부도법인의 근로자대표와의 매입 거래로 인한 매입세액 공제 여부

○○세무서장이 2000.09.02 청구인에게 경정고지한 1996년 제1기분 부가가치세 29,400,000원은, 청구인이 (주)○○으로부터 1996.04.18 교부받은 세금계산서의 매입세액 24,500,000원 중 22,272,728원을 매출세액에서 공제하여 세액을 경정합니다.

청구인들(○○○, ○○○,○○○ 이하 “청구인”이라함)은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 3인 공동으로 고철 및 비철을 수집하여 판매하던 일반과세자로서, 1996.04.18 청구외 주식회사 ○○(이하 “청구외 법인”이라함)으로부터 교부받은 세금계산서 2매, 공급가액 245,000,000원, 세액 24,500,000원(이하“쟁점세금계산서”라고함)을 포함하여 1996년 제1기분 부가가치세를 아래와 같이 신고하였다. 매출과표 매입과표 납부세액 비고 792,565,500 766,390,250 2,617,520 처분청은 청구외 법인이 1996.03.31 폐업한 사업자이므로 쟁점세금계산서는 “폐업후 거래”에 해당되어 사실과 다른 세금계산서이므로 쟁점세금계산서 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없음에도, 청구인이 부당하게 공제하여 신고한 것으로 보아 1996년 제1기분 부가가치세 26,950,000원을 2000.06.01 청구인에게 경정 고지하였다가, 고지 절차상의 문제(3인 공동사업임에도 청구인중 ○○○에게만 고지하였음)로 2000.08.26 결정취소한 후, 납세의무자를 3인 공동사업자로 하고 가산세를 재계산하여 1996년 제1기분 부가가치세 29,400,000원을 청구인에게 2000.09.02 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.07.25 이의신청을 거쳐 2000.09.25 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구외 법인은 1996.03.30 부도가 발생함에 따라 청구외 법인의 제1공장과 제2공장의 기계기구 및 완제품, 반제품(이하“기계 등”이라함)을 근로자 체불임금 및 퇴직금 변제에 충당하기로 하고 그 권한을 청구외 법인의 근로자 대표인 청구외 ○○○외 1인에게 위임하였는 바, 청구인은 청구외 ○○○와 청구외 법인의 기계등을 총 245,000,000원(공급대가, 이하“쟁점금액”이라함)에 매입하기로 약정하고 기계 등을 인수한 후, 청구외 법인 명의로 발행된 쟁점세금계산서를 교부받아 24,500,000원을 매입세액으로 공제한 것이므로 공급가액 222,727,272원에 대한 매입세액 22,272,728원은 매출세액에서 공제되어야 함에도 전액 불공제한 당초 처분은 부당하다.

청구외 법인의 대표이사는 1996.04.02 청구외 법인의 체불임금 및 퇴직금 변제명목으로 청구외 법인의 기계 등을 근로자 대표인 청구외 ○○○외 1인에게 양도하였고, 1996.04.18 청구인과 작성한 매매계약서에 매도자가 청구외 ○○○인 점으로 보아 청구외 법인의 기계 등과 그 매각대금의 귀속이 청구외 법인이 아니라 청구외 ○○○임을 알 수 있으므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 청구인은 1996.03.31 부도 폐업된 청구외 법인의 근로자 대표인 청구외 ○○○와 19946.04.18 매매계약을 약정함에 있어 청구외 법인의 부도 폐업을 충분히 인식할 수 있었으므로 선의의 거래 당사자에 해당되지 아니하므로 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 당초 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제2조 【납세의무자】 제1항에서 “영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.”고 규정하고, 같은 법 제5조 【등록】 제5항에서 “사업자가 폐업하는 때에는 관할세무서장은 지체없이 등록을 말소하여야 한다.”고 규정하고, 같은 법 시행규칙 제6조 【폐업일의 기준】에서 “사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날을 폐업일로 한다.”고 규정하고, 같은 법 제17조 【납부세액】 제2항 제1호에서 “법 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 주우 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 규정하고, 같은 법 제21조 【경정】 제1항 제1호에서 “정부는 사업자가 확정신고를 하지 아니한 경우 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 청구외 법인의 기계 등을 1996.04.18 매입하고 청구외 법인 명의로 발행된 쟁점세금계산서를 교부받아 1996년 제1기 부가가치세 확정신고시 매입세액으로 공제하였으나, 처분청은 청구외 법인이 1996.03월말 부도가 발생하여 1996.03.31 폐업하였으며, 청구외 법인은 근로자 체불임금 및 퇴직금을 변제하는 명목으로 청구외 법인의 근로자 대표인 청구외 ○○○외 1인에게 청구외 법인의 기계 등을 양도하였고, 청구인은 청구외 ○○○와 매매계약을 약정하여 기계 등을 1996.04.18 공급받고 청구외 법인 명의로 발행된 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 보아 이 건 과세하였음이 경정결의서 등에 의하여 확인되는 바, 처분청의 이 건 과세사유는 기계 등의 공급대가는 245,000,000원임에는 서로 다툼이 없으나 청구외 법인이 기계 등을 청구외 ○○○에게 공급하고 이를 다시 청구외 ○○○가 청구인에게 공급한 것임에도 세금계산서는 1996.03.31 폐업한 청구외 법인으로부터 교부받은 것이므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하였음을 알 수 있다.

(2) 우선, 청구외 법인이 청구외 법인의 기계 등을 근로자 대표인 청구외 ○○○외 1인에게 공급하고, 청구외 ○○○가 이를 다시 청구인에게 공급하였는지 여부를 살펴본다. 청구외 법인의 대표이사인 ○○○은 1996.03월말 부도발생 후 1996.04.02 청구외 법인의 근로자 대표인 ○○○와 ○○○에게 “양도위임장”을 작성하여 청구외 ○○ 합동벌률사무소의 인증을 받았는 바 그 양도위임장에 의하면, “상기 본인은 (주)○○을 운영하여 오던 중 모기업의 부도로 인하여 (주)○○이 도산함에 있어 (주)○○의 근로자 체불임금 및 퇴직금 변제조로 별첨표시 유체동산 일체(기계 등)를 1996.04.02자로 (주)○○ 근로자 대표 ○○○, ○○○에게 양도함과 아울러 양도한 기계 등을 타에 매각처분하는 권한과 매각대금을 영수하여 근로자 체불임금 및 퇴직금 변제에 충당하는 권한 일체를 (주)○○ 근로자 대표 ○○○, ○○○에게 양도 위임한다.”고 하였는 바, 이는 청구외 법인이 부도발생함에 따라 근로자들이 자신의 체불임금과 퇴직금을 청구외 법인으로부터 받기 위하여 노력하던 중 기계 등의 처분권을 청구외 법인의 대표이사에게 맡겨서는 당초 목적을 달성할 수 없다고 판단하여 청구외 ○○○와 ○○○을 그들의 대표로 선임한 후, 법적으로는 청구외 법인 소유인 기계 등을 근로자 대표가 점유하여 매각, 대금영수, 체불임금 및 퇴직금 지급에 관한 권한을 청구외 법인으로부터 청구외 ○○○외 1인이 인수받아 청구외 법인을 대신하여 이를 집행하였다고 보여지므로 처분청의 주장처럼 청구외 법인이 기계 등을 근로자 대표인 청구외 ○○○외 1인에게 공급하고 청구외 ○○○가 이를 청구인에게 공급한 것이 아니라, 청구외 법인이 기계 등을 청구인에게 직접 공급한 것으로 보여진다.

(3) 처분청은 청구외 법인이 1996.03.31 폐업한 것으로 보아 1997.02.12 청구외 법인의 사업자등록을 직권말소하였는데 청구외 법인이 1996.03.31 실지로 사업을 폐업한 사실이 확인되었는지 여부에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구외 법인은 1996년 제1기 부가가치세 예정신고서는 1996.04.25 제출하였으나 확정신고서와 휴ㆍ폐업신고서는 제출하지 아니하였고, 처분청은 청구외 법인의 사업자등록을 1997.02.12 직권말소하면서 폐업일을 1996.03.31로 소급하였음이 국세통합시스템에 의하여 확인되는 바, 심리기간 중 처분청에 청구외 법인의 사업자등록 직권말소 조사서를 제출토록 하였으나 처분청은 1997.02.12 사업자등록을 말소하면서 폐업일을 1996.03.31 소급하였음에도 관련서류를 찾을 수 없어 그 내용을 확인할 수 없다고 회신(세이46220-21075, 2000.10.23)하는 것으로 보아 청구외 법인이 실지 1996.03.31 폐업하였는지 여부가 객관적으로 확인되지 아니한다. 둘째, 1996.04.02 청구외 법인이 근로자 대표인 청구외 ○○○와 ○○○에게 매각과 대금영수 등을 위임하고 1996.04.18 청구외 ○○○와 청구인이 매매한 기계 등의 명세를 보면, 청구외 법인의 기계장치, 완제품, 반제품으로 구성되어 있는 점으로 보아 청구외 법인은 1996.03.31 이후에도 사업설비와 판매가능한 제품 및 반제품을 보유하고 있었으므로 특별히 다른 반증이 없는 이 건의 경우 정황으로 보아 청구외 법인은 1996.03.31 현재 사업을 실질적으로 폐업한 것으로는 보이지 않는다. 셋째, 설령 청구외 법인이 1996.03.31 실질적으로 사업을 폐업하였다고 하더라도 청구외 법인이 폐업신고를 한 사실이 없고, 처분청도 이 건 거래당시인 1996.04.18 현재까지 청구외 법인의 사업자등록을 말소한 사실도 없었으므로 기계 등을 1996.04.18 매입한 청구인은 청구외 법인이 폐업한 사업자인지 또는 정상사업지인지를 구별할 수 없는 점을 감안하면 청구인은 선의의 거래당사자에 해당한다고 보여지므로 처분청이 청구외 법인을 1996.03.31 실질적으로 사업을 폐업한 것으로 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단한 것은 잘못이라고 판단된다.

(4) 다만, 청구인은 기계 등으르 부가가치세 포함하여 총 245,000,000원에 매입하였음이 1996.04.18 작성된 매매계약서에 의하여 확인되고 청구인도 그러한 사실을 인정하고 있는 바, 이 건 거래의 공급가액은 222,727,272원, 세액은 22,272,728원인데 청구외 법인이 청구인에게 발행 교부한 쟁점세금계산서는 공급가액 245,000,000원, 세액 24,500,000원, 합계 269,500,000원으로 기재되어 공급가액 22,272,728원, 매입세액 2,227,272원은 과다하게 기재되었음이 확인된다.

(5) 위의 사실관계와 관련법령을 모아보면, 청구외 ○○○는 청구외 법인의 근로자 대표로서 청구외 법인을 대신하여 기계 등을 매각하여 그 대금으로 근로자의 체불임금과 퇴직금을 지급한 것이므로 청구외 ○○○를 독립된 사업자로 볼 수 없으므로 청구인이 청구외 법인 명의로 1996.04.18 발행된 쟁점세금계산서를 수취한 것은 정당하다고 보여지며, 청구외 법인은 처분청이 폐업일로 본 1996.03.31 이후에도 청구외 법인의 기계장치와 판매가능한 완제품 및 반제품을 보유하고 청구인과 이 건 거래를 한데 반하여, 처분청은 1997.02.12 사업자등록을 직권말소하면서 폐업일을 1996.03.31로 소급하였으나 청구외 법인이 1996.03.31 실질적으로 사업을 폐업한 사실을 객관적으로 입증할 증빙을 제시하지 못하는 점으로 보아 청구외 법인이 1996.03.31 폐업하였는지 여부가 불분명한 점 등을 모아보면, 청구인이 청구외 법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서의 경우, 과다 기재된 매입세액 2,227,272원은 사실과 다르므로 불공제한 처분은 정당하나, 나머지 매입세액 22,272,728원은 정당한 거래에 의한 매입세액임에도 이를 불공제한 처분청의 당초 처분은 잘못되었다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.