과세 및 면세사업에 관한 공통매입세액 안분계산의 정산시기를 언제로 할 것인지 여부

○○세무서장이 1999. 10. 15 청구인에게 경정고지 한 1999년 1기분 부가가치세 7,782,690원은, 환급할 세액을 45,534,330원으로 하여 세액을 경정한다.

청구인은 1998. 03. 30 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 건물 6,167.8㎡(임대 예정분 건물5,536.23㎡ 및 박물관 사용예정분 건물 631.57㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하면서 부가가치세 신고시 1996년 1기부터 1998년 1기 과세기간에 이에 따른 매입세액으로 472,331,502원(이하 “공통매입세액”이라 한다)을 공제하여 신고하였고, 1999. 02. 13 처분청은 청구인에 대한 부가가치세 환급조사시 쟁점건물의 신축관련 공통매입세액 중 박물관 사용예정분에 대한 매입세액 48,365,771원을 면세관련 매입세액으로 보아 불공제하여 1999. 04. 12 청구인에게 1998년 2기분 부가가치세 49,659,050원을 경정고지하였으며, 청구인은 1999. 04.30 본 부가가치세를 납부하였다. 한편 청구인은 당초 쟁점건물의 일부를 박물관으로 사용할 예정이었으나 1999. 03. 18 계획을 변경하여 소매점으로 용도를 변경하고 1999. 04. 14 처분청에 소매/골동품으로 사업자등록을 신청하여 1999. 04. 22 사업자등록증을 교부받았고 이 때를 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간으로 보아 1999년1기 부가가치세 확정신고시 공통매입세액을 정산하여 45,534,331원을 환급신청 하였다. 하지만 처분청은 공통매입세액의 정산시 적용할 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간은 쟁점건물의 사용승인일인 1998. 03. 30 이라하여 환급신청을 부인하고 이에 가산세를 적용하여 1999. 10. 13 청구인에게 1999년 1기분 부가가치세 7,782,690원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999. 12. 17 본 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점건물 중 일부를 박물관으로 사용예정이었으나 개관이전인 1999. 03. 18 박물관을 소매점으로 용도변경하여 1999. 04. 14 처분청에 사업자등록을 신청하여 1999. 04. 22 사업자등록증을 교부받아 과세사업에 사용하고 있으므로 실제로 과세사업에 사용한 1999년 1기 과세기간을 공통매입세액의 정산시 적용할 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간으로 보아야 하므로 처분청이 쟁점건물의 사용승인일을 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간으로 보아 이 건 환급신청을 부인하고 부가가치세를 고지한 처분은 부당하다.

청구인은 쟁점건물 중 일부를 면세사업에 공할 목적으로 건축허가를 변경하였고 박물관 준비를 위하여 ○○시로부터 사립박물관 설립승인을 받았을 뿐 아니라 박물관에 필요한 전시시설을 완공 후 준공검사하여 사용승인을 받았으며, 임대광고시에도 박물관 사용예정면적을 제외한 각 층을 임대계약 후 입주시킨 점으로 보아 과세사업과 면세사업의 실제 사용면적이 확정된 시점은 쟁점건물의 사용승인일로 보아야 하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 과세 및 면세사업에 관한 공통매입세액 안분계산의 정산시기를 가리는 데 있다
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 (납부세액) 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. ~ 3의 2. (생략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (이하생략)』이라고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 제1항 및 제4항에서 『① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × [면세공괍가액/총공급가액]

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액 의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율』이라고 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제61조의 2 【공통매입세액의 정산】에서 『사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한경우 가산 또는 공제되는 세액 = {총공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액) - 기공제세액}

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = {총공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적/과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적) - 기공제세액}』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 쟁점건물의 신축과 관련한 진행상황을 살펴보면 다음과 같다. 건축신축 및 사업변경 진행상황 일자 진 행 상 황

1996. 07. 20 지하 2층 지상 10층 임대용건물 건축허가

1997. 12. 26 8층을 업무시설에서 전시실로 건축허가 변경

1998. 03. 28 사립박물관 설립계획 승인(○○시)

1998. 03. 30 준공검사 후 사용승인

1998. 09 박물관등록신청(○○부)

1998. 10. 19 박물관등록신청에 따른 보안요구(○○부)

1999. 03. 05 청구인의 요청으로 박물관등록신청 반려(○○부)

1999. 03. 12 청구인의 요청으로 박물관설립계획 승인 취소(○○시)

1999. 03. 18 8층을 전시실에서 소매점으로 용도변경

1999. 04. 14 처분청에 소매/골동품으로 사업자등록 신청

1999. 04 22 사업자등록증 교부(일반과세자)

(2) 청구인은 쟁점건물을 신축하면서 부가가치세 신고시 1996년 1기부터 1998년 1기 과세기간에 이에 따른 매입세액으로 472,331,502원을 공제받았으며, 1999. 02. 13 처분청은 청구인에 대한 부가가치세 환급조사시 쟁점건물의 신축관련 공통매입세액 중 박물관 사용예정분에 대한 매입세액 48,365,771원을 면세관련매입세액으로 보아 불공제하여 1999. 04. 12 청구인에게 98년 2기분 부가가치세49,659,050원을 경정고지하였고, 청구인은 1999, 04. 30 본 부가가치세를 납부하였음이 관련자료에 의해 확인된다.

(3) 청구인은 당초 쟁점건물의 일부(8층)를 박물관으로 사용할 예정이었으나 1999. 03. 18 계획을 변경하여 소매점으로 용도를 변경하였고 1999. 04. 14 처분청에 소매/골동품으로 사업자등록을 신청하여 1999. 04. 22 사업자등록증을 교부받았고, 이 때를 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간으로 보아 1999년 1기 부가가치세 확정신고시 공통매입세액을 정산하여 45,534,331원을 환급신청하였으나, 처분청은 공통매입세액의 정산시 적용할 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간은 쟁점건물의 사용승인일인 1990. 03. 30 이라하여 환급신청을 부인하고 이에 가산세를 적용하여 이 건 부가가치세를 고지하였는 바, 쟁점건물의 공통매입세액 안분계산의 정산시기를 언제로 볼 것인지에 대하여 살펴보면, 첫째, 전시한 법령에 의하면 사업자가 부가파치세법 시행령 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 정산하도록 규정하고 있음을 알 수 있고, 이 경우 “확정되는 과세기간”이라 함은 당해 재화를 실제로 과세사업과 면세사업에 사용하여 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율 또는 총사용면적에 대한 사용면적의비율이 발생하는 과세기간을 말하는 것(부가46015-50, 1996. 01. 09, 같은 뜻인)으로 해석하고 있다. 둘째, 청구인은 쟁점건물의 일부(8층)를 박물관으로 사용하기 위해 업무시설에서 전시실로 설계를 변경하여 1997. 12. 26 건축허가를 받았고 1998. 03. 28 ○○시로부터 사립박물관 설립계획 승인을 받은 상태에서 1998. 03. 30 쟁점건물의 사용승인을 받았음이 관련자료에 의해 확인된다. 셋째, 처분청은 청구인이 쟁점건물 중 일부(8층)를 면세사업에 공학 목적으로 건축허가를 변경하였고 박물관 준비를 위하여 ○○시로부터 사립박물관 설립승인을 받았을 뿐 아니라 박물관에 필요한 전시시설을 완공 후 준공검사하여 사용승인을 받았으며, 임대광고시에도 박물관 사용예정면적을 제외한 각 층을 임대계약 후 입주시킨 점으로 보아 과세사업과 면세사업의 실제사용면적이 확정된 시점은 쟁점건물의 사용승인일로 보아야 한다고 주장하는 반면, 이 건 심사청구와 관련하여 처분청에 청구인이 쟁점건물의 일부(8층)를 실제로 과세사업에 사용하고 있는 지를 조회한 것에 대하여는 청구인이 쟁점건물의 일부(8층)를 실제로 박물관으로 사용하여 관람객을 입장시킨 흔적은 발견 할 수 없다고 회신(서대전 보호46107-111, 2000. 02. 24)하고 있다. 넷째, 박물관 및 미술관진흥법에 의해 박물관을 개관하려면, 관할 시ㆍ도에서 박물관 설립계획 승인(○○부에서 시ㆍ도지사에 박물관 설립계획 승인을 위임)을 받은 후 ○○부에 박물관등록신청을 하여야 하며, ○○부에서는 전문위원이 현지확인을 하여 문화재위원회 박물관 분과위원회의 심의를 거친 후에 박물관등록증을 교부하는 바, 청구인은 ○○시로부터 박물관 설립계획 승인은 받았으나 ○○부의 박물관등록증은 교부받지 못한 상태에서 쟁점건물의 일부(8층)를 박물관에서 소매점으로 용도변경하였다. 다섯째, 따라서 쟁점건물의 사용승인일에 쟁점건물의 일부(8층)가 박물관(면세사업)으로 실제 사용되지는 않아 쟁점건물의 사용승인일을 과세사업과 면세사업의 실제 사용면적이 확정된 시점으로 볼 수는 없고, 청구인이 당초박물관 설립계획을 취소하고 1999. 03. 18 쟁점건물의 8층을 소매점으로 용도를 변경하여 1999. 04. 14 소매/골동품으로 사업자등록을 신청하여 1999. 04. 22 처분청으로부터 사업자등록증을 교부받아 실제로 과세사업에 공한 1999년 1기 과세기간이 공통매입세액 안분계산의 정산시 적용하여야 할 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간으로 보여지며, 처분청이 쟁점건물의 사용승인일을 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간으로 본 처분은 사실관계를 소홀히 한 잘못된 처분으로 보여진다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.