대여금의 이자ㆍ원금 지급시 이자를 먼저 변제한 것으로 보아 이자소득세 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 1999.07.20 청구법인에게 경정고지한 1995년 제2기 부가가치세 136,003,560원, 1997년 제1기 부가가치세 217,302,150원, 1997년 귀속 이자소득세 49,332,000원, 1996사업연도 법인세 54,196,000원 및 1997사업연도 법인세 78,782,000원의 부과처분에 대하여.

1. 1997년 귀속 이자소득세 49,332,000원, 1996사업연도 법인세 54,196,000원 및 1997사업연도 법인세 78,782,000원은 이를 취소하고 2.나머지 청구는 기각한다.

청구법인은 ○○협동조합으로 유통상가를 신축하여 조합원및 일반이에게 분양목적으로 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지외 23필지 대지 121,955,1㎡를 취득하여 1995.05.13 ○○시장으로부터 지상에 지하2층 지상 5층 연면적 245,520,38㎡의 건축허가를 받아. 1995.11.28 청구외 ○○(주)(이하 “청구외 ○○”라 한다)에 지하1층. 지하2층 48,790,92㎡(이하“쟁점상가”라한다)를 분양가액 42,500,000천원에 분양하고 토지ㆍ건물가액을 분양계약 내용(토지대금 37.55%, 건물대금62.45%)에 따라 신고하던 중 건축허가 변경으로 건물면적이 늘어남에 따라 계약서 약정에 의하여 건물가액을 71.19%로 적용하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 ① 청구법인 건축허가 변경으로 건물면적이 늘어남에 따라 분양계약서 약정에 따라 전에 신고한 건물가액을 건축가액을 건축허가 변경시점에 재계산(62.45%→71.19%)하여 과소 신고한 건물가액 1,671,555천원을 매출누락으로 보아 1997년 제1기 부가가치세 217,302,150원을 경정 고지하였고,

② 기존건축물 철거등 건물 신축을 위한 부지정지작업과 이에 부수된 토지조성 관련공사 금액 1,236,396천원을 토지에 대한 자본적지출로 보아 매입세액을 불공제하여 1995년 제2기 부가가치세 136,003,560원을 경정 고지하였으며,

③ 청구외 (주)○○로부터 차입금 300억원에 대한 이자 지급시 원천징수 불이행에 대한 1997년도분 이자소득세 49,332,000원, 1996사업연도 원천징수불이행 가산세 및 지급조서미제출가산세등 부과하여 1996사업연도 법인세 54,196,000원, 1997사업연도 법인세 78,782,000원을 1999.07.20 청구법인에게 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.10.11 이건 심사청구를 제기하였다.

청구1) 청구법인과 청구외 ○○와 분양 계약시 상호 합의하에 총분양가액중 토지ㆍ건물가액의 비율(토지가액 비율: 37.55%, 건물가액 비율: 62.45%)을 구분 명시하여 계약하였고 건축허가 변경으로 건물면적이 늘어남에 따라 건물가액이 변경된다고 하더라도 쌍방합의한 사항이므로 당초 토지ㆍ건물가액의 비율을 부가가치세법 제48조 의 제2 제4항 본문에서 규정한 실지거래가액으로 보아야 함에도 이를 인정하지 아니하고 부가가치세법 제48조의2 제4항 단서의 규정을 적용하여 지방세법에 의한 시가표준액으로 안분계산한 것은 부당하며, 설사, 건축허가조건변경으로 인해 토지ㆍ건물의 안분계산을 재계산하여 기신고 내용을 수정한다 하더라도 허가조건변경시점에 재계산 신고하지 않았다하여 과세한 처분은 부당하다. 청구2) 청구법인은 유통상가를 신축 분양하는 사업을 목적으로 ○○통신(주)로 부터 공장용지인 토지를 매입하여 토지조성과 별도 작업이 없었음에도 공장건물의 철거 및 부지 정지작업등과 관련한 공사비용을 토지에 대한 자본적 지출로 보아 매입세액 불공제한 처분은 부당하며, 또한, 당초 ○○산업(주)와 건물 신축공사 도급계약을 체결하고 중도에 계약을 해지하였으나. ○○산업(주)에서 시행한 공사는 전부 건물 신축과 관련된 공사임에도 이를 토지에 대한 지출로 보아 매입세액 불공제한 처분은 부당하다. 청구3) 채권자인 (주)○○에서 차입금 상환 요구시 변제대상 금원의 성격을 원금,이자등으로 구분하여 변제를 요구하였고 청구법인에서는 이에 이의를 제기하지 않음으로써 묵시적인 합의가 있었으며 이는 청구서 입금증, 결제서류, 상호회계처리 등으로 입증 가능한 바, 합의에 의한 변제충당으로 보아야 할 것임에도 이를 당사자간의 특별한 약정이 없는 것으로 보아 원금 상환시 비용, 이자, 원금의 순서에 의하여 이자를 먼저 변제한 것으로 추정하여 이자 소득세를 과세한 처분은 부당하다.

청구1) 청구법인과 청구외 ○○간에 체결한 분양계약서에는 토지ㆍ건물가액을 구분함에 있어 계약당시 지방세법상의 시가표준액을 기준으로 총 분양금액을 안분계산하여 산출하였고 건축허가 변경으로 변경된 건물면적에 따라 지방세법상 시가표준액에 의거 재계산하여 신고하였음이 확인되는 바, 분양계약서상에 명시된 토지ㆍ건물가액 비율에 의한 건물가액을 실지 거래가액으로 인정하기 어려울 뿐만 아니라 이를 실지 거래가액으로 볼 경우 그 가액이 정상적인 거래에 비추어 합당한 가격으로 볼 수 있어야 하나 이건 토지의 취득시 실지거래가액(㎡당 927천원)과 ○○(주)와의 계약금액(㎡당 813천원)을 비교시 그 차이가 현저하여 이를 정상적인 거래에 비추어 합당한 가격으로 보기 어려우므로 실지 거래가액으로 인정하지 아니한 처분은 정당하며, 또한. 건축허가변경일에 공급가액이 변경된 것으로 보아 변경일이 속하는 과세기분에 수정세금계산서를 교부하여 신고ㆍ납부하여야 함에도 이를 이행하지 아니한 사실에 대하여 처분은 정당하다. 청구2) 청구법인은 기존 구축물의 철거 및 정지작업은 청구외 ○○산업(주)와의 계약 이전에 청구외 ○○산업에 의해 이루어졌다고 주장하나, 청구외 ○○산업은 기계부품 자동화기계물 제조, 도소매하는 개인사업자로서 그 업태ㆍ종목등으로 미루어 볼 때 건설공사와 무관한 회사로 판단되며, 또한, 청구외 ○○산업(주)의 공사비 청구서에 첨부된 공정별 투자내역서상에 “지하구조물 철거 및 운반”항목에 명시되어 있는 토목 및 지정공사. 폐기물처리공사는 지하 구축물 철거를 목적으로 이루어진 공사인 바. 이를 토지를 유통상가 신축이 가능한 상태로 만들기 위해 행해진 정지작업 일환이므로 토지조성과 관련된 공사비로 보아 매입세액 불공제한 처분은 정당하다. 청구3) 청구법인은 청구외 (주)○○로부터 차입금에 대한 별도의 청구가 없었음에도 수시로 상환하였고 이자는 기성청구 총 10회 중에서 일부인 3회분 이자만 청구하였으므로 청구법인의 주장대로 원금과 이자를 청구서로 지정하여 청구하였다는 주장은 사실과 다르며, 또한 별도의 약정이 없이 단지 채권ㆍ채무자 상호간에 원금과 이자에 대한 회계처리 등을 동일하게 하고 원금을 우선 변제한 것으로 처리한 것만으로는 상호 합의가 있었다고 인정하기는 어려우므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점상가를 분양하고 청구법인과 청구외 ○○와의 체결한 분양계약서 상 분양가액에 토지ㆍ건물가액 비율에 의하여 산정된 가액을 실지거래 가액으로 보아야 할 것인지 여부

② 지하구축물 철거에 관련된 공사비가 토지조성과 관련된 공사비인지. 건물신축과 관련된 공사비인지 여부

③ 시공사로부터 대여금의 이자ㆍ원금 지급시 약정이 없이 이자ㆍ원금의 순서에 따라 변제한 것으로 보아 이자소득세 과세한 처분의 당부.

• 나. 관련법령

(1) 쟁점①,② 관련법령을 보면, 쟁점부동산 양도당시의 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】 제3항에서 『사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가 표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 한다』고 규정하고, 같은법 시행령 제48조의2 제4항에서 『제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. (이하 생략) 3.지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액』이라고 규정하고 있다. 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정 사유가 발생한 경우에는 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감 되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에서 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세택”이라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제60조 제6항에서 “법 제17조 제2항 제4호에서 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다”고 규정하고 있다.

(2) 쟁점③ 관련법령을 보면, 법인세법 제39조 제1항 에서 “ 소득세법 제127조 제1항 제1호 의 이자소득금액(대통령령이 정하는 금융보험업의 수입금액을 포함한다), 동법 제17조 제1항 제5호의 증권투자신탁수익의 분배금을 내국법인에게 지급하는 자(이하 ”원청징수의무자“라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수(이하 ”원청징수“라 한다)하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 이를 납세지 관할세무서장에게 납부하여야 한다. 이 경우 이자소득의 지급시기 등에 관하여는 대통령령으로 정한다.

1. 이자소득금액의 경우에는 100분의 20. 다만, 소득세법 제16조 제1항 제12호 에 규정하는 비영업대금의 이익에 대하여는 100분의 25로 한다“고 규정하고 있고, 같은 법 제63조 【지급조서의 제출의무】 제1항에서 “제1조의 규정에 의하여 납세의무 있는 법인에게 소득세법 제16조 제1항 의 이자소득 또는 소득세법 제17조 제1항 제5호 의 증권투자신탁수익의 분배금을 지급하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 지급조서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있다. 같은 법 제41조 제4항에서 “납세지 관할세무서장은 제63조 또는 소득세법 제164조 의 규정에 의하여 지급조서를 제출하여야 할 내국법인이 동법 동조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 기한 내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급조서가 대통령령이 정하는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 가산하여 법인세로 징수하여야 한다.(다만, 이하 생략)”고 규정하고 있다. 같은 법 제41조 제4항(1996.12.30개정) 개정으로 “납세지 관할세무서장은....중략....그 제 출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산하여 법인세로서 징수하여야 한다”고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인은 유통상가를 신축하여 조합원 및 일반인에게 분양목적으로 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지의 23필지 대지 121,955.1㎡ 및 그 지상건물 51,556,11㎡를 1992.10.30 청구외 ○○(주)로부터 매매대금 123,586,190천원 [토지가액 113,086,190천원, 건물가액 10,500,000천원(부가세 별도)]에 매매하기로 매매계약을 체결하고 대금지급은 계약시 100억원, 1차중도금(1992.12.28)지급시 150억원. 제2차중도금(1993.03.31)지급시 150억원. 3차중도금(1993.06.30)지불시 300억원, 4차중도금(1993.08.31)지불시 300억원을 각각 지급하고 잔금은 1993.11.30 지급하기로 체결하였으며, 추후 매매목적물의 면적에 증감이 생길 경우 잔금지급기일에 정산하기로 약정하고 1994.06.24 쌍방합의하에 매각면적 및 금액을 확정하였다(토지면적: 121,955,1㎡, 토지 및 건물가액: 123,586,190천원)

(2) 청구법인은 쟁점상가를 1995.11.28 청구외 ○○에 다음과 같이 분양계약을 체결하였다. 분양건물 명세 구분 전용(㎡) 공유(㎡) 분양면적(㎡) 건물용도 지하1층 17,472.93 5,977.69 23,450.62 판매시설,주차시설 1,022.27 587.25 1,609.52 사무실. 창고 1,440,32 1,440.32 사무실, 창고 지하2층 21,490.46 21,490.46 전용주차면적 800 800 기계실 합계 42,255.98 6,564.94 48,790.92

(3) 분양계약서 제6조에서 청구외 ○○는 청구법인에게 분양토지지분과 분양건물에 대한 매매대금 42,500.000천원(건물에 대한 부가가치세를 포함하지 아니한 금액)을 다음과 같이 지급한다. 단, 아래의 각각의 분할 지급되는 금액 중 37.55%는 토지대금으로, 나머지 62.45%는 건물대금으로 한다. 향후 건물에 대한 설계변경으로 인하여 건물전체 면적등에 변경이 있는 경우 이 비율을 그에 따라 변경할 수 있다고 약정되어 있다.

(4) 청구법인은 청구외 ○○에 쟁점상가를 분양하고 분양대금을 수령한 사실이 청구법인이 제출한 증빙자료에 의하여 확인된다.

○○ 분양대금 입급현황(1999.10.04 현재) (단위: 천원) 구분 계약서 내용 분양금입금내역 비고 일자 금액 입금일자 금액 계약금 1995.04.28 4,250,000 1995.11.28 4,250,000 건물비율62.45% 1차중도금 1996.05.31 8,500,000 1996.07.16 8,500,000 〃 2차중도금 1996.12.31 6,375,000 1996.11.26 1996.11.27 5,325,000 1,050,000 〃 3차중도금 1997.07.03 8,500,000 1997.07.31 8,500,000 건물비율조정 62.45%→71.19% 4차중도금 1997.02.28 8,500,000 1998.01.24 8,500,000 〃 잔금 1999.01.31 6,375,000 1999.02.02 1999.02.12 1999.02.22 400,000 2,386,750 1,487,500 〃 합계 42,500,000 40,399,250 차액은 미지급금

(5) 청구법인은 청구외 ○○에 쟁점상가를 분양하고 분양계약서상 토지가액 및 건물가액의 비율(토지가액비율: 37.55%, 건물가액비율: 62.45%)은 부가가치세법 제48조의2 제3항 단서조항에 근거하여 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세기가표준액에 따라 건물과 토지가액을 안분계산한 사실이 가장대리인 조성권세무사가 청구법인에 발송한 공문서에 의하여 확인되며,

(6) 청구법인은 1997.05.09 건축허가 변경으로 건물면적(296,509.38㎡)이 늘어남으로 인하여 과세시가 표준액에 의한 표지ㆍ건물가액 비율이 변경되어 청구법인도 변경된 토지ㆍ건물가액 비율에 따라 부가가치세를 신고하였음이 확인된다. 과세시가표액에 의한 토지ㆍ건물가액 비율 계산내역 구분 면적(㎡) 과세기가표액에 의한 가액(천원) 비율(%) 비고 토지가액 123,428.1 26,505,588 28.81 건물가액 296,509.38 65,511,986 71.19 합계 92,017,574 100 청구법인은 청구외 ○○와 분양계약시 총 분양가액중 토지가액과 건물가액 비율을 명시하여 상호 합의하에 계약한 것은 부가가치세법 제48조의2 제4항 본문에서 규정한 실지거래가액으로 보아야 함에도 이를 무시하고 위조항 단서의 규정을 적용하여 지방세법에 의한 시가표준액을 기준으로 안분계산한 것은 부당하다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 분양계약서상에 표시된 분양대금중 토지지분을 37.55%로, 건물지분을 62.45% 안분한다고 약정되어 있는 바, 토지가액, 건물가액 지분비율이 부가가치세법 제48조의2 제3항 단서조항에 근거하여 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세기가표준액에 따라 안분계산한 토지가액, 건물가액 비율과 일치하고 청구법인도 이를 기준으로 계산한 토지ㆍ건물가액 비율을 분양계약서에 명시하였다고 진술하고 있으며, 둘째. 청구법인은 건물신축중에 건축허가변경(19997.05.09)으로 건물면적(245,520.38㎡→296,509.38㎡)이 늘어남에 따라 건물, 토지가액에 변동이 있는 경우 준공검사 완료일에 기신고한 건물가액에 대한 수정세금계산서를 교부하여야 한다는 주장이나, 건축허가 조건이 변경되거나 건축허가조건과 다르게 준공검사가 완료되는 때에는 그 건축허가 변경일 또는 준공검사일에 공급가액이 변경된 것으로 보아 부가가치세법 시행령 제59조 단서의 규정에 따라 당초공급가액의 증감에 대하여 수정세금계산서를 교부하여야 한다고 해석(국세청 부가 1265.1-2513, 1983.11.28)하고 있는 바, 이 건의 경우 건축허가 조건이 변경된 경우에는 변경된 내역을 알 수 있는 건축허가 조건변경이라는 확정된 사실이 존재하므로 건축허가 변경일에 공급가액이 변경된 것으로 보아야 하고, 또한, 청구법인도 허가변경일 이후에 건물가액 비율을 조정(62.45%→71.19%) 건물가액을 변경하여 부가가치세를 자진 신고하였음이 확인되므로 건축허가 변경전에 발생한 공급가액을 건축허가 변경일에 공급가액이 변경된 것을 보아 당초 공급가액의 증감에 대하여는 수정세금계산서를 교부하여야 함에도 청구법인은 이를 이행하지 아니하였다. 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 볼 때. 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항 본문에 규정된 실지거래가액은 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고, 계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시가 되어 있으며, 구분 표시된 토지와 건물가액 등이 정상적인 거래등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 실지거래가액으로 보는 것인 바, 이 건의 경우 청구법인이 청구외 ○○에 쟁점상가를 분양하고 분양계약서에 토지. 건물가액의 비율이 지방세법상의 시가표준액을 기준으로 안분계산(토지지분: 37.55%, 건물지분: 62.45%)한 가액과 일치함을 알 수 있고, 이를 기준으로 하여 계약금, 1차중도금, 2차중도금에 대한 건물가액 비율을 62.45%로 적용하여 세금계산서를 발행. 신고하였음이 확인되며, 건축허가 변경으로 건물면적이 늘어남에 따라 지방세법상 시가표준액에 의한 건물가액이 차지하는 비율(71.19%)이 토지가액 보다 높아짐으로 인하여 청구법인도 3차중도금, 4차중도금, 및 잔금을 지급하고 건물가액 비율(71.19%)로 신고한 점, 추후 쌍방간에 토지ㆍ건물가액이 변경되지 않은 것으로 미루어 보아 건축허가조건 변경시잠 이전에 기신고한 계약금, 1차중도금, 2차중도금에 대한 건물가액의 비율(62.45%)을 71.19%로 재계산하여 과세한 처분청의 처분은 정당하다고 판단된다. 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인은 공장건물(51,556.11㎡)내 재활용품(변압기, 피선류, 철구조물, 유리, 적별돌 등)을 1994.04.14 청구외 ○○산업에 185,000,000원에 매각한 후 쟁점토지 지상에 ○○ㆍ○○산업중기계부품 상가 단지 신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 위해 입찰공고(○○중기협 공고 제95-01호, 1995.02.22)하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○산업(주)에 입찰금액 121,205,700천원(부가가치세 별도)에 입찰되었음이 입찰서에 의하여 확인된다.

(2) 청구외 ○○산업(주)는 청구법인외 이사회의 동의를 얻어 공사를 시행하던 중 쟁점공사와 관련하여 발주자인 청구법인과 시공사인 청구외 ○○산업(주) 청구외 ○○산업(주)가 기투자한 부분의 대가를 청구법인이 ○○산업(주)에게 지급하고 시공사 선정관계를 아래와 같이 해지하기로 약정한 사실이 약정서에 의하여 확인된다.

• 가. 청구외 ○○산업(주)는 1995.09.30이후 쟁점공사를 수행하지 아니하고 청구법인은 ○○산업(주)에게 기투자 부분의 대가로 부가가치세 포함 2,585,000천원을 1995,11,15까지 현금으로 지급한다.
• 나. 청구외 ○○산업(주)는 기투자 부분의 대가 수령후 현장을 현재상태로 청구법인에게 인계한다.
• 다. 공사내역서는 토목 및 지정공사 246,628,650원, 폐기물처리공사 583,600,000원, 공통가설공사 449,623,368, 현장경상비 296,716,878원, 금융비용 77,968,552원, 안전관리비 16,916,700원, 산재보험료 16,818,929, 기타경비 52,004,650원, 일반관리비 114,862,609원, 이윤 196,708,158원 합계 2,051,848,494원으로 계상하고 1995.10.31 이에 대한 세금계산서를 청구외 ○○산업(주)로부터 교부받아 매입세액을 공제받았음이 확인된다.

(3) 처분청은 청구외 ○○산업(주)이 시행한 공사가 부지조성관련 공사로 보아 다음과 같이 매입세액 불공제분과 매입세액공제분, 공통매입세액으로 구분하여 안분계산하였음을 알 수 있다. 부지조성관련 공사내역 (단위: 천원) 구분 금액 공사내용 공제금액 불공제금액 안분계산대상금액 토목 및 지정공사 246,628 토지자본본적지출 246,628 폐기물처리공사 583,600 〃 583,600 공통가설공사 449,623 공사시설원가 449,623 현장경상경비 296,717 공통매입세액 296,717 금융비용 77,969 〃 77,969 안전관리비 16,917 〃 16,917 산재보험료 16,817 〃 16,819 기타경비 52,004 〃 52,004 이윤 196,708 〃 196,708 일반관리비 114,863 〃 114,863 합계 2,051,848 〃 자재매각대금 298,152 고정자산 매입 총계 2,350,000 830,228 771,997 ※과ㆍ면세 공급가액 구분 ∘불공제 해당금액: 1,236,395천원(면세해당금액 830,228천원+ 공통매입금액 안분계산 금액 406,167천원)

(4) 청구법인은 청구외 ○○산업(주)와 쟁점공사 신축공사 도급계약을 체결하고 중도에 계약해지 하였으나, ○○산업(주)에서 시행한 공사는 전부 건물신축과 관련된 공사임에도 처분청이 토목 및 지정공사, 폐기물처리공사를 토지에 대한 자본적지출로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다는 주장인바, 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 쟁점공사를 해지하기로 약정한 약정서에 의한 토목 및 지정공사 246,628천원, 폐기물처리공사 583,6000천원의 공사내역서를 보면, 토공사 외주비 199,037천원, 흙막이공사 20,202천원, 가설도로조성공사비 12,073천원, 배수로설치공사비 14,183천원, 운반공사비 1,133천원, 폐기물처리공사비 583,600천원으로 구분되어 있어 당심에서 공사성격을 파악코자 시공사인 청구외 ○○산업(주)로부터 관련증빙자료(하도급계약서, 시공내역서등)를 제시받아 확인한 바, 청구외 ○○산업(주)가 아래사업지와 하도급계약을 체결하였고 하도급업체가 공사를 시행한 사실이 대금지급 및 세금계산서 수수등에 의하여 확인된다. 하도급업체 공사내역 단위: 천원 하도급공사 내역 공사명 비고 계약일자 공급가액 세액 업체명 1995.03.24 580,000 58,000 (주)○○ 폐기물처리공사 폐기물 매립지반출 1995.07.03 1995.10.31 200,000 20,000 20,000 2,000 (주)○○토건 토공사 구조물깨기. 잔토처리. 배수로 가설도로조성공사 1995.07.03 1995.10.16 20,300 10,000 2,030 1,000

○○토건(주) 흙막이공사 흙막이설계비, 강재운반비등 계 830,300 83,030 둘째, 청구법인은 기존 구축물의 철거 및 정지작업을 청구외 ○○산업이 하였다고 주장하나, 쟁점공사와 관련 청구법인과 청구외 (주)○○와 체결한 도급계약서에 의하면, 이 계약 채결 전에 기 발생된 가설공사 및 철거공사 등의 공사비에 대한 정산은 청구법인과 청구외 ○○산업(주)가 상호 협의하여 정산한다고 약정되어 있는 것으로 보아 청구외 ○○산업(주)가 쟁점토지 지상의 건물 철거공사 및 운반공사를 시공한 사실이 확인되며, 또한, 청구외 ○○산업은 기계부품, 자동화기계를 제조, 도 소매하는 개인사업자로서 그 업태ㆍ종목 등으로 미루어 볼 때 건설공사와는 무관한 회사일 뿐만 아니라 청구외 ○○산업이 구축물을 철거한 사실을 입증할 대금지급 및 계약서 등을 제시하지 못하고 있다. 셋째, 토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하거나 자기소유의 토지상에 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하거나 자기소유의 토지상에 있는 임차인의 건축물을 취득하여 철거한 건축물의 취득가액과 철거비용은 당해 토지에 대한 지본적 지출로 한다(법인세법 기본통칙 2-10-16 제1호)고 규정하고 있으며, 여기서 “토지만을 사용할 목적”이란 건축물이 있는 토지를 취득함에 있어서 기존 건축물을 철거하고 해당 토지의 전부를 새로운 건축물의 대지 또는 다른 용지로 사용하기 위한 것도 포함된다 할 것인 바, 이건의 경우 청구외 ○○산업(주)가 쟁점공사 시공자로 선정 공사를 시공하던 중 해지한 약정서에 의하면, 청구외 ○○(주)의 공사비 청구서에 첨부된 “공정별 투자내역서”상에 명시된 지하구조물 철거 및 운반 및 폐기물처리공사항목은 쟁점토지 지상의 구축물 철거를 목적으로 이루어진 공사로 보여지며, 이는 토지를 유통상가 신축이 가능한 상태로 만들기 위해 행해진 정지작업의 일환으로서 토지조성 관련공사에 해당하고 그에 따른 공사비는 매입세액 불공제함이 타당하다고 하겠다. 또한, 배수로, 가설도로 등의 기타 공사도 유통상사 신축에 필수적인 공사라기 보다는 토지정지작업에 해당하는 것으로 관련 공사비용을 매입세액 불공제함이 타당하다고 보여진다. 따라서, 청구법인이 청구외 ○○산업(주)에 지급된 공사비중 부지 정지작업 및 폐기물 처리공사와 관련된 부분은 토지에 대한 자본적 지출로 보고 매입세액 불공제 하였고, 공통 가설공사 및 집기 비품 구입에 소요된 비용은 건물신축과 관련된 비용으로 보아 매입세액 공제하였으며, 공통 현장경비 등 토지ㆍ건물의 귀속이 불분명한 매입세액은 공급가액 과세ㆍ면세 매입가액으로 안분계산하여 과세한 처분청의 처분은 달리 그 잘못이 없다고 판단된다. 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인은 1995.10.28 쟁점공사를 120,205,800천원(부가가치세 포함)에 수급인을 (주)○○로 하여 공사도급계약을 체결하였고, 도급계약서 제19조에서 청구법인은 청구외 (주)○○에게 공사착공 후 최초 기성금은 6개월후에 지급하고 그 이후부터는 매 3개월 마다 공사기성고에 의한 공사대금을 지급함을 원칙으로 하여 상호 합의하에 그 기간을 조정할 수 있다고 약정되어 있고, 제28조 제1항에서 “청구외 (주)○○는 계약 체결 후 7일 이내에 공사추진을 원활히 하기 위하여 청구법인에게 일금 300억원을 60일 만기어음으로 지원하여, 자금지원금 300억원(60일 만기어음)에 대하여는 어음만기일로부터 상환일까지 이자는 청구외 (주)○○의 사내 변동금리(현재 연리 15%)를 사용하여 청구외 (주)○○에게 지급하여야 한다고 약정되어 있음이 도급계약서, 합의서에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 청구법인이 청구외 (주)○○로부터 차입금 300억원에 대한 이자를 계산함에 있어 원금지급한 때에도 이자를 지급한 것으로 보고, 이자금액을 초과하는 때에만 원금지급한 것으로 보아 신고(지급)할 이자소득을 계산하고 신고(지급)한 이자소득을 차감하여 과소신고 이자소득을 계산하였으며, 과소신고이자소득 중 청구외 (주)○○에서 수입이자 계상되지 아니한 금액 179,389,577원에 대한 이자소득세(가산세포함) 49,332천원, 1997사업연도 법인세(원청징수불이행가산세 및 지급조서미제출가산세) 54,196천원, 1997사업연도 법인세(원청징수불이행가산세 및 지급조서미체출가산세) 78,782천원을 과세하였음이 법인세과세표준결의서 및 세액경정결의서 및 원천세 결정결의서 등 관련서류에 의하여 확인되고 있다. 이에 대하여, 청구법인은 채권자인 (주)○○에서 차입금 상환 요구시 변제대상 금원의 성격을 원금,이자 등으로 구분ㆍ지정하여 변재를 요구하였고 청구법인에서는 이에 이의를 제기하지 않음으로써 묵시적인 합의가 있었음이 청구서 입금증, 결제서류, 상호회계처리 등으로 이자를 먼저 변제한 것으로 추정하여 이자소득세를 과세하는 것은 부당하다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 청구법인이 청구외 (주)○○에게 차입금을 1996.04.15 570,000천원, 1996.08.23 2,430,000천원, 1996.11.30 5,000,000천원, 1997.05.15 1,200,000천원, 1997.05.19 600,000천원, 1997.06.07 500,000천원, 1997.07.18 6,000,000천원, 1997.08.16 7,650,000천원 합계 23,950,000천원을 각각 상환한데 대하여 청구외 (주)○○에서 원금을 상환한 것으로 기장하고 있고, 이자는 1996.08.31 857,904천원, 1997.08.16 1,000,000천원 합계 1,857,904천원을 회수한 것으로 회계처리 되었음이 (주)○○에서 작성한 대여금 이자산출근거 자료에 의하여 확인된다. 둘째. 채권자와 채무자간 계약서상에는 차입금의 상환에 대한 순서를 정한것은 없으나 분양대금의 수령시 수시로 차입금을 상환하는 업계의 특성상 이자계산을 적수의 방법으로 계산하였고 이자계산을 위한 적수 계산시 원금을 먼저 상환한 것으로 하였다면 약정이 있는 것으로 보는 것이 타당하다고 보여지며, 만약, 이자를 먼저 지급한 것으로 할 경우 그 금액만큼 원금이 감소되지 아니하여 이자금액이 달라지게 되어 특수관계가 없는 자와의 거래에서 당사자간에 합의한 이자금액을 무시하고 과세관청이 다시 계산하는 모순이 발생된다고 할 것이다. 위의 사실을 종합하여 보면, 청구법인과 (주)○○는 대여금 회수금액을 원금과 이자로 구분하여 회계처리 하였음이 (주)○○에서 제출한 대여금이자 산출근거에 의하여 확인되며, 쌍방간 동일하게 회수금액을 원금 및 이자로 회계처리 하였다면 특별한 약정이 없는 경우로 볼 수 없고 쌍방간에 묵시적 약정이 있었다고 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 처분청에서는 차입금과 이자채무의 변제충당의 관한 특별한 약정이 없는 것으로 보아 이자채무를 먼저 변제한 것으로 보고 이자소득에 대한 원천징수불이행에 대한 가산세 및 과소계산한 이자소득세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다. 이와 같이 심리한 바, 이건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.