비정상적인 업체이지만 정당한 거래에 의해 세금계산서를 교부받았다는 주장의 당부

○○세무서장이 2000.06.02. 청구법인에게 통지한 1999.1기확정분 부가가치세 57,796,804원의 환급거부처분은 청구법인이 비치ㆍ보관하고 있는 장부 및 증빙서류와 대금결제사항을 근거로 거래처 확인조사 등을 통하여 경정청구시에 추가로 제출한 매입세금계산서 15매(공급가액 577,968,040원)가 사실과 다른 세금계산서인지를 재조사하여 그 세액을 경정합니다.

청구법인은 1999.11.10. 법정신고기한내에 신고된 1999.1기 확정분 부가가치세의 세액에 대해 추가로 매입세액 57,796,804원을 매출세액에서 공제(환급)하여 줄 것을 청구(경정청구)함에 따라, 처분청은 청구법인이 청구외 ○○기업주식회사(000-00-00000)외 7개업체(이하“○○기업(주)등”이라 한다)로부터 1999.1기 중 교부받은 세금계산서 15매(공급가액 577,968,040원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 사실과 다른 세금계산서로 보고 관련 매입세액 57,796,804원을 매출세액에서 공제할 수 없다는 내용을 2000.06.02. 청구법인에게 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.07.25. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점세금계산서는 청구외 ○○기업(주) 등으로부터 정당하게 교부받은 세금계산서나 처분청이 이를 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하여 관련매입세액 57,796,804원을 매출세액에서 공제하지 않은 처분은 부당하다.

청구외 ○○기업(주) 등은 폐업, 국세의 체납 등 정상적인 업체로 볼 수 없으며, 또한 청구법인은 쟁점세금계산서 관련 대금결제에 대해 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 쟁점세금계산서를 정당한 것이라 인정할 수 없는 바, 이를 사실과 다른 세금계산서로 보고 관련 매입세액을 공제하지 않은 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제1항에는 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하“납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하“매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하“매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하“환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액』이라 규정하고, 같은 조 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액.(이하 단서 생략).』 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액(단서생략)』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 199.11.10. 쟁점세금계산서와 관련 매입세액 57,796,804원을 매출세액에서 공제하는 1999.1기 확정분 부가가치세의 경정청구를 당시 관할세무서인 ○○세무서에 신고한 사실이 과세표준 및 세액의 경정청구서에 의해 확인되며, 쟁점세금계산서는 청구법인이 경정청구시 제출한 매입처별세금계산서합계표에 의하면 거래처별로 아래와 같다.

• 쟁점세금계산서 명세 - 거래처 금 액(원) 비고 상호(법인명) 사업자번호 공급가액 세액

○○기업(주) 000-00-00000 15,000,000 1,500,000

○○상사 000-00-00000 30,000,000 3,000,000

○○메리트(주) 000-00-00000 23,375,740 2,337,574

○○월드(주) 000-00-00000 37,140,300 3,714,030

○○기술(주) 000-00-00000 71,200,000 7,120,000 (주)○○코리아 000-00-00000 185,500,000 18,550,000 (주)○○공영 000-00-00000 96,122,000 9,612,200

○○펄프(주) 000-00-00000 119,630,000 11,963,000 합계 577,968,040 57,796,804 처분청은 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다는 내용을 2000.06.02. 청구법인에게 통지한 사실이 “부가가치세 경정청구에 대한 통지(세원2 46220-550, 2000.06.01)”에 의하여 확인된다. 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 조사서를 보면, 쟁점세금계산서와 관련 실제거래여부에 대한 직접적인 사실확인조사는 하지 않고 아래와 같이 국세통합시스템(TIS)에 의해 확인된 일부 거래처의 폐업, 체납 등 사실을 들어 쟁점세금계산서 관련 거래 전체가 부실거래혐의가 있다고 하여 이를 사실과 다른 세금계산서로 보았음이 나타나 있고,

• 거래처별 부실거래혐의 - 거래처(매입처) 부실거래 혐의점 비고

○○기업(주) 1999.11.20. 폐업, 체납(결손)

○○상사 2000.05.24. 폐업, 체납

○○메리트(주) 2000.03.31. 폐업, 체납

○○월드(주) 당해과세기간 부가가치세 신고누락 혐의

○○기술(주) (주)○○코리아 1999.10.10. 폐업, 체납(결손) (주)○○공영 거래품목으로 보아 부실거래혐의

○○펄프(주) 체납 또한, 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제함으로 인하여 청구법인이 불복을 제기할 경우 현지확인조사를 실시하여 관련 매입세액 공제여부를 결정한다고 기술하고 있음을 알 수 있다. 둘째, 청구법인이 제시한 수출신고필증ㆍ상업송장과 세금계산서ㆍ거래명세서에 의하면 쟁점세금계산서와 관련 매입상품 중 청구외 ○○상사, ○○기술(주), (주)○○코리아, (주)○○공영 및 ○○펌프(주)로부터 매입한 시설재인 밀링, 드릴, 그라인더, 컴퓨터 등이 1999.09월 중 청구법인의 중국 현지법인인 ○○유한공사에 수출된 것으로 보여지는 반면, 청구법인은 쟁점세금계산서와 관련된 대금결제에 대해 현금 및 어음으로 지급하였다고 청구서에 주장하면서 이를 확인할 수 있는 금융자료 등 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 바, 청구외 ○○기업(주) 등으로부터 실제로 시설재 등을 직접 매입하고 쟁점세금계산서를 수취하였는지 여부가 명확하게 확인되지는 않고 있다. 위 관련법령 및 사실관계를 종합하여 볼 때, 처분청은 쟁점세금계산서의 정당성 여부에 대하여 실지조사는 실시하지 않고 오직 TIS에 의해서 확인된 일부 거래처의 부실혐의만을 가지고 청구외 ○○기업(주) 등이 발행한 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다 통지하였는 바, 이는 각 거래처별로 실지 거래여부를 명확하게 조사하지 않고 단지 거래처들이 불성실하다는 이유만으로 쟁점세금계산서 전체에 대하여 사실과 다른 세금계산서라 단정한 것은 사실확인을 소홀히 한 것으로 판단되며, 다른 한편 쟁점세금계산서와 관련 청구법인이 청구외 ○○기업(주) 등에게 결제한 매입대금(공급대가)은 6억원이나 되는 고액으로 청구법인은 현금 및 어음으로 지급하였다고 주장만 할 뿐 이를 입증할 수 있는 금융자료 등 구체적이고 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있어 청구주장 또한 전적으로 받아들이기는 어렵다 할 것이다. 그러므로 처분청은 청구인이 비치ㆍ보관하고 있는 장부 및 증빙서류와 대금결제사항을 근거로 거래처 확인 등을 통해 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 다시 조사하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.