소유권 이전등기를 마치고 교부받은 세금계산서가 등록 전 매입세액인지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인(1999.04.30 변경전 법인명: 주식회사 만건)은 터미널시설 운영업과 부동산 매매 및 임대업을 영위하기 위하여 1999.06.04 처분청으로부터 사업자등록증을 교부받고 1999.07.26 1999년 제1기분 부가가치세를 확정신고 하엿으나, ○○도 ○○시 ○○구 ○동 ○○번지 ○○여객자동차 본관동 운수시설 및 근린생활시설 1층 1,511.08㎡, 2층 1,497,18㎡, 지하층 1,664,67㎡(이하“쟁점건물”이라함)를 ○○시 ○○구 ○동 ○○번지 주식회사 ○○(이하“○○”이라함)로부터 소유권 이전등기를 마치고 교부바은 세금계산서(발행일 ‘99.04.30 공급가액 3,127,272,727원, 세액 312,727,273원, 이하“쟁점세금계산서” 및“쟁점매입세액”이라함)를 당초 신고시 제출하지 아니한 사실을 알고 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여 1999.11.10 경정청구 하였다. 처분청은 (주)○○(이하“청구외 법인”이라함)의 관할세무서장인 ○○세무서장이 청구외 법인을 1998. 07. 31자로 사업자등록을 직권말소하였으며, 청구법인은 처분청에서 1999.05.29까지는 부가가치세법상 미등록사업자에 해당되므로 쟁점매입세액은 등록하기 전의 매입세액으로 매출세액에서 공제할 수 없다고 1999.11.16 청구법엔에게 등지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.12.23 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 경기침체 및 경영악화로 사업을 일시적으로 중단한 사실은 있으나 폐업한 사실은 없는데도, ○○세무서장은 청구외 법인이 1998년 제2기 예정분 부가가치세를 신고하지 아니하였다는 사유로 사업의 계속성 여부를 확인하지 아니한 채 1998. 07. 31을 폐업일로 보아 1998. 12. 07 사업자등록을 직권말소하고 전산입력한 것은 부당하며, 처분청이 위 등록말소 사실에 근거하여 청구법인이 사업자등록을 정정신고한 1999.05. 29을 신규사업자 등록일로 보아 쟁점매입세액을 등록하기전의 매입세액으로 판단하여 불공제한 당초 처분은 부당하다.

청구법인이 사업을 계속 영위하였다고 하나 관할세무서장이 청구의 법인의 사업자등록을 1998. 07. 31자로 직권말소한 사실로 보아 청구외 법인이 계속 사업을 영위하였다고 볼 수 없으며, 청구외 법인은 1998. 07. 31부터 처분청에 세적을 부활한 1999.05.29까지는 미등록 사업자에 해당하므로 1999.04.30 교부받은 쟁점세금계산서는 사업자 등록을 하기 전의 매입세액에 해당되므로 매출세액에서 공제하지 아니하고 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세액이 등록을 하기 전의 매입세액에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제5조 【등록】제1항에서 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, (이하 생략)”고 규정하고, 제4항에서 “제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다”고 규정하고, 제5항에서 “사업자가 폐업하거나 제1항단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장 관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다”고 규정하고, 같은 법 시행규칙 제6조【폐업일의 기준】에서 “법 제5조 제4항에 규정하는 폐업하는 EO는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다, 다만(이하생략)”고 규정하고, 같은 법 시행령 제11조【납부세액】제1항 제1호에서 “사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액을 공제한 금액으로 한다. 다만(이하생략)”라고 규정하고, 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고, 제5호에서 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 저느이 매입세액, 다만 제5조 제1항 본문의 규정에 의하여 사업개시후에 등록한 사업자의 등록하기 전의 매입세액으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다”고 규정하고, 같은 법 시행령 제60조 제7항 및 제8항에서 “법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 하며, 제5호 단서에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인(화정터미널 주식회사)은 등기부등본상 청구외 법인(주식회사 만건)의 변경 후 법인이며, 청구외 법인(도매, 수출임업)은 1998년 제1기 예정 및 확정분 부가가치세는 신고하였으나 1998.07.01이후부터 법인명을 변경한 1999.04.30까지의 거래분에 대하여 부가가치세를 신고하지 아니하였으며, 근로소득세 원청징수이행 신고서를 제출한 사실이 없으며, 처분청은 청구외 법인의 사업자등록을 1998.12.07(폐업일 ‘98.07.31)말소하였음이 국세통합시스템에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 법인명(주식회사 만건→화정터미널 주식회사), 대표자(백남호→박병배), 사업장 소재지(○○시 ○○구 ○동 ○○번지 → ○○시 ○○구 ○동 ○○번지), 업종(도매, 수출임업→터미널운영 및 부동산 매매,임대업)의 변경을 사유로 1999.05.29 사업자등록정정신고서를 처분청에 제출하였으나, 처분청은 청구외 법인이 이미 폐업처리되어 사업자등록의 정정사유가 아니라고 보아 1999.06.04(사업개시일‘99.04.30) 신규등록으로 사업자등록증을 교부하였는 바, 이에 대하여 청구법인은 국세기본법상 불복을 제기한 사실이 없다.

(3) 청구법인은 청구외 전일로부터 쟁점건물을 매입한 것으로 하여 1999.04.30 쟁점세금계산서를 교부받아 청구법인은 1999년 제1기분 부가가치세 확정신고시 이를 제출누락하였다가 1999.11.10 경정청구하여 쟁점매입세액을 환급신청 하였으나 처분청은 쟁점매입세액은“등록전 매입세액”이라 하여 환급 결정을 거부하였고, 공급자인 청구외 ○○은 1999년 제1기분 부가가치세 확정신고시 이를 제출하였으나 세액을 무납부하였고, 서초세무서장은 경정고지 후 2000.03.21 무재산을 사유로 결손처분 하였다.

(4) 청구법인은 경기침체 등의 사유로 사업을 일시적으로 중단한 사실은 있으나 폐업한 사실은 없는 데도 서초세무서장이 청구외 법인의 사업자등록을 직권말소한 것은 부당하며, 이에 근거하여 청구법인을 신규사업자로 보아 쟁점매입세액을 부가가치세법상 등록하기 전의 매입세액으로 보아 환급 결정을 거부한 당초 처분은 부당하다는 청구주장을 살펴본다. 첫째, 청구외 주식회사 연합캐피탈(이하“원고”라고함)은 청구법인을 피고로 쟁점건물에 관하여 1999.04.30 체결된 매매계약을 취소하라는 취지로 서울지방법원 의정부지원에 민사소송(99가합13024, 사해행위취소등)을 제기하여 현재 계류 중에 있으나 그 소장의 내용은 다음과 같아 쟁점건물의 매매가 경제적 실질을 반영한 사실거래인지 여부는 확인되지 아니한다.

① 쟁점건물은 청구외 전일이 건축주로서 청구외 ○○건설 주식회사(이하“○○건설”이라함)에 도급을 주어 신축하던 중 청구외 ○○과 중일건설이 원고에게 자금대여를 요청해와 1997.07월 청구외 ○○건설에 40억원을 대여하고, 청구외 ○○은 원고에게 근보증서를 제공하여 위 40억원에 대하여 연대보증을 하고, 청구외 중일건설이 발행한 약속어음에 배서하였으며, 청구외 ○○은 쟁점건물 준공과 동시에 보존등기를 하고 동 건물에 대하여 원고에 1순위 근저당권을 설정ㅈ하여 주겠다는 각서를 1998.01.23 제공한 사실이 있다.

② 원고는 청구외 ○○이 건축주의 명의를 변경하거나 쟁점건물을 타인에게 양도할 우려가 있어 1999.03.02 채무자를 청구외○○로 하여 쟁점건물에 대한 건축주명의변경금지와 양도 기타 일체의 처분행위를 금하는 가처분 결정을 법원으로부터 받은 사실이 있다.

③ 그러나, 청구외 ○○은 원고에 대한 거액의 채무 등 채무초과상태에 있는 쟁점건물에 대하여 소유권 보존등기를 경료하자마자 곧바로 청구법인 명의로 소유권이전 등기를 경료한 점, 원고에대한 1순위 근저당권 설정약속 및 법원의 양도금지 등의 가처분 결정에 반하여 소유권 이전등기를 한 점, 청구법인의 쟁점건물 구입 및 운영능력의 결여 및 상호 변경전 법인(청구외 법인)의 실체 등 재반 사정을 종합하여 볼 때, 청구외 전일이 쟁점건물의 소유권을 청구법인에게 이전등기한 것은 원고에 의한 강제집행을 면하기 위한 재산도피의 목적으로 한 사해행위로 원인무효의 등기이다. 둘째, 쟁점건물의 실지 매매 여부는 소송 중이므로 별론으로 하더라도 청구법인이 제시한 쟁점건물 대금결제 상황을 보면, 총 금액 3,440백만원 중 임대선수금 1,953백만원, 차입금 800백만원, 공사미지급금 587백만원을 승계하고, 현금 100백만원으로 대금을 결제한 것으로 되어 있는 바, 현금으로 결제한 100백만원의 증빙으로 제시한 청구법인의 예끔통장(○○은행)을 살펴보면 1999.04.30 및 1999.05.03 각각 입금되었다가 당일 출금된 50백만원, 70백만원, 합계 120백만원이 출금되었음이 확인될 뿐이므로 다른 증빙이 없는 한 이 금전이 실지 청구외 법인에게 지급되었다고 볼 수 없어 대금결제 내용도 불분명하여 쟁점건물의 거래사실이 화인되지 아니한다. 셋째, 청구법인의 세적 변경이력은 다음과 같고, 사업자등로 r말소 당시 청구법인의 소재지는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지(이하“쟁점주소지”이라함)임을 알 수 있다 92.03.13 94.12.31 97.12.09 98.12.07 99.04.28 99.04.30 99.05.29 (주)○○영상 설립 제적 부활,법인명변경 (주)○○ 등록말소 (○○세무서) 법인명변경 (주)○○실업 법인명변경 (주)○○터미널 정정신고 (처분청)

○동○○

○동○○

○동○○

○동○○ 넷째, 사업자가 폐업한 후 폐업신고를 하지 아니한 때에는 부가가치세법 제5조 제5항 의 규정에 의하여 사업장 관할세무서장이 사업의 계속 여부와 사업장의 유지 및 관리상태 등 구체적인 사실을 종합하여 그 사업을 실질적으로 폐업한 날을 폐업일로 하여 사업자등록을 말소하는 것(부가46015-4317, ‘99.10.25)인데 이 건의 경우,

① 청구법인은 청구외 법인이 사업을 일시적으로 중단한 사실은 있으나 폐업한 사실이 없다고 주장하나 이를 구체적으로 입증할 증빙이 없어 신빙성이 없어 보이며, 청구외 법인은 서초세무서장이 사업자등록을 말소한 1998.12.07 현재 1998년 제2기분 부가가치세 예정신고를 하지 아니하였고, 1998.07.01 이후 근로소득세 등 원천징수 이행신고서를 제출한 사실이 없을 뿐 아니라, 청구법인 명의로 법인명을 변경하기 전 까지 청구외 법인이 사업을 계속 영위하겠다고 볼 다fms 증빙도 없고, 청구외 법인의 사업자등록을 직권말소한 1998. 12. 07 이후에도 부가가치세 및 원천징수 이행신고서를 제출한 사실이 없는 점으로 보아 1998.07.01부터 청구법인 명의로 법인명을 변경한 1999.04.30까지 청구외 법인이 사업을 실질적으로 영위한 것으로는 보여지지 아니하고,

② 심리기간 중 쟁점주소지의 건물주인 청구외 최○○(부동산,임대)의 확인서와 1998년도 부가가치세 신고서에 첨부된 부동산임대가액 명세서에 의거 임차인 현황을 확인한 바, 청구외 최정욱은 청구외 법인과 임대차계약을 체결한 사실이 없을 뿐만 아니라 임대료 및 관리비를 직접 영수한 사실이 없음이 확인되며, 청구법인에게 쟁점건물의 소유권을 이전 등기하고 쟁점주소지에 사업장을 둔 것으로 보아 같은 사무실을 사용한 것으로 추정되는 청구외 전○○ 1998.07.31임대차 계약이 해지되었는 바, 서초세무서장이 이 건과 관련하여 제출한 법인세적이동관리부를 보면 폐업일을 1998.07.31자로 하여 1998.12.08내부결재를 거쳐 청구외 법인의 사업자등록을 직권말소한 사실로 보아 청구외 법인이 1998.07.31 이후에는 생점주소지에 사업장을 유지한 사실이 없엇던 것으로 보여지며,

③ 1999.05.29 청구법인이 법인명, 대표자, 소재지, 업종을 정정하여 사업자등록정정신고서를 처분청에 제출한 데 대하여 청구오 l법인의 사업자등록이 1998.12.07 직권말소 되어 사업개시일을 1994.04.30로 하여 처분청이 1999.06.04 신규 사업자등록증을 교부하였음에도 이의를 제기한 사실이 없었던 점 등을 종합하여 보면, 서초세무서장의 이 건 사업자등록말소는 정당하다고 보여지므로 청구외 법인의 세적을 임의로 직권말소하여 전산입력한 것은 위법하다는 청구주장은 사실과 다르다고 판단된다. 다섯째, 사업자가 기존의 사업을 실질적으로 폐업한 이후에 다른 장소에서 새로운 사업을 개시하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제11조 에서 규정하는 사업자등록 정정사항에 해당하지 아니하는 것이며(부가46015-68, ‘95.01.09), 폐업한 사업자가 폐업일 이후에 사업상 독립적으로 재화를 구입하여 공급하고 이에 대한 세금계산서를 주고받은 경우에는 미등록 사업자 거래분에 해당하므로 이 경우 교부받은 세금계산서상의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 의 규정에 의하여 공제받을 수 없는 것(부가46015-902, ’95.05.18)인 바, 이 건의 경우, 청구법인은 1999.04.30 쟁점세금계산서를 교부받았는 바 쟁점건물 소유권 이전등기와 관련하여 현재 소송 중에 있으므로 세금계산서 기재사항이 사실과 다른지 여부는 별론으로 하더라도, 청구외 법인은 1998.07.31을 폐업일로 하여 1998.12.07 사업자등록이 말소되었으므로 폐업한 사업자이고 청구법인은 신규 사업자로서 사업자등록정정신고서를 제출한 1999.05.29을 부가가치세법상 등록일로 보아 쟁점매입세액을 등록하기 전의 매입세액으로 보고 매출세액에서 매입세액으로 공제한 청구법인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.