위탁부품무환수입시 수입세금계산서 교부받고 관세등 부담한때 매입세액공제여부

○○세무서장이 2000.01.03 청구법인에게 경정고지한 1999. 1기분 부가가치세 245,577,840원, 1999. 2기 예정분 부가가치세 59,744,970원의 부과처분은 이를 취소한다.

○○도 ○○구 ○○동 ○○번지에서 컴퓨터 설치 자문업 및 통신관련 엔지니어링 서비스업 등을 영위하는 청구법인과 조달청을 통하여 기상청에 수퍼컴퓨터를 공급한 ○○에 소재하는 청구의 ○○는 1994.04.30 수퍼컴퓨터의 1년간 사후 무상수리 및 유지관리 등에 관한 서비스 하청계약을 체결하고, 1999. 5월부터 9월까지 청구법인이 청구의 ○○로부터 수퍼컴퓨터의 사후 무상수리 및 유지관리 등에 사용할 무상수리비용 부품(이하 “위탁부품”이라 한다)을 무환수입하면서 청구법인 명의로 세관장 등으로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액 216,762,750원(1999. 1기 확정분 177,890,506원, 1999. 2기 예정분 38,872,244원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하고, 위탁물품 수입과 관련 청구의 NEC로부터 용역의 대가로 받은 434,238,788원(1999. 1기 확정 331,568,077원, 1999. 2기 예정 90,022,980원)을 영세율과세표준에 포함하여 1999. 1기 확정 및 1999. 2기 예정 부가가치세 신고를 하였다. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시하여 쟁점매입세액을 청구법인의 사업과 직접 관련없는 매입세액으로 보아 이를 불공제하고, 청구법인이 위탁부품 수입과 관련하여 청구의 ○○로부터 받은 금액 중 청구법인이 실제 지출한 경비인 421,591,057원은 매출에 해당되지 않는 것으로 보아 영세율과세표준에서 차감하여 2000.01.03 청구법인에게 부가가치세 1999. 1기 245,577,840원, 1999. 2기 59,744,970원을 경정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.03.16 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 청구의 ○○와 용역공급계약에 따라 청구법인의 책임과 계산하에 청구의 ○○가 공급한 수퍼컴퓨터의 무상수리 등에 사용할 위탁부품을 무환수입하면서 세관장 등으로부터 청구법인 명의로 수입세금계산서 등을 교부받고 청구법인이 관세 및 부가가치세 등을 부담하였으므로, 쟁점매입세액은 청구법인의 사업과 관련된 지출에 대한 매입세액으로 이를 매출세액에서 공제하여야 한다.

청구법인 명의로 수입된 위탁부품은 청구의 ○○ 소유이고 사후보증용역은 청구의 ○○직원이 사용할 수 있도록 통관대행 및 운반, 보관하는 것은 청구의 ○○를 보조하는 수준에 불과하므로 청구법인의 부가가치를 창출하는데 사용되는 부품으로 볼 수 없으며, 위탁부품의 통관과 관련된 실제경비와 실비변상적 성격의 일반관리비용(실제 경비의 3%)을 청구법인의 청구에 의해 청구의 ○○가 실제로 변상 받았음이 확인되므로 쟁점매입세액은 청구법인의 사업과 직접 관련없는 지출에 대한 매입세액으로 이를 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세액을 사업과 직접 관련이 없는 것으로 보아 불공제한 처분이 정당한지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제16조 【세금계산서】제3항에서 “세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령이 정하는 바에 의하여 세금계산서를 수입자에게 교부하여야 한다.”고 규정하고, 같은 법 제17조 【납부세액】제1항에서 “사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액“이라고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 “다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액“으로 규정하고, 같은 법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】제1항에서 “법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.”고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 사실관계를 살펴본다. 첫째, 청구의 ○○는 1999. 4월에 조달청을 통하여 기상청에 수퍼컴퓨터시스템을 납품완료하였고, 청구의 ○○와 기상청 사이에 체결된 계약에 의하면 수퍼컴퓨터 시스템을 설치한 후 1년간은 청구의 ○○ 기술요원이 기상청에 상주하면서 수퍼컴퓨터 시스템의 유지보수ㆍ교육훈련ㆍ테스트ㆍ설치공급을 무상으로 제공하기로 약정하였으며, 국내 사업장이 없는 청구의 ○○는 내국법인인 청구법인과 1999.04.30 수퍼컴퓨터 시스템의 부품교체 및 현장의 유지보수지원, 위탁부품의 수입통관, 운반, 보관등에 관한 서비스 하청계약을 체결한 사실이 하청계약서 및 처분청의 의견서 등에 의하여 확인된다. 청구법인과 청구의 ○○간의 기상청 서비스 하청계약내용을 살펴보면, (가) 서비스 범위는

① 부품교체 및 유지보수 지원을 포함한 기상청으로의 보증서비스

② 컴퓨터 주변장치 설치 등을 포함한 일반적인 프로젝트의 조정

③ 수퍼컴퓨터 시스템 설치 및 유지보수를 위한 기술적 재원제공(인적자원 항시 최소한 2인 이상이어야 함)

④ 위탁된 부품(사후서비스 부품)의 관리

• 계약서에 의하여 서비스에 사용된 부품은 청구의 ○○가 청구법인으로 어떠한 청구도 없이 인도함

• 위탁부품은 청구의 ○○가 CIF○○항 조건으로 청구법인에 무환으로 납품.

• 위탁부품은 청구의 ○○ 소유이고, 계약 종료시에는 청구법인은 재고를 반환함.

⑤ 수출입통관 및 국내운송을 포함한 탁송된 부품의 운반

⑥ 상호 동의된 기타서비스 등으로 되어 있다. (나) 청구법인이 제공한 용역에 대한 용역료는 위(가)의 ① 내지 ③에 대하여 매월 US$34,200를 지급하고, ④ 내지 ⑥에 대하여는 서비스를 지원하는데 발생된 실제 소요경비는 청구법인이 지불한 후 실제 소요경비와 실제 경비의 3%에 해당하는 금액을 청구법인이 청구하여 청구의 ○○가 지급하는 것으로 약정하였음이 확인된다. 둘째, 청구법인은 청구의 ○○으로부터 수퍼컴퓨터 시스템의 수리 및 유지관리에 사용할 위탁부품을 청구법인의 명의로 무환으로 수입ㆍ통관하면서 세관장으로부터 교부받은 수입세금계산서의 매입세액 216,266,300원 및 관세사 등으로부터 교부받은 매입세액 496,450원 합계 216,762,750원(1999. 1기 확정 177,890,506원, 1999. 2기 예정 38,872,244원)을 1999. 1기 확정부터 199. 2기 예정기간동안 매출세액에서 공제하여 신고하였고, 청구법인이 위탁물품의 수입ㆍ통관 등과 관련하여 관세, 부가가치세 등 소요된 경비 421,591,097원(1999. 1기 확정 331,568,077원, 1999. 2기 예정 90,022,980원)을 직접 부담하고 그 실제 소요경비와 그 경비의 3%(421,591,057×3%)에 해다하는 금액 12,647,731원 합계 434,238,788원을 청구의 ○○에 청구하여 받은 금액 434,238,788원을 청구법인이 제공한 용역의 대가로 보아 1999. 1기 확정 및 1999. 2기 예정 부가가치세 신고시 영세율과세표준으로 신고하였음이 처분청의 조사서 등에 의하여 확인된다. 셋째, 청구법인이 청구의 ○○로부터 무환으로 수입한 위탁물품이 청구의 ○○가 기상청에 공급한 수퍼컴퓨터의 무상보증수리용 부품으로 사용되거나 사용된 것임에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없으나, 처분청은 청구법인이 청구의 ○○로부터 무환으로 수입한 무상보증수리용 위탁부품을 청구의 ○○ 직원이 사용할 수 있도록 단순히 통관대행한것에 불과하므로, 이와 관련된 쟁점매입세액을 청구법인의 사업과 직접 관련없는 지출에 대한 매입세력으로 보아 매입세력을 불공제하고, 청구의 ○○에 청구하여 받은 금액중 위탁부품 수입 등과 관련하여 청구법인이 실제 소요된 경비 421,591,097원은 용역제공의 대가에 해당되지 않는 것으로 보아 신고한 과세표준에서 차감하여 경정하였음이 처분청의 경정결의서 등 관계서류에 의하여 확인된다. 넷째, 청구법인은 이건 부과처분된 이후 2000.01.29 청구법인과 청구의 ○○간에 체결한 계약서를 첨부하여 사후무상보증수리용 위탁부품용 무환수입시 부담한 관세, 부가가치세에 대하여 세관장으로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액이 공제되는지와 사후무상보증수리용 위탁부품을 기상청에 제공시 과세되는지의 여부를 우리청에 결의하여 “사업자가 국내사업장이 없는 외국법인과 당해 외국법인이 국내에 공급한 재화에 대한 사후보증수리 대행계약을 체결하고 당해 외국법인으로부터 수리용 부품을 부상으로 제공받아 수리용역을 제공하는 경우로서 당해 부품을 무환으로 수입하면서 관세ㆍ부가가치세 등을 부담하고 세관장으로부터 수입세금계산서를 교부받은 경우에 당해 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되는 것이며, 사후수리용역의 공급에 부수되어 무상으로 제공된 재화(부품)는 부가가치세법 제6조 의 규정에 의한 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것이다.”라고 회신(국세청 부가46015-293, 2000,02,12)받은 사실이 있으며, 이건 심리시 청구법인이 어떤 용역을 제공하고 있는지 확인하기 위하여 1999.06.20 기상청의 수퍼컴퓨터 센타에 전화(841-0365)한바, 청구법인에서 파견한 직원(하청업체 ○○(주)의 직원)인 엔지니어 3명이 수퍼컴퓨터 센타에 상시 근무하면서 청구의 ○○ 직원과 함께 수퍼컴퓨터의 고장수리 및 유지보수 등을 하고 있음이 확인되며, 청구법인은 위 계약내용중 (가)의 ① 내지 ③에 대한 대가로 매월 US$34,200을 지급받은 사실이 처분청의 조사서 등에 의하여 확인된다.

(2) 전시한 법령에 의하면 자기의 사업과 관련하여 사용되었거나 사용될 재화ㆍ용역 또는 재화의 수입에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되지만, 자기사업과 직접 관련없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구의 ○○가 기상청에 공급한 수퍼컴퓨터의 1년간 사후무상수리 및 유지관리 등을 위하여 청구법인과 서비스 하청계약을 체결하였고, 청구법인은 계약에 따라 기상청에 직원을 파견하여 상시 주재하면서 청구의 ○○직원과 함께 수퍼컴퓨터의 부품교체 및 유지보수 등을 지원하고, 이와 관련하여 무상보즏수리에 사용할 위탁부품을 청구의 ○○로부터 청구법인이 무환으로 수입ㆍ통관하여 이를 운반ㆍ보관 등을 한 것인바, 쟁점매입세액은 청구법인이 청구의 ○○에 무상보증수리용역 등을 제공하기 위해 청구법인이 자기명의로 무상보증수리용 위탁부품을 수입ㆍ통관하고 부가가치세를 직접 납부한 것이므로 청구법인의 사업수행에 필수적으로 발생되는 매입세액으로서 자기의 사업을 위한 매입세액으로 보아야 할 것이므로(같은 뜻, 국심 99서458, 1999.09.28. 부가46015-293, 2000.02.12.)처분청이 쟁점매입세액을 청구법인의 사업과 직접 관련없는 매입세액으로 보아 당해 매입세액을 불공제한 것은 잘못이라고 판단된다.

(3) 처분청은 청구법인이 무상보증수리용 위탁부품의 무환수입과 관련하여 청구의 ○○로부터 받은 금액 434,238,788원중 청구법인이 실제 소요된 경비 421,591,057원(1999. 1기 확정분 331,567,077원, 1999. 2기 예정분 90,022,980운)은 매출에 해당되지 않는 것으로 보아 과세표준에서 제외하였으나, 부가가치세법 제13조 및 동법 시행령 제48조 제1항에 의하면 과세표준은 거래상대자로부터 받은 대금, 요금, 수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전의 가치있는 것을 포함하는 것으로 규정하고 있으므로 청구법인이 무상보증수리용 위탁부품을 무환으로 수입하면서 통관ㆍ운반ㆍ보관 등에 소요된 경비(관세, 부가가치세 등)를 약정된 계약에 따라 청구법인이 직접 납부하고 추후 청구의 ○○에 청구하여 청구법인이 지급받은 실제 소요된 경비와 그 소요된 경비의 3%에 해당하는 금액을 청구의 ○○에 제공한 용역에 대한 대가로서 부가가치세 과세표준에 포함하는 것이 정당하다 할 것임에도 처분청이 이를 청구법인의 사업과 직접 관련없는 것으로 보아 실제 소요된 경비에 해당하는 금액 421,591,057원을 부가가치세 과세표준에서 제외한 것은 잘못이라 할 것이다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.