사업자등록을 직권말소 처리한 처분이 정당한지 여부

1. ○○세무서장이 1999.06.28 청구법인이 1999.03.31 사실상 사업을 폐업한 것으로 보아 청구법인의 사업자등록을 말소한 처분은, 이를 취소합니다.

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 사업장을 둔 것으로 사업자등록(업종: 부동산매매업, 건물신축판매)이 된 내국 영리법인으로 아래와 같이 세법상 신고의무를 이행하였다. 신고일자 신 고 서 류 명 신 고 내 용 1999.04.10 원천징수이행상황보고 간이세율적용11명. 기본세율2명 1999.04.25 1999.1기 부가가치세 예정신고서 매출0, 매입5,127천. 환급512천 1999.05.10 원천징수이행상황보고 간이세율적용10명. 기본세율1명 1999.05.24 사업자등록정정신고 대표자 변경(○○○→○○○) 1999.06.10 원천징수이행상황보고 간이세율적용8명. 기본세율5명 1999.07.25 1999.1기 부가가치세 확정신고서 매출△37,042천.환급세액4,234천 처분청은 사업자등록상 사업장인 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 출장하여 사업장 유무 및 영업사실 여부를 조사한 바, 1999.03월말경 임의폐업 후 행방불명되어 소재를 확인할 수 없다하여 1999.06.28 청구법인의 사업자등록을 직권말소(직권폐업일자: 1999.03.31) 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.07.09 이의신청을 거쳐 1999.10.26 심사청구하였다.

청구법인은 1999.06.18 까지 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 사업하다가, 1999.06.19 같은 곳 ○○번지로 사업장을 이전하여 정상적으로 사업을 영위하고 있었음에도, 폐업신고서를 제출한 사실도 없는 청구법인을 행방불명된 것으로 조사하여 사업자등록을 직권말소 처리한 것은 부당하므로 세적을 부활하고 영업지장과 정신적 피해에 대하여 배상하여야 한다.

사업자가 사업장을 이전하는 경우 지체없이 사업자등록을 정정하여야 하나 청구법인은 이를 이행하지 아니하였고, 1999.06.28 청구법인의 사업장인 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 현지 출장하여 확인한 바, 청구법인은 임의폐업 후 행방불명되어 소재를 확인할 수 없었기에 사실상 폐업으로 판단하여 사업자등록을 직권말소 처리한 것은 정당하며, 청구법인이 사업장을 이전하여 사업중이라는 같은 곳 ○○번지도 이의신청시 확인하였듯이 정상적인 사업장으로 볼 수 없으므로 사업장을 이전하여 사업하였다고는 보기 어려우므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인의 사업자등록을 1999.06.28 직권말소(직권폐업일자 1999.03.31) 처리한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 부가가치세법 제5조 【등록】 제4항에서 『제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다』고 규정하고, 같은 법 제5항에서 『사업자가 폐업하거나 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장 관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다』고 규정하고, 같은 법 시행규칙 제6조 【폐업일의 기준】 제1항에서 『법 제5조 제4항에 규정하는 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다. 다만, (이하생략)』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 사업장을 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지로 하고, 부동산매매업(건물신축판매업)과 써비스업(공장개발업)을 주된 사업으로하여 사업자등록을 한 후, 전시한 바와 같이 1999.1기분 부가가치세 신고서와 원천징수이행상황보고서(1999.01~05월)를 기한내에 처분청에 제출하였고, 1999.05.24 사업자등록정정(대표자 변경)신고하였으며, 처분청은 이를 접수하여 국세통합시스템에 입력하여 관리하였고 청구법인은 폐업신고서를 제출한 사실이 없음이 전산조회에서 확인된다.

(2) 청구법인은 1999.06.18 까지 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 사업하다가, 1999.06.19 같은 곳 ○○번지로 사업장을 이전하여 정상적으로 사업을 영위하였다는 청구주장을 살펴보면,

① 처분청의 이 건 조사공무원은 1999.06.28 사업자등록상 청구법인의 사업장인 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 현지 출장한 사실이 출장관리부에 의하여 확인되며, 사업장 확인결과 “(청구법인은) 1999년 03월말경 임의 폐업 후 행방불명되어 소재를 확인할 수 없으므로 법인종합관리규정 제27조 및 부가가치세 사무처리규정 제18조 제1항 제3호의 규정에 의거 직권폐업(폐업일자 1999.03.31, 사업자등록증 미회수)처리한다”고 조사복명한 사실이 확인된다.

② 청구법인은 1999.06.19 사업장을 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 같은 곳 ○○번지로 이전하였고, 처분청은 같은 곳 ○○번지에 1999.06.28 현지출장하였으므로 처분청에서 조사할 당시에는 청구법인이 같은 곳 ○○번지에는 소재하지 아니하였을 것이므로, 처분청에서는 사업자등록정정(사업장 이전)신고를 하지 아니한 청구법인이 행방불명되어 소재를 파악할 수 없었다고 판단할 수도 있으나, 청구법인이 1999.04.25 처분청에 제출한 부가가치세 예정신고서에 기재한 전화번호와 국세통합시스템상에 입력된 청구법인의 전화번호(00-0000, 국번호만 000로 변경됨)를 확인(1999.06.04 설치장소 변경: ○○동 ○○번지 → ○○동 ○○번지)하였다면 청구법인의 소재지를 확인할 수 있었을 것으로 판단되며,

③ 청구법인이 처분청에 세법상 신고의무를 이행한 내용을 보면, ㉠ 1999.04.25 처분청에 제출한 1999.1기분 부가가치세 예정신고서를 검토하여 보면, 매출금액은 없으나 매입금액이 5,127천원으로 그 매입내용을 보면 통신보수료(○○통신), 사무기기 유지보수료(○○네트○○점), 감정평가수수료(○○감정원), ○○텔이용료(○○통신), 회원비용(○○뉴스), 결산공고(○○신문), 분양카다록인쇄비용(○○인쇄) 등으로 사업과 관련된 매입액이며, ㉡ 1999.04.10~1999.06.10 까지 처분청에 제출한 원천징수상황 이행보고서에 의하여 종업원 현황을 보면, 1999.03월에 11명, 1999.04월에 10명, 1999.05월에 8명에게 급여한 지급한 것으로 되어 있어 특별히 반증이 없는 한 종업원들이 청구법인의 사업을 위하여 근무한 것으로 보아야 하며, ㉢ 1999.05.24 처분청에 사업자등록정정신고서를 제출하여 대표자를 청구외 ○○○에서 청구외 ○○○으로 정정하고 같은 날 사업자등록증을 교부받은 사실이 확인되며, ㉣ ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지, ○○번지에 아파트형공장을 설립하기 위하여 1998.03.04 ○○시장으로부터 “아파트형공장신설승인서”를 교부받고, 같은 해 11.30 건축허가를 받은 후, 1999.06.25 “아파트형공장 신설변경승인서”를 ○○시장으로부터 교부받은 사실과, 1999.02.10 이 건 사업과 관련하여 “중소기업육성자금 융자지원결정 통보서”를 ○○도지사로부터 교부받은 사실 등이 인정되는 점 으로 보아 단기간에 매출액이 발생하지 아니하는 청구법인의 업종 특성 등 일련의 상황을 모아보면, 청구법인이 1999.03.31 실질적으로 사업을 폐업한 것으로는 볼 수 없다고 판단된다.

(3) 한편, 처분청이 청구법인의 사업자등록을 직권말소함에 따라 영업지장과 정신적 피해에 대하여 배상하여야 한다고 주장하나, 구체적이고 객관적인 증빙서류가 없고 청구법인도 사업자등록정정(사업장 이전)신고를 이행하지 아니한 점 등을 고려하면 이 부분의 청구주장은 받아들일 수 없다고 보여진다. 위의 사실관계와 관계법령을 모아보면, 청구법인은 사업장을 이전한 경우 지체없이 사업자등록정정신고를 하여 신고의무를 다하였어야 할 것임에도 이를 이행하지 아니한 사실은 있으나, 세법상 다른 신고사항의 이행 정도와 청구법인의 사업활동 등을 모아보면, 청구법인이 1999.03.31 사실상 사업을 폐업하였다고는 볼 수 없다 할 것임에도, 처분청은 청구법인의 사업장과 사업 여부를 충분히 확인하지 못하고 사업자등록을 말소한 것은 잘못이라고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.