공통매입세액의 정산

○○세무서장이 2000. 1. 8. 청구법인에게 경정고지한 1997년 제2기분 부가가치세 176,116,400원은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지를 본점소재지로 하여 1995. 1.10.자 개업한 국내영리법인으로서 철도청과의 계약에 따라 위 소재지상에 ○○역사건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 증축 (1996. 1월 착공, 1997.11.27. 준공)하였으며, 이에 따른 부가가치세 매입세액을 1997년 제2기 예정신고분까지 청구법인의 매출세액에서 전액공제하여 신고하였다. 처분청은 청구법인이 1997년 제2기분에 대한 부가가치세 예정신고를 한 후 환급세액에 대한 현지확인조사를 실시하여 쟁점건물 중 지하1층 판매시설(슈퍼마켓)이 과세와 면세사업에 공통으로 사용됨을 확인하고 사용예정면적을 확인하여 확인된 면적비율로 공통매입세액을 안분계산하여 1997.12. 2. 부가가치세 40,914,000원을 경정고지한 사실이 있으며, 청구법인이 1997년 제2기분에 대한 부가가치세 확정신고를 한 후에도 재차 현지확인을 실시하여 실지로 사용되고 있는 과세면저과 면세면적을 측정 한 후 공통매입세액을 면적비율로 정산하여 1998. 7.24. 13,297,278원 환급결정 하였다. 처분청은 1999년 6월 ○○지장국세청의 감사지적에 의하여 공통매입세액을 공급가액 비율로 정산하여 1997년 제2기분 부가가치세 179.116.400원을 2000. 1. 8. 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000. 4. 7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

건물의 신축과 관련된 공통매입세액은 사용이 확정된 면적비율로 정산하는 것이 정당함에도 처분청이 공급가액비율로 정산하여 본 건 과세함은 부당하며, 청구법인이 공통매입세액의 정산규정을 잘 이해하지 못한 상태에서 처분청이 실제 사용되고 있는 과세와 면세 사용면적을 조사하여 기 경정한 사항에 대하여 다른 방법으로 재차 경정하는 것은 신의성실의 원칙에도 반하는 처분이므로 부당하다.

부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서의 규정은 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 면적을 구분할 수 있는 경우에 한여 면적비율에 따라 안분계산하는 것으로 청구법인이 취득한 건물은 백화점용으로서 슈퍼마켓은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되고 있어 과세사업과 면세사업에 사용되는 면적을 정확하게 구분할 수 없는 경우에 해당되므로 공통매입세액을 면적비율에 의거 계산한 내용을 부인하고 공급가액비율로 안분계산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 증축과 관련된 공통매입세액을 공급가액비율 기준으로 정산하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항에서는 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1~2. (생략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액(이하생략)󰡓이라 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 제1항에서는 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액” 이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. (단서 생략) 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 x 면세공급가액/총공급가액󰡓이라 규정하고, 같은조 제4항에서는 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호 에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율󰡓이라 규정하고,

○ 같은령 제61조의 2 【공통매입세액의 정산】 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = [총 공통매익세액 x (1 - 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 ÷ 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액) - 기공제세액]

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = [총 공통매입세액 x (1 - 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 ÷ 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적) - 기공제세액]

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 철도청과 체결된 계약내용에 따라 역무시설을 제외한 부분을 쇼핑센타로 운영하기 위해 ○○도 ○○시 ○○산본동 ○○번지상 대지(철도청 소유)에 운수시설, 판매시설, 업무시설, 운동시설 및 근린생활시설의 ○○역사 건물을 증축(운수시설 포함 총 연면적: 38,424.725㎡, 1996. 1월 착공, 1997.11.27. 준공)하였으며, 청구법인의 사업과 관련하여 1996년 제1기부터 1997년 제2기 과세기간동안 수취 받은 매입세금계산서에 의해 부가가치세 신고 시 총 2,058,563,387원의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

(2) 처분청은 본 건 과세이전인 1997년 제2기 예정신고분(이 때까지 청구법인은 쟁점건물과 관련된 매입세액 전액을 매출세액에서 공제하여 각 과세기간별 부가가치세 신고를 하였음)에 대한 환급현지조사 시 쟁점건물 중 지하1층 판매시설(슈퍼마켓)의 과세와 면세에 사용될 예정면적을 줄자를 이용 실지로 측적하여 공통매입세액을 면적비율로 안분계산하여 1997.12. 2.자로 부가가치세 40,914,009원을 경정고지한 사실이 있으며, 청구법인이 쟁점건물에서 슈퍼마켓 영업을 개시하여 최초로 수입금액이 발생한 1997년 제2기분 부가가치세 확정신고가 이루어진 후인 1998년 6월에도 청구법인에 대한 조사를 실시하여 슈퍼마켓 매장에서 실지로 사용되고 있는 과세면적과 면세면적을 확정(주차장과 수입정육판매 부분 면적을 과세면적으로 추가함)한 후 면적비율로 공통매입세액을 정산하여 13,297,270원을 환급결정하였음이 관련 조사서 및 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(3) 1999년 6월 ○○지방국세청은 처분청에 대한 감사 시 청구법인이 1997년 제2기에 면세사업에 대한 공급가액이 최초로 발생하였으므로 공급가액을 기준으로 하여 공통매입세액을 정산하여야 함에도 이에 대한 공통매입세액의 산출이 잘못되었다는 지적에 하였으며, 처분청 ○○지방국세청의 감사지적내용에 따라 쟁점건물 증축과 관련된 매입세액 총 2,058,563,387원을 과세면적, 겸용면적, 공용면적의 비율로 구분한 다음 겸용면적(슈퍼마켓 면적)과 공용면적(쓰레기처리장, 기계실, 연결통로 등) 해당 매입세액을 청구법인이 신고한 1997년 제2기분 과 ․ 면세 공급가액의 비율로 공통매입세액을 재계산하여 1997년 제2기분 부가가치세 176,116,400원을 경정고지 하였음이 경정결의서 및 관련증빙에 의하여 확인된다.

(4) 처분청의 경정처분에 대하여 청구법인은 쟁점건물의 증축과 관련된 공통매입세액은 1997년 제2기분에 대한 부가가치세 확정신고 시 확정된 사용면적 비율로 정산하는 것이 정당함에도 처분청이 공통매입세액을 공급가액비율로 정산하여 본 건 과세함은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 앞서 살핀 바와 같이 쟁점건물은 쇼핑센타용 건물로서 이 건 쟁점이 되는 지하1층 판매시설은 과 ․ 면세 겸용으로 사용되는 슈퍼마켓으로서 이 부분에 대한 매입세액은 실지 귀속이 불분명한 공통매입세액에 해당되며, 부가가치세법 시행령 제61조 에서 규정하고 있는 매입세액의 안분계산시 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당된다. (나) 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 본문 규정에서 “과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업과 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 함”을 원칙적으로 하고 있으며, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 의 단서규정에 따라 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 예정사용면적의 비율에 기준하여 적용하도록 규정되어 있고, 같은 령 제61조 2 공통매입세액의 정산 규정에 따라 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 사용면적 비율에 의하여 정산하여야 하는 것으로 규정되고 있으며, 건물 신축관련 매입세액에 있어서 면세사업에 사용하는 면적과 과세에 공하는 면적은 실지 귀속분을 찾을 수 있는 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있으며, 특단의 사정이 없는 한 그 건축비용은 건물의 면적에 비례하여 발생되는 것으로 볼 수 있으므로 과세사업과 면세사업을 함께 영위할 목적으로 신축하는 건물에 있어서 과세사업에 사용할 면적과 면세사업에 사용할 면적이 예정되어 있는 경우 그 과세사업에 관련된 매입세액은 사용할 면적의 비율에 의하여 합리적으로 계산할 수 있는 것이므로,(같은 뜻: 심사부가 98-659, 1998.11.24.) 본 건의 경우 청구법인의 건물증축관련 매입세액은 공급가액과 그 상관관계가 적으며, 면세사업과 관련한 공급가액이 발생하기 이전에 처분청이 직접확인하여 예정사용면적비율로 공통매입세액을 계산하였고, 슈퍼마켓 매장의 사용면적이 확정된 후에도 처분청이 실제로 사용되고 있는 면적을 직접 측정하여 공통매입세액을 정산하였다면, 부가가치세법 시행령 제63조 제1항 의 규정에 의하여 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간의 그 비율보다 증가되는 경우 납부세액을 재계산하는 것은 별론으로 하더라도, 쟁점건물의 증축과 관련된 공통매입세액은 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면적비율에 의하여 정산함이 타당하다 할 것이며, 처분청이 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 계산하여 이 건 과세한 처분청은 잘못인 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.