과세특례자로 신고하지 아니한 자에게 과세유형을 전환하에 재고납부세액을 과세한 처분의 당부

○○세무서장은

1. 청구인이 과세유형을 일반과세자로 하여 신고납부한 1998. 2기분, 1999. 1기분 및 1999년 7월에서 9월분의 부가가치세는 과세유형을 과세특례자로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 1999.10.01부터 과세유형이 일반과세자로 전환됨으로 인한 재고매입세액은 이를 계산하여 1999. 2기분의 납부할 세액에서 공제하는 경정을 하며, 잔여재고매입세액은 2000. 1기분의 납부할 세액에서 공제한 후 공제되지 아니한 재고매입세액은 없는 것으로 한다.

3. 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○프라자 6층 건물을 분양 받아 부동산 임대를 목적으로 1996.10.01를 개업일로 하여 일반사업자로서 사업자등록을 한 후 1996. 1기부터 1997. 1기까지의 과세기간동안 당해 취득 부동산의 건물분에 대한 매입세액(1996. 기 22,300,000원, 1996. 2기 11,550,000원 및 1997. 1기 11,550,000 합계 45,400,000원)을 공제하여 부가가치세를 환급받았고, 1997. 1기에 최초로 부동산 임대수입에 대한 부가가치세 과세표준 5,774,270원을 신고하였다.

○○지방국세청장은 처분청에 대한 업무감사시 최초로 공급가액이 발생된 청구인의 1997. 1기 과세기간에 대한 1여년의 공급대가가 4,800만원에 미달하고 청구인이 과세특례 포기신고서를 제출하지 아니하여 1998. 1기 과세기간부터 과세특례자로 적용되어야 하므로 일반과세자가 과세특례자로 전환됨으로 인한 재고납부세액은 결정하지 않았음을 지적하였고, 처분청은 이에 따라 재고납부세액을 계산하고 이에 따른 1998. 1기분 부가가치세 35,100,000을 청구인에게 1999.08.04 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.11.22 이의신청을 거쳐 2000.03.18 이 건 심사청구를 제기하였다.

(1) 국세청에서 발간한 “개인 사업 경영과 세금”책자에는 사업자의 유형전환시 관할세무서에서 과세유형이 전환되기 20일 전에 그 사실을 사업자에게 통지해드립니다 라고 안내하고 있음에도, 처분청이 아무런 통지도 아니한 채 청구인의 과세유형을 1998.01.01자로 일반과세자에서 과세특례자로 전환하고 이에 따른 재고납부세액을 계산하여 과세한 처분은 부당하고,

(2) 청구인이 1998.01.01 이후 일반과세자로 계속하여 신고납부한 부가가치세에 대하여 어떠한 처분도 하지 않는 것도 부당하다.

청구인은 부동산 임대수입에 대한 공급가액이 최초로 발생한 날이 속하는 과세기간인 1997. 1기 부가가치세 과세표준으로 환산한 1여년의 공급대가의 합계액이 48백만원에 미달하여 1998.01.01자로 과세유형이 과세특례자로 전환되는 사업자로서, 일반과세자가 과세특례자로 과세유형이 전환되는 사업자는 과세유형 전환통지에 관계없이 자동전환 되는 것이고, 청구인이 일반과세자로 계속 적용 받기 위해서는 최초의 과세기간인 1997. 1기 부가가치세 과세표준에 대한 년간 환산과표가 과세특례자 기준금액에 미달하여 1997.12.20까지 과세특례 포기신고서를 제출하여야 하나 이를 제출한 사실이 없으므로 처분청이 청구인에게 재고납부세액을 계산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 일반과세자에서 과세특례자로 과세유형 전환시 사업자에게 통지를 하지 아니한 채 일반과세자에게 과세특례자로 과세유형을 전환하고 재고납부세액을 계산하여 과세한 처분의 당부와

(2) 청구인이 과세유형전환을 알지 못하여 계속하여 일반과세자로 신고납부한 부가가치세에 대하여 필요한 처분을 받지 못한 것이 있는지의 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 1999.12.28 법률제6049호로 개정되기 이전 부가가치세법 제25조 【간이과세 및 과세특례】제1항에는 『다음 각호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 업종ㆍ규모ㆍ지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. (생략)

2. 직전 1여년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)』라고 규정하고, 같은조 제2항에는 『직전년 또는 직전과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간의 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다』고 규정하며, 같은법 시행령 제74조 【간이과세 및 과세특례의 범위】제1항에는『개인사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항 제2호의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다.

1. 대리ㆍ중개ㆍ주선ㆍ위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 4,800만원에 미달하는 때 2.~3. (생략)』라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에는 『법 제25조 제1항 제1호 및 제1항에 규정하는 금액을 계산함에 있어서 직전 1여년 중 휴업하거나 직전년 제1기 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자에 대하여는 휴업기간 또는 사업개시 전의 기간을 제외한 잔여기간에 대한 재화 또는 용역의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하며, 휴업한 개인사업자에 있어서 직전 1여년 중 공급대가가 없는 경우에는 신규로 사업을 개시한 것으로 본다. 이 경우에 1월 미만의 단수에 있는 때에는 이를 1월로 한다』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제74조의2 【간이과세ㆍ과세특례 및 일반과세서의 적용시기】제1항에는 『법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1여년의 공급대가가 법 제25조 제1항 제1호 또는 제74조 제1항 각호에서 규정하는 금액에 미달하거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만 신규로, 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다』라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 재25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일 전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 경정하며 과세기간 개시 전일까지 교부하여야 한다』라고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에는 『제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다』라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제26조 2 【재고매입세액 가산】에는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제74조의4 【간이과세 및 과세특례 전환시의 세액계산 특】제1항에는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각 호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의하여 매입세액을 공제받은 것에 한한다)을 그 변경되는 날의 직전가세기간에 대한 확정신고와 함께 간이과세 또는 과세특례 전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 1.~3. (생략)

4. 감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득ㆍ건설 또는 신축 후 5년이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작 후 2년 이내의 것에 한한다)』라고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에 한해 사업자는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “재고납부세액”이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다. 이 경우 제2호 및 제3호의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문후단 및 동조 제4항의 규정을 준용한다.

1. (생략)_

2. 제1항 제4호에 규정된 가산으로서 다른 사람으로부터 매입한 자신 (가) 건물 또는 구축물 재고납부세액=취득가액×(1-(10/100)×경과된 과세기간의 수)×10/100×(1-법 제26조 제3항에 각호에 규정하는 공제율) (나) (생략)』라고 규정하고 있고, 같은조 제4항에는 『제3항 각호의 산식중 “법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율”은 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 날이 속하는 과세기간에 법 제26조 제3항 각호의 규정에 의하여 당해 재고품 및 감가상각자산에 대하여 적용되는 공제율로 한다』라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제17조 3 【재고매입세액공제】제1항에는 『제25조의 규정에 의한 간이과세자 또는 과세특례자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다』라고 규정하고, 같은법 시행령 제63조의 3 【일반과세자 전환시의 세액계산 특례】제1항에는 『간이과세자 또는 과세특례자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의한 매입세액공제대상인 것에 한한다)을 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세 전환시의 재고품 밍 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 1.~3. (생략)

4. 감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득ㆍ건설또는 신축 후 5년 이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작 후 2년 이내의 것에 한한다)』라고 규정하며, 같은조 제3항에는 『제1항의 규정에 의하여 신고한 자에 대하여는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액을 매입세액(이하 “재고매입세액”이라 한다)으로 공제된다. 이 경우 제2호 및 제3호의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단 및 동조 제4항의 규정을 준용한다.

1. (생략)

2. 제1항 제4호에 규정된 자산으로서 다른 사람으로부터 매입한 자산 (가) 건물 또는 구축물 재고매입세액=취득가액×(1-(10/100)×경과된 과세기간의 수)×10/110×(1-법 제26조 제3항에 각호에 규정하는 공제율) (나) (생략)』라고 규정하고 있고, 같은조 제4항에는 『제3항 각호의 산식 중 “법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율”은 일반과세자로 변경되기 직전일(감가상각자산의 경우에는 당해 감가상각자산의 취득일)이 속하는 과세기간에 법 제26조 제3항 각호의 규정에 따라 당해 재고품 및 감가상각자산에 대하여 적용되는 공제율에 의한다. 다만, 1996년 06월 30일 이전에 취득한 재고품 및 감가상각자산에 대한 공제율을 100분의 5로 한다』라고 규정하고 있으며, 같은조 제5항에는 『일반과세가자 간이과세자 또는 과세특례자로 변경된 후에 다시 일반과세자로 변경되는 경우에는 간이과세자 또는 과세특례자로 변경된 때에 제74조의 4 제7항의 규정을 적용받지 아니한 재고품 및 감가상각자산에 대하여는 제1항 내지 제4항의 규정을 적용하지 아니한다』라고 규정하고, 같은조 제7항에는 『제4항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 일반과세자로 변경된 날로부터 6월이 되는 날까지의 기간이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간(6월이 되는 닐이 예정신고기간에 속하는 경우에는 예정신고기간으로 한다)의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다. 이 경우 납부할 세액에서 공제되지 아니하는 금액은 이를 없는 것으로 본다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 먼저 쟁점(1)에 대하여 본다. 청구인은 부동산 임대를 목적으로 1996.10.01를 개업일로 하여 일반과세자로 사업자등록을 하였고, 부동산 임대수입에 대한 공급가액이 최초로 발생한 과세기간인 1997. 1기분의 신고 과세표준 5,774,270원은 1997. 4월분부터 6월분까지에 대한 것으로 이에 대한 1여년의 공급대가는 25,406,787원이 되어 4,800만원에 미달하며, 청구인은 일반사업자로서 계속 적용을 받기 위하여 과세특례 포기신고를 1997.12.20까지 하지 않았고, 처분청은 청구인에게 1998. 1기부터 청구인의 과세유형이 일반과세자에서 과세특례자로 전환된다는 통지나 그 사업자등록증을 정정 교부한 사실이 없이 일반과세자로 관리하다가 1999.08.16에야 1998.01.01자로 일반과세자에서 과세특례자로 청구인의 과세유형을 전환하고 이에 따른 재고납부세액을 계산하여 과세하였음이 심리자료에 의하여 확인되고, 이 점에 대하여는 처분청과 청구인간의 다툼은 없다. 살피건대, 처분청에서 청구인이 1998.01.01부터 과세특례자로 적용된다 하여 재고납부세액을 가산한 부가가치세를 과세한 처분에 대하여 청구인은 과세유형전환에 따른 아무런 통지도 받은 바도 없고 계속하여 일반과세자로 부가가치세를 신고하였는데 처분청이 청구인을 과세특례자로 전환하고 재고납부세액을 계산하여 과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 전시한 법령과 같이, 부가가치세법 시행령 제74조 의 제3항에서 일반과세자에서 과세특례자로 변경될 경우, 같은조 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 부가가치세법 제25조 의 규정을 적용하도록 명시하고 있고, 또 부가가치세법상 사업자등록증은 사업자의 인적사항, 사업개시일 등 과세자료를 과세관청의 관련대장에 등재하여 납세자를 정확하게 파악하기 위한 것에 불과하고, 일반과세자에게 과세특례자로 유형전환시의 통지 규정과 사업자등록증의 정정교부규정은 그 통지여부 및 그 정정여부 여부가 각각 과세유형 전한의 효력에 영향을 미치는 강행규정이라고 해석되지 아니하는 것이므로 비록 청구인이 계속하여 일반사업자로 부가가치세 과세표준을 신고하였다 하여도 이로 인해 일반과세자로 되는 것은 아니라(같은 뜻: 대법94누9160 1995.07.14. 국심99경1287 1999.11.22. 부가46015-2241 1999.07.30.)할 것이므로, 청구인의 부동산 임대수업에 대한 공급가액이 최초로 발생한 과세기간인 1997. 1기 신고 과세표준에 대한 1여년의 공급대가가 4,800백만원에 미달하고 과세특례 포기신고를 1997.12.20까지 하지 아니한 사실에 다툼이 없는 이 건의 경우에는 앞에서 살펴본 법령의 규정에 의하여 재고납부세액을 계산하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다음으로 쟁점(2)에 대하여 본다. 먼저, 사실관계를 살펴보면,

(1) 청구인은 처분청의 과세유형전환에 따른 재고납부세액을 가산한 부가가치세 고지처분을 받고 1999.09.18 일반과세자의 적용을 받기 위하여 과세특례포기신고서를 처분청에 제출하였고, 처분청은 1999.10.01부터 청구인의 과세유형을 과세특례자에서 일반과세자로 전환하였음이 국세통합시스템의 전산조회 자료에 의하여 확인되고,

(2) 처분청은 청구인의 과세유형을 1998.01.01자로 일반과세자에서 과세특례자로 전환하고 이에 따른 재고납부세액을 계산하여 부가가치세를 과세하면서 1998. 1기분에 대하여만 과세특례자에 대한 규정을 적용하여 세액을 재계산하였을 뿐, 청구인이 일반과세자로 잘못 신고납부한 1998. 2기분, 1999. 1기분 및 1999년 7월에서 9월분에 대하여는 과세특례자의 규정을 적용하여 세액을 재계산하지 아니하였음이 확인되며,

(3) 또한, 1999.10.01자로 청구인의 과세유형이 과세특례자에서 일반과세자로 전환됨에 따른 재고매입세액을 공제하는 경정도 하지 아니하였음이 확인된다. 살피건대, 청구이의 과세유형은 1998.01.01부터 1999.09.30까지는 과세특례자세 해당하므로 과세특례자의 규정을 적용하며 세액을 재계산 하지 아니한 1998. 2기분, 1999. 1기분 및 1999년 7월에서 9월분에 대하여는 과세특례자의 규정을 적용하며 그 과세표준과 세액을 재계산하는 경정을 하여야 할 것이고, 부동산 임대업자가 일반과세자로 사업자등록을 하고 부가가치세를 신고납부하던 중 간이과세 또는 과세특례자로 유형전환되어 감가상각자산의 재고매입세액을 납부세액에 가산한 후에 동 사업자가 간이과세 또는 과세특례를 포기한 때에는 당해 감가상각자산에 대한 재고매입세액을 매입세액으로 공제받을 수 있는 것이고, 이 경우 재고매입세액은 일반과세자로 변경된 날로부터 6월이 되는 날까지의 기간이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제하며, 납부할 세액에서 공제되지 아니하는 금액은 이를 없는 것으로 보는 것(같은 뜻: 부가46015-2516, 1997.11.10)이므로, 이 건의 경우 재고매입세액은 일반과세자로 다시 전환된 날인 1999.10.01을 기준으로 재고매입세액을 계산하여 납부할 세액에서 공제하여야 할 것인 바, 건물 취득가액은 499,400,000원(1996.06.30이전 245,300,000원, 그 이후 254,100,000원, 부가가치세 포함)이고, 경과된 과세기간의 수는 1997. 1기부터 1999. 1기까지 5개 과세기간이며, 공제율을 1996.06.30.이전 취득분에 대하여는 100분의 5, 그 이후분은 100분의 10으로서, 전시한 부가가치세법 시행령 제63조 의 3 제3항에 의하여 재고매입세액을 계산하면 20,987,500원이 되고, 이를 1999. 2기분의 납부할 세액에서 공제하는 경정을 하고, 잔여 재고매입세액은 2000. 1기분의 납부할 세액에서 공제하며, 공제되지 아니한 재고매입세액은 없는 것으로 하여야 할 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 중 일부가 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.