실지거래가액이 확인되지 않고 건물 및 토지가액이 구분불분명한 경우 공제여부

○○세무서장이 1999.08.16 청구법인에게 경정고시한 1996년 1기분 부가가치세 9,952,960원의 부과처분은,

1. 청구법인이 1996.05.21 청구외 (주)○○건설로부터 교부받은 세금계산서상 매입세액 9,048,151원중 쟁점주택 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 토지 및 건물의 과세시가표준액에 따라 안분계산하여 건물분에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 관광호텔을 운영하는 법인으로서 청구외 주식회사 ○○주택건설(이하 “(주)○○주택”이라 한다)로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ ○○연립주택 10채를 취득하여 소유권이 전등기하고, 그 중 국민주택이상인 1동 102호 주택 118,71㎡, 대지 85㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대하여 1996.05.21 청구의 (주)○○주택으로부터 공급가액 90,481,509원 매입세액 9,048,151원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 1996년 1기 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받았다. 처분청은 청구법인에 대한 경정조사를 실사하여 청구법인이 청구외 ○○○이 소유하고 있는 쟁점주택을 취득하면서 청구의 (주)○○주택으로부터 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 사실과 다른 세금계산서로 보아 당해 매입세액을 불공제하여 1999.08.16 청구법인에게 1996년 1기 확정 부가가치세 9,952,960원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.09.29 이의신청을 거쳐 2000.01.29 심사청구를 하였다.

청구법인은 쟁점주택을 직원기숙사용으로 사용하기 위하여 청구외 (주)○○주택에서 분양을 받아 동 대금은 청구법인의 대표이사 ○○○의 단기차입금으로 가수처리하고 동 대금을 2년에 걸쳐 청구외 ○○○에게 거의 상환한 것으로 적법하에 취득하였는데도 청구외 ○○○으로부터 취득한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

청구법인의 대표이사인 청구외 ○○○이 채권관계가 있던 청구외 (주)○○주택으로부터 쟁점주택 등을 대물변제 받아 청구외 ○○○이 소유하고 있던 쟁점주택을 청구법인이 취득하고 청구외 (주)○○주택으로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 매입세금계산서로 보아 매입세액불공제한 처분이 정당한 지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】 제1항에서 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.”고 규정하고 있다. 같은 법 제16조 【세금계산서】 제1항에서 “납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 ”세금계산서“라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항”이라고 규정하고 있으며, 같은 법 제17조 【납부세액】 제2항에서 “다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.”이라고 규정하고 있다. 민법 제454조 【채무자와의 계약에 의한 채무인수】 제1항에서 “제3자가 채무자와의 계약으로 채무를 인수한 경우에는 채권자의 승낙에 의하여 그 효력이 생긴다.”고 규정하고, 같은 조 제2항에서 “채권자의 승낙 또는 거절의 상대방은 채무자나 제3자이다.”고 규정하고 있다. 구 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제3항(1997.12.31 개정되기 전의 것)에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”라고 규정하면서, 같은 조 제4항에서는 “제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액, 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액“으로 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 사실관계를 살펴본다. 첫째, 쟁점주택의 등기부등본을 보면, 쟁점주택이 1994.03.04 청구외 (주)○○주택으로 소유권보존등기된 후 1995.09.26 매매예약을 원인으로 1995.12.01 청구법인 명의로 소유권이전청구권 가등기된 점과 1996.07.19 매매를 원인으로 청구외 (주)○○주택에서 청구법인 명의로 소유권이전등기된 점 및 1997.06.23 청구법인에서 청구외 ○○○으로 소유권이전등기된 점등이 확인되고 있다. 둘째, 청구법인이 쟁점주택을 구입당시 청구법인 및 청구외 (주)○○주택의 대표이사는 청구외 ○○○인 사실이 확인되고, 청구법인이 쟁점주택을 토지와 건물의 가액을 구분하지 아니하고 일괄하여 구입하면서 청구외 (주)○○주택(대표이사 ○○○)으로부터 1996.05.21 공급가액 90,481,509원, 매입세액 9,048,151원의 쟁점세금계산서를 교부받아 당해 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고하였으나 청구법인의 1995 사업연도(1995.10.1~1996.09.30) 결산장부상 쟁점주택은 토지 38,092,716원, 건물 52,388,793원으로 자산계상한 사실이 확인되며, 청구법인이 1997.06.10 쟁점주택을 양도하면서 토지 42,202,758원, 건물 61,633,857원으로 구분하여 공급가액 103,836,615원 매출세액 6,163,385원의 세금계산서를 발행하고 부가가치세 신고한 사실이 관계서류에 의하여 확인되고 있다. 셋째, 청구법인은 호텔을 1995.01.05 개관하면서 호텔의 특성상 종업원을 위한 기숙사의 필요성을 절감하여 청구법인의 대표이사인 청구외 ○○○에게 기숙사구입을 요청하여 1995.12.15 청구법인의 이사회를 거쳐 청구외 (주)○○주택에서 분양중이던 쟁점주택외 9채(701백만원)를 대표이사인 청구외 ○○○이 빌려주는(주주차입금 증가) 조건으로 구입하였고, 그 당시 청구외 ○○○이 청구외 (주)○○주택으로부터 받을 채권이 있어 쟁점주택외 9채(701백만원)에 대한 구입대금과 상계하기로 하였다고 주장하면서 매매계약서, 이사회결의서, 주주임원단기차입금 보조장부 등을 제시하고 있다. 넷째, ○○지방국세청장에서 청구법인의 이의신청결정시 청구법인이 쟁점주택외 9채를 자산으로 처리하고 이에 상당하는 가액에 대하여 청구외 ○○○의 주주임원단기차입금으로 계상처리하고 이를 반제한 사실이 증빙서류에 의하여 확인된다하여 유상양도로 본 사실이 관계서류에 의하여 확인되고 있다.

(2) 청구법인과 처분청간에 쟁점주택에 대한 양도가액에 대하여는 다툼이 없으나, 청구외 (주)○○주택에서 쟁점주택을 청구외 ○○○에게 대물변제한 것으로 볼 것인지와 청구법인에게 공급한 것으로 볼 것인지에 대한 다툼이 있는 바, 이를 살펴보면, 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 부가가치세 과세원인이 되는 재화의 공급이라고 하고 부가가치세의 성질에 비추어 그 인도 또는 양도는 그 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용ㆍ소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하는 것(같은 뜻, 대법원 96뉴 3371, 1996.06.11)이므로, 첫째, 청구법인과 청구외 (주)○○주택간에 쟁점주택에 대하여 매매예약 및 매매계약이 체결된 사실과 등기부등본상 청구외 (주)○○주택에서 청구법인 명의로 매매예약가등기 및 소유권이전등기가 된 사실이 확인되는 반면에 청구외 (주○○주택과 청구외 ○○○간에 쟁점주택에 대한 매매계약을 체결하거나 소유권이전등기한 사실이 없을 뿐만 아니라 청구외 ○○○이 쟁점주택의 소유자로서 부동산인 쟁점주택에 대하여 사용ㆍ소비한 사실도 확인되지 않고 있다. 둘째, 청구법인은 쟁점주택을 청구외 (주)○○주택으로부터 매수하면서 청구법인이 쟁점주택에 대한 구입대금을 결제하기 위하여 청구외 (주)○○주택에서 청구외 ○○○에 대하여 부담하여야 할 채무중 쟁점주택의 구입대금 상당액을 채무로 인수하여 주주임원단기차입금으로 계상하고 그 후 변제한 사실이 확인되고 있으므로, 이는 대금결제의 한 방법으로서 청구법인이 청구외 (주)○○주택에게 지급할 쟁점주택의 구입대금을 청구법인, 청구외 (주)○○주택, 청구외 ○○○간에 채무인수계약에 의하여 청구외 (주)○○주택에서 청구외 ○○○에게 부담하여야 할 채무에 대한 청구법인의 채무인수액으로 변제에 갈음하였다고 보여지는 바, 이를 청구외 (주)○○주택이 청구외 ○○○에게 쟁점주택을 대물변제한 것으로 하여 청구외 ○○○이 쟁점주택을 청구법인에게 양도하였다고는 보기 어렵다 하겠다. 따라서, 청구법인이 청구외 (주)○○주택으로부터 쟁점주택을 정상적으로 매입한 것으로 판단되므로 청구법인이 청구외 ○○○으로부터 쟁점주택을 취득한 것으로 보아 쟁점세금계산서상 매입세액을 전부 불공제한 처분은 부당하다고 판단된다.

(3) 청구법인은 쟁점주택에 대하여 공급가액 90,481,509원, 매입세액 9,048,151원의 쟁점세금계산서를 교부받아 당해 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고하였으나, 첫째, 쟁점세금계산서상 공급가액 90,481,509원은 쟁점주택의 건물가액과 대지의 가액을 구분하지 아니하고 총매매가액임이 부동산매매계약서와 청구법인의 장부에 의하여 확인된다. 둘째, 이 건의 경우 쟁점주택중 건물의 실지거래가액으로 볼 수 있는 분양가액, 장부가액, 또는 감정평가법인이 감정평가한 가액임이 확인될 수 있는 입증자료를 제시하지 아니하여 그 실지거래가액이 확인되지 아니하고, 쟁점주택 중 건물 및 토지 가액의 구분이 불분명하므로 구 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제3항 규정에 의하여 쟁점주택 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준에 따라 쟁점주택의 건물가액을 산정하여 이에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다 할 것이다. 이와 같이 심리한 바, 이건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2항 및 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.