신축하여 기부채납한 쟁점건물에 대하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

[주문] △△△세무서장이 2000.09.01. 청구법인에게 경정고지한 1999년 제2기분 부가가치세 256,686,450원은 이를 취소한다. [이유]

청구법인은 청구외 ○○○○조합중앙회(소재지: ○○시 ○구 ○○○가 번지, 이하 "○○중앙회"라 한다)의 지점법인으로서 ○○시 ○○구 ○○동 번지를 소재로 농·축·수산물 소매업을 영위하는 법인이며, ○○시 소유 토지인 ○○시 ○○동 ***-3번지 소재에 농산물 직판장 건물(이하 "쟁점건물"이라 한다)을 신축하여 ○○중앙회 명의로 소유권보존등기한 후 ○○시에 기부채납하였으나, 쟁점건물의 기부채납과 관련한 부가가치세 신고를 이행하지 아니하였다. 처분청은 ○○지방국세청의 감사지적 내용에 따라 쟁점건물을 ○○시에 기부채납하고 무상사용권을 얻은 사실에 대하여 청구법인이 재화를 공급한 것으로 보아 청구법인의 1999년 제1기분 공급가액을 기준으로 과세분과 면세분을 안분계산하여 2000.09.01. 청구법인에게 1999년 제2기분 부가가치세 256,686,450원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.09.29. 본 심사청구를 제기하였다.

(1) 청구외 ○○중앙회○○지역본부(이하 "지역본부"라 한다)는 ○○중앙회의 경유기관으로서 기부채납자산의 처리와 관련하여 단순업무처리를 한 것에 불과하고, 기부채납자산의 소유자 및 기부자는 ○○중앙회이며 무상사용권리 또는 ○○중앙회가 소유하게 되는 것이므로 부가가치세를 과세한다면 과세여부는 ○○중앙회의 관할세무서에서 검토되어야 할 것인 바, 청구법인을 쟁점건물의 기부채납과 관련한 납세의무자로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인에게 부가가치세가 과세된다 하더라도 당초 ○○시와의 운영협약서상 쟁점건물을 신축준공하고 준공과 동시에 기부채납하기로 약정하였으며, 이러한 약정내용에 따라 쟁점건물이 기부채납되었으므로, 소유권 보존등기일이며 기부채납자산의 무상사용개시일인 1998.10.23.이 공급시기임에도 처분청이 기부채납자산의 무상사용허가일인 1999.10.19.을 공급시기로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(1) 지역본부에서 주관하여 공사도급업자와 쟁점건물의 신축과 관련한 공사계약을 체결하였으며, 신축관련 매입세액 120,340,845원을 지역본부에서 환급받은 사실이 확인되고 있으므로 ○○중앙회를 납세의무자로 볼 수 없으며, 청구법인은 1998.05.31. 쟁점건물을 사업장으로 하여 사업자등록을 하고 수익사업을 개시하여 사업상 독립하여 재화 또는 용역을 공급하고 있는 등 기부채납자산과 관련한 무상사용권리를 취득하여 사업중인 바 청구법인을 납세의무자로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

(2) 기부채납자산의 무상사용허가일로부터 무상사용권리가 확정되므로 실질적으로 사용권을 취득하고 이용한 시기인 1999.10.19.을 기부채납자산의 공급시기로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점물건의 기부채납과 관련하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분의 당부와

(2) 공급시기를 무상사용허가일인 1999.10.19.로 보아 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 ■ 부가가치세법 제2조 [납세의무자] 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다. ■ 부가가치세법 제4조 [납세지]

① 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다. ■ 부가가치세법시행령 제4조 [사업장의 범위]

① 법 제4조 제1항에 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ○○중앙회의 지점법인으로서 1999.05.31.을 개업일로 하여 사업자등록하였음이 국세청전산자료등에 의하여 확인된다.

(2) ○○지방국세청은 2000년 상반기에 실시한 처분청에 대한 감사에서 쟁점건물을 ○○시에 기부채납하고 무상사용권을 얻은 사실은 청구법인이 ○○시에 재화를 공급한 것으로 보아야 한다고 지적하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점건물의 기부채납가액을 4,323,242,700원으로 보아 청구법인이 신고한 1999년 제1기분 과세분과 면세분의 공급가액을 기준으로 기부채납가액을 안분계산하여 청구법인에게 1999년 제2기분 부가가치세 256,686,450원을 2000.09.01.자로 경정고지하였음이 경정결의서 등에 의하여 확인되며, 이에 대하여 청구법인은 쟁점건물의 기부채납과 관련한 납세의무자가 아님을 주장하고 있는 바 이에 대하여 본다. (가) ○○중앙회와 ○○시간에 1997.06.04. 체결된 창고형 농산물직판장 건립 및 운영협약서의 내용을 보면, 제4조에서 ○○중앙회는 쟁점건물의 준공과 동시에 동 건물을 ○○시에 기부채납하기로 약정되어 있음이 관련 운영협약서에 의하여 확인된다. (나) ○○중앙회와 ○○시간의 협약내용에 따라 쟁점건물은 ○○시 소유인 ○○시 ○○구 ○○동 ***-3번지상에 2개동, 지하1층, 지상2층, 연면적 4,859.73㎡의 농수산물 직판장용 건물로 신축되었으며, 1998.10.15. ○○시 ○○구청으로부터 쟁점건물의 사용승인을 받았으며(신청인: ○○중앙회), 1998.10.23. 쟁점건물에 대한 건축물 준공검사 및 소유권보존(소유자: ○○중앙회) 절차를 이행하고, 1998.12.30. 쟁점건물의 가액을 4,955,436,745원(1999.01.12.자 추가분 포함)으로 하여 기부채납 및 기부채납자산의 무상사용허가를 ○○시 신청(기안: 지역본부, 신청자: ○○중앙회)을 하였으며, 1999.01.25. 쟁점건물의 소유권이 증여를 원인으로 ○○시에 이전되었음이 관련서류에 의하여 확인된다. (다) 쟁점건물의 건축과 관련된 도급계약서의 내용을 보면, 지역본부가 발주자로 되어 있고, 청구외 ○○건설주식회사와 2,053,389,090원(공급가액)에 공사도급계약을 체결하였음이 1997.10.15. 체결된 공사도급계약서에 의하여 확인되고 있으며, 지역본부는 1997년 제2기 확정부터 1998년 제2기확정분 과세기간동안 청구외 ○○건설주식회사 등으로부터 쟁점건물 신축과 관련한 매입세금계산서를 교부받아 공통매입세액을 예정사용면적을 기준으로 안분계산하여 총 120,340,845원을 환급받았음이 지역본부의 부가가치세신고서 등에 의하여 확인된다. (라) ○○시는 무상사용기간을 1998년 10월 23일부터 2015년 7월 9일까지로 쟁점건물에 대한 기부채납 및 무상사용을 허가하였음이 1999.10.19. ○○시에서 ○○중앙회로 발송(경유: 지역본부)한 문서에 의하여 확인된다.

(3) 위의 사실관계를 종합하여 보면, 쟁점건물의 건립 및 기부채납과 관련한 운영협약의 당사자는 ○○중앙회이었으며, 건물신축, 준공 및 기부채납에 이르기까지의 ○○중앙회가 허가자 및 신청자로서 업무를 총괄하여 수행하였음이 위의 사실관계에서 확인되고 있으므로, 쟁점건물의 기부채납과 관련하여 업무를 총괄한 장소는 청구법인의 본점인 ○○중앙회로 보는 것이 타당한 것으로 판단되는 바,

○○중앙회를 쟁점건물의 기부채납과 관련한 납세의무자로 보아 ○○중앙회의 관할세무서인 ♡♡♡세무서가 관련 규정에 따라 세액을 계산하여 과세하는 것은 별론으로 하더라도 처분청이 청구법인에게 쟁점건물의 기부채납과 관련하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

(4) 위에서 판단한 바와 같이 청구주장(1)이 이유있는 것으로 인정되어 쟁점(2)는 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조제1항제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제2조 / 부가가치세법 제4조 / 부가가치세법시행령 제4조 /