형식ㆍ명칭에 불구하고 사실상 면세되는 프로그램 개발용역에 해당하는지 여부

○○세무서장이 1999. 7. 6. 청구법인에게 결정고지한 부가가치세 1995년 제2기분 4,663,4450원, 1996년 제1기분 9,952,370원, 1996년 제2기분 5,746,300원, 1997년 제1기분 27,949,000원, 1997년 제2기분 1,323,630원, 1999년 제1기분 794, 700원, 합계 50,429,450원은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 사업서비스업 ‧ 소프트웨어개발 및 공급업을 영위하는 벤처기업(1998.10.10., ○○‧○○지방중소기업청)으로 1995년 제2기분부터 1999년 제1기분까지 ○○광역시 교육청 및 관내 6개 교육청(이하 “교육청”이라함)에 학교시설관리 데이터베이스 구축용역(이하“쟁점용역”이라 함)을 426,586,600원(이하 “쟁점금액”이라함)에 공급하고 동 쟁점용역은 부가가치세가 면세되는 것으로 보아 계산서를 발행 ‧ 교부하였다. 처분청은 1999. 5. 6. 청구법인에 대하여 부가가치세 경정조사를 실시하고, 청구법인이 교육청에 공급한 쟁점용역은 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램 개발용역으로 볼 수 없어 부가가치세가 과세되는 용역의 공급으로 보아 1995년 제2기분 ~ 1999년 제1기분 부가가치세 50,429,450원을 1999. 7. 6. 청구법인에게 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.11. 4. 이의신청을 거쳐 2000. 1.31. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점용역은 청구인이 학교시설관리를 위한 프로그램(이하 “기본프로그램”이라 함)을 자체 개발하여 등록함으로써 기본 프로그램에 대한 지적 소유권을 확보하여 타인이 무단으로 사용하는 것을 방지하고, 발주처인 교육청의 요구사항과 상황에 따라 기본 프로그램을 기본으로 하되 그 내용의 대부분을 변형하여 발주처별로 각기 다른 내용의 완성품을 제공한 것이므로 이는 프로그램개발용역에 해당하여 부가가치세가 면세되는 것이며, 다만 발주처인 교육청의 예산집행 문제로 계약서에 “학교시설관리 데이터베이스 구축용역”으로 표기하였을 뿐 실지로는 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램 개발용역으로 부가가치세가 면세됨에도 쟁점용역의 실질내용을 인정하지 아니하고 이 건 과세한 당초 처분은 부당하다.

청구법인은 자신이 개발한 프로그램이 아닌 교육부에서 자체 개발한 학교시설관리 시스템을 이용하여 쟁점용역을 제공한 것이며, 설령 청구법인이 개발한 프로그램에 의하여 쟁점용역을 제공하였다 하더라도 시스템분석 및 프로그램개발용역은 그 소유권이 특정인에게 귀속될 때(비범용성) 부가가치세가 면세 되는 바, 이 건의 경우 청구법인이 기본 프로그램을 등록함으로써 청구법인이 향후 계속적으로 교육청에 용역을 제공할 여지가 있으므로(범용성) 쟁점용역 공급은 부가가치세가 면세되는 프로그램 개발용역으로 볼 수 없어 이 건 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 교육청에 공급한 쟁점용역이 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램 개발용역에 해당되는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제12조 【면세】 제1항 제13호 및 같은 법 시행령 제35조 제2호 라목 에서학술연구용역 ‧ 기술연구용역과 전자계산조직을 이용한 시스템 분석 및 프로그램 개발용역의 공급에 대하여는 부가가치세 면세로 규정하고 있다.

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】 제2항에서세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득‧수익‧재산‧행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.고 규정하고 있다.

○ 컴퓨터프로그램보호법 제2조 【정의】 제1호에서프로그램이라 함은 특정한 결과를 얻기 위하여 컴퓨터등 정보처리능력을 가진 장치내에서 직접 또는 간접으로 사용되는 일련의 지시‧명령으로 표현된 창작물을 말한다고 규정하고, 제4호에서 改作이라 함은 원프로그램의 일련의 지시·명령의 전부 또는 상당부분을 이용하여 새로운 프로그램을 창작하는 행위를 말한다.고 규정하고, 제5호에서 2차적 프로그램이라 함은 원그로그램을 개작한 프로그램을 말한다고 규정하고 있다.

○ 같은 법 제5조 【2차적 프로그램】 2차적 프로그램은 독자적인 프로그램으로서 보호한다.고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1995년 제2기분부터 1999년 제1기분까지 쟁점용역을 426,586천원에 공급하고 이를 부가가치세 면세로 보아 계산서를 발행 ‧ 교부하였고, 청구법인은 자신이 개발한 “○○시스템(Version2.5)”을 한국컴퓨터 프로그램보호회에 1996. 1.10. 등록하였으며, 1998.10.10. ○○ ‧ ○○지방중소기업청장의 확인서에 의하면 청구법인은 “신기술 개발 벤처기업”이며, 사업자등록상 청구법인의 업종은 소프트웨어 개발 및 공급업임이 확인된다.

(2) 교육청은 ○○데이터베이스 구축용역을 청구 외 ○○조합과 도급계약을 하고, 청구법인은 동 조합과 기술용역표준계약서(하자보증 기간 1년)를 작성하여 쟁점용역을 공급하였는데 그 내용은 다음과 같다.

① 과업의 목적

○○시스템을 이용하여 교육청 관내 고등학교 및 특수학교시설물 데이터베이스를 구축하여 운영함으로써 학교시설의 기능과 내구성을 향상시키는 등 쾌적한 교육환경 조성에 기여한다.

② 과업의 내용

○○광역시 관내 학교에 대한 도면자료, 이미지자료, 속성자료 수집, 조사분석하여 입력하고 자료간의 연관성을 분류, 관계성을 설정, 데이터베이스를 구축하며, ○○시스템에 장착하여 운영될 수 있도록 시스템을 설치하고 제반 입출력자료를 전산매체로 납품하여야 한다.

③ 과업의 범위

• 가. 도면자료 관리: 각종 도면자료를 학교별로 입력하여 속상자료 및 이미지(사진)자료와 상호 연계하여 입력, 수정, 조회, 삭제, 출력기능이 가능하도록 하여야 한다.
• 나. 속성자료 관리: 각종 속성자료(문서)를 입력하여 도형 및 이미지 자료와 상호 연계와 집계 및 통계자료로서 활용할 수 있도록 하여야 한다.
• 다. 이미지(사진)자료 관리: 도면 및 속성자료와 상호 연계가 필요한 자료로서 도형, 비도형 자료로 판독, 이해가 곤란한 시설 및 현장감 있는 자료가 요구되는 이미지자료로 학교당 15매 이상 입력한다.
• 라. ○○광역시 지도를 입력하여 학교위치와 주변현황을 상호 연계 활용할 수 있도록 한다.

④ 과업성과품의 납품

• 가. 데이터베이스 구축에 필요하여 개발된 소프트웨어
• 나. ~라. (생략)
• 마. 시스템 운영에 대한 사용설명서

(3) 처분청은 1999. 5. 청구법인에 대하여 부가가치세 경정조사를 실시하였는데 그 조사내용은 다음과 같다.

① 발주처의 하나인 ○○교육청의 내부 문건(시설00000-000, ‘96.10.18.)에 의하면 쟁점용역은 교육부에서 자체 개발한 ○○시스템을 이용하여 초 ‧ 중등학교 시설관리 데이터베이스 구축용역을 시행한다고 명시되어 있고, “예정가격 산출 기초자료”에도 기술료에 자체 개발한 기술이 아니므로 기술개발비를 삭감한다고 기재된 점으로 보아(쟁점용역에 사용된 프로그램은) 청구법인의 자체개발 프로그램이 아님이 확인되며,

② 쟁점용역 과업지시서 및 예정가격 산출 기초자료를 보면,(쟁점용역은)시스템 분석 및 프로그램 개발용역이 아니라 자료처리 ‧ 키펀치에 의한 용역의 공급 및 전산조직 운용용역이 대부분이므로 쟁점용역의 공급은 부가가치세가 과세되는 것이며,

③ 청구법인의 주장대로 자체개발한 프로그램으로 쟁점용역을 제공하였다 하더라도 시스템분석 및 프로그램 개발용역은 그 소유권이 특정인에게 귀속될 때 면세대상이 되는 것으로(청구법인의) 프로그램등록증서와 같이 청구법인에서 개발한 ○○시스템은 프로그램 개발을 의뢰한 특정인에게 귀속된 것이 아니고 청구법인의 소유로서 앞으로 계속적 교육청 및 학교에 용역 제공의 소지가 있으므로 쟁점용역의 공급은 부가가치세가 과세되는 것이다.

(4) 청구법인의 교육청에 공급한 쟁점용역에 대하여 살펴본다. 첫째, 쟁점용역 발주처였던 ○○교육청에서 쟁점용역 실무업무를 담당하였던 청구 외 안○○(사무관, 현재 ○○광역시교육청 설비계장)이 2000. 1.17. 작성한 사실확인서에 의하면, 당시 교육부는 자체에서 개발한 DOS운영체제하의 지리정보시스템 도구를 활용한 입력프로그램은 U○○을 각 교육청에 배포하고 이 프로그램에 데이터베이스 입력 용역을 수행하도로고 권장하고 예산을 배정하였는 바,

○○광역시 교육청 및 산하 각 교육청은 이 프로그램이 향후 확장성, 호환성, 활용도 등에 있어 적합하지 못하다고 판단하여 Windows 운영체제하에서 Cad를 기본도구로 한 프로그램을 개발하여 DB를 구축하기로 하고 청구법인에 각 교육청별로 특성에 맞는 프로그램 개발을 의뢰하였으나 당시 교육부의 예산배정이 교육부가 권장하는 입력프로그램의 DB구축용역으로 세항 및 목이 정해져 있어 예산에 책정된 세항과 목을 변경할 경우 기획예산처장관의 승인을 얻어야 전용이 가능하여 사실상 예산 전용이 불가피하였던 관계로 청구법인과 프로그램개발 용역계약을 체결하면서도 예산에 배정된 세항과 목에 따라 데이터베이스 구축용역으로 개발하였으며, 청구법인에서 개발 납품한 ○○시스템프로그램은 별표와 같이 각 교육청별로 그 내용이 서로 다르고 개발과 동시에 각 교육청에 소유권을 이관하였다고 확인하는 점으로 보아, 각 교육청은 당시 교육부에서 자체 개발하여 시달한 입력프로그램에 의하여 데이터베이스 구축용역을 수행한 것이 아니라 각 교육청에서 자신의 특성과 환경에 맞게 프로그램을 개발하도록 청구법인에 의뢰하여 청구법인이 쟁점용역을 제공함으로써 이 프로그램은 개발된 프로그램에 자료를 입력하여 불특정 다수인이 사용할 수 있도록 만들어진 범용성 있는 프로그램이 아니고 쟁점용역을 제공받은 교육청 이외에는 프로그램을 사용할 수 없는 것으로 보여 지므로 범용성은 없다고 판단된다. 둘째, 청구법인이 심리기간 중에 제시한교육청별 프로그램원본 출력분, 개발공급자 청구법인책의 프로그램량(책의 두께)을 살펴보면, ○○광역시 교육청 2.5㎝, ○○교육청 3.2㎝, ○○교육청 3.0㎝, ○○교육청 3.5㎝, ○○교육청 7.0㎝, ○○교육청 11.5㎝, ○○교육청 6.8㎝의 분량으로 되어 있어 각 교육청별로 프로그램의 량과 내용이 서로 다름을 알 수 있다. 셋째, 심리기간 중 우리청에서 ○○광역시 교육청에 청구법인이 개발한 프로그램과 교육부에서 시달한 프로그램에 대한 사실조회를 하였는 바, 그 회신(○○광역시 교육청 시설 00000-00000, 2000. 3. 6.)에 의하면 두 프로그램은 운영체제, 프로그램 개발도구, 도면작성 Tool, DB구현 기술, DBMS, 네트워크, 호환성, 저장기능 등 중요부분이 서로 다른 점으로 보아 두 프로그램은 전혀 다른 프로그램으로 보여 진다. 구분 교육부 권장프로그램 청구법인의 프로그램 OS체제 DOS, Windows 3.1 Windows NT 및 95/98 프로그램 개발도구 C언어, 코드베이스 Visual언어(C,C++,Basic,SQL,A○○ ARX/LISP/ADS 도면작성 T○○L U○○ A○○ 확장성/ 호환성 선,원,문자,레이어,색상,연속성,범례 7개의 파일로 나누어 한 도면을 형성, 타 프로그램과 호환성이 전혀 없음 A○○를 활용함으로써 호환성 양호 활용도 건축요소를 디지타이징한 도면으로 도면활용이 불가능함 A○○로 작성/보관 DB구현 기 술 dBASEIII+ 를 기반으로 해당필드에 입력하는 방식 Accsess MDB를 활용하여 관리 프로그램을 구현, MS-SQL Server 를 활용하고 있음 DBMS dBASEIII+ Access, MS-SQL Server 네트워크 없음 모든 컴퓨터에서 활용가능 저장기능 정해진 디렉토리에 한 교육청 데이터를 모두 저장하는 구조 관리학교별로 디렉토리를 나누어 저장하고 Windows의 기능에 따른 확장 및 분산저장 기능이 뛰어남

(5) 위의 사실관계와 관계법령을 모아보면, 쟁점용역 발주자인 교육청은 당시 교육부에서 시달한 입력프로그램에 의하여 학교시설관리 정보를 입력한 것이 아니라 각 교육청의 상황에 맞게 프로그램을 개발하도록 청구법인에게 의뢰하였고, 이를 의뢰받은 청구법인은 청구법인이 자체개발하여 ○○협회에 등록한 ○○프로그램을 기본으로 하여 그 내용의 대부분을 변형하여 각 교육청별로 각기 다른 내용의 완성품을 납품한 것으로 보여지는데, 이는 청구법인이 소유한 기본프로그램을 단순히 발주처의 전산조직에 이식하여 운용하도록 하는 용역이 아니라 전자계산조직을 이용하여 특정한 결과를 얻기 위하여 컴퓨터 등 정보처리능력을 가진 장치 내에서 직접 또는 간접으로 사용되는 일련의 지시‧명령으로 표현된 프로그램 개발용역이거나, 또는 원 프로그램의 일련의 지시‧명령의 전부 또는 상당부분을 이용하여 새로운 프로그램을 창작하는 프로그램 개발용역으로 보여 지므로 청구법인이 각 교육청에 제공한 프로그램은 본래적의미의 프로그램 개발용역 또는 2차적 프로그램 개발용역에 해당한다 할 것이므로 부가가치세가 면세되는 것임에도, 이를 부가가치세가 과세되는 용역공급으로 보아 과세한 처분청의 당초 처분은 거래의 실질관계를 잘못 이해한 부당한 처분이라 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.