건물신축 관련 매입세액을 공동사업자 지분별로 매입세액공제한 처분의 당부

○○세무서장이 1999.07.31 청구인에게 결정고지한 1997.1기분 부가가치세 6,821,150원 및 1997.2기분 부가가치세 7,267,880원 합계 14,089,030원은

○○시 ○○구 ○○동 ○○ 번지의 건물 1,855.52㎡ 중 아래 산식과 같이 청구인의 지분 1,410.36㎡에서 주택부분 158.91㎡에 해당하는 매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 하여 이를 경정한다. 공제받지 못할 매입세액 ＝ 69,438,165원(쟁점매입세액) × 158.91㎡(주택면적중 청구인 지분) 1,410.36㎡(총면적중 청구인 지분)

청구인은 1996.06.12부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 번지의 토지 444.1㎡에 지하2층, 지상5층 건물 1,855.52㎡(이하 “쟁점건물” 이라 한다)를 청구외 ○○○과 공동으로 신축(준공일: 1997.11.27)하면서 청구인 단독 명의로 1997.01.01 『○○빌딩』이라는 상호의 일반과세자 사업자 등록(부동산 임대업)을 하였고, 청구외 ○○○은 1997.12.02 과세특례자로 부동산 임대업 사업자등록을 하였으며, 청구인은 아래 명세서와 같이 1996.2기 확정분부터 1997.2기 확정분까지 부가가치세를 신고하면서 쟁점건물 신축 관련 총 매입세액 69,438,165원(이하 “쟁점매입세액” 이라 한다)에 쟁점건물의 건축허가서상 총면적 1,848.84㎡에서 공동사용면적을 포함한 면세분(5층 주택) 예정사용면적 218.88㎡의 비율을 적용하여 계산한 8,220,625원을 공제받지 못할 매입세액으로 하고 이를 제외한 61,217,540원을 공제 받는 매입세액으로 하여 신고하였다. 신고금액명세서 (단위: 원) 구분 매출과표 매입과표 매입세액 공통매입 면세분세액 환급세액 비고 1996.2기 확정 0 88,816,816 8,881,681 1,051,482 1,051,482 세금계산서 7매 1997.1기 예정 0 81,818,182 8,181,818 968,626 968,626 세금계산서 2매 1997.1기 확정 0 211,363,635 21,136,365 2,502,286 2,502,286 세금계산서 4매 1997.2기 예정 0 212,008,063 21,200,809 2,509,915 2,509,915 세금계산서 6매 1997.2기 확정 1,528,767 100,375,008 10,037,492 1,188,316 1,188,316 세금계산서 6매 합계 1,528,767 694,381,704 69,438,165 8,220,625 8,220,625 25매 처분청은 쟁점매입세액에서 과세분 매입세액을 산출하고 동 금액 중에서 쟁점선물의 공동소유자로서 과세특례자인 청구외 ○○○의 지분 1855.52분지 445.16에 해당하는 매입세액이 공제 받지 못할 매입세액이라는 1999.07.16자 ○○국세청의 정기 업무감사 지적에 따라 1999.07.31 청구인에게 1997.1기분 부가가치세 6,821,150원과 1997.2기분 부가가치세 7,267,880원을 합한 14,089,030원을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.09.22 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점매입세액은 청구인이 쟁점건물을 신축하면서 청구외 ○○○(○○○에서 ○○○으로 다시 ○○○으로 소유권 이전됨)과는 별도로 청구외 ○○건설(주)(○○건설(주)의 부도로 공사를 승계함, 이하에서는 “○○건설, ○○건설” 이라 한다)와 공사계약을 체결하고 공사대금을 지급한 후 교부 받은 매입세금계산서의 매입세액이므로 이를 다시 청구외 ○○○의 지분으로 안분계산 하여 매입세액을 불공제 하여 부가가치세를 과세함은 부당하다.

쟁점건물의 건축물관리대장 및 등기부등본에는 청구인과 청구외 ○○○이 공동소유자로 등재되어 있고 당초 청구인이 부가가치세를 신고할 때 첨부한 공사도급계약서에도 공사도급금액이 구성원별로 구분되어 있지 아니하고, 공통매입세액 안분계산시 청구인 지분과 청구외 ○○○ 지분을 합한 쟁점건물의 총면적 1,855.52㎡(상가 1,209.54㎡, 주택 150.09㎡, 공유지분 529.49㎡)를 기준으로 신고한 사실이 있으며 청구외 ○○○이 1997.12.02 과세특례자(000-00-00000)로 사업자등록을 하였으므로 청구외 ○○○의 지분에 해당하는 매입세액을 불공제 하여 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점매입세액을 쟁점건물 전체의 공사대금에 해당하는 매입세액으로 보아 청구외 ○○○ 지분에 해당하는 매입세액을 불공제 하여 부가가치세를 과세한 처분이 정당한 지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항에서는 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 제3호 (생략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액(이하생략)“이라 규정하고, 같은법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 제1항에서는 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. (단서 생략) 명세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액“이라 규정하고, 같은조 제4항에서는 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세가간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 구 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율”이라 규정하고, 같은령 제61조의2 【공통매입세액의 정산】에서는 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면저그이 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = 【총 공통매입세액 × (1- 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 ÷ 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액 - 기공제세액】

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = 【총 공통매입세액 × (1- 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 ÷ 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적) - 기공제세액】”이라 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 제시된 심리자료에 의하여 인정되는 사실을 살펴본다.

(1) 쟁점건물의 토지대장 및 토지 등기부등본에 의하면 청구인과 청구외 ○○○은 총 토지면적 444.1㎡의 소유권에 대하여 444.1분지 325.1 및 444.1분지 119의 공동지분을 각각 소유하고 있다가 청구외 ○○○의 지분이 1998.04.09 청구외 ○○○에게 양도되었음이 확인되고,

(2) 건축물관리대장 및 건물 등기부등본에 의하면 쟁점건물의 총 연면적 1,855.52㎡(1999.06.31 6층에 다가구주택 51.28㎡를 증축하여 이건 심리일 현재 관련공부상 쟁점건물의 총 연면적은 1,906.8㎡임)에 대하여 청구인과 청구외 ○○○이 각각 1,855.52분지 1,410.36과 1,855.52분지 4445.16 지분을 소유하고 있다가 청구외 ○○○의 지분이 1998.04.03 청구외 ○○○에게 양도되었음이 확인된다.

(3) 쟁점건물의 건축물관리대장 및 1996.05.07자 당초 건축허가서와 1996.09.10자 수정된 건축허가서를 종합하면, 첫째, 쟁점건물의 건축허가일은 1996.05.07이고, 공사착공일은 1996.06.12이며, 사용승인일은 1997.11.27임이 확인된다. 둘째, 1996.05.07자 당초 건축허가서에 의하면 건축주는 청구인 단독으로 허가되고, 대지면적은 321.17㎡이며 지하2층 지상5층으로 설계된 신축건물의 총 연면적은 단독주택 154.12㎡를 포함한 1,357.84㎡로 허가되었음이 확인된다. 셋째, 1996.09.10자 수정된 건축허가서에 의하면 건축주는 청구인과 청구외 ○○○(000000-0000000) 등 공동으로 허가되고, 대지면적도 당초 321.17㎡에서 451.68㎡로 130.51㎡가 증가되었고, 신축건물의 총 연면적이 당초 1,357.84㎡에서 1,848.84㎡로 491㎡가 증가되어 허가된 후 다시 1층 주차통로 면적의 증가로 위 건축물관리대장 등 관련공부와 같이 그 면적이 1,855.52㎡로 확정되었다.

(4) 국세청의 전산조회자료 및 부가가치세 신고서에 의하면 청구인은 개업일을 1997.01.01 하여 일반과세자로 부동산 임대업 사업자등록을 하고 쟁점매입세액 69,438,165원에 쟁점건물의 건축허가서상 총 연면적 1,848.84㎡에서 5층 주택관련 면적 218.88㎡를 면세예정사용면적으로 보아 그 비율을 적용하여 계산한 8,220,625원을 불공제되는 매입세액으로 하고 이를 제외한 61,217,540원을 공제받는 매입세액으로 하여 위 명세서와 같이 부가가치세를 신고였으며 청구외 ○○○은 1997.12.02 과세특례자로 부동산 임대업 사업자등록을 하였음이 확인되고, 청구외 ○○건설은 1997.04.22 대표이사를 청구외 ○○○에서 청구외 ○○으로 본점소재지를 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지로 이전하였다가 1998.02.05자로 직권폐업 처리되었으며, 청구외 ○○건설은 1998.10.30 직권폐업 되었음이 확인된다. 이건 심사청구의 과세처분에 대한 경위 및 청구주장을 살펴 제시된 심리자료에 의하여 심리 판단하면,

(1) ○○국세청의 감사지적서 및 의견서에 따르면 관련공부에 청구인과 청구외 ○○○이 공동소유자로 등재되어 있고 당초 청구인이 부가가치세를 신고할 때 첨부한 쟁점건물 신축관련 공사도급계약서에도 공사도급금액이 구성원별로 구분되어 있지 아니하고, 부가가치세 신고시 청구인 지분과 청구외 ○○○ 지분을 합한 쟁점건물의 총면적 1,855.52㎡(상가 1,209.54㎡, 주택 150.09㎡, 공유지분 509.49㎡)를 기준으로 공통매입세액을 안분계산하여 신고한 사실이 있는 바, 쟁점매입세액을 쟁점건물 전체의 신축공사대금 중 일부로 보아 과세특례자인 청구외 ○○○의 지분에 해당하는 매입세액을 불공제 하여 부가가치세를 과세하였음이 확인되고,

(2) 청구인은 쟁점매입세액이 쟁점건물을 신축하면서 청구외 ○○○과는 별도로 청구인 지분에 대하여 청구외 ○○건설과 공사계약을 체결하고 공사대금을 지급한 후 교부 받은 매입세금계산서의 매입세액이므로 이를 다시 청구외 ○○○의 지분으로 안분계산 하여 매입세액을 불공제 함은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 제시된 심리자료 중 ①건축주를 청구인 단독명의로 하여 청구외 ○○건축사 사무소와 지하2층 지상5층 건물 1,421.12㎡의 건축설계계약을 체결한 1995.10.17자 설계계약서, ②청구인 단독명의로 건물 1,357.84㎡를 신축하는 것으로 허가된 1996.05.07자 건축허가서, ③공사기간이 1996.05.22부터 1997.02.29로 공사금액이 10억원(부가가치세 별도)으로 청구인이 단독으로 청구외 ○○건설과 계약을 체결한 1996.05.18자 공사도급계약서, ④공사기간이 1996.12.10부터 1997.10.30으로 공사대금이 987,874,000원(부가가치세 별도)으로 청구인이 청구외 ○○건설과 체결한 1996.12.10자 공사도급계약서, ⑤청구외 ○○○외 7인이 공동소유로 되어있는 대지 1,061.80㎡둥 청구외 ○○○의 소유지분 557분지 64.2(122.38㎡)에 건축하는 것을 동의한다는 1996.07월 작성한 건축동의서, ⑥건축주가 청구인과 청구외 ○○○으로 건축면적이 1,848.84㎡로 허가된 1996.09.10자 수정된 건축허가서 등을 모아 위 확인된 사실과 종합하여 보면 첫째, 청구인이 1997.05.07 청구외 ○○구청장으로부터 건축허가를 받은(건축물관리대장 및 건축허가서) 후 1996.05.18 청구외 ○○건설과 공사대금 10억원의 공사도급계약을 체결(도급계약서)하였음이 인정되고, 둘째, 청구외 ○○건설은 1997.06.12 공사를 착공하여 시행하던 중 인근토지의 공동소유자인 청구외 조인봉의 반대로 공사를 중지하였다가(청구인의 주장이나 구체적으로 확인되지 아니함) 1996.09.10 청구외 ○○○과 공동으로 건물을 신축하기로 설계를 변경하여 시공(설계변경된 건축허가서)하던 중 시공회사인 청구외 ○○건설의 부도(부도시점은 확인되지 아니하나 1997.04.22 의정부로 본점소재지를 이전하였다가 1998.02.05 직권폐업 됨)로 인하여 1996.12.10 청구외 ○○건설이 공사를 승계한 후 청구인을 도급자로 하고 청구외 ○○○을 도급보증인으로 하여 총 공사도급금액 1,357,000,000원(부가가치세 별도)의 공사도급계약서를 체결(1996.12.10자 공사도급계약서)하면서 청구인과는 898,064,000원(부가가치세 별도)에 공사도급계약을 체결(1996.12.10자 공사도급계약서)하고 청구외 ○○○과는 458,936,000원(부가가치세 별도)에 공사도급계약을 체결(실제로 계약 체결여부는 확인되지 아니함)한 것으로 보여진다. 셋째, 처분청에서 쟁점건물의 공동소유자인 청구인과 청구외 ○○○(1997.07.25 청구외 ○○○의 지분을 양수한 사업자)이 각각 별도로 과세유형이 다른 사업자등록을 발급하였던 점이 확인되고, 넷째, 공동으로 신축하는 건물의 경우 건물의 총면적을 구성원 각자의 지분별로 소유하는 것이 일반적이나 쟁점건물의 경우 전면에서 볼 때 아래와 같이 계단을 중심으로 하여 각층별로 청구인 지분과 청구외 ○○○ 지분이 구분되어 그 면적이 청구인 지분, 1,410.36㎡ 및 청구외 ○○○ 지분 445.16㎡로 구분되어 있어 쟁점건물의 건축비를 구분하여 산정할 수 있는 점 등이 인정된다.

(4) 다만, 이건 심리 중 제시된 청구인의 경위서 및 1996.2기 확정분부터 1997.2기 확정분까지 부가가치세 신고서에 의하면 청구인의 장부를 기장 대리하는 청구외 ○○○ 세무사(○○시 ○○구 ○○동 ○○번지) 사무실에서 1996.05.07 청구인 단독명의로 1,357.84㎡의 건축허가를 받았다가 1996.09.10 청구외 조인봉과 공종으로 1,848.84㎡를 건축하기로 허가변경을 하였으나 건축면적만 증가한 것으로 알고 공제 받지 못할 매입세액을 매입세액 × 218.88㎡(건축허가거상 주택면적) 1,848.84㎡(건축허가서상 총면적 으로 잘못 신고하였으나 청구외 ○○○이 청구인과 별도로 사업자 등록을 한 사실 및 청구인 단독으로 허가받은 1996.05.07자 건축허가서, 어음결제 통장 등 청구인의 공사대금지급 관련자료(660백만원, 세금계산서 수취금액의 86%임)등을 미루어 보면 공제 받지 못할 매입세액은 쟁점매입세액 × 158.91㎡(주택면적중 청구인 지분) 1,410.36㎡(총면적중 청구인 지분) 으로 계산하여야 함에도 청구인이 안분계산을 잘못 하였다는 사실이 인정된다.

(5) 또한, 쟁점건물의 총 도급금액이 1,357,000,000원(부가가치세 별도)으로 확인됨에도 청구인이 교부 받은 매입세금계산서는 총 694,381,704원(부가가치세 별도)에 불과한 점과 위 관련사실을 종합하여 판단하여 보면, 청구인은 쟁점건물을 신축하면서 공유자인 청구외 ○○건설과 공사도급계약을 체결하고 대금을 지급한 후 세금계산서를 교부 받았다는 청구주장이 사실로 인정되므로 쟁점매입세액을 쟁점건물 전체의 매입세액으로 보아 청구외 ○○○의 지분에 해당하는 매입세액을 산출하여 불공제 하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못된 처분으로 판단된다.

따라서 이 건 심사청구는 청구주장이 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.