과세특례포기신고서를 제출하지 않은 경우 재고납부세액에 대한 가산세 부과

○○세무서장이 2000.01.08 청구인에게 고지한 부가가치세 6,091,440원의 부과처분은

1. 부가가치세법 시행령 제74조의4 제3항 제2호 (가)의 산식 중 “법 제26조 제3항 각 호에 규정하는 공제율”을 100분의 20으로 하여 재고납부세액을 계산하여 그 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 상가(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 분양받아 부동산 임대를 목적으로 1998.06.01를 개업일로 하여 1998.04.29 일반사업자로 사업자등록을 한 후 1998년 1기 확정 부가가치세 신고시 임대수입에 대한 부가가치세 과세표준 802,738원으로 하고 당해 취득 부동산의 건물분에 대한 매입세액 11,725,000원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 11,644,730원을 환급 받았으며, 그 이후 계속하여 일반사업자로 부가가치세를 신고납부하였다.

○○국세청장은 처분청에 대한 업무감사시 청구인의 최초의 과세기간에 대한 1역년의 공급대가가 과세특례자의 기준금액에 미달되고 청구인이 1998.12.20까지 과세특례 포기신고서를 제출하지 아니하여 1999.1기 과세기간부터 과세특례자로 적용되어야 하므로 일반과세자가 과세특례자로 변경됨으로 인한 재고납부세액을 결정하지 않았음을 지적하였고, 처분청은 이에 따라 부가가치세법 제26조 제3항 규정에 의하여 재고납부세액을 계산하여 2000.01.08 청구인에게 1999.1기분 부가가치세 6,091,440원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.02.07 이 건 심사청구를 제기하였다.

(1) 결정된 고지세액의 세액계산에 있어 부가가치세법 제26조 의 2 및 같은법 시행령 제74조의 4 제3항 제2호의 (가)목의 규정을 적용하여야 함에도 불구하고 적용오류가 있으므로 고지세액을 3,907,846원으로 하여야 하고,

(2) 일반과세자에서 과세특례자로 과세유형이 전환되어 납부세액에 재고납부세액을 가산하여 경정되어야 함은 인정하더라도 처분청이 청구인에게 일반과세자에서 과세특례자로 전환에 대하여 통지의무를 불이행한 잘못이 있으므로 가산세의 적용은 부당하다.

청구인은 신규로 사업을 개시한 날이 속하는 과세기간인 1998년 1기 부가가치세 과세표준금액으로 환산한 1역년의 공급대가의 합계액이 48,000,000원에 미달하여 부가가치세법 시행령 제74조 의 2 제1항의 규정에 의하여 1999.01.01 과세유형이 과세특례자로 전환되는 사업자이고, 일반과세자에서 과세특례자로 과세유형이 전환되는 경우에는 과세유형전환 통지에 관계없이 과세특례에 관한 규정이 적용되는 것이며, 일반과세자로서 계속 적용을 받으려면 부가가치세법 제30조 규정에 따라 1998.12.20까지 과세특례포기신고서를 제출하여야 하나 제출한 사실이 없으므로 청구인이 재고납부세액을 납부세액에 가산하여 신고납부하지 아니하였으므로 이에 따른 가산세를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 이 건의 재고납부세액의 계산이 적정한 지와

(2) 청구인이 납부세액에 재고납부세액을 가산하여 신고하지 아니한 경우 처분청이 과세유형전환통지를 하지 아니한 사유로 가산세의 적용을 배제할 수 있는 지를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 부가가치세법 제25조 【간이과세 및 과세특례】 제1항에는 『다음 각호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 업종ㆍ규모ㆍ지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. (생략)

2. 직전 1역년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)』라고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제74조 【간이과세 및 과세특례의 범위】 제1항에는 『개인사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항 제2호의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다.

1. 대리ㆍ중개ㆍ주선ㆍ위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 4,800백만원에 미달하는 때

2. ~3. (생략)』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제74조의2 【간이과세ㆍ과세특례 및 일반과세의 적용시기】 제1항에는 『법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 법 제25조 제1항 제1호 또는 제74조 제1항 각호에서 규정하는 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2가세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다』라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다』라고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에는 『제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다』라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제26조의2 【재고매입세액 가산】에는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다.』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제74조의4 【간이과세 및 과세특례 전환시의 세액계산 특례】 제1항에는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의하여 매입세액을 공제받은 것에 한한다)을 그 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 간이과세 또는 과세특례 전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 1.~3. (생략)

4. 감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득ㆍ건설 또는 신축 후 5년 이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작 후 2년 이내의 것에 한한다)』라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에 당해 사업자는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “재고납부세액” 이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다. 이 경우 제2호 및 제3호의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단 및 동조 제4항의 규정을 준용한다.

1. (생략)

2. 제1항 제4호에 규정된 자산으로서 다른 사람으로부터 매입한 자산 (가) 건물 또는 구축물 재고납부세액 = 취득가액×{1-(10/100)×경과된 과세기간의 수}×10/100×(1-법 제26조 제3항에 각 호에 규정하는 공제율)(이하생략)』라고 규정하고 있으며, 같은조 제4항에는 『제3항 각 호의 산식중 “법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율”은 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 날이 속하는 과세기간에 법 제26조 제3항 각호의 규정에 의하여 당해 재고품 및 감가상각자산에 대하여 적용되는 공제율로 한다,』라고 규정하고 있고, 같은법 제26조 【과세표준과 세액】 제3항에는 『간이과세자 또는 과세특례자가 다른 사업자로부터 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의2 제3항의 규정에 의한 신용카드매출전표 등(이하 이 조에서 “세금계산서 등”이라 한다)을 교부받아 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 세금계산서 등 또는 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 사업장 관할세무서장에게 제출하는 때에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 각 예정신고기간 또는 과세기간에 대한 납부세액에서 공제한다.

1. ~3. (생략)

4. 과세특례자에 대하여는 당해 예정신고기간 또는 과세기간에 교부받은 세금계산서 등에 기재된 매입세액의 100분의 20에 상당하는 금액(1998.12.28 개정)』이라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제22조 【가산세】 제5항에서 『사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. (1998.12.28.개정)

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)에 다음 각목의 사항을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율을 적용하여 계산한 금액

• 가. 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율
• 나. 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간』라고 규정하고 있다.

(1) 먼저 사실관계를 살펴본다. 청구인은 부동산 임대를 목적으로 1998.06.01 개업일로 하여 1998.04.29 일반사업자로 사업자등록을 하였고 최초의 과세기간인 1998년 1기 확정 부가가치세 신고시 임대수입에 대한 부가가치세 과세표준을 802,783원으로 하고 취득한 부동산의 건물분에 대한 매입세액 11,725,000원을 매출세액에서 공제받은 사실이 확인되고 있다. 청구인은 1998년 1기 과세기간의 신고과세표준 802,783원을 환산한 1역년의 공급대가가4,800만원에 미달한 점과 1998.12.20까지 일반사업자의 적용을 받기 위한 처분청에 과세특례 포기신고서를 제출하지 아니하고 일반사업자로 1999년 2기 예정신고시까지 부가가치세를 신고납부한 점, 처분청에서 청구인에게 과세특례자로 과세유형전환 통지한 사실이 확인되지 않는 점, 청구인이 과세유형전환에 따른 재고납부세액을 신고납부하지 아니한데 대하여 경정되어야 한다는 사실에 대하여는 다툼이 없는 점등이 제시된 심리자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 본다. 청구인이 1999년 1기 과세기간부터 일반과세자에서 과세특례자로 변경되어 감가상각자산인 쟁점부동산에 대하여 1999년 1기 부가가치세 신고시 납부세액에 재고납부세액을 가산하여 신고ㆍ납부하지 아니한 사실에 대하여, 처분청은 전시한 부가가치세법 시행령 제74조 의 4 제3항 제2호 (가)목 규정 [재고납부세액 = 취득가액×{1-(10/100)×경과된 과세기간의 수}×10/100×(1-법 제26조 제3항에 각 호에 규정하는 공제율)]을 적용하여 재고납부세액을 계산함에 있어 117,250,000×{1-(10/100)×2}×10/100×(1-10/100)=8,442,000원으로 재고납부세액을 산정하여 과세하였다. 한편, 청구인은 재고납부세액 계산시 공제율을 100분의 30을 적용하여 117,250,000×{1-(10/100)×2}×10/100×(1-30/100)=6,566,000원으로 재고납부세액을 계산하여야 한다는 주장인 바, 이를 살펴보면, 전시한 부가가치세법 제26조 제3항 제4호 가 1998.12.28 법률 제5585호로 개정되어 공제율이 당초 100분의 10에서 100분의 20으로 변경됨에 따른 재고납부세액 계산시 공제율 적용에 관한 다툼으로, 처분청은 당초 재고납부세액 계산시 부가가치세법 시행령 제74조의4 제3항 제2호 (가)의 산식 중 “법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율”을 개정전의 100분의 10을 적용하였는 바, 개정된 법률 부칙 제1조 【시행일】에는 『이 법은 1999년 1월 1부터 시행한다』라고 되어 있고, 같은 부칙 제2조 【일반적 적용례】에는 『이 법은 이 법 시행 후 최초로 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다(이하 단서 생략)』라고 되어 있으며, 전시한 부가가치세법 시행령 제74조의2 제1항 단서규정에 의하여 청구인의 과세유형은 신규로 사업을 개시한 경우로서 최초의 과세기간인 1998.1기 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간인 1999.01.01부터 과세특례자가 된다 할 것이고, 이 건의 경우 일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에 계산하는 재고 납부세액은 그 변경되는 날인 1999.01.01 현재의 감가상각자산(부가가치세법 제17조 의 규정에 의하여 매입세액을 공제받은 것에 한함)을 대상으로 하는 것이며, 같은 시행령 제74조의4 제4항에는 재고납부세액을 계산하기 위한 산식 중 “법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율”은 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 날이 속하는 과세기간에 법 제26조 제3항 각호의 규정에 의하여 당해 재고품 및 감가상각자산에 대하여 적용되는 공제율로 하도록 하고 있으므로 부가가치세법 시행령 제74조의4 제3항 제2호 (가)의 산식 중 “법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율”은 개정된 100분의 20으로 하여 재고납부세액 [117,250,000×{1-(10/100)×2×10/100×(1-20/100)]을 계산하여야 할 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 본다. 청구인은 일반과세자에서 과세특례자로 전환에 대하여 처분청에서 전시한 부가가치세법 시행령 제74조 의 2 제2항 규정에 의하여 청구인에게 과세유형전환통지를 하지 아니한 잘못이 있으므로 이 건 경정시 재고납부세액을 납부세액에 가산하여 신고ㆍ납부하지 아니한데 대하여 가산세 적용을 배제하여야 한다는 주장인 바, 이를 살펴보면, 전시한 부가가치세법 시행령 제74조의2 제2항 에 의하면 사업자가 일반과세자에서 간이과세자로 변경될 경우 당해 사업자의 관할세무서장은 부가가치세법 제25조 의 규정을 적용하게 되는 과세기간 개시 20일전까지 그 사실을 통지하도록 되어 있으나, 같은 조 제3항에 의하면 일반과세자에서 과세특례자로 변경될 경우에는 제2항의 규정에 의한 과세유형전환사실에 대한 통지에 관계없이 같은 법 제25조의 규정을 적용하여 부가가치세의 부과처분을 하였다하여 이를 위법하다 할 수 없다(같은 뜻, 대법원 95누8478, 1995.11.28)고 판시하고 있는 바, 유형전환사실에 대한 통지여부가 과세유형 전환의 효력에 영향을 미치는 강행규정이라고 해석되지 아니하는 것으로 보여지고, 과세특례의 적용여부는 부가가치세법 제25조 규정에 따라 법정요건에 해당되는 지에 의하여 결정되는 것이지 이에 관하여 따로이 과세관청의 처분을 요하는 것도 아니므로, 과세특례자로 변경된 사업자가 그 변경에 따라 종전의 일반과세자로서 미리 공제받은 매입세액에 대하여 재고납부세액을 계산하여 이를 납부세액에 가산하여 신고납부하여야 할 의무를 이행하지 아니한 경우 처분청으로부터 과세유형전한 사실에 대한 통지를 받지 아니하였다는 사유만으로써는 그 의무 해태에 대하여는 신고ㆍ납부불성실가산세를 부과하지 못할만한 정당한 사유가 있다고 할 수 없으므로(같은 뜻, 대법원 90누 6149, 1991.06.25), 처분청은 청구인이 1999년 1기 과세기간부터 일반과세자에서 과세특례자로 변경됨에도 1999년 1기 부가가치세 신고시 쟁점부동산에 대한 재고납부세액을 납부세액에 가산하여 신고ㆍ납부하지 아니한데 대하여 신고ㆍ납부불성실가산세를 적용하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.