건물의 양도가 재화의 공급인지 사업의 포괄적 양도인지 여부

○○세무서장이 2000.01.20 청구인에게 경정고지한 1998년 제1기분 부가가치세 18,443,030은, 과세표준을 184,430,391원으로 하고 과세특례의 세율을 적용하여 이를 재경정합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 209.7㎡(이하 “쟁점토지”라 함)를 1991.06.21 청구외 주식회사 ○○로부터 취득하여, 1991.06.15 일반과세자(부동산, 임대업)로 사업자등록을 하고 1991.12.31 위 지상에 건물 지하1층, 지상5층 597.6㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 함)를 신축하여 부동산 임대업을 영위하였으나 1993년 제1기 예정분 부가가치세 과세표준 5,319,863원을 신고(청구인이 제시한 부가가치세 영수증에 의함)한 이후, 부가가치세 예정 및 확정신고를 하지 아니한 채 쟁점부동산을 1998.06.29 청구외 ○○○에게 양도하였다.

○○청(○○실)은 처분청에 대한 정기감사시 쟁점건물의 양도는 사업용 고정자산의 양도에 해당되어 부가가치세가 과세되는 재화의 공급임에도 관련 부가가치세를 징수하지 아니하였다고 지적한 후 이를 시정토록 처분청에 업무지시하였고, 처분청은 청구인이 영위하던 부동산 임대업을 1995.06.30 이미 폐업한 것으로 보아 1996.12.31 직권말소 하였으나, 감사지적에 의하여 쟁점건물의 양도를 재화의 공급으로 보아 1998년 제1기분 부가가치세 18,443,030원을 청구인에게 2000.01.20 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.03.15 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점부동산의 임대차 계약을 쟁점부동산 명도와 동시에 동일한 조건으로 청구외 ○○○에게 양도하는 등 사업과 관련된 모든 권리와 의무를 청구외 ○○○에게 포괄 양도하였으므로 쟁점건물의 양도는 재화의 공급이 아님에도 이 건 과세함은 부당하다.

재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도는 사업장별로 사업의 동일성을 유지하면서 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양수인에게 승계되는 것으로써 부가가치세법상의 지위도 그대로 양수인에게 이전되어야 하는데, 이 건의 경우 청구인은 부가가치세법상 일반과세를 적용받던 쟁점부동산을 양도하였고, 쟁점부동산을 취득한 양수인은 과세특례를 적용받아 임대업을 영위하고 있으므로 쟁점건물의 양도는 사업의 양도에 해당되지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 양도가 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제2조 【납세의무자】 제1항에서 『영리목적의 유무에 불구라고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다』고 규정하고, 같은 법 제5조 【등록】 제5항에서 『사업자가 폐업하는 때에는 관할세무서장은 지체없이 등록을 말소하여야 한다』고 규정하고, 1995.12.29 법률 제5032호로 개정되기 전 부가가치세법 제25조 【과세특례】 제1항에서 『직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 대통령이 정하는 사업을 제외한다』고 규정하고, 같은 법 시행령 제74조 【과세특례의 범위】 제1항 제1호에서 『대리ㆍ중개ㆍ주선ㆍ위탁판매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 3,600만원에 미달하는 때』에는 과세특례자로 한다고 규정하고, 같은 법 시행령 제74조의 2 【과세특례 및 일반과세의 적용시기】 제1항에서 『법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호에서 규정하는 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다』라고 규정하고, 같은 조 제2항에서 『제1항의 경우에 당해 사업자의 소관세무서장은 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시 20일 전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시 전일까지 교부하여야 한다』고 규정하고, 같은 조 제3항에서 『제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정을 적용한다』고 규정하고, 같은 법 제6조 【재화의 공급】 제6항에서 『재화를 담보로 제공하는 것과 사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다』고 규정하고, 같은 법 제21조 【경정】 제1항 제1호에서 『정부는 사업자가 확정신고를 하지 아니한 경우 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산의 소재지를 사업장으로 하여 1991.06.15 처분청으로부터 일반과세자로 사업자등록을 한 후, 1991.12.31 쟁점건물을 신축하여 1998.06.29 쟁점부동산 양도시까지 1992년 부가가치세 과세표준 15,173,267원, 1993년 제1기 예정분 과세표준 5,319,863원을 신고한 사실 이외에는 1993년 제1기 확정분 ~1998년 제1기분까지 부동산 임대 매출액에 대하여 청구인은 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 임대업을 1995.06.30 이미 폐업한 것으로 보아 1996.12.31 사업자등록을 직권말소 하였음이 국세통합시스템에 의하여 확인된다.

(3) 우리청에서 이 건 심리기간중 처분청에 ① 1996.12.31자 직권폐업조사서, ② 1994.1기 ~1995.1기까지 부가가치세 신고 및 경정현황, ③ 사업기간중 과세특례포기신고서 제출 여부를 조회하였는 바, 처분청은 회신(세일46410-203, 2000.04.07)에서, 직권폐업조사서는 제출하지 못하면서 부가가치세 신고상황이 없어 사업자등록을 직권말소한 것으로 추정하였고, 1994.1기~1995.1까지 청구인이 부가가치세를 신고한 사실 및 처분청이 이를 경정한 사실이 없으며, 사업기간 중 청구인이 과세특례포기신고서를 제출한 사실이 없다고 회신하였다.

(4) 청구인이 1995.06.30 실지로 쟁점부동산의 임대업을 폐업하였는지 여부를 살펴보면, 이 건 부동산매매계약서(1998.07.08 검인계약서)의 특기사항에 매매대금 중 147,000천원은 임대보증금으로 대체한다고 약정한 사실이 있고, 쟁점부동산을 임차하여 사업자등록을 한 사업자를 국세통합시스템에 의하여 검색한 바 아래와 같은데, 청구인이 쟁점부동산을 1998.06.29 양도한 점을 감안하면 청구인은 쟁점부동산 양도시까지 아래 임차자 등(사업자등록을 하지 아니한 사업자는 검색되지 아니함)에게 부동산 임대용역을 공급한 것으로 보이므로 처분청이 구체적이고 객관적인 증빙없이 청구인의 부동산 임대사업을 1995.06.30 폐업한 것으로 보아 1996.12.31 사업자등록을 직권말소한 것은 달리 반증이 없는 한 잘못된 처분이므로 청구인은 쟁점부동산 양도시까지 계속사업자라고 판단된다. 임차자 유형 개업일 폐업일 상호 사업자등록번호

○○ 000-00-00000 일반 1994.10.02 1996.09.02

○○ 000-00-00000 면세 1996.04.25 1998.07.03

○○ 000-00-00000 면세 1997.07.23 1998.12.30

(5) 청구인과 청구외 ○○○의 부가가치세 신고상황이 아래와 같은 바, 쟁점부동산 양도시까지 계속사업자인 청구인이 쟁점부동산 양도일이 속하는 과세기간(1998.1기)까지 일반과세자에 해당되는지 여부를 살펴본다.

① 청구인의 경우 쟁점건물을 1991.12.31 준공하였으므로 1991년 제2기분까지는 부동산 임대 매출액이 없을 것으로 추정되며, 청구인이 제시한 1992년 귀속 종합소득세 신고용 사업장별수입금액 결정상황표(전산출력분)를 보면 청구인의 수입금액은 15,173,267원(공급대가 16,690,593원)으로 되어 있고, 청구인이 제시한 1993년 제1기분 부가가치세 예정신고분 영수증의 산출근거에 의하면 과세표준이 5,319,863원으로 되어 있으며,

② 쟁점부동산을 취득한 청구외 ○○○은 과세특례자로 사업자등록을 하고, 1998년 제2기분 7,525,615원, 1999년 제1기분 11,675,339원, 1999년 제2기분 14,151,914원을 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하였음이 국세통합시스템에 의하여 확인되는 바 연간 매출액이 3,600만원에 미달됨을 알 수 있다.

③ 일반과세자가 과세특례자로 과세유형이 변경되는 시기는 전시한 부가가치세법 시행령 제74조 의 2 규정에 의하여 1역년의 공급대가가 3,600만원에 미달되는 해의 다음 해 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다고 규정하고 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산하며, 과세특례가 적용되는 사업자에 대하여는『과세유형전환통지』에 관계없이 과세특례가 적용되는 법적 시기에 과세특례 규정을 적용하는 것임을 알 수 있는 바, 처분청의 회신에서와 같이 사업기간 중 청구인이 과세특례포기신고서를 제출한 사실이 없는 이 건의 경우, 1992년 공급대가가 16,690,593원(이하 “쟁점대가”라고 함)이므로 특별한 사정이 없는 한 청구인은 처분청의 과세유형 전환통지 여부에 관계없이 1993.07.01 과세특례자로 과세유형이 변경된 것이며, 청구인이 사업개시 후 과세특례포기신고서를 제출한 사실이 없으므로 청구인은 쟁점부동산을 양도한 시점까지 계속하여 과세특례가 적용된다고 판단된다.

(6) 쟁점부동산 양도당시 과세특례자인 청구인이 쟁점부동산을 청구외 ○○○에게 양도한 것이 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당되는지 여부를 살펴본다. 청구인은 청구인이 영위하던 쟁점부동산의 임대업과 관련하여 청구인 명의의 모든 임대차 계약을 매수자인 청구외 ○○○에게 쟁점부동산 명도와 동시에 동일한 조건으로 양도하였으므로 사업과 관련된 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하였다고 주장하나, 사업의 양도는 사업장별로 그 사업용 자신을 비롯한 인적ㆍ물적 설비 및 당해 사업에 관련된 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시켜 경영주체만 변경되고 사업의 동일성은 그대로 유지하면서 사업 양도자의 사업이 그대로 계속 운영되는 것(○○부 부가 22601-46, 1992.04.03. 대법원85누763, 1986.02.01)을 말하며, 부동산 임대사업의 경우 부동산매매계약서에 임대사업의 권리ㆍ의무승계(예, 세입자에 대한 권리의무)에 관한 약정이 없고, 단지 대지 및 건물을 매매한다는 내용으로 되어 있는 경우에는 임대사업의 양도가 아닌 부동산의 양도로 보는 것(같은 뜻, 국심95중486, 1995.05.22)인데, 이 건의 경우, 1998.07.08 부동산등기특별조치법 제3조 의 규정에 따라 ○○시 ○○구청장이 검인한 쟁점부동산 매매계약서의 특기사항을 보면 “총매매대금 463,000천원중 계약금 147,000천원은 임대보증금이고, 중도금 290,000천원중 240,000천원은 기존의 융자금이고, 50,000천원은 차후 명의변경 후 융자를 받아 대체할 것임”이라고 약정한 사실만이 있는데, 이는 통상적인 부동산매매시 있을 수 있는 약정일 뿐이지 이를 근거로 쟁점부동산의 사업과 관련된 모든 권리와 의무를 청구인이 청구외 ○○○에게 포괄적으로 양도하였다고는 볼 수 없다고 판단된다.

(7) 위의 사실관계와 관련법령을 모아보면, 청구인의 경우, 부가가치세 납세의무가 있는 일반과세자로 사업자등록을 한 후, 상당한 과세기간동안 부가가치세를 신고ㆍ납부하지 아니한 잘못은 있으나, 처분청의 경우, 사업자가 부가가치세를 확정신고를 하지 아니한 경우 조사에 의하여 당해 과세기간의 과세표준과 세액을 경정할 수 있도록 세법에 규정하고 있음에도, 이를 소홀히 하면서 사업중에 있는 계속 사업자를 아무런 증빙도 없이 사업자등록을 직권말소하였는 바, 처분청의 논리라면 청구인은 이미 폐업한 자연인일 뿐 부가가치세 납세의무가 없는 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세함은 부당하다고 보여지나, 실질과세원칙상 청구인은 쟁점부동산을 양도할 때까지 계속하여 부동산 임대업을 영위한 것이므로 처분청의 사업자등록 직권말소 처분을 취소하고, 청구인은 1993.07.01 일반과세자에서 과세특례자로 과세유형이 변경된 것이므로 청구인이 부가가치세를 신고하지 아니한 과세기간에 대하여 과세표준과 세액을 조사하여 과세하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점건물의 양도는 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당하므로 과세특례를 적용하여 과세표준(184,430,391 = 167,663,992 + 16,766,399)과 납부세액을 재경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 중 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.