준설공사를 준공하고 국가에 귀속후 무상사용수익권을 미행사시 VAT 과세여부

○○세무서장이 1999.12.09. 청구법인에게 경정고지한 부가가치세 1999년 1기분 158,024,481원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 전기 및 가스공급업을 영위하는 비영리 공공법인인 ○○공사의 ○○화력발전처로서 1998.06.19. ○○항 ○○화력 석탄부두 전면선류장 준설공사(면적 72,000㎡, 이하 “쟁점공사”라 한다)를 ○○지방해양수산청(이하 “수산청”이라 한다)으로부터 시행허가를 받아 1999.05.10. 쟁점공사를 준공하여 국가에 귀속시키고 1999.05.17. 수산청으로부터 쟁점공사와 관련하여 총사업비를 1,273,924,000원(부가가치세 115,811,273원 포함)으로 산정ㆍ통보받았으나 1999.10.07. 청구법인은 수산청에 총사업비를 보전받기 위한 신고를 이행하지 아니하고 무상사용수익권 포기서를 접수하였으며, 부가가치세 신고시 쟁점공사와 관련된 매입세액은 신고하여 공제받았으나 이와 관련된 부가가치세 매출은 신고하지 않았다. 이에 대하여 처분청은 청구법인이 ○○공사를 준공하여 국가에 귀속한 것은 부가가치세 과세대상이라 하여 1999.12.09. 1999년 1기분 부가가치세 158,024,481원을 청구법인에게 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.03.07. 심사청구하였다.

청구법인은 쟁점공사를 준공하여 이를 국가에 귀속하고 무상사용수익권을 행사하지 않았으므로 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면세되는 용역의 공급에 해당됨에도 처분청이 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

쟁점공사는 청구법인이 준공하여 국가에 귀속시키고 그 대가로 총사업비에 달할 때까지 항만시설을 무상사용하게 된 것이므로 이는 부가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당되어 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점공사를 준공하여 국가에 귀속한 것이 부가가치세 과세대상에 해당되는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】 제3항 에서 『대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다』고 규정하고, 같은법 제12조 【면세】 제1항 제18호 에서 『국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세를 면제한다』고 규정하고, 같은법 제17조 【납부세액】 제2항 제2호 에서 『사업과 직접 관련이 있는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하고 있다. 또한, 같은법 통칙 17-0-9에서 『자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단치등에 무상으로 공급하는 경우 당해 재화의 매앱세액은 매출세액에서 공제하나, 자기의 사업과 관련없이 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 당해 재화의 매앱세액은 공제하지 아니한다』고 규정하고, 항만법 제17조 【항만시설의 귀속 등】 제1항 에서 『제9조 제2항의 규정에 의한 비관리청의 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 및 항만시설을 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속된다』고, 제2항 에서 『비관리청은 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 무상으로 사용할 수 있다』고 규정하고 있으며, 항만법시행령 제19조 【귀속항만시설의 무상사용 등】 제1항 에서 『법 제17조 제3항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자차단체에 귀속된 항만시설을 무상으로 사용하고자 하는자는 미리 관리청에 신고하여야 한다』고 규정하고, 제2항 에서 『의 규정에 의하여 무상으로 항만시설을 사용할 수 있는 기간은 다음 각호의 사용료를 합한 금액이 제18조의 규정에 의하여 산출된 총사업비에 달할 때까지로 한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이에 대하여 사실관계를 살펴본다. 첫째, 청구법인은 1999.05.10. 쟁점공사를 준공하여 이를 국가에 귀속시키고1999.05.17. 수산청으로부터 쟁점공사와 관련하여 총사업비를 1,273,924,000원(부가가치세 115,811,273원 포함)으로 산정ㆍ통보받았으나 이에 관련된 매입세액은 쟁점공사의 도급업체인 청구의 ○○산업(주)로부터 매입세금계산서 3매 1,171,872,393원(공급가액, 세액 117,187,239원)을 교부받아 부가가치세 신고시 공제되는 매입세액으로 하여 신고하였으나 이와 관련된 부가가치세 매출은 신고하지 아니하였음이 국세청전산자료에 의하여 확인된다. 둘째, 감사원은 1999.09.06.부터 1999.09.16. 까지 수산청에 대한 감사시 비관리청 항만공사로 설치된 항만시설은 항만법 제17조 제1항 과 제3항의 규정에 의하여 국가에 귀속되고 항만시설사업 시행자는 그 대가로 총사업비에 달할 때까지 항만시설을 무상으로 사용하게 된 것이므로 부가가치세법 제13조 의 규정에 의하여 부가가치세를 과세하여야 한다고 지적하였고, 처분청은 감사원으로부터 감사시적 내용을 통보받아 1999.12.09. 1999년 1기분 부가가치세 158,024,481원을 청구법인에게 경정고지하였음이 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인된다. 셋째, 청구법인은 쟁점공사를 준공하여 동항만시설을 국가에 귀속시키고 『본 ○○화력은 장기전원개발 계획상 2011년까지 가동할 계획이며 항만시설은 2004년까지 무상사용토록 가 허가 받았을 뿐아니라 항로 유지준설계획이 수립되어 있으므로 쟁점공사에 대한 무상사용권 행사는 실익이 없다고 판단되므로 향후 무상사용권을 행사하지 않을 것』이라고 수산청에 통보(○○발 204-1673, 1999.10.06.)하였고, 1999.10.07. 이를 접수한 수산청의 『국가귀속 항만 시설의 무상사용권 포기에 대한 검토서(문서번호 91570-613, 1999.10.29)』에 의하면 청구법인이 쟁점공사를 1999.05.10. 준공하여 이를 국가에 귀속시키고 그 대가로 총사업비를 보전받기 위한 신고 또는 통보를 하지 않았음이 확인된다. 넷째, 청구법인은 쟁점공사를 준공하여 이를 국가에 기부체납하고 수산청으로부터 공유수면점용료와 항만부지사용료를 부과받아 납부하고 있으므로 동항만시설을 무상으로 사용한 것이 아니라고 주장하나 공유수면점용료는 화력발전소 냉각수 거품제거망 설치와 취사기 설치 및 발전소용 냉각수 인수에 대하여 부과된 것이고, 항만부지사용료는 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 대지 16,254.10㎡를 ○○화력발전처 부지로 사용하는 것에 대한 사용료를 부과한 것임이 수산청이 재출한 관련서류에 의하여 확인되므로 청구법인이 재출한 공유수면점용료와 항만부지사용료의 납부서 등은 쟁점공사와는 직접 관련이 없다는 것을 알 수 있다.

(2) 청구법인은 쟁점공사를 준공하여 이를 국가에 귀속시키고 무상사용수익권을 행사하지 않았으므로 부가가치세법 제12조 제18호 의 규정에 의하여 부가가치세법 면제되는 용역의 공급에 해당된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 감사원의 수산청에 대한 감사시 제출한 확인서에서 쟁점공사를 준공하여 이를 국가에 귀속시키고 항만법 제17조 제3항 및 같은 법 시행령 제19조 제1항에 규정한 무상사용수익권이 실익이 없어 무상사용을 하기 위한 신고를 한 바 없으므로 이는 부가가치세가 면제되는 용역으로 보아 부가가치세 신고시 매출로 신고하지 않았다는 진술을 밝힌 바 있으며, 청구법인이 쟁점공사의 총사업비 보전을 받기 위한 방안으로 ① 국가에 귀속된 당해 항만시설을 유상으로 사용할 경우의 사용료를 무상사용 신고(항만법시행령 제19조 제1항), ② 타인으로부터 징수하는 항만시설 사용료 사용방법ㆍ사용요율 등 신고(항만법 제28조 제1항), ③ 국가에 귀속된 당해 항만시설 외의 다른 항만시설을 사용할 수 있도록 사용신고 또는 통보(비관리청 항만공사 시행허가 등에 관한 업무처리요청 제37조) 등의 3가지 방안이 있으나, 청구법인은 1999.05.10. 준설공사 준공이후 1999.10.06. 무상사용수익원 포기신청시까지 총사업비를 보전받기 위한 위 3가지 방안중 어느 하나도 신고 또는 통보를 이행하지 아니하였음이 확인되고, 청구법인은 항만법 제17저 제3항 및 통법시행령 제19조 제1항에 의한 무상사용권은 실익이 없다고 판단하여 이를 행사하지 않을 것을 1999.10.06. 수산청에 통보하였고, 수산청은 1999.10.07. 이를 접수하여 『국가귀속 항만시설의 무상사용권 포기에 대한 검토서』에서 청구법인이 쟁점공사를 1999.05.10. 준공하여 이를 국가에 귀속시키고 그 대가로 총사업비를 보전받기 위한 신고 또는 통보를 하지 않았음을 검토한 내용이 수산청이 제출한 쟁점공사의 관련서류에 의하여 확인되며, 이건 심리시 우리청에서 쟁점공사에 대하여 수산청에 사실확인을 조회한 바, 『○○항석탄부두는 ○○공사에서 건설하여 국가에 귀속하고 2004.12.31. 까지 무상사용허가를 받아 사용하는 항만시설이고, 1999.05.10. 준공한 쟁점공사에 대하여는 국가에 귀속하고 항만법 제17조 제3항 및 동법시행령 제19조 규정에 의한 무상사용수익원은 실익이 없다는 사유로 포기하였으며, 당해시설에 대한 사용료 부과 및 납부내역은 없다』고 회신(항무 91570-345, 2000.03.27.)한 점 등을 종합하여 보면 청구법인은 쟁점공사를 준공하여 국가에 귀속시키고 그 대가로 총사업비에 달할 때까지 항만시설을 무상사용할 수 있는 무상사용수익권을 포기함으로써 추가적으로 항만시설의 사용기간을 연장받거나 이에 대한 대가를 지급받지 아니하였음이 확인된다. 둘째, 국가에 기부체납재산의 무상사용기간 중에 추가적으로 사용기간을 연장받거나 대가를 지급받지 아니하고 당해 시설물에 대한 유지ㆍ보수ㆍ교체 등을 하고 국가에 귀속시키는 경우에는 국가에 무상공급하는 것이므로 부가가치세가 면제되는 것(재무부소비 22601-1101, 1989.10.30, 부가 46015-1614, 1997.07.15.)인 바, 이전의 경우 청구법인은 국가에 기부체납한 ○○항 석탄부두 항만시설을 2004.12.31. 까지 무상사용 허가를 받아 사용하던중 석탄부두 전면 선류장 준설공사를 준공하여 이를 국가에 귀속하면서 추가적으로 사용기간을 연장받은 사실이 없으며 또한 그 대가를 지급받지 아니하였음이 확인되므로 청구법인이 제공한 건설용역은 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역에 해당된다 할 것이고, 또한 청구법인이 쟁점공사를 준공하여 국가에 귀속한 것은 대가를 받지 아니하고 국가에 용역을 제공한 것으로 부가가치세법 제7조 제3항 에 의하여 용역의 공급에 해당되지 아니하므로 처분청이 쟁점공사와 관련된 건설용역에 대하여 부가가치세가 과세되는 용역으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못되었다고 판단된다. 셋째, 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 당해 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하나, 자기의 사업과 관련없이 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 당해 재화의 매입세액은 공제하지 아니하는 것(부가 통칙 17-0-9)인 바, 쟁점공사는 청구법인이 부가가치세가 과세되는 전기를 공급하기 위하여 석탄 등을 운반하는 선박의 항해가 용이하게 하기 위하여 시공되어야 할 공사로서 이는 청구법인이 사업과 관련된 시설공사로 판단되므로 청구법인이 쟁점 공사와 관련하여 청구의 ○○산업(주)로부터 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 117,187,239원을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 하여 부가가치세를 신고한 것은 정당하다 할 것이다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.