사용면적에 따라 공통매입세액 안분계산한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 재건축사업을 영위할 목적으로 ○○부동산신탁(주)와 신탁계약을 체결한 후 ○○부동산신탁(주)를 도급인으로 하고 (주)○○고속건설(이하 “청구의 법인”이라 한다)을 수급인으로 하는 공사도급을 체결하여 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 7필지 소재 대지3,938㎡ 지상에서 지하5층~지상 24층의 주상복합건물 28,463.451㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 96. 4. 1. 착공하여 2000. 2.11. 준공하였으며, 쟁점건물의 공사와 관련하여 도급계약서 내용에 따라 과세 ․ 면세로 안분 (과세분 67%, 면세분 33%)한 후 각 과세기간의 매출세액에서 당해 과세기간의 과세분 매입세액을 공제하여 부가가가치세를 신고하였다. 처분청은 쟁점건물에 대한 공통매입세액 1,193,773천원을 사용면적(과세면적비율: 48.5%, 면세면적비율: 51.5%)에 따라 과세분과 면세분을 구분 99년 2기에 정산하여 2000. 7.11. 99년 제2기 부가가치세 147,091,230원을 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.09.07. 본 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점건물 공사도급계약의 체결은 수급인인 청구법인에서 제시한 공종별 상가 및 아파트의 예정 투입가액 내역서를 근거로 그 중 상가 투입가액에 해당하는 재료비 ․ 노무비 ․ 경비가액의 10%에 상당하는 부가가치세를 가산하여 투입물량 산출자료인 내역서를 기준으로 과세가액과 면세가액을 확정하여(물량기준: 상가67%, 아파트 33%)쌍방간 계약내용에 따라 신고하였음에도 이를 인정하지 아니하고 쟁점건물 사용면적비율로 안분계산 하여 과세한 처분은 부당하다.

공사도급계약서에 도급금액과 부가가치세가 구분 기재되어 있으나, 시방서, 견적서, 내역서에는 전기공사외 공통가설공사, 건축공사, 기계설비공사, 토목공사는 실지귀속이 구분되어 있지 않으므로 공통매입세액을 사용면적(과세분: 48.5%, 면세분 51.5%)에 따라 과세와 면세로 안분하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 과세사업과 면세사업에 공동으로 사용될 쟁점건물의 신축에 관련된 공통매입세액을 안분 계산함에 있어 과세사업과 면세사업의 상용면적에 따라 과세한 처분은 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세 제17조 제2항 제4호 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】 제1항에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산을 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고 확정신고를 하는 때에 정산한다. 제4항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순서에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정 면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총 매입가액(공통매입세액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총 예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정면적사용의 비율󰡓로 한다고 규정하고 있으며,

○ 같은법 시행령 제61조의 2 【공동매입세액의 정산】 “사업자가 제61조제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분 계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용 면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정 신고하는 때에 다음 각 호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총 사용면적에 대한 면세사용 면적의 비율에 의하여 안분 계산하고, 확정 신고하는 때에 정산한다.

1. 생략.

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분 계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 ={총 공통매입세액 ×[1-과세사업과 면세사업의 사용 면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적/과세사업과 면세사업의 사용 면적이 확정되는 과세기간의 총 사용 면적]- 기 공제세액}󰡓으로 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계를 살펴본다.

(1) 청구인은 재건축사업을 영위할 목적으로 ○○부동산신탁(주)와 신탁계약을 체결한 후 96. 3.25. ○○부동산신탁(주)를 도급인으로 하고 청구외법인을 수급인으로 하는 공사도급계약을 총 계약금액 17,394,383천원(도급금액 16,300,000천원, 부가가치세 1,094,383천원)으로 체결하고, 99. 6. 1. 총계약금액 18,817,126천원(증액: 1,422,743천원)으로 변경계약을 체결하였음이 도급계약서에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점건물의 등기부등본에 의하면, 쟁점건물은 지하5층~지상24층의 주상복합건물로서 건물용도는 지하5층~지하3층은 주차장 및 기계실, 지하2층~지상4층은 상가 및 아파트이고 지상5층~지상25층은 아파트이며, 연면적 28,463.451㎡(상가면적 7,758.442㎡,공동주택 8,244.180㎡, 공유면적 12,460.829㎡을 2000. 2.11. 준공하였다.

(3) 쟁점건물의 과세면적과 면세면적을 산정하여 보면, 과세분(상가정용면적)면적이 7,7758.443㎡이고, 면세분(공동주택)면적이 8,244.180㎡으로 과세면적의 비율이 48.5%이고, 면세면적의 비율이 51.5%임을 알 수 있다.

(4) 처분청은 도급계약서에 첨부된 시방서, 견적서, 내역서 에는 전기공사에 공통가설공사, 건축공사, 기계설치비공사, 토목공사는 과세사업과 면세사업의 실지귀속이 구분되어 있지 않아 공통매입세액을 면적비율(과세분: 48.5%, 면세분 51.5%)에 따라 과세와 면세로 안하여 사용 면적이 확정되는 99년 제2기에 공통매입세액을 정산하여 과세하였음이 조사서 및 부가가치세 결정 결의서에 의하여 확인된다. 이에 대하여 청구인은 수급인 청구외법인에서 제시한 공종별 상기 및 아파트의 예정투입가액 내역서를 근거로 도급계약서를 체결하고 이를 기준으로(상가 67%, 아파트 33%) 공통매입세액을 과세 ․ 면세로 안분 계산하여 신고 한 것이 합리적이라는 주장이다. 그렇다면, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용될 건물의 신축에 관련된 매입세액을 안분계산함에 있어 도급계약서에 의한 공종별 과세 ․ 면세 예정투입가액 비율에 의하여 계산하는 것이 정당한지 또는 사용면적 비율에 의하여 계산하는 것이 정당한지에 대하여 살펴보면 첫째, 전시한 부가가치세법시행령 제61조 의 2에서 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분 계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 사용 면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정 신고하는 때에 정산 한다”라고 규정하고 있으며, 이 경우 “확정되는 과세기간”이라 함은 당해 재화를 실제로 과세사업과 면세사업에 사용하여 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 발생하는 과세기간을 말하는 것인 바(재무 무 46015-50, 96. 1. 9. 같은 뜻), 쟁점건물이 신축되어 총사용면적에 대한 과 ․ 면세 면적의 비율이 확정 되는 시기인 99년 2기가 공통매입세액에 대한 정산 시기라는 점과 과세사용 면적이 7,758.442㎡, 면세사용 면적이 8,244.180㎡으로 과세면적의 비율이 48.5%, 면세면적의 비율이 51.5%인데 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. 둘째, 청구인은 도급계약서에 의한 공종별 과세 ․ 면세 예정투입가액 비율에 의하여 공통매입세액을 【표1】과 같이 안분 계산하여야 한다는 주장이나, 【표1】공종별 과세 ․ 면세분 예정투입가액 내역서 (단위: 천원) 공종별 면세분(주택) 과세분(상가) 합계 비고 건축공사 3,496,110 6,098,001 9,594,111 과세비율:67% 면세비율:33% 기계설비공사 641,126 2,581,192 3,222,318 전기공사 383,071 700,807 1,083,878 합 계 4,520,307 9,380,000 13,900,307 청구외법인은 쟁점건물 신축과 관련 도급계약서상에는 VAT를 구분하였고 내역서를 작성하여 당초 계약을 체결하였지만, 당초 작성한 내역서에 전기 공사 외에는 상가와 아파트 공사원가를 구분하여 작성하지 않았다고 청구외법인의 박○○ 과장이 확인하고 있으며, 청구외 법인이 작성한 내역서에도 공통가설공사, 기계설비공사, 토목공사는 과세 ․ 면세로 구분됨이 없이 재료비, 노무비, 경비 3단계로 작성된 점으로 보아 청구외법인이 【표1】과 같이 공종별 과세 ․ 면세분 예정투입가액 내역서는 추후에 작성된 것으로 보여 진다. 셋째, 청구외법인이 쟁점건물을 시공하고 작성한 기성내역서에도 과세 ․ 면세 구분됨이 없이 재료비, 노무비, 경비로 작성되어 있고 과세면적이 면세면적보다 좁은데도 오히려 과세 예정투입가액이 면세 예정투입가액 보다 공사 원가가 2배 이상 높게 투입될 만한 이유가 없을 뿐만 아니라 청구인도 이에 대한입증자료를 제시하지 못하는 것으로 보아 공종별 과세 ․ 면세분 예정투입가액에 의한 과세 ․ 면세비율로 공통매입세액을 안분 계산하는 것보다 면적비율로 계산하는 것이 합리적이라고 판단된다.

○ 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 볼 때, 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 본문 규정에서 “과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업과 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 함”을 원칙적으로 하고 있으며, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 안분 계산하도록 규정되어 있고, 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 계산은 당해 신축 건물 중에서 과세 또는 면세용역 제공에만 직접 사용하는 실지귀속이 분명한 부분과 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 부분이 면적에 의하여 구분되는 경우에는 당해 과세사업 또는 면세사업에만 사용하는 부분에 관련된 매입세액은 전액 공제 또는 불공제하고, 구분되지 아니하는 공통사용부분에 관련된 매입세액 중 공제되지 아니하는 매입세액은 관련된 당해 과세기간의 과세 ․ 면세 총(예정)공급가액에 대한 면세(예정)공급가액 비율에 의하여 안분 계산하는 것으로 해석(부가46015-2856, 97.12. 20.)하고 있는 바, 이 건의 경우 쟁점건물 신축과 관련 구분되지 아니하는 공통매입세액을 안분 계산함에 있어 과세 ․ 면세 면적이 확정되어 과 ․ 면세 면적비율이 확인되는데 반해, 당초 도급계약서에는 VAT를 구분하여 계약이 체결되어 있지만 내역서 및 기성고에는 공통가설공사, 기계설비공사 토목공사 내역에 단순히 재료비, 노무비, 경비로 작성되어 과세 ․ 면세 구분이 되어 있지 않고 과세면적이 면세면적보다 좁은데도 과세 예정투입가액이 면세 예정투입가액보다 공사원가 2배 이상 높게 투입될 만한 이유가 없는 점으로 보아 공종별 과세 ․ 면세분예정투입가액에 의한 면세비율로 공통매입세액을 안분 계산하는 것 보다 면적비율로 계산하는 것이 합리적이라고 판단된다. 따라서 시공사인 청구외법인이 공사일부를 하도급 주고 체결한 계약서에는 과세사업, 면세사업이 구분되어 있고 그 사실이 계약서의 내역에 의하여 확인되는 건설용역과 실지귀속이 확인된 전기공사에 대하여는 실지귀속에 따라 과세분은 공제하고 면세분은 불공제하고, 귀속이 구분되지 않은 공통매입세액은 과세사업과 면세사업의 사용 면적이 확정되는 과세기간에 면적비율로 정산하여 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.