자료상 혐의자와 거래한 것으로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

○○세무서장이 1999.08.09 청구인에게 결정고지한 1997년 제1기분 부가가치세 1,173,040원은, 이를 취소합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○상가 ○동 ○호에서 배관자재 및 기계공구를 판매하는 사업자로서 1997년 제1기분 부가가치세를 아래와 같이 신고ㆍ납부하였다. 구 분 매출과표 매입과표 납부세액

1997. 1 기분 367,954,000 323,981,720 4,397,228 처분청은 청구인이 매입세액으로 신고한 1997년 제1기분 매입금액 중 자료상 혐의자인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 청구외 ○○기업 ○○○(이하 “○○기업”이라함)로부터 1997년 제1기중에 교부받은 매입세금계산서 6건, 공급가액 10,664,183원, 세액 1,066,417원(이하“쟁점거래금액”이라함)은 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 매입세액을 불공제하여 1997년 제1기분 부가가치세 1,173,040원을 1999.08.09 청구인에게 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.10.04 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 청구외 ○○기업과 정상적인 거래를 하고 그 거래대금으로 약속어음 및 현금으로 결제한 사실이 있고, 이러한 사실은 청구인의 장부(외상매입장, 지급어음장 등) 및 청구외 ○○기업의 확인서에 의하여 확인됨에도 이 건 과세함은 부당하다.

국세통합시스템의 자료상 혐의자료 검색 결과에 따라 자료상과의 거래분으로 출력된 자료에 의하여 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점거래금액을 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제1항 제1호에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매출세액에서 공제한다고 규정하고, 같은 조 제2항 제1호에서 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사시로가 다르게 기재된 경ㅇ우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고, 국세기본법 제16조 【근거과세】 제1항에서 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 이 건을 과세한 경위를 살펴보면, 첫째, ○○국세청(부가가치세과에서 “사실과 다른 세금계산서 수취혐의자 조사 및 수정신고 계획”을 처분청 등에 업무지시(부가46015-35, 1999.01.11)를 하였는 바, 그 내용을 보면 ○○국세청은 사실과 다른 세금계산서 수취혐의자 및 그 자료를 처분청에 통보하였고, 이를 통보받은 처분청은 사실과 다른 세금ㄱ산서 수취 혐의자 중에서 적정인원을 조사 대상자로 선정하고 나머지는 수정신고 권장대상자로 분류하여 관리하도록 하면서, “수정신고 권장시 유의사항”에서 “이 번 수정신고 대상자 선정의 기초 자료인 사실과 다른 세금계산서 수취 혐의자료는 세무서에서 TIS를 이용하여 자료상 혐의자를 적출하고 자료상 혐의자의 사업자등록번호는 매입세액을 공제한 거래상대방을 DB화하였으므로, 부분적 자료상이나 자료상 혐의자, 판정에 오류로 사실거래를 주장하는 납세자의 민원이 있을 수 있음에 유념”토록 하였는 바, 이러한 업무지시 내용으로 보아 ○○국세청에서 통보한 자료상 혐의자료는 실물거래는 자료상 자료로 확정된 것이 아니고, 자료상으로 의심이 가는 “혐의자료”로서 매입세액을 부당하게 공제받은 사실과 다른 세금계산서일 수 있다는 의미임을 알 수 있다. 둘째, 위와 같은 자료상 혐의자료를 통보받은 처분청은, 청구인의 쟁점 거래금액에 대하여 청구인이 수정신고를 하지 아니하자 쟁점거래금액에 대한 실지 거래사실 여부 등을 확인하지 아니하고 “자료상 거래분”으로 추정하여 과세하였음이 처분청이 제시한 경정결의서에 의하여 확인된다.

(2) 청구외 ○○기업은 실지 자료사이 아닌 것으로 1999.03.22 처분청에서 ○○국세청(부가가치세과)에 보고(부가2.46120-574)하였으며, 국세통합시스템에 의하여 전산조회한 바 청구외 ○○기업은 정상사업자로 분류되었음이 확인된다.

(3) 처분청이 국세통합시스템이 의하여 자료상 혐의자료로 출력된 자료에 대하여 거래사실 여부에 대한 확인없이 이 건 과세한 내용이 정당한지 여부를 살펴보면, 과세관청이 납세자의 신고내용을 경정하는 경우, 부가가치세법상의 과세요건인 재화 또는 용역의 공급 등 실지 거래가 있었는지의 여부에 대하여는 과세관청이 입증할 책임이 있는 것(대법92누 12094, 1994.08.12)인 바, 국세통합시스템에 의하여 자료상 혐의자룔 출력된 쟁점거래금액은 쟁점거래가 가공거래임을 입증하는 것이 아님에도 불구하고, 처분청이 이건 거래내용에 대하여 실지 거래여부를 확인하지 아니한 채 국세통합 시스템에 의하여 출력된 자료상 혐의자료만을 근거로 과세함은 사실조사를 소홀히 할 것으로 판단(심사91-573, 1991.11.22)되며, 처분청이 쟁점거래금액이 가공거래임을 입증할 수 있는 객관적인 증빙 제시가 없는 한, 처분청의 당초처분은 국세기본법 제16조 에 규정한 근거과세 원칙을 위반한 부당한 처분으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.