일반과세자에서 과세특례자로 유형전환시 통지여부가 전환의 효력에 영향을 미치는지 여부

청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○프라자○호 건물 80.6㎡를 분양 받아 부동산 임대를 목적으로 1998. 02. 24를 개업일로 하여 일반사업자로서 사업자등록을 한 후 1998. 1기 과세기간동안 당해 취득 부동산의 건물분에 대한 매입세액(1998. 1기 예정신고시 730,000원 및 1998. 1기 확정신고시 13,045,000원 합계 13,775,000원)을 공제하여 부가가치세 12,527,930원을 환급받았고 임대수입에 대한 부가가가치세 과세표준 5,170,684원을 신고하였으며 그 이후 계속하여 일반사업자로 부가가치세를 신고납부 하다가 당해 부동산을 양도함에 따라 1999. 04. 30 을 폐업일로 하여 1999. 05. 01 폐업신고 하였다.

○○지방국세청장은 처분청에 대한 업무감사시 청구인의 최초의 과세기간에 대한 1역년의 공급대가가 과세특례자의 기준금액에 미달되고 청구인이 과세특례 포기신고서를 제출하지 아니하여 1999. 1기 과세기간부터 과세특례자로 적용되어야 하므로 일반과세자가 과세특례자로 변경됨으로 인한 재고납부세액을 결정하지 않았음을 지적하였고, 처분청은 이에 따라 부가가치세법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율을 100분의 10으로 하여 재고납부세액을 계산하고 이에 대한 1999. 1기분 부가가치세 11,375,110원을 1999. 12. 07 청구인에게 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999. 12. 30 이 건 심사청구를 제기하였다.

(1) 청구인은 일반사업자로 사업자등록후 계속하여 일반사업자로 부가가치세 신고를 하였고 과세특례자로 유형이 전환되었다는 통지나 그 사업자등록증을 정정하여 교부 받은 바도 없으므로 처분청이 일방적으로 과세유형을 일반과세자에서 과세특례자로 전환하고 이에 따른 재고납부세액을 고지한 처분은 청구인의 재산권을 부당히 침해하는 경우로서 국세기본법 제18조 제1항 의 규정을 위배한 부당한 처분이며,

(2) 과세유형 전환이 적법하다 하더라도 재고납부세액의 계산시 부가가치세법 제26조 제3항 제4호 에 규정하는 공제율은 당초 100분의 10에서 100분의 20으로 1998. 12. 28 개정되어 1999. 01. 01부터 시행되는 것이므로 개정된 100분의 20을 공제율로 하여 재고납부세액을 계산하여야 한다.

일반과세자가 과세특례자로 과세유형이 전환되는 사업자는 과세유형 전환통지에 관계없이 자동전환 되는 것이고 청구인이 일반과세자로 계속 적용 받기 위해서는 최초의 과세기간인 1998. 1기 부가가치세 과세표준에 대한 년간 환산과표가 과세특례자 기준금액에 미달하여 1998. 12. 20까지 과세특례 포기신고서를 제출하여야 하나 이를 제출한 사실이 없으므로 처분청이 청구인에게 재고납부세액에 대한 부가가치세를 고지한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점

(1) 일반과세자에서 과세특례자로 과세유형 전환시 통지도 하지 아니하고 사업자등록증을 정정 교부하지도 아니한 채 일반과세자에서 과세특례자로 과세유형을 전환하고 재고납부세액을 계산하여 과세한 처분의 당부와

(2) 재고납부세액 계산시 부가가치세법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공재율아 100분의 10인지 또는 100분의 20인지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 부가가치세법 제25조 【간이과세 및 과세특례】 제1항에는 『다음 각호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 업종ㆍ규모ㆍ지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. (생략)

2. 직전 1역년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제74조 【간이과세 및 과세특례의 범위】 제1항에는 『개인사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항 제2호의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다.

1. 대리ㆍ중개ㆍ주선ㆍ위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 4,800백만원에 미달하는 때 2.~3. (생략)』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제74조의2 【간이과세ㆍ과세특례 및 일반과세의 적용시기】 제1항에는 『법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 법 제25조 제1항 제1호 또는 제74조 제1항 각호에서 규정하는 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다』라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 『제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 경정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다』라고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에는 『제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세시간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다』라고 규정하고 있다. 부가가치세법 제26조의2 【재고매입세액 가산】에는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다.』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제74조의4 【간이과세 및 과세특례 전환시의 세액계산 특례】 제1항에는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의하여 매입세액을 공제받은 것에 한한다)을 그 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 간이과세 또는 과세특례 전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 1.~3. (생략)

4. 감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득ㆍ건설 또는 신축 후 5년 이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작 후 2년 이내의 것에 한한다)』라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에 당해 사업자는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “재고납부세액” 이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다. 이 경우 제2호 및 제3호의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단 및 동조 제4ㅎ항의 규정을 준용한다.

1. (생략)

2. 제1항 제4호에 규정된 자산으로서 다른 사람으로부터 매입한 자산 (가) 건물 또는 구축물 재고납부세액 = 취득가액×{1-(10/100)×경과된 과세기간의 수}×10/100×(1-법 제26조 제3항에 각호에 규정하는 공제율) (이하생략)』라고 규정하고 있으며, 같은조 제4항에는 『제3항 각호의 산식중 “법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율”은 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 날이 속하는 과세기간에 법 제26조 제3항 각호의 규정에 의하여 당해 재고품 및 감가상각자산에 대하여 적용되는 공제율로 한다.』라고 규정하고 있고, 같은법 제26조 【과세표준과 세액】 제3항에는 『간이과세자 또는 과세특례자가 다른 사업자로부터 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의2 제3항의 규정에 의한 신용카드매출전표 등(이하 이 조에서 “세금계산서 등”이라 한다)을 교부받아 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 세금계산서 등 또는 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 사업장 관할세무서장에게 제출하는 때에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 각 예정신고기간 또는 과세기간에 대한 납부세액에서 공제한다. 1.~3. (생략)

4. 과세특례자에 대하여는 당해 예정신고기간 또는 과세기간에 교부받은 세금계산서 등에 기재된 매입세액의 100분의 20에 상당하는 금액(1998. 12. 28 개정)』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 먼저 쟁점(1)에 대하여 본다. 청구인은 부동산 임대를 목적으로 1998. 02. 24 을 개업일로 하여 일반과세자로 사업자등록을 하였고 최초의 과세기간인 1998.1기분의 신고 과세표준에 대한 1역년의 공급대가가 4,800만원에 미달하고 일반사업자의 적용을 받기 위한 과세특례 포기신고를 하지 않았으며, 처분청은 청구인에게 1999.1기부터 청구인의 과세유형이 일반과세자에서 과세특례자로 전환된다는 통지나 그 사업자등록증을 정정 교부한 사실이 없이 일반과세자로 관리하다가 1999. 08.16 에야 1999. 01. 01 자로 일반과세자에서 과세특례자로 청구인의 과세유형을 전환하였음이 심리자료 및 국세통합시스템의 전산조회자료에 의하여 확인되고, 이 점에 대하여는 처분청과 청구인간의 다툼은 없다. 살피건대, 처분청에서 청구인이 1999. 01. 01부터 과세특례자로 적용된다 하여 재고납부세액을 가산한 부가가치세를 과세한 처분에 대하여 청구인은 과세유형전환에 따른 아무런 통지도 받은 바 없고 사업자등록증도 정정하여 교부받지 아니하였으며 계속 일반사업자로 부가가치세를 신고한 청구인을 과세특례자로 하여 과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 부가가치세법상 사업자등록은 사업자의 인적사항, 사업개시일 등 과세자료를 과세관청의 관련대장에 등재하여 납세자를 정확하게 파악하기 위한 것에 불과하고, 일반과세자에서 과세특례자로 유형전환시의 통지 규정과 사업자등록증의 정정교부 규정은 그 통지여부 및 그 정정교부 여부가 각각 과세유형 전환의 효력에 영향을 미치는 강행규정이라고 해석되지 아니하는 것이므로 비록 청구인이 계속하여 일반사업자로 부가가치세 과세표준신고를 하였다 하여도 이로 인해 일반과세자로 되는 것은 아니라 (같은 뜻: 국심99경1287 1999.11.22, 부가46015-2241 1999.07.30) 할 것이므로, 청구인의 1998. 1기 신고 과세표준에 대한 1역년의 공급대가가 4,800백만원에 미달하고 과세특례 포기신고를 하지 아니한 사실에 다툼이 없는 이 건의 경우 앞에서 살펴본 법령의 규정에 의거 재고납부세액을 계산하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다음으로 쟁점(2)에 대하여 본다. 본 쟁점사항은 전시한 부가가치세법 제26조 제3항 제4호 가 1998. 12. 28 법률 제5585호로 개정되어 공제율이 당초 100분의 10에서 100분의 20으로 변경됨에 따른 재고납부세액 계산시 공제율 적용에 관한 다툼으로, 처분청은 당초 재고납부세액 계산시 부가가치세법 시행령 제74조의4 제3항 제2호 (가)의 산식 중 “법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율”을 개정전의 100분의 10을 적용하였는 바, 개정된 법률 부칙 제1조 【시행일】에는 『이 법은 1999년 01월 01부터 시행한다』라고 되어 있고, 같은 부칙 제2조 【일반적 적용례】에는 『이 법은 이 법 시행 후 최초로 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다(이하 단서 생략)』라고 되어 있으며, 전시한 부가가치세법 시행령 제74조의2 제1항 단서규정에 의하여 청구인의 과세유형은 신규로 사업을 개시한 경우로서 최초의 과세기간인 1998. 1기 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간인 1999.01.01부터 과세특례자가 된다 할 것이고, 이 건의 경우 일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우에 개산하는 재고납부세액은 그 변경되는 날인 1999. 01. 01 현재의 감가상각자산(부가가치세법 제17조 의 규정에 의하여 매입세액을 공제받은 것에 한함)을 대상으로 하는 것이며, 같은 시행령 제74조의4 제4항에는 재고납부세액을 계산하기 위한 산식 중 “법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율”은 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 날이 속하는 과세기간에 법 제26조 제3항 각호의 규정에 의하여 당해 재고품 및 감가상각자산에 대하여 적용되는 공제율로 하도록 하고 있으므로 부가가치세법 시행령 제74조의4 제3항 제2호 (가)의 산식 중 “법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율”은 개정된 100분의 20으로 하여 재고납부세액을 계산하여야 할 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 중 일부가 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.