면세대상 재화의 공급인지 여부

○○세무서장이 1999.12. 2. 청구조합에게 경정고지한 1999년 1기분 부가가치세 52,118,180원은 이를 취소합니다.

청구조합은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 본점을 두고 상호를 “○○조합(이사장: 박○○)”을 하여 중소기업협동조합법에 의하여 1982. 7.30. 설립인가되어 설립된 조합으로서 청구조합이 소유하고 있던 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지상 토지 529㎡ 중 529분의 247.89 및 동 지상건물 1,249.35㎡ 중 1249.35분의 585.45(이하 “쟁점출연건물”이라 한다)를 청구 외 (재)○○연구소(이하 “청구외법인”이라 한다)에 쟁점출연건물의 출연가액을 420,000,000원으로 평가하여 1999. 5.31. 출연하였으나 이에 따른 세금계산서를 교부하지 아니하였다. 처분청은 1999년 8월 청구조합의 1999년 1기 확정분에 대한 부가가치세환급 조사 시 쟁점출연건물의 청구외법인에 대한 출연을 부가가치세 과세대상 재화의 공급으로 보아 부가가치세 52,118,180원을 1999.12. 2. 경정결정 고지하였다. 청구조합은 이에 불복하여 2000. 1. 5. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구외법인은 국내 조명기술의 발전을 위하여 ○○부장관의 허가를 받아 설립되었으며, 국내의 낙후된 조명기술의 개발 및 조명산업의 발전과 수출산업육성, 연구 등의 목적으로 운영되고 있는 공익법인으로서 청구조합이 공익법인인 청구외법인에게 쟁점출연건물을 출연한 것은 부가가치세 면제대상 재화의 공급으로서 부가가치세가 면제되어야 함에도 처분청이 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 과세함은 부당하다.

청구외법인은 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 및 동법시행령 제39조 제1항과 상속세 및 증여세법시행령 제12조 에서 규정하고 있는 공익단체에 해당되지 아니함으로 청구조합이 청구외법인에게 쟁점출연건물을 출연한 것은 부가가치세 과세대상 재화의 공급으로서 이에 대한 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점출연건물의 출연이 부가가치세 면제대상 재화의 공급인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제12조 【면세】 제1항에서『다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. ~ 17. (생략)

18. 국가·지방자치단체·지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역』이라고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제39조 【공익단체의 범위】 제1항에서『법 제12조 제1항 제18호에 규정하는 공익단체는 주무관청의 인가를 받고 설립한 단체로서 상속세 및 증여세법시행령 제12조 각 호의 1에 규정하는 사업을 하는 단체로 한다.』라고 규정하고 있다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 【공익법인 등의 범위】 『법 제16조 제1항에서 “공익법인등”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.

1. ~ 4. (생략)

5. 공익법인의 설립·운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업

6. ~ 9.(생략)』이라고 규정하고 있다.

○ 민법 제32조 【비영리법인의 성립과 허가】 『학술·종교·자선·기예·사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.』라고 규정하고 있다.

○ 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 『 제1조 【목적】 이 법은 법인의 설립·운영 등에 관한 민법의 규정을 보완함으로써 법인으로 하여금 그 공익성을 유지하여 건전한 활동을 할 수 있도록 하게 함을 목적으로 한다. 제2조 【운용범위】 이 법은 재단법인 또는 사단법인으로서 사회일반의 이익에 공여하기 위하여 학자금·장학금 또는 연구비의 보조나 지급·학술·자선에 관한 사업을 목적으로 하는 법인(이하 “공익법인”이라 한다)에 대하여 적용한다. 제4조 【설립허가 기준】

① 주무관청은 민법 제32조 의 규정에 의하여 공익법인의 설립허가신청이 있는 때에는 관계사실을 조사하여 재단법인에 있어서는 출연재산의 수입, 사단법인에 있어서는 회비·기부금 등으로 조성되는 재원의 수입으로 목적사업을 원활히 달성할 수 있다고 인정되는 경우에 한하여 설립허가를 한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은법 시행령 제2조 【정의】 『법 제2조에서 “사회 일반의 이익에 공여하기 위하여 학자금·장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술·자선에 관한 사업을 목적으로 하는 법인”이라 함은 다음의 사업을 목적으로 하는 법인을 말한다.

1. ~ 2. (생략)

3. 학문 또는 과학기술의 연구·조사·개발·보급을 목적으로 하는 사업 및 이들 사업을 지원하는 도서관·박물관·과학관 기타 이와 유사한 시설을 설치·운영하는 사업』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구조합은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 본점을 두고 우리나라의 전등기구공업의 건전한 발전과 조합원상호간의 복리증진을 도모하며, 협동사업을 수행함으로써 자주적인 경제활동을 조장하고, 경제적 지위향상을 도모한다는 설립목적을 가지고 중소기업협동조합법에 의하여 1982. 7.30. 설립인가되어 설립된 조합임이 관련증빙에 의하여 확인된다.

(2) 청구조합은 청구조합이 소유하고 있던 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지상 토지 529㎡ 중 529분의 247.89 및 동 지상건물 1,249.35㎡ 중 1249.35분의 585.45를 청구외법인에 1999. 5.31. 출연하면서 이 가운데 건물분에 대한 출연가액을 420, 000,000원으로 평가하였음이 관련서류에 의하여 확인된다.

(3) 처분청은 청구외법인이 부가가치세법 시행령 제39조 제1항 에서 규정하고 있는 공익단체에 해당되지 않으므로 청구조합이 청구외법인에 쟁점출연물건을 출연한 것을 부가가치세 과세대상 재화의 공급으로 보아 청구조합이 청구외법인에게 출연 시 평가한 건물가액을 기초하여 이 건 과세하였으며, 이에 대하여 청구조합은 청구외법인이 공익단체에 해당되므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있는 바, 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 에서는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화의 경우 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령 제39조 제1항 에서는 공익단체의 범위를 주무관청의 인가를 받고 설립한 단체로서 상속세 및 증여세법시행령 제12조 에 규정하는 사업을 하는 단체로 한다고 규정되어 있으므로 청구외법인이 상속세 및 증여세법시행령 제12조 에서 규정하고 있는 공익법인에 해당되는 지 여부를 살펴본다. (가) 상속세 및 증여세법시행령 제12조 에서는 공익법인 등의 범위를 각호 별로 열거하고 있으며, 제5호에서 ‘공익법인의 설립·운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업’이라고 규정되어 있는 바, ‘공익법인의 설립·운영에 관한 법률’을 보면 학문 또는 과학기술의 연구·조사·개발·보급을 목적으로 하는 사업은 동 법률의 적용을 받는 법인으로 규정되어 있으며, 민법 제32조 의 규정에 의하여 공익법인의 설립허가신청이 있는 때에는 관계사실을 조사하여 목적사업을 원활히 달성할 수 있다고 인정되는 경우에 한하여 주무관청이 설립허가를 한다고 규정되어 있다. (나) 먼저, 청구외법인이 주무관청의 인가를 받고 설립한 단체인지에 대하여 보면, 청구조합은 국내 조명기술의 발전을 목적으로 하여 청구조합의 주관으로 1998. 9. 8. 연구소 설립을 위한 발기위원회와 1998. 9.24. 창립총회를 거쳐 주무관청인 사업자원부에 1998년 12월 청구외법인의 설립허가신청을 하였으며, 1999. 2.13. 산업자원부장관이 청구외법인의 설립을 허가(허가번호 제00-0호)하였음이 확인된다. (다) 청구외법인의 주무관청인 산업자원부에서 청구외법인의 설립신청과 관련하여 검토한 서류에는 설립허가기준과 검토의견이 명시되어 있으며, 목적사업의 구체적 실현가능성, 목적한 사업의 공익성 등을 설립허가 기준으로 하여 이와 관련된 구체적 내용을 종합 검토한 결과 모두 요건을 충족하고 합당한 것으로 인정하여 민법 제32조 에 의한 재단법인으로 청구외법인의 설립을 허가하였음이 청구외법인에 대하여 산업자원부에서 실시한 설립허가 검토서 및 허가증에 의하여 확인된다. (라) 청구외법인의 총사업비는 60억원으로서 정부출연금 40억원(현금)과 민간출연금 20억원(현금 10억원, 현물 10억원)이며, 청구외법인의 매 회계연도별 사업계획 및 세입세출예산과 결산서 등은 기간을 정하여 산업자원부장관에게 보고하여야 하는 것으로 청구외법인의 정관에 명시되어 있다. (마) 청구외법인은 조명기기, 전광판 및 관련부품의 기술을 연구·개발하고 이를 관련업계에 보급함으로써 조명산업의 발전과 국세경쟁력 제고에 이바지함을 설립목적으로 밝히고 있으며, 실제로 이와 관련된 사업을 수행하고 있음이 청구외법인의 정관, 사업계획서 및 수지예산안 등에 의하여 확인된다. (바) 본 건 심리 시 청구외법인이 ‘공익법인의 설립·운영에 관한 법률’의 적용을 받은 법인에 해당되는 지에 대하여 주무관청인 산업자원부에서 질의한 바, 산업자원부는 회신문(산업자원부 생전00000-00, 2000. 3.28.)에서 청구외법인이 ‘공익법인의 설립·운영에 관한 법률’의 적용을 받는 공익법인이며, 동 법률에 의하여 설립 허가된 재단법인임을 확인하여 주고 있다. (사) 따라서, 청구외법인은 주무관청인 산업자원부의 허가를 받아 설립한 단체로서, ‘공익법인의 설립·운영에 관한 법률’의 적용을 받는 공익법인인 사실이 인정되는 것으로 판단된다. (4) 부가가치세법 제12조 제1항 제18조 및 같은법 시행령 제39조 제1항에서 규정하고 있는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화는 부가가치세 면제대상 재화의 공급으로 규정하고 있는 바, 처분청은 청구외법인이 공익단체에 해당되지 않는 것으로 판단하여 이 건 과세 처분하였으나, 청구외법인은 조명기기 등과 관련한 과학기술의 연구·조사·개발·보급을 목적으로 하는 사업을 수행하는 법인으로서 ‘공익법인의 설립·운영에 관한 법률’의 적용을 받는 공익단체임이 인정되므로 처분청이 청구외법인에게 청구법인이 출연한 쟁점출연건물을 출연한 것과 관련하여 부가가치세 면제규정을 배제하고 청구조합에 부가가치세를 과세한 처분은 잘못인 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.