폐기물재생처리업 허가 등 받지 않은 공장의 매입세액 공제 특례 적용 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○시 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지에서 “○○공업”이라는 상호로 폐기물인 합성수지를 재생하는 공장(이하“쟁점공장”이라 한다)을 운영하면서 1999년에 폐합성수지 123,785,250원을 비사업자로부터 매입하여 관련 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 11,262,20원(1999.1기 5,480,936원, 1999.2기 5,781,354원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 부가가치세신고를 함에 따라, 처분청은 청구인이 폐기물관리법에 의한 폐기물재생처리업 허가를 받지 않고, 또한 폐기물재생신고를 하지 않았다 하여 공제한 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제하고 경정한 1999.1기분 부가가치세 6,996,410원, 1999.2기분 부가가치세 6,848,000원을 2000.09.01. 청구인에게 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.10.09. 이건 심사청구를 제기하였다.

종전에 생활쓰레기 및 산업폐기물로 버려져 환경오염문제를 가져온 폐합성수지를 수집하여 재생하는 제조업을 하고 있으나 단지 폐기물관리법에 의한 폐기물재생처리업 허가와 폐기물재생신고를 하지 않았다는 이유만으로 비사업자에게서 매입한 폐합성수지에 대한 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 않고 과세한 처분은 부당하다.

청구인이 운영중인 쟁점공장은 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업허가나 폐기물재생신고를 하지 않았으므로 조세특례제한법 제108조 에서 규정하고 있는 재활용폐자원 등에 대한 매입세액을 공제를 받을 수 없다할 것인 바, 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 폐기물관리법에 의한 폐기물재생처리업허가 또는 폐기물재생신고를 이행하지 아니한 상태에서 재활용폐자원 등에 대한 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】 제1항에서 『재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.』라고 규정하고, 같은 조 제2항에서는 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】 제1항에서 『법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자 및 과세특례자를 말한다』라고 규정하고, 같은 조 제3항에서는 『법 제108조 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업허가를 받은 자 또는 폐기물재생처리신고를 한자 2.~ 4. (생략)

5. 기타 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자』라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제50조 【재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제 특례】 제1항에서 『영 제110조 제3항 제5호에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 재생재료 수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자를 말한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점공장을 운영하면서 1999.1기에 60,290,300원, 1999.2기 중에 63,494,950원의 폐합성수지를 구입하여 관련 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고한 사실이 국세통합시스템(TIS)에 의하여 확인되며, 처분청은 청구인이 위와 같이 부가가치세신고시 공제한 쟁점매입세액에 대하여 공제대상이 아니라 하여 이를 배제하고 경정한 1999.1기분 부가가치세 6,996,410원, 1999.2기분 부가가치세 6,848,000원을 2000.09.01. 청구인에게 고지하였음이 부가가치세결정결의서 및 납세고지서 등에 의해 확인된다. 쟁점에 대하여 살펴본다. 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업허가 또는 폐기물재생처리신고를 이행하지 아니한 상태에서 폐합성수지를 구입하여 제조하는 경우 재활용폐자원 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부, 전시한 조세특례제한법 제108조 및 같은 법 시행령 제110조 제1항ㆍ제3항 제1호에서 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업허가를 받은 자 또는 폐기물재생처리신고를 한 자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자 및 과세특례자로부터 재활용폐자원을 취득하여 제조 또는 가공하는 경우에는 매출세액에서 매입세액을 공제할 수 있다고 규정하고 있어 위 특례요건을 갖춘 경우에 한하여 재활용폐자원 매입세액을 공제할 수 있는 것으로 보여진다. 또한, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세특례요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적인 이유없이 확장하여 해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 특례요건 규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것(같은뜻: 대법원97누20090, 1998.03.27)인 바, 폐기물재생처리를 하는 경우 폐기물재생처리업허가 또는 폐기물재생처리신고를 이행하지 아니하고서는 재활용폐자원 매입세액을 공제할 수 있는 대상이 아니라 할 것(같은뜻: 국심99광2392, 2000.03.22)이므로, 처분청이 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업허가 또는 폐기물재생처리신고를 이행하지 아니한 청구인에 대하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.