수정신고에 따른 가산세 경감의 적정 여부

○○세무서장이 1999.08.24. 청구법인에게 결정통지한 1999년 1기분 부가가치세 10,024,294원의 환급결정 처분은 공제할 매입세액을 61,173,792원으로 하고 수정신고한 매출 및 매입과 관련한 신고불성실가산세의 50%를 경감하는 것으로하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 청구인의 나머지 청구는 기각한다.

청구법인은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에 소재한 지점법인(본점소재지: ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○브럭 ○로트)으로 1999.07.25. 1999.1기 부가가치세 확정신고시 환급할 세액을 54,586,699원으로 하여 신고하였다가 1999.08.09. 환급할 세액을 16,756,314원으로 하여 1999.1기 부가가치세 수정신고를 한데 대해 처분청은 위 환급신고에 대한 현지확인 조사시 적출된 매출누락에 대한 세액 및 신고불성실가산세 등을 환급할 세액에서 공제하고 1999.08.24. 10,024,294원을 환급할 세액으로 결정하여 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.10.30. 본 심사청구를 제기하였다.

청구법인이 당초 신고한 1999.1기 부가가치세 확정신고 내용에 대해 처분청이 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하기 이전에 수정신고를 하였는데도 신고불성실가산세 등을 부과한 처분은 부당하다.

국세의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수정신고를 한 경우 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 50%를 경감하도록 되어 있으므로 본 건 수정신고와 관련한 신고불성실가산세의 50%는 경감하여야 할 것으로 판단되나 가산세를 100% 경감하여야 한다는 청구인의 주장은 환급세액이 증가하는 경정청구시에 적용하는 신고불성실가산세 감면규정으로 본 건은 적용대상이 아니고 신고불성실가산세를 제외한 타 가산세는 수정신고에 의한 경감대상에 해당하지 아니하므로 당초처분 중 본 건 수정신고와 관련한 신고불성실가산세의 50%를 경감하여 경정하여야 할 것으로 판단되며, 그 외의 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 수정신고에 따른 가산세 경감의 적정 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 국세기본법 제45조 【수정신고】에서 『① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. (생략)

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때』라고 규정하고 있고 국세기본법 제49조 【수정신고에 의한 감면】에서 『관할세무서장은 제45조의 규정에 의하여 과세표준수정신고서를 법정신고기한 경과후 6월이내에 제출한 자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다. (단서 생략)』라고 규정하고 있으며 부가가치세법 제22조 【가산세】에서 『② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. (단서 생략)

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우.

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 심리판단 먼저 사실관계를 본다.

(1) 청구법인의 1999.07.25.자 1999.1기 부가가치세 확정신고 및 1999.08.09.자 수정신고의 내용은 다음과 같다. (표의 상단 숫자는 확정신고금액이고, 하단 숫자는 수정신고 금액임) 【표】 (단위: 원) 구분 금액 세액 과세분 매출 89,434,628 444,174,790 8,943,462 44,417,478 영세율 매출 703,952,900 349,212,738 0 0 합계 793,387,528 793,387,528 8,943,462 44,417,478 매입 638,460,990 611,737,945 63,530,161 61,173,792 환급세액 △54,586,699 △16,756,314 ※ 청구법인의 수정신고 내용을 구체적으로 보면, 당초 1999.1기 부가가치세 확정신고시 본점에서 수출한 354,740,161원에 대하여 본점을 공급받는 자로 하여 지점에서 영세율을 적용하여 매출한 것으로 세금계산서를 발행하였다가 본ㆍ지점 내부거래로 영세율이 적용되지 않는 것으로 하여 과세분 매출로 수정세금계산서를 발행하여 수정신고하였고 본점으로부터 매입한 금액 중 26,723,045은 본점 귀속분으로 확인되어 본점으로부터 수정세금계산서를 받아 신고하였음을 알 수 있다.

(2) 처분청은 1999.08.16.부터 1999.08.21.까지 청구법인의 부가가치세 환급신고에 대한 현지확인 조사를 하였고, 동 조사시 적출된 매출누락분 15,900,000원에 대한 추징세액 및 청구법인이 기 신고한 수정신고에 대한 가산세 등을 공제하고 환급결정을 하였는 바, 그 구체적인 내용을 보면, 확정신고한 환급세액 54,586,699원에서 매출분 수정신고에 대한 매출세액 35,474,016원(354,740,162원×10/100) 및 신고불성실가산세 3,547,401원(354,740,162원×1/100), 매입분 수정신고에 대한 매입세액 감소분 2,672,304원(26,723,045원×10/100), 신고불성실가산세 267,230원(26,723,045원×1/100) 및 세금계산서 합계표 불성실제출 가산세 534,460원(26,723,045×2/100), 조사시 적출된 매출누락에 대한 매출세액 1,590,000원(15,900,000원×10/100) 및 가산세 477,000원(신고불성실 159,000원, 세금계산서 미교부 318,000원)을 공제하고 10,024,288원을 환급세액으로 결정하였음이 확인된다.

(3) 한편, 청구법인의 1999.08.09. 수정신고에 의하면 매입분 공급가액 감소금액은 26,723,045원이나 이중에서 3,159,330원은 영세율 매입이므로 매입세액 감소금액은 2,356,369원임이 확인되는 바, 처분청은 본 건 수정신고에 대한 결정을 하면서 매입세액 감소금액을 2,672,304원으로, 신고불성실가산세를 267,230원으로 적용함으로 인해 매입세액 불공제분 315,935원 및 신고불성실가산세 31,593원을 환급할 세액에서 초과공제한 사실이 확인된다. 사실관계와 관계법령을 종합하여 살펴본다. 청구법인의 수정신고 내용 및 처분청의 매출누락분 조사적출 내용에 대해서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없는 것으로 보이며, 단지 청구법인의 수정신고와 관련한 가산세의 적용이 적법하게 되었는 지에 대한 다툼이 있어 이에 대하여 살펴본다. 전시한 법령에서와 같이, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서를 교부하지 아니한 때, 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우, 부가가치세 예정 또는 확정신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 법 소정의 가산세율에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하도록 되어 있다. 청구법인은 처분청이 1999.1기 부가가치세의 과세표준과 세액을 결정하기 이전에 수정신고를 하였으므로 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하는 것으로 보이나, 사업자가 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 경정 등의 청구를 하고 그 경정 등의 청구를 받은 세무서장이 과세표준과 세액을 경정하는 경우에는 부가가치세법 제22조 제5항 에 규정하는 가산세를 적용하지 아니하는 것이며, 사업자가 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 부가가치세 과세표준 수정신고시 같은 법 제49조에 규정하는 가산세 감면대상에는 부가가치세법 제22조 제5항 제1호 에 규정하는 신고불성실가산세만 해당하는 것임을 알 수 있다. 이상의 심리내용을 종합하면, 처분청이 청구법인의 1999.1기 부가가치세 확정신고 및 수정신고에 대한 환급세액 결정을 하면서 경정한 내역 중 공제할 매입세액이 61,173,792원인데도 60,857,857원으로 적용함으로써 315,935원이 과소공제 되었고 이에 따른 신고불성실가산세 31,593원이 부당하게 부과된 사실이 확인되며, 매출분 수정신고에 대한 신고불성실가산세 3,547,401원과 매입분 수정신고에 대한 신고불성실가산세 235,636원(당초 처분청이 부과한 267,230원 중 부당부과액 31,593원을 차감한 금액)에 대해서는 처분청도 본 심사청구에 대한 의견서에 부당하게 부과되었음을 인정하고 있는 바와 같이 국세기본법 제49조 의 규정에 의거 가산세액의 50%를 경감하여야 함에도 처분청이 이를 간과하고 결정한 처분은 법리를 잘못 이해한 처분으로 보여지며, 이 부분을 제외한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.