총괄납부승인을 받은 사업자가 매입세액을 공제받은 경우 매입세액을 불공제하고 이에 대한 가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부

○○세무서장이 2000.07.06. 청구법인에게 경정고지한 1996.2기분 부가가치세 43,581,080원, 1997.1기분 부가가치세 308,265,760원, 1997.2기분 부가가치세 214,913,870원 및 1998.1기분 부가가치세 121,978,280원의 부과처분은 매입세금계산서합계표불성실가산세와 신고불성실가산세를 가산하지 아니한 것으로 하여 그 세액을 경정합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 “주식회사○○지점”이라는 상호로 자전거 및 자전거부품(이하 “쟁점상품”이라 한다)도매업을 영위하는 총괄납부승인을 받은 업체로 1996.2기부터 1998.1기까지 청구법인의 본사(이하 “주사업장” 이라 한다)로부터 쟁점상품을 공급받고 관련 세금계산서를 교부받아 매입세액 529,799,239원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 이에 대해 처분청은 총괄납부사업자의 내부거래는 부가가치세법상 재화의 공급이 아니라 하여 매입세액 529,799,239원을 불공제하고 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 105,959,847원ㆍ신고불성실가산세 52,979,923원(이하 “쟁점가산세”라 한다)을 가산하여 경정한 1996.2기분 부가가치세 43,581,080원, 1997.1기분 부가가치세 308,265,760원, 1997.2기분 부가가치세 214,913,870원 및 1998.1기분 부가가치세 121,978,280원을 2000.07.06. 청구법인에게 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.09.22. 이 건 심사청구를 제기하였다.

부가가치세법상 총괄납부제도는 납세자의 이익과 편익을 위한 제도임에도 착오로 본ㆍ지점간 내부거래에 대하여 세금계산서를 교부하고 신고하게 되면 가산세가 부과되는 문제점이 있어 이를 해소하기 위하여 1999.12.31. 부가가치세법령 개정시 세금계산서를 교부하는 경우에는 재화의 공급으로 보도록 관련규정이 개정되었고, 또한 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세는 세금계산서합계표의 기재사항이 거래사실과 다르게 기재된 공급가액에 국한하여 부과하는 행정상 제재로 본ㆍ지점간의 내부거래를 세금계산서합계표에 기재하여 제출하였다 하더라도 이는 거래사실과 부합할 뿐만 아니라 착오에 의한 것이며, 청구법인이 내부거래에 대하여 세금계산서를 교부받고 매입처별세금계산서합계표를 제출함으로써 오히려 거래상황이 명확하게 밝혀지고 부가가치세 탈루도 없음에도 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세와 총괄납부사업자의 주사업장과 종사업장간에 착오에 의하여 교부된 세금계산서의 매입세액을 공제하였다 하여 이에 대한 신고불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.

청구법인은 신고불성실가산세를 부과한 것이 세법해석기준을 위배하였다고 주장하나, 주사업장 총괄납부승인을 받은 주된 사업장과 종된 사업장간의 내부거래는 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하지 아니하므로 청구법인이 주사업장으로부터 세금계산서를 교부받고 공제대상이 아닌 매입세액을 공제한 사실에 대하여 쟁점가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 총괄납부승인을 받은 사업자가 내부거래에 대하여 주사업장으로부터 세금계산서를 교부받아 관련 매입세액을 공제받은 경우, 매입세액을 불공제하고 이에 대한 매입처별세금계산서합계표불성실가산세, 신고불성실가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제4조 제1항 에는 『부가가치세는 사업장마다 납부여야 한다』고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다』고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에는 『제2항의 규정에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻어야 한다』고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제6조 제2항 에는 『사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다』고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제15조 제2항 에는 『2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다. 다만, 제5조 제3항의 규정에 의하여 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다』고 규정하고 있다. 한편, 같은법 제22조 제4항 에는 『사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.(단서생략)

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 주우 거래처별등록번호 또는 공급가액을 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때』라고 규정하고 있고, 같은법 제22조 제5항 에는 『사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액), 초과하여 신고한 환급세액 또는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.(단서생략)

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때』라고 규정하고 있다.

• 다. 심리 및 판단 청구법인은 종사업장으로 총괄납부승인을 받은 후 1996.2기분부터 1998.1기분까지 과세기간에 주사업장으로부터 쟁점상품을 공급받고 관련 세금계산서를 교부받아 매입세액 529,799,239원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였음이 과세자료에 의하여 확인되며, 처분청은 총괄납부사업자의 내부거래는 부가가치세법의 재화공급이 아니라 하여 관련 매입세액 529,799,239원을 매출세액에서 불공제하고 매입처별세금계산서합계표불성실가산세 105,959,847원, 신고불성실가산세 52,979,923원을 가산하여 경정한 1996.2기분 부가가치세 43,581,080원, 1997.1기분 부가가치세 308,265,760원, 1997.2기분 부가가치세 214,913,870원, 1998.1기분 부가가치세 121,978,280원을 2000.07.06. 청구법인에게 고지한 사실이 부가가치세결정결의서 및 납세고지서송달부에 의해 확인된다. 쟁점에 대하여 살펴보면, 첫째, 부가가치세법 제4조 에서 “부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다.”라고 규정하고 있으므로 2 이상의 사업장을 가지고 있는 사업자인 경우에도 각 사업장을 하나의 과세단위로 하여 사업장마다 과세표준과 납부세액을 계산하여 신고납부하는 것이 원칙이나, 예외적으로 주사업장 총괄납부제도를 두고 있는 취지는 사업장마다 세액을 납부하게 하는 경우 어느 사업장에서는 납부세액이 발생하고 어느 사업장에서는 환급세액이 발생할 수도 있는 바, 이 경우 납부할 세액은 부가가치세신고와 동시에 납부하여야 하나 환급세액은 그 후에 환급을 받게되는 바, 납세의무자에게 자금부담을 줄 수 있으므로 이를 해소하여 납세편의를 도모하는데 그 의미가 있다 할 것이다. 둘째, 총괄납부사업자의 경우 자기 사업장간 거래에 대하여 세금계산서를 교부하고 신고하게 되면, 가산세가 부과되는 등 불이익이 있어 납세편의 차원에서 1999.12.31. 부가가치세법시행령 개정시 2000.01.01.이후부터는 총괄납부사업자의 내부거래분에 대해서도 세금계산서를 교부하고 신고납부하는 경우에는 재화의 공급으로 보도록 개선한 점 등으로 볼 때, 부가가치세법 시행령 제15조 제2항 에서 “제5조 제3항의 규정에 의하여 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.” 라고 규정하고 있는 것은 총괄납부사업자의 경우 자기 사업장간 재화의 이동에 대하여 세금계산서 교부와 신고납부의무를 면제해 주는데 목적이 있다고 보여지고, 세금계산서 교부와 신고ㆍ납부의 금지를 규정한 것으로 보기는 어렵다 하겠다. 또한, 청구법인이 내부거래에 대하여 종사업장으로부터 세금계산서를 교부받아 매입처별세금계산서합계표를 제출함으로써 거래상황이 명확히 밝혀지고 전체적으로 부가가치세를 과소납부하지 아니하였음을 알 수 있다. 셋째, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 않는 반면, 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것(같은 뜻: 대법96누15404, 1997.08.22)이다. 위 관련법령 등을 종합하여 볼 때, 세법에서 규정한 가산세제도가 성실한 납세자로서의 의무이행을 목적으로 하고 있고, 총괄납부사업자가 내부거래에 대하여 세금계산서를 교부받아 신고하였더라도 납부세액의 감소를 가져오지 아니하므로 이는 조세회피 의도가 없는 세법적용의 착오에 기인한 것으로 국가의 과세권행사에 지장이 없는 점 등을 감안해 볼 때, 매입세액을 불공제하는 것 외에도 추가로 가산세를 부과하는 것은 합당하지 아니하다 할 것이므로 처분청이 쟁점가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.(같은 뜻:국심2000서91, 2000.08.23. 적부99-59, 2000.09.27.외 다수) 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.