재화의 공급가액이 확정된 후 적법하게 교부한 세금계산서에 대하여 사전약정없이 사후 소급하여 단가를 변경하기로 합의하고 당초 공급가액을 감액하는 것으로 발행된 세금계산서는 적법하지 아니한 세금계산서로 판단됨
재화의 공급가액이 확정된 후 적법하게 교부한 세금계산서에 대하여 사전약정없이 사후 소급하여 단가를 변경하기로 합의하고 당초 공급가액을 감액하는 것으로 발행된 세금계산서는 적법하지 아니한 세금계산서로 판단됨
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.
○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 1996.01.31부터 병원에 의약품을 공급하는 것을 주업으로 하는 (주)○○메디칼(이하 “청구법인”이라 한다 - 대표 ○○○)은 청구외 ○○병원(○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 000-00-00000)에 1998.03.01부터 1999.01.31까지 공급한 의약품 공급가액에 대하여 1999.02.27 공급가액 690,875,040원의 감액세금계산서(이하 “쟁점세금계산서” 라 한다)를 교부하고 부가가치세 69,087,504원(이하 “쟁점세액” 이라 한다)을 매출세액에서 차감하여 1999.1기 예정분 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구법인이 별도의 계약체결 없이 일방적으로 이미 확정된 공급가약을 감액처리한 것이므로 쟁점세금계산서를 실질거래 내용과 다르다 하여 그 부가가치세를 매출세액에서 차감하지 아니하고 1999.07.05 부가가치세 16,367,800원을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.09.29 이건 심사청구를 제기하였다.
쟁점세금계산서는 청구법인이 청구외 ○○병원과 1998.03.01부터 1999.01.31까지 공급된 의약품에 대하여 공급단가를 소급하여 인하하기로 약정하고 인하액 890,875,040원을 감액하여 1999.02.27 발행한 것으로서 당초 세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이므로 그 부가가치세액은 매출세액에서 차감하여야 한다.
쟁점세금계산서는 청구법인이 사전계약이나 약정없이 청구외 ○○병원에 정상적으로 재화를 공급하여 그 대가가 확정된 후에 단가를 소급하여 인하하였다고 감액처리한 세금계산서로서 실질 거래내용에 따른 세금계산서로 볼 수 없으므로 매출세액에서 차감하지 아니한 당초 처분은 정당하다.
1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 화정되는 때』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제21조 제1항에서는 『법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
1. 현금판매나 외상판매의 경우에는 재화가 인도되는 때(이하생략)』라고 규정하고 있으며, 같은법 제16조 제1항에서는 『납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서” 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다(각호 생략)』고 규정하고, 같은법 제17조 제2항에서는 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』고 규정하면서 그 제1호에서 『제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항(제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 사항을 말한다. 이하 같다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액(단서 생략)』이라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제59조 【수정세금계산서】에서는 『법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.』고 규정하고 있다.
(1) 작성일자가 1998.03.01로 기재된 단가계약물품 공급계약서에 의하면 그 제9조에서 “갑은 을이 공급하는 물품이 타 종합병원 수급가격보다 차이가 나거나 높을시는 확실한 근거에 의거 갑이 일방적으로 조정 인하할 수 있다” 고 규정하고, 그11조에서는 “본 계약기간은 1998.03.01부터 1998.02.28까지 1년간으로 하며, 차기계약시까지 연장할 수 있다”고 규정하고 있으나,
① 일반적인 통상의 계약에 있어 01.01부터 12.31까지를 계약기간으로 하는 것과 달리 위 계약서는 쟁점세금계산서와 관련된 1998.03.01부터 1998.02.28까지를 그 계약기간으로 규정하고 있는 점 ②이건 심사청구서에서 청구법인도 1999.02.27 청구외 ○○병원과 1998.03.01부터 1999.01.31까지 공급된 의약품에 대하여 공급단가를 『소급하여 인하하기로 약정』라고 인하액 690,875,040원을 감액한 쟁점세금계산서를 발행하였다고 주장할 뿐 단가 인하가 사전청약에 의하여 이루어 졌다는 주장을 하지 않은 점 ③공급가액 감액 변경 합의서를 보면 사전에 약정된 계약에 의하여 단가를 조정한다는 표현이 전혀없이 단순이 ‘청구법인이 청구외 ○○병원에 1998.03.01부터 1999.01.31까지 공급한 의약품에 대하여 시중의 타 종합병원과 동일한 가격구조로 공급단가의 소급변경이 불가치하다고 판단되어 일괄적으로 1999.02.27자로 공급가약 690,875,040원 부가세 69,087,504원 합계액 759,962,544원을 별첨과 같이 공급가액에서 감액하기로 합의한다. 따라서 외상대금중 감액대금을 차감하고 지급한다’ 고 작성되어 있는 점 ④청구법인이 단가계먕물품 공급계약서를 이건 과세를 위한 처분청 조사시 및 심사청구시에는 제출하지 않았다가 심사청구 심리중인 1999.11.18에야 당심에 제출한 사실 ⑤국세청의 전산조회서에 의하면 청구법인은 청구외 ○○병원과 1997.2기 이전부터 현재까지도 계속하여 거래하고 있었음에도 위 계약서와 같은 단가계약물품 공급계약서를 사전에 체결한 사실이 입증되지 아니하는 점 등을 모아보면 위 계약서는 소급하여 작성된 것으로 인정되고, 1999.02.27 발행된 쟁점세금계산서는 청구법인이 1998.03.01부터 1999.1.31까지 청구외 ○○병원에게 의약품을 공급하고 세금계산서를 발행하여 그 가액이 확정된 후 이미 공급된 의약품의 단가를 소급하여 인하하기로 약정하고 감액한 것으로 발행된 세금계산서임이 인정된다.
(2) 위 부가가치세법 시행령 제59조 단서에서 규정하는 당초 세금계산서를 교부한 후 수정세금계산서를 교부할 수 있는 ‘당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우’라 함은 일부의 공급가액이 재화의 인도 후에 확정되거나, 공급한 재화의 환입ㆍ반품의 경우, 인도 전에 세금계산서를 발행하였으나 계약이 취소된 경우, 당초의 특수조건에 의한 감액 등의 경우를 말하는 것으로서 대금의 정산특약에 의한 공급가액의 변경 또는 사전약정에 의하여 판매실적에 따라 당초 공급단가를 조정하는 경우와 재화 또는 용역의 공급가액이 확정되지 아니하여 추후 확정되는 경우 등을 말하는 것이므로 이건의 경우와 같이 재화의 공급가액이 확정된 후 적법하게 교부한 세금계산서에 대하여 사전약정없이 사후 소급하여 단가를 변경하기로 합의하고 당초 공급가액을 감액하는 것으로 발행된 쟁점세금계산서는 적법하지 아니한 세금계산서로 판단된다.
따라서 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.