총괄납부 사업자로 보아 매출액을 과세표준에서 제외해야 하는지 여부

1. ○○세무서장이 청구법인에게 2000.03.16 경정 결정한 1998년 제2기분 부가가치세 △ 26,344,170원은 경정과세표준에서 205,115,036원을, 1999년 제1기분 부가가치세 627,170원은 경정과세표준에서 406,214,824원을 감액하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 본점을 설치하고 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 (주)○○석유 ○○주유소를, ○○도 ○○시 ○○동 ○○리 ○○번지에 (주)○○석유 ○○지점을 각각 설치하여 석유류를 판매하는 내국법인으로 1997년 제1기 “1999년 제1기분 부가가치세를 아래와 같이 신고하였다. (단위：백만원) 구분 1997.01 1997.02 1998.01 1998.02 1999.01 매출 26,764 35,071 32,371 8,252 5,482 매입 26,468 34,612 31,932 8,173 5,433

○○국세청은 청구법인에 대하여 1999.10.21~12.06까지 부가가치세 특별조사를 실시하여 위장매출 세금계산서 발행 8,076백만원, 위장매입 세금계산서 수취 2,397백만원, 총괄납부사업자 내부거래 380백만원 등을 확인하여 1996.1기~1999.1기분까지 부가가치세 407,040,830원을 고지하고, 26,344,170원을 감액 경정하도록 2000.03.02 처분청에 업무지시 하였으며, 업무지시를 받은 처분청은 2000.03.16 청구법인에게 407,040,830원을 고지하고, 26,344,170원을 감액하여 경정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.06.12 이 건 심사청구를 제기하였다.

(1) 총괄납부사업자의 위장매출액 611,329,860원(1998.2기 205,115,036원, 1999.1기 406,214,824원, 이하 “쟁점매출액”이라함)은 본점에서 지점으로 재화를 반출한 것으로 조사기관에서도 이를 인정하였는데, 이는 총괄납부승인을 얻은 청구법인이 총괄납부를 하는 과세기간(1998.2기부터)에 반출한 것이므로 재화의 공급에 해당하지 아니하고, 쟁점매출액은 가공매출액이므로 청구법인의 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 하며,

(2) 청구외 ○○○는 청구외 (주)○○개발(이하 “○○개발”이라함)과 청구외 ○○미디어산업(주)(이하 “○○미디어 산업”이라함)의 실질적인 경영자로서, 청구법인은 청구외 ○○○에게 석유류를 주문하고 그의 요구에 따라 ○○미디어산업에 대금을 지급하고 ○○개발이 발행한 세금계산서(공급가액 2,397,828,456원, 이하 “쟁점세금계산서”라고함)를 수취한 것인데 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

(1) 청구법인은 본점에서 지점으로 실물을 무자료로 반출하고 세금계산서는 다른 업체에 허위로 교부한데 대하여 처분청에서는 청구법인에 대하여 위장매출에 대한 가산세를 부과하였는 바, 이는 청구법인이 총괄납부(1998.07.01부터 총괄납부적용)사업자임을 간과하고 부과처분한 것으로 청구법인의 위장매출액은 청구법인의 신고 과세표준에서 제외하여야 할 것이며,

(2) 청구외 ○○개발의 대표이사 및 실 소유주 청구외 ○○○는 조사 당신 쟁점세금계산서는 실물거래없이 발행한 가공 세금계산서라고 확인한 사실이 있고, 청구법인은 청구외 ○○미디어산업으로부터 실물을 매입하면서 세금계산서는 청구외 ○○개발로부터 수취하고 대금은 ○○미디어산업 대표이사의 예금계좌에 입금한 사실을 확인하였음에도 이를 번복하는 입증서류 없이 당초 확인내용과 상반되는 청구주장은 부당하다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점매출액을 과세표준에서 제외하여야 하는지 여부와,

(2) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 부가가치세법 제4조 【납세지】 제2항에서 “사업자에게 2이상의 사업장이 있는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄납부할 수 있다”고 규정하고, 같은 법 시행령 제5조 【주사업장 총괄납부】 제3항에서 “제2항의 신청을 받은 세무서장은 생산과정 또는 유통과정에 비추어 국세청장이 정하는 바에 따라 각 사업장에서 납부하는 것이 적당하지 아니하다고 인정되는 경우에는 이를 승인하고 신청일로부터 20일 이내에 그 내용을 신청자의 주된 사업장이외의 사업장 관할세무서장에게 통지하여야 한다”고 규정하고, 같은 법 제6조 【재화의 공급】 제2항 및 같은 법 시행령 제15조 【자가공급의 범위】 제2항에서 “2이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다. 다만, 제5조 제3항의 규정에 의하여 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다”고 규정하고, 같은 법 제17조 제1항 제1호에서 “자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제한다고 규정하고, 같은 조 제2항 제1호에서는 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점매출액을 청구법인의 부가가치세 과세표준에 포함하여 과세한 처분이 정당한 지를 살펴본다. 첫째, ○○국세청의 조사서 및 관련서류에 의하면 청구법인이 1998.10.01~1999.06.30까지 쟁점매출액에 상당하는 석유류를 청구법인의 ○○지점에 내부반출하였으나, 세금계산서는 실물거래없는 청구외 ○○건기 ○○○등 82개 중기업체에 발행한 사실을 적출하여 처분청에는 쟁점매출액을 청구법인의 과세표준에 포함하면서 매출처별 세금계산서합계표 불성실 가산세를 부과하도록 하였고, 공급받는자 관할세무서장에게는 매입세액 불공제 과세자료로 통보하였음이 확인된다. 둘째, 청구법인은 본점을 주사업장, 지점 2곳을 종사업장으로 하여 1998.07.01부터 총괄납부승인을 얻었으며 심리일 현재까지 총괄납부승인이 철회하거나 포기하지 아니하였음이 국세통합시스템에 의하여 확인된다. 셋째, 부가가치세법 제6조 제2항 및 같은 법 시행령 제15조에서 2이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보나 부가가치세법 제4조 제2항 및 같은 법 시행령 제5조 제3항의 규정에 의하여 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부하는 과세기간에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니하는 바, 이 건의 경우, 청구법인은 총괄납부승인을 얻은 1998.07.01 이후인 총괄납부하는 과세기간 (1998.10.01~1999.06.30)에 청구법인의 종사업장인 ○○지점에 석유류를 반출하였음이 당초 조사시 인정되었을 뿐 아니라, 이 건 심사청구 의견서에서도 이러한 사실을 시인하고 있는 점으로 보아 쟁점매출액은 재화의 공급에 해당하지 아니하므로 이를 청구법인의 부가가치세 과세표준에서 제외함이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계사서로 보아 매입세액을 불공제한 처분에 대하여 살펴본다. 첫째, 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서에 상당하는 석유류를 청구외 ○○미디어산업에서 매입하였으나 세금계산서는 청구외 ○○개발이 발행한 세금계산서를 수취하였으므로 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 매입세액을 불공제하였음이 조사서에 의하여 확인된다. 둘째, 청구외 ○○개발과 동 법인을 실질적으로 경영하는 청구외 ○○○서는 실물거래없이 쟁점세금계산서를 청구법인에게 발행ㆍ교부하였음을 확인하였으나, 청구법인은 청구외 ○○개발 및 청구외 ○○미디어산업은 동일한 장소에서 청구외 ○○○가 사실상 경영하고 있는 바, 쟁점세금계산서에 상당하는 석유류를 청구외 ○○○에게 주문하여 청구외 ○○개발로부터 매입하고 청구외 ○○개발이 발행한 세금계산서를 수취하였으므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다고 주장하는 바,

① 청구법인은 이 건 조사 당시인 1888.12.06 청구외 ○○미디어산업에서 쟁점세금계산서에 상당하는 석유류를 매입하고 세금계산서는 청구외 ○○개발로부터 수취하였다고 확인한 사실이있으나, 이 건 심사청구시에는 청구외 ○○개발로부터 석유류를 매입하고 세금계산서를 수취하였다고 주장하는 등 청구주장이 일관성이 없어 신빙성이 없어 보이며, 청구외 ○○개발 및 동법인의 실질적 경영자인 청구외 ○○○는 청구법인에게 석유류를 공급한 사실이 없다고 확인하는 점으로 보아 청구법인이 청구외 ○○개발로부터 석유류를 매입한 것으로는 보여지지 아니한다.

② 이 건의 경우, 청구법인은 청구외 ○○미디어산업에게 석유 매입대금을 결제하였으나 세금계산서는 청구외 ○○개발이 발행한 세금계산서를 교부받은 것인 바, 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상 공급자가 다른 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 소정의 그 내용이 사실과 다른 것으로서 공급받는 자가 공급자가 다르다는 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이고, 공급받는 자가 위와 같은 사실을 알지 못하였고 알지 못한데에 과실이 없다는 점은 이를 주장하는 자가 입증(대법원 97누4920, 1997.06.27)하여야 하나, 청구법인은 청구외 ○○개발로부터 석유류를 매입하였다고 주장만 할 뿐 청구외 ○○미디어산업에게 석유류를 대금을 지불한 데 대한 구체적인 사유를 밝히지 못하는 점과, 거래금액이 23억원으로 고액이라는 점, 1997년 청구법인의 수입금액이 618억원으로 세무대응 능력이 있는 규모있는 회사라는 점을 모아보면 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서인 것을 청구법인이 충분히 알 수 있다고 보여지므로 청구법인을 선의의 거래 당사자로는 볼 수 없다고 판단된다.

(3) 위의 사실관계와 관계법령을 모아보면, 쟁점매출액 611,329,860원(1998.2기 205,115,036원, 1999.1기 406,214,824원)은 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하지 아니하므로 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 하나, 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 동 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.