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 국내 최초로 팽이병을 이용한 느타리버섯 재배사 자동시설물을 건설하여 농가에 보급하기 위하여 220평 규모의 최첨단 버섯 재배사를 1998.05월 완공하여 판매활동을 하였으나 팽이병을 이용한 느타리버섯 자동 재배사에 대한 회의적인 시장 반응으로 인하여 판매가 부진한 점을 타개하기 위하여 청구인은 1999년 하반기에 생산과정 및 생산량을 농가에 직접 홍보할 목적으로 최소가동수량에 해당하는 팽이병 26만병(본 재배사의 정상가동시의 필요병은 40만병이며, 26만병은 자동생산라인을 운영하기 위한 최소량에 해당됨)을 청구인이 구입하여 버섯을 시험 재배하여 약 40,000천원에 판매한 사실이 있는 바, 청구인이 버섯 시험재배를 위하여 매입한 팽이병과 버섯 매출액은 부가가치세 과세사업인 버섯 재배사 설치에 부수되는 재화이므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하고, 버섯 판매액에 대하여는 부가가치세를 과세하여야 한다.

청구인은 1996.03.01 사업을 개시한 이후 1999.12.31까지 버섯 재배사 시설물에 대한 매출이 발생하지 아니하였고 팽이병 매입수량이 26만병으로 다량인 점으로 보아 팽이병 매입이 과세매출(버섯 재배사 건설)에 부수된 것이라는 청구주장과, 정상가동에 필요한 최소한의 팽이병은 40만병이라고 주장하나 임상실험용으로 필요한 수량이 26만병이라는 구체적인 증빙도 없는 청구주장은 신빙성이 없으므로 청구인이 재배하여 판매한 버섯은 버섯 재배사 건설에 부수된 것으로 볼 수 없으므로 부가가치세 면세사업에 해당하고, 이와 관련된 팽이병 매입은 면세사업과 관련된 것이므로 관련 매입세액을 불공제하고 신고불성실 가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서의 매입세액이 면세관련 매입세액인지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제1조 【과세대상】제4항에서 “주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다”고 규정하고, 같은 법 시행령 제3조에서 “법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화“라고 규정하고, 같은 법 시행령 제11조 【등록정정】 제1항 제4호에서 “사업자가 사업의 종류에 변경이 있는 경우에는 사업자등록정정신고서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다”고 규정하고, 같은 법 제12조 【면세】 제1항 제1호에서 “가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물을 포함한다) 및 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 재화의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 규정하고, 같은 법 시행령 제28조 제1항에서 “법 제12조 제1항 제1호에서 규정하는 가공되지 아니한 식료품은 다음 각호에 규정하는 것으로서 가공되지 아니하거나 탈곡ㆍ정미ㆍ정맥ㆍ제분ㆍ정육ㆍ건조ㆍ냉동ㆍ염장ㆍ포장 기타 원생산물의 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용에 공하는 것으로 한다”고 규정하고 같은 법 제17조 【납부세액】 제2항 제4호에서 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1996.03.01 부가가치세 과세사업인 버섯 재배사 설치 및 기계제작업을 사업목적으로 사업을 개시하였으나 1999.12.05 화재발생으로 휴업할 때 까지 부가가치세 과세사업에 대한 매출액은 전혀 없었음이 국세통합시스템에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 1999.06.23 부가가치세 면세사업인 버섯재배업(임업)을 추가하여 사업자등록정정신고서를 처분청에 제출하였으며, 처분청은 기존의 부가가치세 과세사업 업종에 버섯재배업(임업)을 추가하여 1999.06.30 사업자등록증을 발급하였음이 청구인이 제출한 사업자등록정정신고서 및 사업자등록증에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 처분청의 이 건 당초 조사시 2000.03.13 작성한 확인서에서 청구인의 사업과 관련하여 버섯 판매현황을 확인할 수 있는 판매일보 등 세무관련 서류는 1999.12.05 화재로 전소되어 현재 보관하고 있는 세무자료는 전혀 없으며, 청구인이 팽이병 26만병을 배입한 것은 버섯을 판매할 목적으로 구입하였으나 매입세액 공제 대상이 아니라는 사실을 몰라 1999년 제2기분 부가가치세 확정신고시 환급신고하였다고 확인한 사실이 처분청이 제시한 당초 조사서류에 의하여 확인된다.

(4) 청구인은 청구인이 매입한 팽이병 26만병은 부가가치세 과세사업인 버섯 재배사 설치 홍보를 목적으로 매입한 것이므로 이는 부가가치세 과세사업에 부수되는 시험연구용 재화로서 매입세액이 공제되어야 하며, 시험연구용으로 재배한 버섯 판매액(40,000천원)은 부가가치세 과세사업에 부수하여 일시적으로 발생한 매출액이므로 이에 대하여 부가가치세를 과세하여야 한다고 주장하나, 첫째, 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수되는 재화 또는 용역은 주된 재화 또는 용역 자체에 부수되는 것과 주된 재화 또는 용역 공급의 사업에 부수되는 것으로 나눌수 있는 바, 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 범위는 부가가치세법 시행령 제3조 에서 구체적으로 규정하고 있는데 필수적 부수란 주된 거래와 불가분의 관계에 있는 것을 말하는 것으로 이에 대한 판단기준은 공급대가 및 거래 관행상 통상성이 되는 것인 바, 이렇게 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수재화 또는 용역의 공급을 포함시키는 이유는 별도의 거래로 볼 수 없는 것은 아니나, 통상적인 거래의 관행을 존중하고 구분계산의 비경제성을 제거하기 위함이다. 둘째, 이 건의 경우 청구인은 청구인이 영위하고 있는 버섯 재배사 설치업의 홍보를 위하여 시험적으로 버섯을 재배하였다는 청구주장도 일응 타당성이 있으나, 청구인이 1996.03.01 사업을 개시할 당시에는 부가가치세가 과세되는 사업(건설업, 버섯재배사 및 기계제작업)만을 영위하는 것으로 사업자등록을 하였으나 이 건 팽이병을 매입하기 직전인 1999.06.23 부가가치세가 면제되는 버섯 재배업(간세1235-1556, 1979.05.09)을 추가하여 사업자등록을 정정한 것으로 보아 청구인은 버섯을 재배하여 판매하는 사업을 추가로 영위하는 것을 대외적으로 표방한 것으로 보이는 점과, 버섯 재배에 필요한 팽이병의 매입수량이 26만병으로 그 수량이 다량인 점, 버섯 판매금액이 약 4천만원으로 비교적 고액이며 버섯 재배사 설치업과 관련된 수입금액은 발생되지 아니한 점 등을 모아보면 청구인이 수입한 4천만원은 부가가치세 면세사업인 버섯을 판매한 금액으로 판단된다.

(5) 위의 사실관계와 관련법령을 모아보면, 청구인은 부가가치세가 과세되는 버섯 재배사 설치업과 부가가치세가 면제되는 버섯 재배업을 겸업한 것으로 사업자등록을 하였으나 청구인은 면세사업인 버섯 재배업에 사용될 팽이병을 매입하고 세금계산서를 교부받았으므로 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 경정한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.