전기공사에 필요한 자재를 실제 구입하고 세금계산서를 교부받았는지 여부

○○세무서장이 1999.06.02 청구법인에게 경정고지한 부가가치세 1997년 1기분 24,699,990원, 1997년 2기분 32,500,000원, 1998년 1기분 60,710,000원, 1998년 2기분 22,430,200원은, 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지를 본점소재지로 하여 “○○주식회사”라는 상호로 1990.12.10 개업하여 전기공사업을 영위하는 사업자로서 청구외 ○○○(상호: ○○공사, 사업자등록번호: 000-00-00000, 이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 1997.01.01~1998.12.31기간동안 총공급가액 1,083,086,590원의 세금계산서(16매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 각 과세기간별 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세 1997년 1기분 24,699,990원, 1997년 2기분 32,500,000원, 1998년 1기분 60,710,000원 및 1998년 2기분 22,430,200원을 1999.06.02 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.07.13 이의신청을 거쳐 1999.11.02 본 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 전기공사에 필요한 자재를 쟁점거래처로부터 구입하고 실재 매입한 금액에 대하여 쟁점세금계산서를 정당하게 교부받아 부가가치세를 신고ㆍ납부하였음에도 처분청이 청구법인과는 관련이 없는 청구외 ○○○이 제출한 잘못된 확인서를 근거하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

쟁점세금계산서에 대하여 청구법인의 전무이사인 청구외 ○○○이 사실과 다른 세금계산서임을 시인하는 확인서를 제출하였으며, 대금지급과 관련하여 제출된 예금통장의 출금내역에 의하여도 거래사실이 객관적으로 인정되지 않은 점과 대금을 현금으로만 지급하였다는 주장은 일반적인 상관행상 납득되기 힘드는 등 쟁점거래처가 청구법인에게 교부한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 판단되므로 쟁점세금계산서의 거래내용을 부인하여 이에 대한 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 처분청이 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】제2항에서 『다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생략) 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하『필요적 기재사항』이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. (단서 생략)』이라고 규정하고 있고, 같은법 제21조 【경 정】 제1항에서 『정부는 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때(이하 생략)』라고 규정하고 있으며, 국세기본법 제16조 【근거과세】 제1항에서 『납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지를 본점소재지로 하여 1990.12.10 개업하여 일반건설현장이나 관공서등에 전기공사용역을 제공하는 사업자임이 국세통합시스템 사업자기본사항 및 신고내역에 의하여 확인된다.

(2) 이 건 과세경위를 살펴보면, 1999년 04월 처분청에 대한 국세청의 종합감사시 쟁점거래처가 업종은 건설, 전기공사로 되어 있으면서 매입처의 대부분이 폐업자와의 거래가 많은점 등 가공매입의 혐의가 있는 점을 들어 거래처인 청구법인에 대하여도 거래내역에 관한 확인을 요구하였으며, 청구외 ○○○이 청구법인의 전무이사의 직책으로 기재한 확인서를 1999.04.24 처분청에 제출하자, 이를 근거로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 확정하여 동 매입세액을 불공제 처분하였음이 처분청의견서 및 관련증빙에 의하여 확인된다.

(3) 이 건 심사청구를 하기에 앞서 청구인은 1999.07.03 ○○지방국세청에 이의신청을 청구하였으며, 이의신청결정서(○○지방국세청 제99중 53호, 1999.08.09)에서는 “신청인이 제출한 거래명세표, ○○공사의 입금표, 대금지급과 관련한 예금통장의 출금내력, ○○공사의 거래사실확인서에 의하면 신청인이 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 보기에는 어렵다고 판단된다. 한편 처분청이 이 사건 부가가치세를 경정고지시 거래사실에 대한 추적, 대금지급 등에 대한 실지조사를 실시함이 없이 신청인의 전무라는 청구외 ○○○의 확인서에 의해서만 사실과 다른 세금계산서로 판정하였으므로 사실확인이 미흡하다고 판단된다. 따라서, 처분청은 당초처분에 대하여 재조사 결정한다”라는 결정을 하였고, 이에 따라 처분청은 청구법인의 예금계좌에 대하여 조사하여 쟁점거래처와의 거래내용이 금융대금결제상 확인되지 않음을 이유로 청구법인의 주장이 인정되지 않는다는 결정을 하였으나, 처분청은 청구인이 당초제시한 거래계좌중 ○○은행 ○○지점(계좌번호:000-00-00000)의 출금내역은 상당부분 확인하고 당좌계좌로의 이체, 청구법인 대표 ○○○의 개인계좌로의 입금된 사실등을 확인하여 쟁점거래처와는 관련 없는 지출로서 확인하였으나, ○○은행 ○○지점(계좌번호:000-00-0000-000)에 대한 조사는 실시하지 않았으며, ○○은행 ○○지점(계좌번호:000-00-00000-0)에 대하여도 출금이 청구법인 대표 ○○○에게 입금된 사실만을 확인하였을 뿐, 거래사실에 대한 추적은 하지 않는 등 사실관계를 확인할 수 있는 조사가 미진한 것으로 판단된다.

(4) 청구법인은 처분청의 과세결정에 대하여 쟁점세금계산서가 실지매입한 금액에 대하여 정당하게 교부받은 세금계산서로서 세금계산서, 거래명세표, 쟁점거래처의 거래사실확인서와 본 건 청구시 거래대금에 관한 원시영수증을 추가로 제출하면서 거래사실이 확인된다고 주장하고 있으며, 처분청이 청구법인을 대리할 수 없는 청구외 ○○○의 잘못된 당초의 확인서만으로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대한 사실관계를 본다. (가) 쟁점거래처는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지를 사업장으로 하여 1989.07.31 개업하여 업종은 건설업 전기공사, 도ㆍ소매업 특고밀전기잡자재로 사업자등록하여 사업을 영위하였으며, 사업자는 청구외 ○○○ 명의로 되어 있으나 청구외 ○○○의 남편인 청구외 ○○○이 쟁점거래처의 업무를 총괄하였음이 관련증빙에 의하여 확인된다. (나) 처분청은 청구외 ○○○이 1999.04.24 처분청에 내방하여 확인하여 준확인서를 근거로 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 동 매입세액을 불공제하였는 바, 확인서의 확인자에는 ○○(주) 전무이사 ○○○이라고 자필기재되어 있으며, 확인사실에는 “본인은 ○○공사 관계된 자재구입대로(중간생략, 거래총금액 기재됨)구입함에 있어 덤핑조건에 따른 자재대금절감으로 인적불명자로부터 물건을 구입하였으며 실거래처는 파악하기가 불가능하고 이와 관련 증빙자료는 빠른내로 제출하겠습니다”라고 기재되어 있음을 확인할 수 있다. 이를 확인하기 위하여 청구법인의 법인등기부등본을 살펴본 바 청구외 ○○○은 청구법인의 전무이사나 기타 임원으로 기재되어 있지 않은 사실이 확인되며, 국세청전산자료의 소득상황을 조회한 결과 또한 청구외 ○○○은 청구법인을 대리할 수 있는 위치에 있는 자가 아님이 확인된다. 또한, 확인서상의 확인사실에 있어서도 법인이 아닌 ‘본인’으로 기재하고 있는 등 청구법인이 교부받은 쟁점세금계산서의 가공매입사실을 확정시킬 수 있는 근거가 미약함을 알 수 있다. (다) 청구법인은 이의신청결정에 따른 재조사 이후 처분청의 납세자보호담당관외 1인이 청구법인의 사무소에 출장하였을 당시 추가로 발견하였다는 영수증서를 제시하고 있는 바, 영수증서는 총38매이며 총 영수금액이 1,138백만원으로서 쟁점세금계산서의 총거래대금과 거의 일치함을 알 수 있으며, 청구법인이 이의신청시 제출하였던 ○○은행 ○○지점의 예금계좌에서 현금출금(1998.01.23 35백만원, 1998.01.26 169백만원, 1998.04.06 183백만원, 1998.06.25 117백만원)된 내역과도 상당부분 일치하고 있음이 확인된다. (라) 처분청은 쟁점세금계산서의 거래기간에 대하여 쟁점거래처를 2차례에 걸쳐 경정조사를 실시하였으며, 1998년 10월중 실시한 1997년 2기분과 1998년 1기분에 대한 경정조사결과 매입세액을 불공제한 사실만 있을 뿐 쟁점세금계산서의 가공발행여부에 대한 조사내용은 포함되어 있지 않고 있으며, 본 건과 관련한 ○○지방국세청의 감사결과에 따라 처분청은 1999년 05월에도 쟁점거래처에 대하여 자료상혐의자에 대한 조사를 실시하였으나(조사대상기간: 1997년 1기분~ 1998년 2기분) 쟁점거래처가 가공세금계산서를 발행하는 등의 자료상행위를 확인하지 못하였으며, 쟁점거래처가 청구법인에게 세금계산서를 교부하고서도 신고누락한 세금계산서(229,540,000원, 공급가액임)에 대하여 쟁점거래처의 과세표준에 추가하여 경정한 사실이 있음이 처분청의 조사서등에 의하여 확인된다.

(5) 관련법령과 위의 사실관계를 종합하여 보면, 국세기본법 제16조 에서는 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 하는 것으로 규정하여 국세부과시의 근거과세원칙을 명시하고 있는 바, 본 건의 경우 처분청은 청구법인의 임원으로 밝힌 청구외 ○○○의 확인서에 의하여 쟁점세금계산서를 가공매입세금계산서로 보아 매입세액 불공제 처분하였으나, 청구외 ○○○은 청구법인을 대리할 수 있는 자가 아니며, 확인내용 또한 가공매입사실을 확정시킬 수 있는 근거가 미약함에도 처분청이 구체적인 근거나 증빙없이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 당초처분은 잘못인 것으로 판단된다. 또한, 청구법인이 본 건 청구시 추가로 제시하고 있는 쟁점거래처가 발행한 영수증서와 이에 대한 대금지불 사실이 예금출금내역에 의하여도 상당부분 확인되고 있으며, 쟁점세금계산서의 가공유무에 대하여 처분청은 쟁점거래처에 대한 자료상조사를 통하여 검증을 하였는 바, 쟁점거래처에 대한 자료상조사결과에서도 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하고 청구법인에게 매출이 이루어진 사실을 인정한 사실이 있는 등 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 잘못인 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.