과세사업과 면세사업의 공급가액이 없는 경우 매입세액 안분계산 여부 및 판매한 고등어가 면세수입금액에 해당하는지 여부

청구인은 ○○수산(000-00-00000)이라는 상호로 제조/수산물냉동ㆍ냉장업을 영위하기 위하여 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에 연면적 695.92㎡인 수산물냉동공장(이하“쟁점공장”이라 한다)을 1998.08.08. 착공하여 1998.11.10. 준공하고, 1998.2기 부가가치세 확정신고시 쟁점공장 신축과 관련하여 교부받은 세금계산서(공급가액 922,300,967원)의 매입세액 92,230,095원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 전액 공제하여 환급세액 92,230,095원이 발생하였고, 또한 1999.1기 부가가치세 확정신고시에도 환급세액 1,289,566원이 발생함에 따라, 처분청은 청구인의 ○○수산에 대한 부가가치세 환급현지확인을 실시하여 조사에서 확인된 1999.1기분 과세사업과 면세사업의 공급가액을 근거로 매입세액을 안분계산하여 1998.2기분 부가가치세 1,013,130원, 1999.1기분 부가가치세 912,520원을 1999.09.10. 청구인에게 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.11.21. 심사청구를 하였다.

(1) ○○수산은 1998년 04월 일반사업자로 사업자등록을 하여 실제 사업목적은 배합사료의 공급이었으나 거래선이 확보되지 않아 보류상태이고, 처분청의 환급현지확인 당시 실질적으로 과세사업인 보관업을 영위하고 있는 바, 쟁점매입세액은 전액 환급이 이루어져야 함에도 처분청은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)으로 보고 과세기간을 달리하는 1999.1기분 과세사업과 면세사업의 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하여 1998.2기분 부가가치세를 환급하지 아니하고 과세한 처분은 부당하다.

(2) 청구인의 다른 사업체인 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○농수산(000-00-00000, 서비스/중개)에서 청구외 ○○양식수산업협동조합(이하 “○○양식조합”이라 한다)의 구매의뢰로 낙찰받은 고등어를 쟁점공장에서 냉장보관한 후 1999.01.14. 수매약정서에 의해 1999.01.15. 구매자인 ○○양식조합으로부터 고등어대금 80,408,000원을 받고 인도하였으나 처분청은 쟁점공장에 냉장보관되었다는 이유로 대금 80,408,000원을 ○○수산의 면세수입금액으로 인정한 처분은 부당하다.

(1) 면세관련 매입세액 안분계산에 대하여 부가가치세법 제61조 제4항 의 규정에 의하면 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 ① 총매입가액에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율 ② 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율 ③ 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율순으로 계산할 수 있도록 규정되어 있으므로 1998.2기분 공통매입세액을 1999.1기의 과세사업과 면세사업에 대한 공급가액비율을 근거로 한 예정공급가액의 비율로 안분계산하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구인이 ○○양식조합에 대금 80,408,000원을 받고 인도한 고등어는 사실상 청구인이 구입하여 쟁점공장에서 냉장보관하여 판매한 것이므로 ○○수산의 면세수입금액으로 보는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점

(1) 1998.2기 중에 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없는 경우 공통매입세액인 쟁점매입세액의 안분계산시 1999.1기의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 적용할 수 있는지 여부와,

(2) 청구인이 ○○농수산명의로 청구외 ○○양식조합에 판매한 고등어 대금 80,408,000원이 청구인의 ○○수산 면세수입금액에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1.~3. (생략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

5. (생략)』이라 규정하고, 같은 법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 제1항에서 『사업자가 관세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에는 정산하다. 면세사업에 관련된 매입세액=공통매입세액×(면세공급가액/총공급가액)』이라 규정하고 있으며, 같은 조 제4항에서는 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율.

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율,

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율』이라 규정하고, 같은 법 시행령 제61조의2 【공통매입세액의 정산】에서는 『사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = 【총 공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액) - 기공제세액】

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = 【총 공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적/과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적) - 기공제세액】』이라 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점공장과 관련된 ○○수산에 대해 수산물냉동ㆍ냉장 제조업으로 1998.04.06. 사업자등록을 신청하여 처분청으로부터 1998.04.13. 사업자등록증을 교부받았으며, 그 후 1999.02.22. 업종에 보관업(냉동창고)을 추가하여 정정신청한 사실이 국세통합시스템에 의해 확인된다. 쟁점공장 신축과 관련하여 청구인은 1998.04.28. ○○군으로부터 수생동물냉동품제조업으로 창업사업계획승인을 득하였고 이후 1998.05월경 ○○도에 자금지원신청을 하였음이 창업사업계획승인(○○군 산경55142-1757, 1998.04.28) 및 자금지원신청서에 의하여 확인되며, 쟁점공장은 1998.08.08. 착공하여 1998.11.10. 준공된 사실이 건축물 대장에 의해 확인된다. 처분청은 청구인에 대해 1999.08월 중 부가가치세 환급현지확인을 실시하여 확인된 ○○수산의 1999.1기분 과세공급가액 9,231,121원과 면세공급가액 104,932,880원을 근거로 쟁점매입세액과 1999.1기 중 교부받은 세금계산서의 공통매입세액 2,605,491원을 부가가치세법 제61조 제1항 의 규정에 의해 안분계산하여 경정한 1998.2기분 부가가치세 1,013,130원, 1999.1기분 부가가치세 912,520원을 1999.09.10. 청구인에게 고지한 사실이 조사서, 부가가치세경정결의서 및 고지서에 의하여 확인된다. 먼저 쟁점1)에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구인의 쟁점공장과 관련된 ○○수산의 사업자등록신청시 업종을 보면 제조/수산물냉동ㆍ냉장으로 되어있고, 보관/냉장창고는 1999.02.22. 업종에 추가하였음을 알 수 있다. 또한, 사업자등록 후 승인된 창업사업계획서와 쟁점공장 신축과 관련 자금지원을 받기 위해 작성한 자금지원신청서를 보면 청구인은 쟁점공장을 가동하여 부가가치세가 면세인 국내산 고등어 등 어류를 냉동하여 ○○도내 양식업자에게 사료용으로 판매할 계획을 세워 추진하였음은 알 수 있으나, 청구인이 주장하는 배합사료와 냉장창고보관업을 영위하기 위한 계획은 확인할 수 없다. 둘째, 청구인은 쟁점공장에서 과세와 면세사업을 겸업할 예정으로 사업자등록을 일반과세자로 신청한 사실을 알 수 있으나, 1998.2기 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액은 없고, 다만 쟁점공장의 신축과 관련하여 쟁점매입세액만 발생한 사실이 부가가치세신고서에 의해 확인된다. 셋째, 청구인이 작성한 창업사업계획서 및 자금지원신청서의 내용을 보면 청구인은 쟁점공장 가동으로 냉동고등어 등을 ○○도내에 있는 양식장에 1998년 900백만원, 1999년 2,850백만원, 2000년 3,135백만원정도 판매할 예정이었음을 확인할 수 있다. 위 관련법령과 사실관계에서 보면, 청구인이 업종을 수산물냉동ㆍ냉장제조업으로 과세사업과 면세사업을 겸업하기 위하여 일반과세자로 사업자등록을 신청하였고, 쟁점공장 신축과 관련하여 1998.2기에 교부받은 세금계산서는 과세ㆍ면세사업 겸영으로 실지귀속이 불분명하여 과세ㆍ면세분을 구분할 수 없으므로 쟁점매입세액은 실지귀속이 불분명한 공통매입세액에 해당한다 할 것이다. 공통매입세액 안분계산시 예정공급가액이란 공통매입세액과 관련된 공급가액이 실제로 확정될 과세기간에 과세ㆍ면세사업으로부터 발생이 예상되는 공급가액(현재의 시황 등을 근거로 한 사업계획서 등에 의하여 합리적 추정된 금액)을 말하는 것(같은 뜻: 재무부 부가46015-45, 1993.03.15. 국세청 부가46015-1169, 1994.06.10)인 바, 처분청이 청구인의 1998.2기분 쟁점매입세액을 안분계산하면서 적용한 과세사업 및 면세사업 예정공급가액은 청구인의 ○○수산에 대한 부가가치세 환급현지확인시 조사에 의해 확인된 1999.1기분 과세사업 및 면세사업의 공급가액비율을 근거로 하여 산정한 것으로 합리적인 추정금액이라고 보기 어렵다 할 것이다. 따라서, 이건의 경우 과세 및 면세사업의 예정공급가액을 합리적으로 추정할 수 있는 사업계획서 등은 청구인이 자금지원을 받기 위해 ○○도청에 제출한 자금지원신청서외에는 달리 없으므로 자금지원신청서에 의해 확인된 추정금액(과세 0원, 면세 900백만원)으로 쟁점매입세액을 안분계산하는 것이 타당하다 할 것이며, 이후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간(사업자가 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 당해 재화를 실제로 과세사업과 면세사업에 사용하여 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 발생하는 과세기간)에 부가가치세법 시행령 제61조의2 제1호 의 산식에 의해 정산하여야 할 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점2)에 대해 살펴본다. 청구인은 선어중개업으로 사업자등록이 되어 있는 ○○농수산명의로 낙찰받은 고등어를 쟁점공장에서 냉동하여 보관하다 1999.01.14. ○○농수산과 청구외 ○○양식조합간의 수매약정에 의해 1999.01.15. 냉동고등어 9,800박스(20㎏ 4,500박스, 16㎏ 5,300박스)를 청구외 ○○양식조합에 고등어대금 80,408,000원을 받고 인도한 사실이 수매약정서 및 조사복명서 등에 의해 확인되고 있음에도 불구하고, 처분청은 청구인이 1998.12.28. 청구외 ○○수산업협동조합으로부터 고등어를 경매에 의해 ○○농수산명의로 취득하였으나 ○○수산의 쟁점공장에서 고등어를 냉동하여 보관하다 1999.01.14. 수매약정에 의해 청구외 ○○양식조합에 판매하였으므로 수매양정서상의 계약자와는 상관없이 최종 제품인 냉동고등어를 냉동시킨 ○○수산을 실제적인 사업체로 보고 판매대금 80,480,000원을 ○○수산의 면세수입금액으로 보았음을 알 수 있다. 위 사실관계로 볼 때, 청구인은 ○○수산명의로 고등어를 경매받아 청구인의 소유인 쟁점공장에서 냉동ㆍ보관하다 1999.01.14. ○○농수산과 청구외 ○○양식조합간 체결한 수매약정에 의해 양어용 생사료인 냉동고등어를 공급한 사실이 확인되고 있으므로 처분청이 냉동고등어 판매대금 80,480,000원에 대하여 ○○수산의 면세수입금액으로 본 것은 사실관계를 오해한 잘못이라 할 것이다. 이와 같이 심리한 바, 이건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 의거 주문과 같이 결정한다.